TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/396
Browse
32 results
Search Results
Research Project Zenginleştirilmiş Öznitelikler ve Makine Öğrenmesi Yöntemleriyle Protein Yerel Yapı Tahmini(TUBİTAK, 2017) Aydın, ZaferProjenin amacı proteinlerde bulunan ikincil yapı, dihedral açı ve çözücü erişilirlik gibi bir boyutlu yapısal özelliklerin başarılı olarak tahmin edilmesi ve bu tahminleri kullanarak parçacık seçimi yapan yeni bir yöntem geliştirilmesidir. Geliştirilen yöntemler sayesinde proteinlerin üç boyutlu yapısının daha doğru tahmin edilmesi, proteinlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması ve daha etkili ilaç tasarımı yapılması mümkün olacaktır. Bir boyutlu yapısal özelliklerin tahmini için yürütücünün daha önce geliştirdiği iki aşamalı hibrit sınıflandırma yöntemi kullanılmıştır. Bu yöntemde bulunan sınıflandırıcılar için dizi tabanlı profiller, yapısal profil matrisleri gibi çeşitli öznitelik vektörleri kullanılmıştır. İkinci aşamadaki sınıflandırıcı için destek vektör makinası, derin KSA, rastgele orman ve topluluk gibi çeşitli öğrenme yöntemleri eğitilmiş ve geliştirilen yöntemlerin tahmin başarı oranları standart veri kümelerinde incelenmiştir. Ayrıca bu aşamada derin otokodlayıcılar ve öznitelik seçme yaklaşımları ile boyut düşürme gerçekleştirilmiştir. Protein parçacık seçimi için verilen iki amino asit dizisi parçacığının yapısal olarak benzer olup olmadığının tahmin eden yöntemler geliştirilmiştir. Bunun için Rosetta programının parçacık veritabanında bulunan proteinlerden parçacık ikilileri örneklenmiş, bu ikililer BCScore yöntemi ile etiketlenmiş, eğitim ve test kümeleri oluşturulmuştur. Ayrıca farklı öznitelik kümeleri konsept hiyerarşi yaklaşımı ile kapsamlı olarak incelenmiş ve en başarılı sonucu veren öznitelik kombinasyonları tespit edilmiştir. Parçacık seçimi probleminde 3 ve 9 amino asitlik parçacıklar üzerinde çalışılmıştır ancak yöntemler diğer uzunluktaki parçacıklar için de kolaylıkla uygulanabilecektir. Projede geliştirilen yöntemler sayesinde ikincil yapı tahmin başarısı en zor tahmin kategorisinde %2.6 iyileşmiş, dihedral açı tahmin başarısı önemli oranda iyileşmiş, çözücü erişilirlik probleminde literatürdeki en başarılı yöntemler ile benzer bir seviye yakalanmıştır. Parçacık seçiminde ise verilen iki parçacığın yapılarının benzer olup olmadıkları 3-mer parçacıklar için %94 ve 9merler içinse %97 oranı ile tahmin edilmiştir. Yapılan çalışmaların neticesinde öznitelik vektörlerinin daha iyi tasarlanmasının ve farklı sınıflandırma yöntemlerinin birleştirilip optimize edilmesinin yapısal özellik tahmin başarısını önemli oranda iyileştirdiği sonucuna varılmıştır.Research Project Yenilenebilir Enerji İçin Ödeme İstekliliği Ve Bu İstekliliği Etkileyen Faktörlerin Analiz Edilmesi(TUBİTAK, 2018) Doğan, EyüpBu projede, Türkiye?de ikamet eden hanehalkının yenilenebilir enerji için ödeme istekliliği (YÖİS) ve bu istekliliği etkileyen faktörler analiz edilecektir. İlgili literatür kapsamında, gelişmiş ve gelişmekte olan birçok ülke için YÖİS ve bu istekliliğe etki eden faktörler incelenmesine rağmen, daha önce bu alanda Türkiye üzerine bir çalışma yapılmamıştır. Bu projenin amacı, Türkiye?deki vatandaşların YÖİS ve bu istekliliği etkileyen değişkenleri inceleyerek literatürdeki bu boşluğu doldurmaktır. Ayrıca, Sundt ve Rehdanz (2015) ?ın meta-analiz çalışması, ilgili literatürdeki çoğu makalenin yaş, eğitim seviyesi, gelir düzeyi ve çevresel duyarlılık gibi faktörlerin olası etkisini analiz etmesine rağmen sadece bir kaç makalenin hanehalkı sayısını ekonometrik modele dahil ettiğini göstermiştir. Bu proje, coğunlukla kullanılan demografik faktörlerin yanısıra hanehalkı sayısınında YÖİS?i etkileyip etkilemediğini araştıracaktır. Bu projeyi gerçekleştirebilmek için koşullu değer yöntemiyle hazırlanan toplam 2 bölüm ve 26 sorudan oluşan bir anket kullanılacaktır. Yüzyüze görüşme yöntemiyle Türkiye?nin 12 farklı İBBS bölgesinden toplam 2,500 kişiyle yüzyüze görüşme yöntemiyle doldurulacak anketlerden elde edilecek bilgiler sayesinde, Türkiye?de ikamet eden hanehalkının ortalama YÖİS miktarı ve hangi faktörlerin bu istekliliği anlamlı yada anlamsız etkilediği çeşitli yöntemler kullanılarak analiz edilecektir. Türkiye, Avrupa Birliğine aday bir ülke, G-20 ekonomilerinden birisi ve NATO?ya dahil bir ülke olmasının yanısıra, Dünya ve Avrupa enerji piyasasında da önemli bir konuma sahiptir. Ayrıca, yenilenebilir enerji alanında kısa ve orta vadede yapılması hedeflenen yatırımlarda göz önüne alındığında, Türkiye bu literatür içerisinde araştırılması gereken ülkelerin arasındadır. Bununla birlikte, son zamanlarda küresel ısınma, gaz emisyonu ve çevresel kirlilik gibi faktörler global bir sorun haline gelmiştir. Yenilenebilir enerjinin kullanımı daha temiz bir çevre için önemli bir unsurdur. Türkiye enerjide dışa bağımlı bir ülkedir. Ayrıca, Türkiye'nin elektrik enerjisinin %48'inin doğal gazdan üretiliyor olmasının yarattığı kırılganlığın son dönem Rusya krizi ile görülmüş olması sonrasında enerji karmasında çeşitlendirme çok daha hassasiyet kazanmıştır. Yenilenebilir enerjinin artırılması bağımlılığı azaltacak önemli bir araçtır. Hanehalklarının katılımı, hedeflenen yenilenebilir enerji projelerinin hayata geçirilmesini kolaylaştıracaktır. Bu proje dört ana hedefe ulaşmak üzerine odaklanmıştır: i) Türkiye?de ikamet eden hanehalklarının yenilenebilir kaynalardan üretilen elektrik enerjisi almak için ödemeye razı oldukları ortalama miktarı bulmak, ii) YÖİS?i etkileyebilecek yaş, cinsiyet, gelir düzeyi, egitim seviyesi, çevreye olan duyarlılık ve hanehalkı sayısı gibi faktörleri analiz etmek, iii) yenilenebilir enerji yatırımlarının hanehalkları tarafından desteklenmesine olanak sağlayacak bir politikanın Türkiye?de uygulanabilirliğini ortaya koymak, iv) bu proje çıktılarını uluslararası indekslerce taranan bir dergide yayınlatmak.Research Project Tesis yeri seçim problemleri için akış tabanlı modellerin ve çözüm metodolojilerinin geliştirilmesi(TUBİTAK, 2017) Akgün, İbrahim; Gören, Selçuk; Kara, Bahar YetişTesis yeri seçim problemleri, yoğun olarak akademik çalışmaların yürütüldüğü alanlardan_x000D_ biridir. Ancak, bazı araştırmacılar tarafından, tesis yeri seçim modellerinin gerçek hayat_x000D_ uygulamalarını temsil etme ve çözmedeki yeterliliği uzun süredir sorgulanmakta ve yeni_x000D_ modellerin geliştirilmesine ihtiyaç olduğu ifade edilmektedir. Literatürdeki modellerin büyük_x000D_ bir çoğunluğu, modellerin gerçek hayattaki uygulama alanlarını sınırlandıran belirli_x000D_ varsayımlara dayanmaktadır. Bu varsayımların en önemlilerinden biri, modellerde girdi olarak_x000D_ kullanılan serim ve veri yapısıyla ilgilidir. Literatürdeki modeller, düğümler arası mesafe_x000D_ matrisinde en kısa yol uzunluklarının kullanıldığı tam serim (complete network) yapısı üzerine_x000D_ kuruludur. Modellerde tam serim yapısının kullanılması, gerçek hayattaki serimlerin (örneğin,_x000D_ demiryolları ya da karayolları) tam serim yapısında olmasından ziyade, araştırmacıların_x000D_ bazen doğrudan bazen de dolaylı olarak kabul ettiği bir varsayıma dayanmaktadır._x000D_ Araştırmacılar, gerçek hayat serimlerine en kısa yol algoritmalarının uygulanması suretiyle,_x000D_ düğümler arasında en kısa yolların kullanıldığı bir tam serim yapısının oluşturulduğunu_x000D_ varsaymaktadır. Diğer bir ifadeyle, modellerde girdi olarak kullanılan serim yapısı, düğümler_x000D_ arası mesafelerin üçgen eşitsizliğini sağladığı tam serimdir. Bu yaklaşım genel olarak kabul_x000D_ görmekle beraber, gerçek serim ve veri yapısının modellerde doğrudan girdi olarak_x000D_ kullanılmaması, modelleme ve çözüm açısından bazı dezavantajlara sebep olmaktadır. Daha_x000D_ da önemlisi, gerçek hayatta en kısa yolların tercih edilmediği veya üçgen eşitsizliğinin_x000D_ sağlanmadığı birçok durum vardır. Söz konusu tespitlerden hareketle, literatürdeki_x000D_ yaklaşımlardan tamamen farklı olarak, tam olmayan gerçek serim yapısının modellerde_x000D_ doğrudan girdi olarak kullanıldığı tesis yeri seçim problemleri tanımlanmıştır. Projede, tesis_x000D_ yeri seçiminde klasikler arasında kabul edilmeleri ve diğer tesis yeri seçim modellerinin_x000D_ temelini oluşturmaları nedeniyle, p-ortanca ve p-hub ortanca problemleri ele alınmıştır. Bu_x000D_ problemlerin, ayrıt/düğüm kapasiteli, kapasitesiz, tek ve çoklu atama ile farklı topolojilere izin_x000D_ veren versiyonları için modeller ve çözüm yöntemleri geliştirilmiştir. Geliştirilen modeller, hem_x000D_ gerçek serim yapısı, hem de (üçgen eşitsizliğini sağlamayan dahil) tam serim yapısı ile doğru_x000D_ sonuçlar vermektedir. Geliştirilen formülasyonlarda, daha çok tesis-talep noktası atama_x000D_ kararlarına dayanan literatürdeki modellerin aksine, ayrıt tabanlı akışlar esas alınmıştır._x000D_ Modellerin çözümü için, Benders Ayrıştırma ve Lagrange gevşetme algoritmaları_x000D_ geliştirilmiştir. Modellerin ve geliştirilen algoritmaların performansları, çeşitli problemler_x000D_ kullanılarak test edilmiştir.Research Project RNA İkincil Yapılarının Çok Boyutlu Gösterimi ve Pre-Mirna Tespiti Için Uygulamaları(TUBİTAK, 2021) Saçar Demirci, Müşerref Duygu; Demirci, Yilmaz MehmetMikroRNA'lar (miRNA'lar), transkripsiyon sonrası gen ekspresyonu düzenleyicileridir. Bir_x000D_ miRNA yüzlerce haberci RNA'yı (mRNA'lar) hedefleyebildiği gibi, bir mRNA farklı miRNA'lar_x000D_ tarafından hedeflenebilir, üstelik tek bir miRNA bir mRNA sekansında çeşitli bağlanma_x000D_ bölgelerine sahip olabilir. Bu nedenle miRNA'ları deneysel olarak araştırmak oldukça_x000D_ karmaşıktır. Bu tür zorlukları aşabilmek için makine öğrenimi (ML) sıklıkla kullanılmaktadır._x000D_ ML analizinin temel kısımları büyük ölçüde giriş verilerinin kalitesine ve verileri tanımlayan_x000D_ özelliklerin kapasitesine bağlıdır. Daha önce miRNA'lar için 1000'den fazla özellik önerilmişti._x000D_ Bu projede, RNA ikincil yapısını temsil eden yeni özellikler ve yüksek doğruluk değerleri_x000D_ sağlayan, dinamik, çok boyutlu grafik gösterimini tanımlamayı hedeflemiştik. Bu çalışmada,_x000D_ ML tabanlı miRNA tahmini için yeni ve kolayca güncellenebilir bir yaklaşım geliştirilmiştir._x000D_ Bilinen insan miRNA'larının ve sözde saç tokalarının random forest (RF), support vector_x000D_ machine (SVM) ve multilayer perceptron (MLP) gibi çeşitli sınıflandırıcılarla_x000D_ sınıflandırılmasıyla binlerce model oluşturulmuştur. Yöntem insan verilerine dayanarak_x000D_ oluşturulmuş olsa da en iyi model miRBase ve MirGeneDB gibi kamu veri tabanlarından_x000D_ insan olmayan saç tokaları üzerinde test edilmiş ve yüksek skorlar üretilmiştir. Ayrıca,_x000D_ yöntemin farklı veriler üzerindeki etkinliğini göstermek için ekspresyon farkları tahmini_x000D_ (differential expression prediction) analizinde de kullanılmıştır. Bu aşamada SARS-CoV-2_x000D_ enfeksiyonunun etkisini ölçen bir veri setinin analizinden elde edilen sonuçlar yayınlanmıştır.Research Project Resveratrolün Ph+ Akut Lenfoblastik Lösemide Terapötik Potansiyeli ve Resveratrol Tarafından Tetiklenen Apoptozda Seramid Metabolizmasının Rolü(TUBİTAK, 2019) Adan, Aysun; Baran, YusufProje ile resveratrolün, Ph+ ALL hücreleri üzerindeki büyümeyi inhibe edici etkisinin_x000D_ arkasında yatan mekanizmalar, seramid metabolizmasının hedeflenmesi ve BCR-ABL_x000D_ ifadesindeki değişimler ile ilişkilendirilerek araştırılmıştır. Resveratrol, SK inhibitörü (SKI II),_x000D_ GSS inhibitörü (PDMP), SPT inhibitörü (Miriosin, Myriocin) ve resveratrol: inhibitör_x000D_ kombinasyonlarının in vitro olarak Ph+ ALL SD1 ve SUP-B15 hücreleri üzerindeki büyümeyi_x000D_ durdurucu ve apoptotik etkileri MTT hücre çoğalması testi, Aneksin-V/PI boyaması, kaspaz3, PARP ifadelerinin ve sitokrom c salınımının belirlenmesi (western blot) ile, sitostatik etki_x000D_ (hücre döngüsü üzerindeki) ise akım sitometresi (PI boyaması) ile araştırılmıştır. Resveratrol_x000D_ ve sfingolipid metabolizması enzimlerini hedefleyen inhibitör kombinasyonlarının BCR-ABL_x000D_ protein ifadesi üzerine etkisi western blot ile belirlenmiştir. Ayrıca, resveratrolün SPT, SK-1/2,_x000D_ GSS protein ifadeleri üzerindeki etkisi western blot ile belirlenmiştir. Her iki hücre hattında_x000D_ resveratrol ve SKI II ve PDMP ile kombinasyonları hücre büyümesini baskılamış, apoptozu_x000D_ tetiklemiş ve hücre döngüsünü S fazında tutmuştur. Resveratrol:Miriosin kombinasyonu ise_x000D_ hücre büyümesi ve hücre döngüsü üzerinde hücreye özgü etkiler gösterirken apoptozu her iki_x000D_ hücrede tetiklemiştir. Her iki hücre tipinde resveratol ve kombinasyonları sitokrom-c_x000D_ salınımını, kaspaz-3 kesimini ve PARP kesimini genel olarak arttırmakla beraber hücreye_x000D_ özgü değişimler de saptanmıştır. Resveratrol her iki hücrede SK-1/SK2 ve GSS ifadesini_x000D_ azaltırken SPT ifadesini arttırmıştır. Resveratrol, SKI II ve PDMP BCR-ABL ifadesini_x000D_ azaltırken Miriosin arttırmıştır. Resveratrol: SKI II ve PDMP kombinasyonları BCR-ABL_x000D_ üzerinde artışlara neden olurken Miriosin ile kombinasyon BCR-ABL ifadesini azaltmıştır._x000D_ Sonuç olarak, resveratrol seramid metabolizmasını ve BCR-ABL ifadesini düzenleyerek Ph+_x000D_ ALL üzerinde hücre büyümesini baskılamış ve apoptozu tetiklemiştir.Research Project Proses Kontrol Sistemleri İçin Kayan Kipli Kontrol Geliştirilmesi Ve Fpga-Temelli Pratik Uygulanması(2016) Ablay, Günyaz; Eroğlu, YakupDayanıklı ve etkin proses kontrol sistemleri proseslerin çalışma güvenliğini ve güvenirliğini sağlamak için endüstride en çok istenen kontrol sistemleridir. Mevcut proses kontrol yaklaşımları büyük çoğunlukla PID kontrol ve ampirik proses modelleri temellidir. Böyle klasik yaklaşımlar proses dinamiğindeki nonlineerlikler, bozucular ve parametre değişikliklerinin varlığında dayanıklılık ve performans sorunlarına neden olabilmektedir. Örneğin, Amerika Birleşik Devletleri?nde proses kontrol sistemlerinin üstesinden gelemediği anormal durumlar, yaklaşık 10 milyar dolarlık yıllık gelir kaybına neden olmaktadır. Bunun temel sebebi, klasik kontrol yaklaşımlarıyla kontrol sistemlerinin dayanıklılık sorunlarının çözülememesidir. Çünkü klasik metotlar dayanıklı olmayan yaklaşımlardır ve proseslerin iç dinamikleri ile ilgili bilgilerden yeterince faydalanamamaktadırlar. Ayrıca, kontrol yapılarındaki çok çeşitlilik ve oldukça genel akort metotlarının kullanılması proses kontrol sistemlerinin performansını düşürmektedir. Bu projede hem ayrıntılı durum-uzay modeli ile tanımlanan hem de indirgenmiş-mertebeli modeller (giriş?çıkış modelleri) ile tanımlanan prosesler için kayan kipli kontrol (KKK) metotları geliştirilmiştir. Geliştirilen KKK metotları endüstride oldukça yaygın bir şekilde kullanılan PID kontrolörler ile performans yönünden karşılaştırmalı olarak verilmiştir. Önerilen kontrol metotları, belirsizliklerin varlığında prosesin kararlılığını artırmakta ve optimuma yakın performans verebilmektedir. Geliştirilen metotların etkinliği nümerik simülasyonlar ve deneysel çalışmalar ile gösterilmiştir. Deneysel çalışmalarda DC servo sürücülü konveyör sistemi ve manyetik levitasyon sisteminin dayanıklı kontrolü yapıldı. Manyetik levitasyon teknolojisi temassız ve sürtünmesiz hareketi mümkün kıldığından özellikle yüksek hızlı trenler ve yüksek doğruluk ile çalışması gereken sistemlerde tercih edilir. Ancak sistemin doğal yapısı kararsızdır, nonlineer bir dinamiğe sahiptir ve zamanla değişen endüktans değerine sahiptir. Bu nedenle, bu projede kapsamında geliştirilen dayanıklı KKK metotları manyetik levitasyon sistemine uygulanmış ve oldukça iyi sonuçlar alındığı gösterilmiştir.Research Project Proje Yönetimi Kapsamında Serim Kesme/Önleme Modellerinin ve Çözüm Yöntemlerinin Geliştirilmesi(TUBİTAK, 2017) Akgün, İbrahimSerim/Şebeke Kesme/Önleme (Problemi (SKP)’nde, serim kullanıcısı ve önleyici olmak üzere_x000D_ birbiri hakkında yeterli bilgiye sahip iki rakip bulunmaktadır. Serim kullanıcısı, işlettiği serimi_x000D_ optimal şekilde kullanmak isterken; önleyici, serim kullanıcısının serimi etkin şekilde_x000D_ kullanmasını elindeki kısıtlı kaynaklarla önlemeye çalışır. SKP’nin, uyuşturucu trafiğini_x000D_ engellemek için timlerin konuşlandırılacağı yerlerin tespit edilmesinden hava füze savunması_x000D_ için antibalistik füzelerin yerlerinin seçilmesine, bir şehrin elektrik şebekesindeki kritik_x000D_ noktaların bulunmasından bir hastalığın yayılmasını engellemek için alınması gereken_x000D_ tedbirlere kadar çok farklı yelpazede uygulamaları mevcuttur. Diğer yandan, ortaya çıkan iki_x000D_ seviyeli matematiksel modellerin çözümü zordur ve özel yöntemlerin geliştirilmesini_x000D_ gerektirmektedir. Bu nedenlerle, SKP birçok araştırmacının ilgi odağı haline gelmiş ve bu_x000D_ durum çalışmamızın da motivasyon kaynağı olmuştur. Bu projede, SKP, özel olarak proje_x000D_ yönetimi kapsamında ele alınmıştır. Literatürde, proje şebekelerinde SKP’nin uygulanmasına_x000D_ ilişkin sadece iki çalışma bulunmaktadır. Her iki çalışmada, temel ve hızlandırılmış CPM_x000D_ modelleri esas alınmıştır. Proje şebekelerinin çok farklı türleri olduğu ve çok geniş bir_x000D_ yelpazede uygulama alanının olması hususları birlikte değerlendirildiğinde, literatürde çok_x000D_ önemli bir boşluk olduğu görülmektedir. Bu çalışmanın amacı da, söz konusu tespitten_x000D_ hareketle, proje şebekelerinde önleme konusuna sistematik ve bütüncül bir yaklaşım_x000D_ geliştirmektir. Bu bağlamda, modelleme açısından birbirinden farklılıklar arz eden proje_x000D_ şebekeleri için önleme modelleri ve çözüm yöntemleri geliştirilmiştir. Çalışmada, temel ve_x000D_ hızlandırılmış CPM, zaman/maliyet takas problemi kapsamında CPM, yenilenebilir kaynak_x000D_ durumunda CPM ve PERT tabanlı proje şebekeleri ele alınmıştır. Anılan problemler için, ilk_x000D_ olarak iki seviyeli (maks-min) önleme modelleri geliştirilmiştir. Müteakiben, iki seviyeli_x000D_ modellerin bazıları, dualite özelliğinden istifade edilerek, optimizasyon programları ile_x000D_ çözülebilecek tek seviyeli hale getirilmiştir. Dualite özelliğinin kullanılamadığı problemler için,_x000D_ ayrıştırma algoritmaları geliştirilmiştir. Modeller ve ayrıştırma algoritmaların performansları,_x000D_ çeşitli problemler kullanılarak test edilmiştir.Research Project Pi3k-Akt-Mtor Yolağı Ve Histon Deasetilaz Enzimlerinin Hedeflenmesinin Akut Myeloid Lösemi Hücreleri Üzerine Antitümör Etkisinin Incelenmesi(TÜBİTAK, 2022) Gencer Akçok, Emel Başak; Şansaçar, Merve; Karaca, Münevver; Okur, TuğbaAkut Miyeloid Lösemi (AML), periferik kan, kemik iliği, dalak ve karaciğerde blast adı verilen_x000D_ olgunlaşmamış miyeloid hücrelerin birikmesiyle karakterize edilen ve sonunda hematopoietik_x000D_ maligniteye yol açan bir hastalıktır. Genetik anormalliklerin yanı sıra PI3K/AKT/mTOR, Wnt,_x000D_ Notch, STAT3, Hedgehog gibi önemli hücresel yolakların AML patogenezinde rol oynadığı_x000D_ bildirilmiştir. Histon deasetilaz (HDAC) inhibitörleri, AML için umut verici antikanser aktiviteye_x000D_ sahiptir. Çalışmada, PI3K/AKT/mTOR yolunun inhibisyonunun ve HDAC inhibisyonunun farklı_x000D_ AML alt gruplarının hücre hatları olan MOLM-13 ve CMK hücre hatları kullanılarak bu_x000D_ hastalığın altında yatan moleküler mekanizma üzerindeki etkisinin araştırılması amaçlamıştır._x000D_ Bu amaçla PI3K inhibitörü LY294002 ve HDAC inhibitörleri (SAHA, PCI-3501 ve Tubastatin A)_x000D_ ve bunların kombinasyonlarının etkisi incelenmiştir. Hücre proliferasyonu MTT hücre_x000D_ sitotoksisite testi ile apoptoz oranları ise Annexin-V/PI çift boyama yöntemi ile belirlenmiş,_x000D_ ilaçların hücre döngüsüne olan etkileri de PI boyaması ile belirlenmiştir. Otofaji belirteci olan_x000D_ LC3B protein seviyesi moleküler düzeyde western blot ile doğrulanmıştır._x000D_ Kullanılan inhibitörler her iki hücre hattı üzerinde düşük mikromolar konsantrasyonda hücre_x000D_ canlılığını azaltmıştır. Sonuçlar LY294002+SAHA kombinasyon tedavisinin MOLM-13_x000D_ hücrelerinde hücre proliferasyonunu %50, CMK hücrelerinde ise %25 azalma gösterdiği_x000D_ belirlenmiştir. LY294002+Tubastatin A tedavisi, MOLM-13 ve CMK hücrelerinde hücre_x000D_ proliferasyonunu sırasıyla %65 ve %40 oranında azalttığını göstermiştir. Sonuçlarımız,_x000D_ LY294002 ve HDAC inhibitör kombinasyonlarının kontrol hücrelerine kıyasla MOLM-13_x000D_ hücrelerinde G1 fazı tutuklanmasıyla sonuçlandığını gösterdi. Öte yandan, LY294002+SAHA,_x000D_ LY294002+PCI-3501 ve LY294002+Tubastatin A kombinasyonları ile tedavi edilen CMK_x000D_ hücreleri, sırasıyla G2/M, G2/M ve G1 fazında tutuklanmıştır. Kombinasyonların apoptotik_x000D_ hücre ölümü üzerine etkisine bakılmış, LC3BII/I protein ifade düzeyi kombinasyon tedavisi_x000D_ sonucunda incelenmiştir._x000D_ HDAC enzimlerinin hem AML hem de farklı kanserler üzerindeki etkileri düşünüldüğünde,_x000D_ HDAC inhibisyonu AML için önemli ve yüksek potansiyelli bir hedeftir. Bu nedenle_x000D_ PI3K/AKT/mTOR yolağı ve HDAC'lerin farklı alt gruplarda inhibisyonunun araştırılması,_x000D_ AML'nin patogenezine yol açan mekanizmalar hakkında fikir verebilir. Sonuç olarak,_x000D_ PI3K/AKT/mTOR ve HDAC'nin bu inhibisyonunun, AML'nin ortadan kaldırılmasıyla_x000D_ sonuçlanan daha spesifik bir kombinasyon hedefli tedaviye yol açacağı umulmaktadır.Research Project Nanotanecikler İçeren Yüksek Miktarda Doğal Puzolan Katkılı Çimentolar: Özellikler, Hidratasyon ve Hamur İç Yapısı(TUBİTAK, 2015) Uzal, Burak; Korkanç, Mustafa; Karahan, OkanÇimento sektörü dünya genelinde atmosfere salınan CO2 gazının %7’sinden tek başına_x000D_ sorumludur. Çimento sektörü odaklı CO2 emisyonlarının azaltılabilmesinde en etkin yol,_x000D_ çimentolardaki mineral katkı kullanım oranının yükseltilebilmesidir. Bunun önündeki en büyük_x000D_ engel göreceli olarak yüksek miktarda mineral katkılı çimentoların geç priz süreleri, düşük_x000D_ dayanımları ve yüksek büzülme eğilimleridir. Son yıllarda nanoteknolojiye olan ilgi artışıyla_x000D_ beraber, nanotaneciklerin çimento sistemlerinde kullanımına yönelik çalışmalar dikkat_x000D_ çekmektedir._x000D_ Bu projede yüksek miktarda doğal puzolan içeren çimentolara nanotanecik ilavesinin, farklı_x000D_ doğal puzolan tiplerine de bağlı olarak, bu çimentoların hidratasyonu, hamur iç yapısı ve_x000D_ özellikleri üzerindeki etkisi irdelenmiştir. Yirmi üç farklı doğal puzolanik malzemeden türlerini_x000D_ en iyi şekilde yansıtacak şekilde seçilen bir zeolit, bir pomza ve bir volkanik tüfün her birisi,_x000D_ ağırlıkça %50 oranında Portland çimentosuna ikame edilerek katkılı çimentolar hazırlanmıştır_x000D_ (toplam 20 farklı çimento kompozisyonu). Bu çimentolara %1 ve %2 oranlarında nanoCaCO3 ve nano-SiO2 tanecikleri ilave edilerek, çimentoların hidratasyonu, hamurların iç_x000D_ yapısı ve harç özellikleri incelenmiştir. Bu kapsamda izotermal kalorimetreyle hidratasyon_x000D_ kinetiği, taze hamurların vizkositesi, termal analizle sertleşmiş hamurların kalsiyum hidroksit_x000D_ ve bağlanmış su içerikleri, elektron mikroskobuyla iç yapı gözlemleri, harçların dayanımları_x000D_ ve büzülme (rötre) ölçümleri gerçekleştirilmiştir._x000D_ Yapılan deneysel çalışmaların sonucunda nanotanecik ilavesinin, yüksek miktarda doğal_x000D_ puzolan içeren çimentoların başta hidratasyon kinetiği (reaksiyon hızı ve açığa çıkan_x000D_ hidratasyon ısısı) olmak üzere, iç yapısını mikro ve nano düzeyde modifiye ettiği tespit_x000D_ edilmiştir. Çimento harçlarında %19’a varan oranlarda basınç dayanımı artışları ile_x000D_ büzülmelerde belirgin düşüşler gözlenmiş ve bu durumun nanotanecik ilavesiyle hamur iç_x000D_ yapısının gözenek boyut dağılımında meydana gelen yoğunlaşmayla ilgili olduğu_x000D_ değerlendirilmiştir.Research Project Mikro Şebeke Dizaynı, Geliştirilmesi Ve Gösterilmesi(TUBİTAK, 2020) Önen, Ahmet; Alan, İrfan; Alboyacı, BoraBu projede Malta da bulunan MCAST (ve daha sonra eklenen Yunanistan da bulunan_x000D_ CERTH araştırma merkezi kampüsünün) üniversitesinin elektrik şebekesini mikro şebeke_x000D_ olarak çalıştırılması konusunda yapılan simülasyonlar ve bu simülasyonların şebekede ki_x000D_ sonuçları gösterilmektedir. Proje de sekonder ve tersiyer kontrol metotları geliştirilerek mikro_x000D_ şebeke optimum işletilmesi amaçlanmıştır. Bu metotlar şebeke bağlantı modundan ada moda_x000D_ geçişlerin başarılı bir şekilde yapılmasından, işletme maliyetini minimuma indirilmesine ve yan_x000D_ hizmetlere sunulan faydaları içermektedir. Bu metodlar geliştirilirken mikro şebekenin_x000D_ davranışı analiz edilmiş ve kesikli ve belirsiz PV entegrasyonuna göre adepte edilerek_x000D_ güncellenmiştir. Pv lerin kesikli ve belirsiz davranışı depolama sistemlerinin durumu, dizel_x000D_ jeneretörlerin varlığı, yüklerin kontrol edilibilir/edilemez olması gibi birçok değişken de dikkate_x000D_ alınarak reel zamanda cevap veren kontrolcülerin geliştirildiği bir çalışma olmuştur. Reel_x000D_ zaman da çalışabilen kontrolcü tasarımında hem MATLAB araçları geliştirilmiş hemde GAMS_x000D_ ortamında da optimizasyon sonuçları ile karşılaştırılmıştır. Bu projenin gerek ülkemiz için_x000D_ gerekse tüm mikro şebeke geliştiricilere örnek olacağı düşünülmektedir. Proje kapsamında bir_x000D_ yüksek lisans tezi, bir tam ve bir de kısmi doktora öğrencisi destklemesi ve birde post-doc_x000D_ araştırmacı için ise temel teşkil etmesi açısından da akademik boyutta istenilen hedeflere_x000D_ ulaşılmıştır.