Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/5799
Browse
195 results
Search Results
Master Thesis 32-mer MaSP1 Geninin pBbB6c Plazmid Vektörüne Klonlanması ve Escherichia Coli NEB 10-beta'ya Transformasyonu(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2023) Benk, Ruveyda; Ortakcı, Fatih; Öz, YahyaThe main purpose of my thesis was to clone Masp1 spider silk protein encoding gene from dragline type spider into E.coli NEB 10-beta organism. The recombinant microbial production of spider silk protein and converting it into a fiber format would ultimately produce a biomaterial also called as biosteel with high toughness and elasticity whereas low density compared to Kevlar, steel and carbon fiber. For this purpose, the gene encoding the dragline spider protein (MaSP1) was cloned into E. coli NEB 10-beta using recombinant molecular methods. First, 8-mer MaSP1 was synthesized and cloned via pGSI high copy cloning vector by sticky end cutting with restriction enzymes of KpnI,Kpn2I followed by heat-shock transformation into E.coli. Second, we performed restriction of the 8-mer plasmid by NheI and Kpn2I to extract the 8-mer. Later, the restriction was performed by SpeI and Kpn2I to obtain linearized pGSI containing 8-mer Masp1. A ligation was applied to merge 8-mer and pGSI plasmid carrying 8-mer Masp1 to achieve 16-mer Masp1 containing pGSI. Again, this plasmid was heat-shock transformed into E.coli. Following the same restriction 32-mer Masp1 containing pGSI plasmid was achieved. Finally, 32-mer Masp1 fragment was cut from pGSI cloning vector and ligated to pBbB6c low copy expression plasmid followed by electroporation into E.coli. The band size of 32-mer Masp1 gene was aligned between 3 kb and 5 kb which is an agreement with the calculated size of 32-mer Masp1 gene. Future studies should focus on the expression of Masp1 and the efficient production of this valuable recombinant protein under bioreactor conditions with cutting edge bioprocessing techniques.Master Thesis 3D Biyobaskı Parametrelerinin PCL İskelesinin Basılabilirliği ve Mekanik Davranışı Üzerindeki Etkisi(Abdullah Gül Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü, 2023) Ceylan, Saniye Aylin; İşoğlu, İsmail AlperPolycaprolactone (PCL) is a synthetic polymer that exhibits desirable properties such as biodegradability, tolerable mechanical properties, and biocompatibility for a diverse range of tissue engineering applications. In this study, we analyzed the effects of polymer concentration (10%, 25%, 50% and 75% w/v), solvent effect (dichloromethane, chloroform and acetic acid), and device parameters (pressure, speed, nozzle-surface distance, nozzle gauge, infill density) on printed scaffolds fabricated through 3D Bioprinting. Scanning electron microscopy (SEM) and optical microscopy were used to assess printability, and uniaxial tensile testing was performed to evaluate mechanical behavior. The aim of this study was to investigate the effects of different printing speeds (5 mm/s, 10 mm/s, and 15 mm/s) on the mechanical properties of PCL_DCM and PCL_CF scaffolds. The scaffolds printed at the lowest speed exhibited the highest ultimate tensile strength (UTS) values. Scaffolds printed at 5 mm/s with the highest printing pressure (480 kPa) demonstrated a remarkably high Young's modulus of 39.69 MPa and a UTS value of 6.4 for PCL_DCM, as well as Young's modulus of 26.80 MPa and a UTS value of 6.3 MPa for PCL_CF. Additionally, we investigated the influence of polymer concentrations (50% and 75%) and infill densities (50%, 70%, and 90%). The results showed that increasing the infill density and using a lower concentration (50%) led to improvements in Young's modulus and UTS values for both PCL_DCM and PCL_CF scaffolds. These results highlight the importance of carefully controlling printing parameters to optimize the mechanical properties of the printed scaffolds.Master Thesis A Novel Lightweight Context Exchange Protocol for Communication between Tinyml-Enabled Iot Systems and Ai Applications(2026) Yilmaz, Baykal; Köse, AbdulkadirModel Bağlam Protokolü (MCP), yapay zekâ uygulamalarının harici sistemlerle etkileşime geçmesini sağlamaktadır; ancak yüksek kaynaklı ortamlar için tasarlanmıştır ve kısıtlı kaynaklı gömülü nesnelerin interneti cihazlarıyla kullanılamaz. MQTT ve HTTP/REST gibi mevcut protokoller bu cihazlarda kullanılmakla birlikte, bağlamsal farkındalıktan yoksundur ve Küçük Ölçekli Makine Öğrenimi (TinyML) tabanlı mikrodenetleyicilerle verimli iletişim için optimize edilmemiştir. Bu tez, TinyML destekli nesnelerin interneti cihazları için optimize edilmiş Hafif Bağlam Değişim Protokolünü (LCEP) önermektedir. Geliştirilen protokol, MCP'nin yapılandırılmış veri alışverişi konseptini uyarlayarak yapay zekâ uygulamaları ile nesnelerin interneti cihazları arasında verimli iletişim sağlamaktadır. Önerilen sistem; hareket tespiti için MPU6050, sıcaklık ve nem algılama için AHT10 sensörlerini kullanan ESP32 mikrodenetleyicisi üzerinde uygulanmıştır. Hareket sınıflandırması, Edge Impulse ile eğitilen ve %97,67 doğruluk elde eden 8 bit niceliklendirilmiş bir TinyML algoritmasıyla gerçekleştirilmiştir. LCEP, paket boyutunu en aza indirmek için kompakt ikili kodlama ve delta maskeleme kullanmaktadır. 5.000 paket üzerinde gerçekleştirilen değerlendirmede ortalama yük boyutu 29,6 bayt olarak ölçülmüş; bu değer UDP/JSON için 151,1 bayt ve MQTT/JSON için 183,4 bayta kıyasla belirgin bir azalma sunmaktadır. Ortalama iletim gecikmesi 7,4 ms olarak korunmuştur. Kullanıcı girişinden LLM'e, MCP üzerinden LCEP kullanan TinyML cihazlarına uzanan tüm süreç başarıyla uygulanmış ve test edilmiştir.Master Thesis A Planning Model for Task Assignment and Energy Optimization in UAV-Based Mobile Base Stations for Post-Disaster Communication(2025) Akcan, Mehmet; Yelken, Betül ÇobanDoğal afetlerin ardından haberleşme altyapısının sürdürülebilirliğini sağlamak hayati öneme sahiptir. Üzerlerinde baz istasyonu teknolojisi bulunan İnsansız Hava Araçları (İHA'lar), afet bölgelerinde bağlantıların kurulmasını mümkün kılmaktadır. İHA'ların hareket kabiliyetleri, kapsama yetenekleri ve havada uzun süre kalabilmeleri gibi avantajları bulunsa da; batarya ömrü, olumsuz hava koşulları ve değişken afet ortamları gibi faktörler bu sistemlerin sahadaki etkinliğini kısıtlamaktadır. Bu tez çalışması İHA tabanlı mobil baz istasyonlarının konumlandırılması ve enerji ikmali süreçlerinin optimizasyonunu hedefleyen bir Karma Tamsayılı Doğrusal Programlama (MILP) modeli önermektedir. Modelde nüfus yoğunluğu ve afet etki şiddeti dikkate alınarak talep değerleri dinamik biçimde belirlenmekte; batarya sınırlamaları ve şarj altyapısı gibi kısıtlar entegre edilmektedir. Altıgen grid temelli bir mekânsal yapı kullanılarak kentsel alanlarda kapsama performansı en üst düzeye çıkarılmaktadır. Model, GAMS ile uygulamaya alınmış ve vaka çalışması ile test edilmiştir. İHA sayıları, konuşlanma noktaları ve şarj istasyonu senaryoları kullanılarak simülasyonlar gerçekleştirilmiştir. Elde edilen sonuçlar, modelin enerji verimliliğini koruyarak yüksek kapsama sağlayan etkin konuşlanma planları oluşturabildiğini göstermektedir. Ayrıca, büyük ölçekli uygulamalarda modelin çözüm sürelerinin önemli ölçüde arttığı gözlemlenmiştir. Bu durum, gerçek zamanlı kullanım için sezgisel ve meta-sezgisel algoritmaların entegrasyonunun gerekliliğini ortaya koymaktadır. Bu çalışma, İHA'ların afet sonrası iletişimde etkin kullanılabilmesi için özgün bir optimizasyon yaklaşımı sunmakta ve teorik modelleme ile pratik konuşlanma stratejileri arasında köprü kurarak hem akademik literatüre hem de afet yönetimi uygulamalarına anlamlı bir katkı sağlamaktadır.Master Thesis Akıllı Mikroşebekeler için Voltaj Profillerinde Bulut Kaynaklı PV Etkisi(Abdullah Gül Üniversitesi, 2018) ÇAĞATAY KOÇER, MUSTAFA; Koçer, Mustafa Çağatay; Önen, Ahmetİnsanlık tarihinde, elektrik enerjisinin icadının etkilediği kadar, herkesin yaşamını olumlu bir şekilde etkileyen başka bir buluş yoktur. Elektrik ile birlikte, medeniyetin yükselişi hız kazandı, endüstriyel teknolojiler gelişti ve bilimsel gelişmeler kendilerine daha uygun bir ortam buldu. Ancak, artan elektrik talebini karşılayabilmek için üretim maliyetlerinin düşürülmesi gerekiyordu. Bu doğrultuda, enerji sektörü ucuz elektrik üretimi için fosil yakıt bazlı çözümler kullandı. Ancak günümüzde, fosil yakıt kaynakları sınırlı oldukları için ve atmosferdeki sera gazı emisyonunu artırdıklarından, elektrik üretimi için daha temiz ve daha sürdürülebilir yöntemler kullanmaya yönelik bir eğilim oluştu. Bu trend, özellikle modern elektrik şebekeleri için, yenilenebilir enerji kaynaklarını (YEK) yeni bir çözüm olarak masaya getirmektedir. Bununla birlikte, YEK'lerin davranışları tahmin edilmesi zor ve çevresel etkenlere aşırı derecede bağımlı olduğu için, özellikle mikroşebekeler gibi alçak gerilim şebekelerinde, bu kaynakların şebekeye entegrasyonunda bazı ciddi sorunlarla karşılaşılmaktadır. Bu tezde, bulutların kaotik hareketleri ile sık sık kesintiye uğrayan güneş ışınlarından kaynaklanan, fotovoltaik güç üretimindeki dalgalanmaların, Malta College of Arts Science and Technology (MCAST) kampüsüne ait olan bir gerçek mikroşebeke sisteminin yük voltajı seviyeleri üzerine olan etkisi araştırılmıştır. Ek olarak, mikroşebekenin sağlıklı bir şekilde çalışmaya devam etmesini sağlamaktan sorumlu olan yardımcı kaynakların (batarya depolama sistemi ve dizel jeneratör) yük voltaj profillerine olan etkisi de verilmektedir. Yazar, gerekli simülasyonlar ve sistem tasarımları için MATLAB/Simulink platformunu kullanmıştır.Master Thesis Akış Tabanlı P-Hub Ortanca Engelleme Problemi(Abdullah Gül Üniversitesi, 2017) BENLİ, ABDULKERİM; Benli, Abdulkerim; Akgün, İbrahimSerim önleme/kesme problemlerinde, bir serim üzerinde tanımlı bir sistemi optimal şekilde işletmeye çalışan bir serim kullanıcısı ile sistemin optimal çalışmasını engellemeye çalışan bir rakip/saldırgan olmak üzere iki oyuncu vardır. Problem, Stackelberg Oyunu mantığı içerisinde, iki seviyeli minimaks veya maksimin problemi olarak modellenebilir. Bu çalışmada, serim kesme problemi, p-hub ortanca problemi kapsamında ele alınmıştır. Serim kullanıcısının, maliyeti minimize edecek şekilde ana dağıtım üssü yer seçimi problemi çözdüğü; rakibin ise, sınırlı kaynaklar ile ana dağıtım üslerini kullanılamaz hale getirerek minimum maliyeti maksimize etmeye çalıştığı kabul edilmiştir. Serim kullanıcısın p-hub ortanca problemi, gerçek serim yapıları üzerinde ve akış tabanlı olarak modellenmiştir. Geliştirilen model, daha önceki çalışmalardan farklı olarak, tam serim yapısı gerektirmemekte ve üçgen eşitsizliğini sağlamayan durumlarda da doğru çözüm vermektedir. Önerilen modelin, hem çözüm zamanları hem de modelleme yetenekleri açısından literatürdeki tesis yeri seçimi önleme modellerine göre önemli avantajlar sunduğu görülmüştür.Master Thesis Akut Miyeloid Lösemide SYK Enziminin Hedeflenmesi: Bi 1002494'ün In Silico İlaç Yeniden Konumlandırımı ve İşlevsel Doğrulaması(2025) Tekden, Şevket Oğuzhan; Akçok, Emel Başak Gencer; Akçok, İsmailAkut miyeloid lösemi (AML), kemik iliğindeki miyeloid hücrelerin denetimsiz biçimde büyümesi ve çoğalmasıyla tanımlanan bir kan kanseri türüdür. Sağaltım için radyoterapi gibi yöntemlere başvurulsa da bunların sınırlı başarı oranlarına iye olması, başka hedefe yönelik sağaltım çalışmalarını zorunlu kılmaktadır. AML ile ilişkili olduğu bilinen dalak tirozin kinaz (Syk) enzimi hücre içi sinyal iletiminde önemli bir enzimdir. Syk'de oluşabilecek bozukluklar, AML'nin ortaya çıkması üzerinde oldukça etkilidir. Bu nedenle Syk odaklı kullanılan inhibitörler AML açısından umut vericidir. Çalışmada opnMe veri tabanındaki aday molekül üzerinde in silico moleküler kenetleme gerçekleştirilmiş ve yüksek bağlanma eğilimi gösteren 'BI 1002494' Syk inhibitörü seçilerek, hedefe yönelik bir 'ilaç yeniden konumlandırma' gerçekleştirilmiştir. Syk'nin katalitik bölgesi, Escherichia coli bakterilerinde rekombinant olarak üretilmiş ve His-işaretli Ni-NTA afinite kromatografi yöntemi ile katalitik bölge saflaştırılmıştır. Saflaştırılan proteinin varlığı Western Blot (WB) yöntemiyle doğrulanmış ve Termal Kayma Deneyi (TSA) ile inhibitörün protein üzerindeki moleküler düzeyde etkileri araştırılmıştır. Hücresel etkinlik tespiti için, MOLM-13 ve K562 hücre hatlarında MTT sitotoksisite deneyleri gerçekleştirilmiş, BI 1002494'ün hücre çoğalmasını baskıladığı, elde edilen verilerin FDA onaylı Syk inhibitörü R406 ile benzer düzeylerde olduğu gözlemlenmiştir. Sonuçlar, BI 1002494'ün AML'ye karşı olası sağaltıcı bir Syk inhibitörü olduğunu göstermektedir. Bu çalışma, ilaç yeniden konumlandırma kapsamında hedefe odaklı, bilgisayar tabanlı sağaltım yaklaşımlarına değerli katkılar sunmaktadır.Master Thesis Alfa Bandı Nöral Geri Besleme Kullanarak Kısa Dönem Hafıza Performansının İyileştirilmesi(Abdullah Gül Üniversitesi, 2018) GÖKŞİN, BARIŞ; Gökşin, Barış; Yılmaz, BülentHafızanın yaşın ilerlemesi ile zayıflaması bireyler için önemli bir problemdir ve bu problemin Alzheimer'da olduğu gibi bilinen tatmin edici bir tıbbi tedavi yöntemi bulunmamaktadır. Beyin-bilgisayar arayüzü teknolojisindeki son gelişmeler bireylerin beyin aktivitesinin ölçülmesine olanak sağlamıştır, nöral geri bildirim de beyin bilgisayar arayüzünü kullanan metotlardan biridir. Nöral geribildirim metodunun psikolojik bozukluklar üzerine uygulanması hakkında birçok araştırma olmasına rağmen, kısa dönem hafıza performansı üzerine uygulamaları hakkında yapılmış sınırlı sayıda araştırma vardır. Bu tez kişilerin alfa bandı nöral geribildirim eğitimi ile kısa dönem hafızalarının geliştirilmesinin mümkün olup olmadığını araştırmaktadır. 11 sağlıklı erkek katılımcıdan kablosuz EEG cihazı ile EEG sinyalleri toplanmıştır. Nöral geri bildirim yöntemi alfa bandı gücünün gerçek zamanlı artırılması için kullanılmıştır. Nöral geribildirimin sağladığı kısa dönem hafıza performansındaki iyileşmenin ölçülmesi amacıyla 5 seanslık nöral geribildirim eğitimi öncesi ve sonrası 10 kelimeden oluşan ezber testi tüm katılımcılara uygulanmıştır. Sonuçlar nöral geribildirim seansları esnasında 11 kişiden 6'sının alfa bandı gücünü spektrumdaki diğer bantlara göre artırabildiğini göstermiştir. Fakat kısa dönem hafıza performansında belirgin bir gelişme olmamıştır. Sonuç olarak nöral geribildirimin katılımcıların zihinlerini bilinçli bir şekilde odaklayabilmesinde faydalı olduğu söylenebilir. Fakat nöral geribildirim eğitiminin kısa dönem hafızayı kesinlikle artırdığı veya alakasız olduğunu söylemek güçtür.Master Thesis Alt Ekstremitelere Yardımcı Cihazlar için Üniversal Bir Test Platformu Dizayn ve Kontrolü(Abdullah Gül Üniversitesi, 2018) BİLGİ, MUHAMMET FURKAN; Bilgi, Muhammet Furkan; Ünal, RamazanAlt ekstremitelere yardımcı cihazlar, alt ekstremite problemleri yaşayan hastaların rehabilitasyonlarında, ağır yük kaldırma ya da taşıma işlerinde kullanıldıkları için çok önemlidirler. Ayrıca, bu cihazların doğru bir şekilde test edilmesi de ayrıca bir öneme sahiptir. Robotik test uzun dönem test edebilme, düşme vb. tehlikeli durumları cihazla oluşturabilme gibi avantajları vardır. Ayrıca test cihazlarından veri toplamak gerçek insandan veri toplamaktan daha kolaydır. Bu çalışmada ilk olarak yürüme, oturup kalkma ve merdiven çıkma işlerini yapabilecek konsept bir eksoskeleton cihazı tasarlandı. Bu işleri yapabilmesi için eksoskeletona yaylar, motor ve aktif-deaktif mekanizması eklendi ve ardından yay sabitleri, gereken motor gücü hesaplandı. Ardından bir test cihazı tasarlandı ve kalça hareketinin (kütle merkezi hareketi ve kalça eklemi) taklit edilebilmesi için MATLAB- Simulink yardımıyla bir kontrolcü tasarlandı.Master Thesis Alüminyum 7068 Malzemesinin Mekanik Davranışlarının Hassas Olarak İncelenmesi ve Hasar Modelinin Araştırılması(Abdullah Gül Üniversitesi, 2018) Karaveli, Kadir Kaan; Karaveli, Kadir Kaan; Bal, BurakYüksek mukavemet, yüksek tokluk, düşük yoğunluk ve korozyon dirençliliğinin ümit vaat eden kombinasyonu, onlarca yıldır alüminyum (Al) alaşımlarını binalardan havacılık sektörüne çeşitli uygulamalarda tercih edilen malzeme haline getirmiştir. Özellikle son zamanlarda geliştirilen malzemelerden bir tanesi olan Al 7068 alaşımı, olağanüstü mekanik ve mekanik özelliklerinden dolayı savunma sanayinde ve otomobil sanayinde kullanılmaktadır. Bu yüksek lisans tezinde, Al 7068-T651 alaşımının mekanik tepkisi ve Johnson-Cook hasar modeli araştırılmıştır. Özellikle, maksimum, minimum ve ortalama sonuçları dikkate alarak farklı uygulama alanları için farklı Johnson-Cook hasar parametreleri belirlenmiştir. Bu hasar parametreleri doğru Sonlu Elemanlar Analizi simülasyonları için kullanılabilir. Hasar parametrelerinin belirlenmesinde, hem hadde yönünde hem de hadde yönüne dik olarak çentikli ve düzgün numuneler üzerinde çekme deneyleri yapılmıştır. Çentik yarıçapı, farklı gerilim üçeksenliliği değerlerini sağlamak için pürüzsüz, 0,4 mm, 0,8 mm ve 2 mm olarak seçildi ve bu gerilim üçeksenliliği değerlerinde mekanik malzemenin tepkisi gözlemlendi. Çekme testleri, doğru sonuçları elde etmek için yedi kez tekrarlandı. Kırık numunelerin son kesit alanları optik mikroskop ile hesaplandı. Gerilim üçeksenliliği faktörünün ve hadde yönünün Al 7068-T651 alaşımının mekanik özellikleri üzerindeki etkileri başarılı bir şekilde araştırılmıştır. Tüm hasar parametreleri Levenberg-Marquardt optimizasyon yöntemi ile hesaplandı. Sonuç olarak, minimum, ortalama ve maksimum eşdeğer gerinim değerlerine dayanan üç farklı Johnson-Cook hasar parametresi hesaplanmıştır. Bu Johnson-Cook hasar parametreleri, bir hesaplama tekniği olan ve bu çeşitli mühendislik problemlerinin yaklaşık çözümünü elde etmek için kullanılan sonlu elemanlar analizinde farklı uygulamaların doğru hasar simülasyonları için kullanılabilir.