Yüksek Lisans Tezleri

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/5799

Browse

Filters

2017 - 201992020 - 202621

Settings

Subject: search.filters.subject.Bioengineering

Search Results

Now showing 1 - 10 of 30
  • Master Thesis
    Üç boyutlu kültürde mezenkimal kök hücre ile diyabetik ülser iyileşmesinin moleküler temelinin ortaya çıkarılması
    (2026) Öztürk, Esengül; Çalışkan, Mesude Biçer
    Diyabetik ayak ülserleri (DFU), diyabetin uzun vadede oluşturduğu bir rahatsızlık türüdür ve kalıcı inflamasyona, bozulmuş anjiyogeneze ve ekstrasellüler matriks (ECM) disfonksiyonuna neden olur, hatta ampütasyon ile sonuçlanabilir. Mezenkimal kök hücrelerin (MKH) rejeneratif ve immünomodülatör yetenekleri sayesinde diyabetik yara tedavisinde güçlü stratejilerden biri olarak önerilmektedir; ancak, bu iyileşmeyi sağlayan moleküler yollar hala belirsizdir. Bu tez, NCBI-GEO veri tabanından elde edilen (GSE143735, GSE199939 ve GSE217709) transkriptomik veri kümelerinin analizini içermektedir. Birincil amaç, DFU'lar ve MKH aktivitesiyle ilişkili, farklı şekilde ifade edilen genlerin (DEG'ler) belirlenmesidir. İleri biyoenformatik analizler, temel olarak inflamatuar düzenleme ECM yeniden şekillenmesi ve anjiyogenezde rol oynayan dört çekirdek merkez genin (CXCL1, MMP9, THBS1 ve POSTN) tanımlanmasını sağladı. Bu sonuçları doğrulamak için, L929 fare fibroblastları yüksek glikoz (YG) ortamında kültürlendi. Ardından yalnızca MKH ve MKH+üç boyutlu (3B) bir kültür platformuyla tedavi edildi. HG, fibroblast fonksiyonunu ve merkez genlerin ekspresyonu inhibe ederken, MKH'ler, özellikle 3B ortamda fibroblast canlılığını ve genlerin ekspresyonunu önemli ölçüde geri kazandırdı. Genel olarak, bu çalışma, DFU'ların bir özelliği olan bozulmuş fibroblast fonksiyonuna yeni bir bakış açısı sunmakta ve 3B-MKH tabanlı sistemlerin hücresel onarım yanıtlarını etkili bir şekilde artırabileceğini göstermektedir.
  • Master Thesis
    Biotechnological Production of Pyrazinamide Using Escherichia Coli Host Organism
    (2026) Durak, Fatma; Fidan, Özkan
    Tüberküloz (TB), esas olarak Mycobacterium tuberculosis (Mtb) tarafından kaynaklanan ve genellikle enfekte bir birey tarafından salınan havadaki damlacıklar yoluyla taşınan bir hastalıktır. İnsanlık yüzyıllardır TB ile mücadele etmektedir ve en ölümcül hastalıklardan biri olarak kabul edilir. Çeşitli tedavi yöntemleri bulunmaktadır ve pirazinamid (PZA) etkili anti-tüberküloz ajanlarından biridir. Günümüzde, PZA üretimi ağırlıklı olarak kimyasal senteze dayanmaktadır fakat bu üretim yaklaşımı sürdürülebilir ve çevre dostu değildir. Bu nedenle, mikrobiyal üretim yöntemleri kimyasal senteze alternatif bir yaklaşım sunmaktadır. Bu çalışmada, PZA üretimi için substrat olarak pirazin ve pirazinoik asit (POA) kullanılmış; ve üç farklı enzim aracılığıyla biyotransformasyon gerçekleştirilmiştir. Pirazinin POA'ya dönüştürülmesi için 3-oktaprenil-4-hidroksibenzoat dekarboksilaz (RpUbiD) ve flavin preniltransferaz (RpUbiX) kullanılırken, POA'nın PZA'ya dönüşümünde benzamid sentaz (SmNspN) rol oynamıştır. Bu enzimleri kodlayan genler, Gibson klonlama ve restriksiyon–ligasyon klonlama yöntemleri kullanılarak Escherichia coli (E. coli) plazmitlerine klonlanmıştır. Daha sonra, ekpres edilen proteinler SDS-PAGE ile doğrulanmış ve biyotransformasyon işlemi gerçekleştirilmiştir. Biyotransformasyon ürünlerini analiz etmek için ince tabaka kromatografisi (TLC) ve yüksek performanslı sıvı kromatografisi (HPLC) teknikleri kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre, hedef proteinlerin büyük bir kısmı çoklu optimizasyon denemelerine rağmen çözünmeyen fraksiyonlar olarak elde edilmiştir. İlk HPLC sonuçları POA ile uyumlu görünse de, sonraki analizler sinyalin muhtemelen kolon kaynaklı olduğunu göstermiştir. Pirazinin POA'ya dönüşümü doğrulanamasa da, bu sonuçlar biyodönüşüm koşullarının optimize edilmesi için bir temel oluşturmaktadır.
  • Master Thesis
    Akut Miyeloid Lösemide SYK Enziminin Hedeflenmesi: Bi 1002494'ün In Silico İlaç Yeniden Konumlandırımı ve İşlevsel Doğrulaması
    (2025) Tekden, Şevket Oğuzhan; Akçok, Emel Başak Gencer; Akçok, İsmail
    Akut miyeloid lösemi (AML), kemik iliğindeki miyeloid hücrelerin denetimsiz biçimde büyümesi ve çoğalmasıyla tanımlanan bir kan kanseri türüdür. Sağaltım için radyoterapi gibi yöntemlere başvurulsa da bunların sınırlı başarı oranlarına iye olması, başka hedefe yönelik sağaltım çalışmalarını zorunlu kılmaktadır. AML ile ilişkili olduğu bilinen dalak tirozin kinaz (Syk) enzimi hücre içi sinyal iletiminde önemli bir enzimdir. Syk'de oluşabilecek bozukluklar, AML'nin ortaya çıkması üzerinde oldukça etkilidir. Bu nedenle Syk odaklı kullanılan inhibitörler AML açısından umut vericidir. Çalışmada opnMe veri tabanındaki aday molekül üzerinde in silico moleküler kenetleme gerçekleştirilmiş ve yüksek bağlanma eğilimi gösteren 'BI 1002494' Syk inhibitörü seçilerek, hedefe yönelik bir 'ilaç yeniden konumlandırma' gerçekleştirilmiştir. Syk'nin katalitik bölgesi, Escherichia coli bakterilerinde rekombinant olarak üretilmiş ve His-işaretli Ni-NTA afinite kromatografi yöntemi ile katalitik bölge saflaştırılmıştır. Saflaştırılan proteinin varlığı Western Blot (WB) yöntemiyle doğrulanmış ve Termal Kayma Deneyi (TSA) ile inhibitörün protein üzerindeki moleküler düzeyde etkileri araştırılmıştır. Hücresel etkinlik tespiti için, MOLM-13 ve K562 hücre hatlarında MTT sitotoksisite deneyleri gerçekleştirilmiş, BI 1002494'ün hücre çoğalmasını baskıladığı, elde edilen verilerin FDA onaylı Syk inhibitörü R406 ile benzer düzeylerde olduğu gözlemlenmiştir. Sonuçlar, BI 1002494'ün AML'ye karşı olası sağaltıcı bir Syk inhibitörü olduğunu göstermektedir. Bu çalışma, ilaç yeniden konumlandırma kapsamında hedefe odaklı, bilgisayar tabanlı sağaltım yaklaşımlarına değerli katkılar sunmaktadır.
  • Master Thesis
    Design and Identification of Novel Candidates Against the Tyrosine Kinase Domain of ALK by Comprehensive in Silico Approaches
    (2025) Sarı, Ceyhun; Akçok, İsmail
    Anaplastik büyük hücreli lenfoma hücre hatlarında füzyon protein ortağı olarak keşif edilen Anaplastik Lenfoma Kinaz'ın (ALK), keşifinden bu yana ALK çeşitli füzyon ortakları ile çok sayıda kanserde rol oynadığı ortaya çıkmıştır. Rol oynadıkları kanser şu şekilde sıralanabilir: küçük hücreli olmayan akciğer kanseri (NSCLC); anaplastik büyük hücreli lenfoma (ALCL); nöroblastom; rabdomiyosarkom; vb. Son yılda, ABD Gıda ve İlaç Dairesi (FDA) ALK'yi hedefleyen birçok bileşik onay almıştır. Bu gelişmelere rağmen, yakın zamanda yapılan bir çalışma ALK pozitif NSCLC hastalarının yaklaşık yarısının hastalık ilerlemesi yaşanacağını vurgulanmıştır, başlangıç tedavisi olan Alectinib, ikinci nesil ALK inhibitörü ve üçüncü nesil ALK inhibitörü Lorlatinib rağmen. Bu noktaları göze alarak, bu çalışma ALK'nin tirozin kinaz alanını hedefleyebilecek yeni bileşikler keşfetmek ve geliştirmek için iki farklı yola odaklanmıştır. İlk yaklaşım olarak 200'den fazla α-carboline türevi tasarladık. Devamında moleküler yanaştırma (Docking), moleküler dinamik (MD) simülasyonlarını MM/PBSA ile serbest bağlanma enerjisi hesaplamalarından oluşan in silico protokolleri kullanarak tasarımlarımızın hedefimize karşı bağlanma özelliklerini araştırdık. İkinci yaklaşım olarak büyük bir doğal ürün veritabanını aynı amaca yönelik yeni bir ilaç adayı keşfetme adına sanal olarak taradık. Devamında bağlanma özelliklerini ilk yaklaşımda kullanılan yöntemlerle inceledik. Elde edilen bütün sonuçları göz önünde bulundurarak, sonuçlar takip eden şekilde özetlenebilir. Üç umut verici ilaç adayı aralarından yükselmiştir test edilen bileşikler arasında, bileşik 208, 209 ve CNP0106316.1. Serbest bağlanma enerjileri ise sırasıyla -9.08, -9.80 ve -11.6 kcal/mol olarak bulunmuştur. Ek olarak, ismi geçen bileşikler ilgili MD simülasyonlarında stabil bağlanma profilleri göstermişlerdir.
  • Master Thesis
    Kanser Tedavisi için HDAC6 ve ALK'yi Hedef Alan İkili Hsp90 İnhibitörlerinin İn Siliko Keşfi
    (2025) Yücel, Muhsin Samet; Akçok, İsmail
    Isı şoku proteini 90 (Hsp90), histon deasetilaz 6 (HDAC6) ve anaplastik lenfoma kinaz (ALK), protein homeostazını ve hücresel süreçleri düzenlemedeki birbiriyle bağlantılı rolleriyle kanser araştırmalarında önemli terapötik hedeflerdir. Bu proteinlerin sitozolik kompleks içindeki etkileşimi, kanser hücresinin hayatta kalmasını ve ilerlemesini düzenlemede kritik bir rol oynar. Özellikle, güncel çalışmalar, Hsp90-HDAC6 veya Hsp90-ALK'nin eş zamanlı inhibisyonunun sinerjik etkiler üretebileceğini ve kötü huylu kanserlerle mücadele için umut verici bir terapötik potansiyel sunabileceğini vurgulamaktadır. Bu tezin amacı, hem Hsp90-HDAC6 hem de Hsp90-ALK proteinlerini inhibe edebilen potansiyel bileşikleri keşfetmektir. Bu amaçla, bir dizi in-silico hesaplama tekniği kullanıldı. Hsp90-HDAC6 bölümü için, ZINC veri tabanından benzerlik filtrasyonu ile 791 molekül ve COCONUT veri tabanından 5 kriterli Lipinski kuralı ile 361.179 bileşik Hsp90-ALK bölümü için seçildi. Seçilen ligandlar sorumlu protein yapıları üzerinde yerleştirmeye tabi tutuldu. Her iki hedefe karşı en iyi bağlanma skorlarını gösteren en iyi ligandlar, referanslarıyla birlikte daha ileri analizler için kullanıldı. Daha sonra, seçilen ligandlar üzerinde ADME tahmini ve moleküler dinamik simülasyonları gerçekleştirildi. Tüm analizlerin tamamlanmasının ardından, ayrıntılı bir in-silico değerlendirmesi, Hsp90-HDAC6 bölümünde ZINC27653366'nın ve Hsp90-ALK bölümünde CNP0264442.1'in en yüksek inhibitör potansiyelini gösterdiğini ve bunları en umut verici inhibitörler haline getirdiğini ortaya koydu.
  • Master Thesis
    Fabrication and Characterization of Hemostatic Chitosan Gelatin Cryogel Containing Verbascum Thapsus Extract and Investigation of Hemostatic Effect
    (2025) Uzuner, Hacernur; İşoğlu, İsmail Alper
    Kanama, insan yaşamı için en büyük tehditlerden biridir ve travma ölümlerinin yaklaşık %40'ına sebep olur. Farklı polimerlerin kombinasyonundan oluşan yeni ve biyoaktif hemostatik biyomalzemeler son yıllarda büyük ilgi görmeye başlamıştır. Bu çalışmada, Verbascum thapsus özütü içeren hemostatik kitosan/jelatin kriyojel üretilerek, morfolojik, kimyasal ve biyolojik olarak karakterize edilmiştir ve in vitro araştırılmıştır. Kriyojeller özgün gözenekli yapısı, hızlı sıvı absorpsiyonu ve hücre infiltrasyon özellikleri nedeniyle hemostatik uygulamalar için oldukça uygundur. Kitosan ve jelatin fonksiyonel grupları aracılığıyla trombosit yapışmasını ve agregasyonunu artırırken, VT özütünün kullanımı, içeriğindeki bileşenlerle biyoaktivitesi artarak pıhtı oluşumunu hızlandırarak kanama süresini kısaltır. SEM ile 225 ile 478 µm arasındaki ortalama gözenek çaplarına sahip, birbirine bağlı, makro gözenekli yapı gözlemlendi. Kriyojeller %3500'lük yüksek oranlarda şişme gösterdi. V. thapsus içeren kriyojeller, E. coli'ye karşı %89'a ve S. aureus'a karşı %78'e kadar bakteriyel inhibisyon gösterdi. Kriyojellerin hücre canlılığı bir insan fibroblast hücre hattı ile test edildi. Kriyojellerin kan uyumluluğu %1'lik hemoliz oranı ile kanıtlandı. V. thapsus özütünün hemostatik aktivitesi in vitro tam kan pıhtılaşma testi ile araştırıldı. Kitosan/jelatin kriyojellerin kan pıhtılaşma indeksi (BCI), V. thapsus özütü eklenerek 11,9'dan 6,5'e düşürüldü ve pıhtılaşma süresi azaltıldı. V. thapsus özütü içeren kitosan/jelatin kriyojeller, kontrolsüz kanama uygulamaları için büyük hemostatik potansiyel gösterdi.
  • Master Thesis
    Biyomedikal ve Optik Uygulamalar için Bitki Aracılı Sürdürülebilir Nanomalzemeler
    (2025) Akcan, Dilber; Erdem, Zeliha Soran
    Bitki aracılı nanomalzemeler biyomedikal ve optik çalışmalarda önemli bir ilgi görmüştür. Bu nedenle, biyomedikal ve optik uygulamalarda iki farklı bitki özütünü (Hypericum Perforatum ve Peganum Harmala) araştırdık. Bu tezin ilk bölümünde, çevre dostu yeşil sentez yöntemi ile Hypericum Perforatum kullanarak çinko oksit nanopartikülleri (ZnO NP'leri) sentezledik. Nanopartiküller UV-Vis spektroskopisi, X-ışını kırınımı (XRD), taramalı elektron mikroskobu (SEM) kullanılarak karakterize edildi. Bu nanopartiküllerin antikanser etkisi, hücre kültürü çalışmalarıyla insan karaciğer kanseri hücresinde (Hep-G2) test edildi. Son olarak, bu ZnO NP'ların anti bakteriyel aktivitesi çalışıldı. Hücre kültürü çalışmaları, hücre canlılığının nanoparçacık dozuna bağlı bir inhibisyonu olduğunu ve daha yüksek konsantrasyonlarda belirgin sitotoksik etkisi olduğunu gösterdi. Bu çalışmayla çinko oksit nanoparçacıklarının karaciğer kanseri tedavisi için terapötik olarak son derece yüksek potansiyele sahip olduğunu gösterdik. Bu tezin ikinci bölümünde, Peganum harmala özütü kullanarak kâğıt bazlı renk dönüştürücüler tasarladık. Bitki özütünün katı haldeki yüksek kuantum verimi nedeniyle, bitki özütünden elde edilen floresan biyomoleküller kristal bazlı (sükroz ve KCl kristalleri) ve selüloz elyaf bazlı (pamuklu pedler ve kurutma kağıtları) matrislere gömüldü. Optil karekterizasyonlar, lif kağıtlarının yüksek kuantum verimliliğine sahip olduğunu gösterdi. Konseptin kanıtı olarak, P. harmala özütü gömülü lif kâğıdı bir LED üzerinde renk dönüştürücü olarak kullanıldı ve 21.9 lm Welect−1 ışıma verimliliğinde mavi renkte ışıyan bir cihaz elde edildi. Sonuçlar, bu çevre dostu bitki bazlı malzemelerin, uygun maliyetli ve sürdürülebilir alternatifler olarak şu anda kullanılan renk dönüştürücülerin yerini alabileceğini gösterdi.
  • Master Thesis
    Tarımsal-Endüstri Atıkları Üzerinde Yetiştirilen Trichoderma Harzianum Kullanılarak Bitki Patojenlerine Karşı Sürdürülebilir Bir Biyofungisit Geliştirilmesi
    (2025) Serin, Didem Bayraktaroğlu; Fidan, Özkan
    Tarım uygulamaları, birçok endüstri için özellikle de gıda üretimi için hayati öneme sahiptir. Tarımsal ürünler, yetiştirme sürecinden tüketime kadar olan tedarik zinciri boyunca her yıl %80 ürün kaybıyla sonuçlanabilen çeşitli zorluklarla karşılaşmaktadır. Ürün kaybını en aza indirmek için çeşitli çözüm stratejileri geliştirilmiş olsa da yaygın olarak kullanılan kimyasal ürünler canlılara ve çevreye zarar vermektedir. Kimyasalların yan etkilerini ortadan kaldırmak için biyolojik alternatiflerin kullanımı önemle teşvik edilmektedir. Trichoderma harzianum, mikoparazitizm, besin ve alan için rekabet avantajı ve antimikrobiyal sekonder metabolit üretimi gibi antagonistik aktiviteleri ile bitki gelişimini destekleyici özellikleri sayesinde iyi bilinen bir biyokontrol ajanıdır. Bu çalışmada, T. harzianum'un, Fusarium solani, Rhizoctonia solani, Aspergillus welwitschiae, Colletotrichum coccodes ve Botrytis cinerea olmak üzere beş fitopatojene karşı antifungal aktiviteleri ortaya konulmuştur. Ayrıca, T. harzianum tarafından üretilen uçucu ve uçucu olmayan organik bileşiklerin söz konusu patojenler üzerindeki etkileri değerlendirilmiştir. En güçlü inhibisyon %96,76 ile C. coccodes'e karşı gözlemlenmiştir, benzer şekilde diğer fitopatojenlere karşı da umut verici antagonistik aktivitesi bulunmuştur. Bitki gelişimini teşvik edici özellikleri de incelenmiş ve indol-3-asetik asit ile siderofor üretimi gözlemlenmiştir. Bunun yanı sıra, T. harzianum'un inkübasyonu için sürdürülebilir ve çevre dostu bir yaklaşım olarak, ayrıca tarımsal-endüstri atıklarının değer kazanımına ve döngüsel ekonomiye katkı sağlayan elma posası bazlı bir besiyeri ortamı oluşturulmuştur. Elde edilen bulgular, T. harzianum'un çevre dostu bir biyofungisit ve biyogübre adayı olarak tarımda kullanılabilirliğini desteklemektedir. Anahtar kelimeler: Biyofungisit, T. harzianum, Elma Posası, Fitopatojenler, Mikoparazitizm
  • Master Thesis
    Centella Asiatica Ekstraktı İçeren Çift Katmanlı Elektro Eğrilmiş Yara Örtüsü
    (2019) Koç, Nuray; İşoğlu, İsmail Alper
    Elektroeğirme yöntemi ile hazırlanan, ekstra sellülar matrisin doğal yapısını taklit eden inovatif ve biyoaktif yara örtüleri geleneksel yara bakım uygulamalarına alternatif olarak önemli bir ilgi kazanmaktadır. Bu çalışmada, elektroeğirme yöntemi ile kuaterner poli(4-vinil piridin) bir üst katmana, Centella Asiatica (CA) ekstratı içeren poli(D,L-laktik-ko-glikolik asit) (PLGA)/poli(3-hidroksibütirat-ko-3-hidroksi valerat) (PHBV) bir alt katmana sahip çift katmanlı bir yara örtüsü üretilmiştir. Elektroeğrilmiş membranların uniform ve boncuksuz fiber yapıları taramalı elektron mikroskop (SEM) kullanılarak gösterilmiştir. CA ekstraktı içeren PLGA/PHBV membranların ortalama fiber çapları 0,471±0,11 μm olarak hesaplanırken, elektroeğrilmiş poli(Q-VP) membranların ortalama fiber çapları 0,460±0,057 μm olarak bulunmuştur. Kimyasal, termal ve mekanik özellikleri, elektroeğrilmiş membranların absorbsiyon kapasitesi ve ayrıca PLGA/PHBV membranlardan CA ekstraktının kümülatif salımı araştırılmıştır. Elektroeğrilmiş membranlar üzerinde insan fibroblast hücrelerinin önceden belirlenen günler için canlılık, yapışma ve tutunma testleri colorimetric CellTiter 96® AQueous One Solution Cell Proliferation Assay (MTS assay) ve SEM ile gösterilmiştir. Sonuçlar, CA içeren çift katmanlı elektroeğrilmiş yara örtüsünün insan fibroblast hücrelerinin tutunma ve çoğalmasına olanak sağladığını göstermiştir. Bu sebepten, CA ekstraktı içeren çift katmanlı yara örtüsünün yara bakımı uygulamaları için umut verici bir potansiyele sahip olduğu değerlendirilmiştir.
  • Master Thesis
    Centella asiatica extract containing bilayered electrospun wound dressing
    (Abdullah Gül Üniversitesi, 2019) KOÇ, NURAY; İşoğlu, İsmail Alper
    Innovative and bioactive wound dressings prepared by electrospinning mimicking the native structure of the extracellular matrix (ECM) have gained significant interest as an alternative to conventional wound care applications. In this study, bilayered wound dressing material was produced by sequential electrospinning of quaternized poly(4- vinyl pyridine) (upper layer) on the Centella Asiatica (CA) extract containing electrospun poly(D, L-lactide-co-glycolide) (PLGA)/poly(3-hydroxybutyrate-co-3- hydroxy valerate) (PHBV) blend membrane (lower layer). Scanning electron microscopy (SEM) was utilized to show a uniform and bead-free fiber structure of electrospun membranes. The average diameter of CA extract containing electrospun PLGA/PHBV blend membrane was calculated 0.471±0.11 µm, whereas the average fiber diameter of electrospun poly(Q-VP) membranes was in the range of 0.460±0.057 µm. Chemical, thermal, mechanical properties, and adsorption capacity of electrospun membranes, as well as the cumulative release of CA from the electrospun PLGA/PHBV membrane, were investigated. Viability, adhesion, and attachment of human fibroblast cells on the electrospun membranes on pre-set days were evaluated by the colorimetric CellTiter 96® Aqueous One Solution Cell Proliferation Assay (MTS assay) and SEM. Results revealed that CA loaded bilayered electrospun wound dressing showed promoted attachment and proliferation of fibroblasts. Hence, it can be concluded that CA extract containing bilayered electrospun wound dressing prepared in this study has a promising potential for wound healing applications.