Yüksek Lisans Tezleri

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/5799

Browse

Filters

2023 - 202679

Settings

Start date: 2023

Search Results

Now showing 1 - 10 of 79
  • Master Thesis
    Üç boyutlu kültürde mezenkimal kök hücre ile diyabetik ülser iyileşmesinin moleküler temelinin ortaya çıkarılması
    (2026) Öztürk, Esengül; Çalışkan, Mesude Biçer
    Diyabetik ayak ülserleri (DFU), diyabetin uzun vadede oluşturduğu bir rahatsızlık türüdür ve kalıcı inflamasyona, bozulmuş anjiyogeneze ve ekstrasellüler matriks (ECM) disfonksiyonuna neden olur, hatta ampütasyon ile sonuçlanabilir. Mezenkimal kök hücrelerin (MKH) rejeneratif ve immünomodülatör yetenekleri sayesinde diyabetik yara tedavisinde güçlü stratejilerden biri olarak önerilmektedir; ancak, bu iyileşmeyi sağlayan moleküler yollar hala belirsizdir. Bu tez, NCBI-GEO veri tabanından elde edilen (GSE143735, GSE199939 ve GSE217709) transkriptomik veri kümelerinin analizini içermektedir. Birincil amaç, DFU'lar ve MKH aktivitesiyle ilişkili, farklı şekilde ifade edilen genlerin (DEG'ler) belirlenmesidir. İleri biyoenformatik analizler, temel olarak inflamatuar düzenleme ECM yeniden şekillenmesi ve anjiyogenezde rol oynayan dört çekirdek merkez genin (CXCL1, MMP9, THBS1 ve POSTN) tanımlanmasını sağladı. Bu sonuçları doğrulamak için, L929 fare fibroblastları yüksek glikoz (YG) ortamında kültürlendi. Ardından yalnızca MKH ve MKH+üç boyutlu (3B) bir kültür platformuyla tedavi edildi. HG, fibroblast fonksiyonunu ve merkez genlerin ekspresyonu inhibe ederken, MKH'ler, özellikle 3B ortamda fibroblast canlılığını ve genlerin ekspresyonunu önemli ölçüde geri kazandırdı. Genel olarak, bu çalışma, DFU'ların bir özelliği olan bozulmuş fibroblast fonksiyonuna yeni bir bakış açısı sunmakta ve 3B-MKH tabanlı sistemlerin hücresel onarım yanıtlarını etkili bir şekilde artırabileceğini göstermektedir.
  • Master Thesis
    Sürdürülebilir kompozit floresan malzemelerin tasarimi
    (2026) Al-dhubhanı, Areg Khaled Abdulwasea; Erdem, Zeliha Soran
    Geleneksel renk dönüştürücülerin yüksek maliyeti, toksisitesi ve sınırlı bulunabilirliği, doğal kaynaklara dayalı yeni nesil renk dönüştürücülerin geliştirilmesine dikkat çekmiştir. Bu tez, Hypericum perforatum bitkisinden elde edilen doğal biyomoleküllerin katı hâl geçişine yönelik yeni bir yaklaşım sunmakta olup, %20'nin üzerinde kuantum verimi (QY) ve %25'i aşan bir ekstraksiyon verimi elde edilmiştir. Öncelikle, tez kapsamında Hypericum perforatum bitkisinin maserasyon ve Soxhlet ekstraksiyonu olmak üzere iki farklı yöntem kullanılarak verimli bir şekilde ekstrakte edilmesine odaklanılmıştır. Ekstraktın sakkaroz matrisi içerisinde homojen bir şekilde dağılmasını sağlamak amacıyla, yeni bir yaklaşım olarak, farklı ekstrakt konsantrasyonlarını içeren triblok polimer miseller hazırlanmış ve ardından kristalize edilmiştir. Elde edilen kristaller, saçılımı azaltmak, daha homojen bir yapı oluşturmak ve LED uygulamalarına uygun taşınabilir yapılar elde etmek amacıyla, önce tozlaştırılmış ve ardından yalnızca basınç uygulanarak pelet hâline getirilmiştir. Oluşan peletlerin optik karakterizasyonları, maserasyon yöntemiyle elde edilen 0,125 mL ekstrakt kullanılarak hazırlanan örnekte (C-M5) en yüksek kuantum veriminin (yaklaşık %24) elde edildiğini göstermiştir. Bu performansa örnek LED çalışmalarında kullanılmak üzere seçilmiştir. Son olarak, C-M5 renk dönüştürücü sistemi mavi ve yeşil LED'ler ile entegre edilmiş ve yeşil LED uyarımı altında 118,44 lm/W ışınımsal ışık verimi (LER) ile (0,69, 0,31) kromatisite koordinatları, mavi LED uyarımı altında ise 112,41 lm/W LER ile (0,69, 0,31) kromatisite koordinatları elde edilerek umut verici bir performans sergilemiştir.
  • Master Thesis
    Investigation of Aurora Kinaz b as a Potential Therapeutic Target in Cancer Treatment
    (2025) Özsoy, Elif Rumeysa; Türk, Sibel Sarı
    Kanser, kontrolsüz hücre çoğalması ile karakterize bir hastalıktır. Geleneksel kemoterapi bir dereceye kadar başarılı olmasına rağmen, yüksek toksisite, tedavi direnci ve tekrarlama riski klinik başarıyı engellemektedir. Bu nedenle, hedefe yönelik tedavi stratejilerilerin geliştirilmesi önem arz etmektedir. Hücre döngüsü düzenleyicileri gibi belirli protein kinazların hücresel ifadelerindeki değişiklikler, kanser malignitesine katkıda bulunmaktadır. Hücre döngüsü düzenleyicilerinden biri olan Aurora Kinazlar (AURK), serin/treonin kinaz ailesine mensuptur ve insanda AURKA, AURKB ve AURKC olmak üzere üç çeşittir. AURK'lar kolorektal adenokarsinom (CRC) dahil olmak üzere çeşitli kanserlerde aşırı eksprese edilmektedir. AURKB, CRC'de klinikopatolojik parametreler ve kötü sağkalım ile ilişkilidir, ve inhibisyonu mitotik bozukluklara ve apoptoza yol açmaktadır. Bu çalışmada, seçici AURKB inhibitörlerinden BI 831266 molekülünün hem tek başına hem de sisplatinle kombine halde, DLD-1 kolorektal kanser hücreleri üzerindeki sitotoksik etkileri MTT, 2D-klonojenik sağkalım, yara iyileşme, PI hücre döngüsü ve akış sitometrik Annexin V/PI boyama ile araştırılmıştır. Kombinasyon indeksleri (CI) CompuSyn yazılımı ile hesaplanmıştır. BI 831266, 48 saatlik uygulamada DLD-1 hücre canlılığını, proliferasyonunu ve migrasyonunu baskılamış; sisplatinle uygulandığında daha güçlü sitotoksik etkiler göstermiştir. BI 831266, G2/M fazında mitotik duraklamaya ve orta düzeyde apoptoza neden olmuş; bu etkiler sisplatin ile birlikte belirgin şekilde artmıştır. Sonuç olarak, bu çalışma BI 831266'nın sisplatin ile kombine halde, DLD-1 hücrelerinde canlılık, proliferasyon, migrasyon, hücre döngüsü ve apoptoz analizlerinde additif ve sinerjistik etkiler gösterdiğini ortaya koyan literatürdeki ilk çalışmadır. Bu bulgular, gelecekteki potansiyel antikanser tedavi stratejileri için önemli bir temel sunmaktadır.
  • Master Thesis
    Chebyformer: Düğüm Bazlı Filtreleme ile Trafik Akış Tahmini
    (2026) Kayapınar, Ahmet; Coşkun, Mustafa; Güngör, Burcu
    Akıllı Ulaşım Sistemleri (AUS) için doğru trafik akışı tahmini, tıkanıklığı ve karbon emisyonlarını azaltmak için olmazsa olmaz bir kilometre taşıdır. Uzaysal-Zamansal Grafik Sinir Ağları (STGNN'ler) bu görev için standart haline gelmiş olsa da, mevcut modellerin çoğu, trafik düzenlerinin tüm trafik ağı boyunca homojen olduğunu varsayarak küresel spektral filtrelere dayanmaktadır. Bu yaklaşım, farklı sensörlerin farklı fiziksel davranışlar gösterdiği trafiğin heterofilik doğasını yakalamada başarısız olmaktadır. Bu sınırlamayı azaltmak için, bu tez yeni bir hibrit mimari olan ChebyFormer'ı önermektedir. Model, sayısal olarak kararlı spektral özellik çıkarımı sağlamak için Chebyshev-Garnoldi algoritmasını ve uyarlanabilir, düğüm bazlı spektral filtreleri öğrenmek için PolyFormer dikkat mekanizmasını entegre etmektedir. Model, iki genel veri kümesi (PeMSD4, PeMSD8) ve Kayseri'den yeni toplanan bir gerçek dünya veri kümesi üzerinde değerlendirilmiştir. Deneysel sonuçlar, ChebyFormer'ın kısa ve uzun vadeli tahminlerde Ortalama Mutlak Hata (MAE) ve Karesel Ortalama Hata (RMSE) açısından en son temel modellerden (APPNP, GPRGNN) sürekli olarak daha iyi çalıştığını göstermektedir. Öğrenilen filtrelerin ek nitel analizi, modelin farklı trafik düzenleri arasında ayrım yapma yeteneğini doğrulayarak, kentsel trafik tahmininde düğüm bazlı filtrelemenin gerekliliğini doğrulamaktadır.
  • Master Thesis
    Biyomedikal Bilgi Tabanları Üzerinde Hesaplamalı İlaç Yeniden Konumlandırması İçin Bilgi Grafiği Temsil Yaklaşımları
    (2026) Erkantarcı, Betül; Bakal, Mehmet Gökhan; Köse, Abdulkadir
    Drug repositioning, or the strategy of finding new medical applications to an existing drug, is a safer and cheaper alternative to development of a new drug. The thesis constructs a unified biomedical knowledge graph by integrating biomedical information resources such as SemMedDB, repoDB, and UMLS, and presents a comprehensive evaluation of seven knowledge graph embedding models: TransE, TransH, TransR, TransD, TransF, ProjE, and RESCAL. To have a biological relevance, a semantic validation pipeline was created by refining the PubMed-based biomedical language model to an accuracy of around 96% in order to determine the plausibility of the suggested drug-disease associations. TransF had the best quantitative performance with a macro area under the precision-recall curve of 0.767, whereas ProjE produced the largest number of semantically plausible hypotheses with 14 literature-supported drug-disease pairs. Moreover, an automated update system, which leverages internet of things, is used to retrieve fresh PubMed evidence on a daily basis to update semantic plausibility scores. Altogether, the knowledge graph embeddings and semantic validation workflow showed numerous new and literature-based drug-disease relations and indicated its potential to become a strong, explainable and data-driven model in computational drug repositioning. Keywords: Computational Drug Repositioning, Knowledge Graph Embedding, Biomedical Knowledge Graph, Semantic Validation, Internet of Things
  • Master Thesis
    Biotechnological Production of Pyrazinamide Using Escherichia Coli Host Organism
    (2026) Durak, Fatma; Fidan, Özkan
    Tüberküloz (TB), esas olarak Mycobacterium tuberculosis (Mtb) tarafından kaynaklanan ve genellikle enfekte bir birey tarafından salınan havadaki damlacıklar yoluyla taşınan bir hastalıktır. İnsanlık yüzyıllardır TB ile mücadele etmektedir ve en ölümcül hastalıklardan biri olarak kabul edilir. Çeşitli tedavi yöntemleri bulunmaktadır ve pirazinamid (PZA) etkili anti-tüberküloz ajanlarından biridir. Günümüzde, PZA üretimi ağırlıklı olarak kimyasal senteze dayanmaktadır fakat bu üretim yaklaşımı sürdürülebilir ve çevre dostu değildir. Bu nedenle, mikrobiyal üretim yöntemleri kimyasal senteze alternatif bir yaklaşım sunmaktadır. Bu çalışmada, PZA üretimi için substrat olarak pirazin ve pirazinoik asit (POA) kullanılmış; ve üç farklı enzim aracılığıyla biyotransformasyon gerçekleştirilmiştir. Pirazinin POA'ya dönüştürülmesi için 3-oktaprenil-4-hidroksibenzoat dekarboksilaz (RpUbiD) ve flavin preniltransferaz (RpUbiX) kullanılırken, POA'nın PZA'ya dönüşümünde benzamid sentaz (SmNspN) rol oynamıştır. Bu enzimleri kodlayan genler, Gibson klonlama ve restriksiyon–ligasyon klonlama yöntemleri kullanılarak Escherichia coli (E. coli) plazmitlerine klonlanmıştır. Daha sonra, ekpres edilen proteinler SDS-PAGE ile doğrulanmış ve biyotransformasyon işlemi gerçekleştirilmiştir. Biyotransformasyon ürünlerini analiz etmek için ince tabaka kromatografisi (TLC) ve yüksek performanslı sıvı kromatografisi (HPLC) teknikleri kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre, hedef proteinlerin büyük bir kısmı çoklu optimizasyon denemelerine rağmen çözünmeyen fraksiyonlar olarak elde edilmiştir. İlk HPLC sonuçları POA ile uyumlu görünse de, sonraki analizler sinyalin muhtemelen kolon kaynaklı olduğunu göstermiştir. Pirazinin POA'ya dönüşümü doğrulanamasa da, bu sonuçlar biyodönüşüm koşullarının optimize edilmesi için bir temel oluşturmaktadır.
  • Master Thesis
    Reklam Değerinin Yapay Zeka Tarafından Oluşturulan Reklamlara Yönelik Tutum ve Tüketici Satın Alma Niyeti Üzerindeki Etkisi: Planlı Davranış Teorisi Perspektifi
    (2025) Solmaz, Sevde Ceyda; Sarp, Serap
    Yapay zeka, reklamcılık gibi pazarlama uygulamalarında şirketler tarafındangiderek daha popüler hale gelen ve kullanılan teknolojik araçlardan biridir. Bu tez, yapayzeka tarafından oluşturulan reklamlar ile reklam değeri, tutumlar ve satın alma niyetleriarasındaki ilişkiyi ve cinsiyet ve öz yeterlilik gibi değişkenlerin düzenleyici rolleriniaraştırmayı amaçlamaktadır. Teorik çerçeve, bireylerin yapay zeka destekli tanıtımiçeriğini nasıl değerlendirdikleri ve bunlara nasıl yanıt verdikleri konusunda kapsamlı birbakış açısı sağlayan Planlı Davranış Teorisi ve Reklam Değer Modeli doğrultusundatasarlanmıştır. Veriler, Ağustos ve Eylül 2025 arasında 18-64 yaş arası katılımcılardançevrimiçi bir anket aracılığıyla toplanmış ve 361 yanıt elde edilmiştir. Veri analizindeIBM SPSS Statistics 25 ve Python kullanılmıştır. Ölçüm araçlarının yeterliliğini vesağlamlığını doğrulamak için güvenilirlik analizleri, faktör analizleri (EFA, CFA)yapılmış ve hipotezler yapısal eşitlik modellemesi (SEM) ile analiz edilmiştir. Sonuçlaragöre, algılanan reklam değeri hem yapay zeka tarafından oluşturulan reklamlara yöneliktutumları hem de satın alma niyetlerini olumlu yönde etkilemektedir. Yapay zekatarafından üretilen reklamlara yönelik tutumlar, satın alma niyetlerini önemli ölçüdeetkilemektedir. Tutumlar, satın alma niyetleri ile algılanan reklam değeri arasındakiilişkide aracılık rolü oynamaktadır. Cinsiyet, algılanan reklam değeri ile tutum arasındakiilişkide düzenleyici bir etkiye sahip değilken, reklam değeri ile satın alma niyeti arasındaki ilişkide düzenleyici etki göstermiştir. Tutum ile satın alma niyeti arasındakiilişkiye etkisi istatistiksel olarak yeterince anlamlı değildir. Öz yeterlilik, tutumlar ilereklam değeri arasındaki ilişkiyi önemli ölçüde olumsuz yönde etkilemektedir. Reklamdeğerinin satın alma niyetleri üzerindeki etkisini olumlu yönde güçlendirirken, tutumunsatın alma niyeti üzerindeki etkisini olumsuz yönde etkilemektedir. Teorik olarak, buaraştırma, değer algıları, tutumsal tepkiler ve davranışsal sonuçlar arasındaki ilişkiye ikitemel düzenleyici bireysel özelliği entegre ederek yapay zeka destekli pazarlamailetişimindeki bilgiyi ilerletmektedir. Ayrıca, tüketici davranışına göre yapay zekareklamlarının kişiselleştirilmesinin önemini vurgulayarak yönetimsel faydalar sağlamaktadır.
  • Master Thesis
    Kamu ve Özel Mülkiyetli Toprak Yapıların Tasarım, Onay ve Yapım Süreçleri
    (2025) Karacık, Ece Sultan; Metin, Buket
    Bu araştırma, Türkiye'de toprak ile inşa edilen yapıların üretimini ele alan bir çalışmadır. Toprak, geçmişte özellikle kırsal alanlarda yaygın olarak kullanılan doğal bir yapı malzemesi olmasına rağmen, endüstriyel beton üretiminin yaygınlaşması, kentleşme ve değişen imar yönetmelikleri nedeniyle bu kullanım azalmıştır. Bu çalışma kapsamında, son yıllarda Türkiye'de toprak malzeme ile yapılan yapıların sayısının sınırlı kalması ve bu tür yapıların üretim süreçlerinin mimarlar tarafından bilinmemesi problem olarak ele alınmaktadır. Bu çalışma, toprak malzemelerinin kullanımı konusunda mimarlık pratiğinde bir farkındalık yaratmayı ve bu malzemenin kullanımını teşvik etmeyi amaçlamaktadır. Türkiye'de hem kamu hem de özel mülkiyetli arsalara inşa edilmiş toprak yapılar incelenmiş, bu yapıların tasarımcısı, onay veren kurum temsilcisi ve yapım ekibi temsilcisi ile derinlemesine görüşmeler yapılarak tasarım, onay ve yapım süreçleri hakkında bilgi toplanmıştır. Araştırma, toprak yapı üretim süreçlerini konvansiyonel yapı üretim süreçleriyle karşılaştırarak, bu süreçlerin her aşamasında görev alan paydaşlardan elde edilen veriler ışığında, toprak yapıların üretim süreçlerine dair açıklayıcı bir model geliştirmiştir. Çalışma, toprak malzemesi kullanımını artırmayı ve kentlerin sürdürülebilirliğine katkı sağlamayı hedefleyerek, özellikle mimar ve uygulayıcılar için toprak yapıların tasarım ve inşası konusunda kapsamlı bir yol haritası sunmayı amaçlamaktadır. Anahtar kelimeler: toprak yapı teknikleri, toprak yapıların üretim süreci, kamu ve özel mülkiyetli yapıların üretimi, yerel malzemeler, doğal yapılar.
  • Master Thesis
    Akut Miyeloid Lösemide SYK Enziminin Hedeflenmesi: Bi 1002494'ün In Silico İlaç Yeniden Konumlandırımı ve İşlevsel Doğrulaması
    (2025) Tekden, Şevket Oğuzhan; Akçok, Emel Başak Gencer; Akçok, İsmail
    Akut miyeloid lösemi (AML), kemik iliğindeki miyeloid hücrelerin denetimsiz biçimde büyümesi ve çoğalmasıyla tanımlanan bir kan kanseri türüdür. Sağaltım için radyoterapi gibi yöntemlere başvurulsa da bunların sınırlı başarı oranlarına iye olması, başka hedefe yönelik sağaltım çalışmalarını zorunlu kılmaktadır. AML ile ilişkili olduğu bilinen dalak tirozin kinaz (Syk) enzimi hücre içi sinyal iletiminde önemli bir enzimdir. Syk'de oluşabilecek bozukluklar, AML'nin ortaya çıkması üzerinde oldukça etkilidir. Bu nedenle Syk odaklı kullanılan inhibitörler AML açısından umut vericidir. Çalışmada opnMe veri tabanındaki aday molekül üzerinde in silico moleküler kenetleme gerçekleştirilmiş ve yüksek bağlanma eğilimi gösteren 'BI 1002494' Syk inhibitörü seçilerek, hedefe yönelik bir 'ilaç yeniden konumlandırma' gerçekleştirilmiştir. Syk'nin katalitik bölgesi, Escherichia coli bakterilerinde rekombinant olarak üretilmiş ve His-işaretli Ni-NTA afinite kromatografi yöntemi ile katalitik bölge saflaştırılmıştır. Saflaştırılan proteinin varlığı Western Blot (WB) yöntemiyle doğrulanmış ve Termal Kayma Deneyi (TSA) ile inhibitörün protein üzerindeki moleküler düzeyde etkileri araştırılmıştır. Hücresel etkinlik tespiti için, MOLM-13 ve K562 hücre hatlarında MTT sitotoksisite deneyleri gerçekleştirilmiş, BI 1002494'ün hücre çoğalmasını baskıladığı, elde edilen verilerin FDA onaylı Syk inhibitörü R406 ile benzer düzeylerde olduğu gözlemlenmiştir. Sonuçlar, BI 1002494'ün AML'ye karşı olası sağaltıcı bir Syk inhibitörü olduğunu göstermektedir. Bu çalışma, ilaç yeniden konumlandırma kapsamında hedefe odaklı, bilgisayar tabanlı sağaltım yaklaşımlarına değerli katkılar sunmaktadır.
  • Master Thesis
    Büyük Veri ve Veri Analitiğinin Mimari Tasarım Süreçlerine Etkisi
    (2025) Özüberk, Pelin; Asıliskender, Burak
    Büyük verinin artan yaygınlaşması ve veri analitiğindeki gelişmeler mimari tasarım süreçlerini kökten dönüştürmektedir. Bu tez, mimari alandaki büyük verinin rolünü ve etkisini araştırıyor ve geniş veri kümelerinin ve analitik tekniklerin geleneksel ve dijital tasarım iş akışlarını nasıl etkilediğine odaklanmaktadır. Veri, bilgi ve bilgi birikimi kavramlarının ayrıntılı bir incelemesi yoluyla bu tez, veri odaklı yaklaşımların mimarların tasarımları kavramsallaştırma, geliştirme ve optimize etme biçimini nasıl yeniden şekillendirdiğini ana hatlarıyla açıklamaktadır. Araştırma, geleneksel sezgiye dayalı tasarım modellerinden dijital, uyarlanabilir ve performans odaklı metodolojilere geçişi incelemekte ve mimariyle ilgili kritik veri analitiği ilkelerini ve tekniklerini vurgulamaktadır. Ayrıca, büyük veri entegrasyonunun sağladığı uyarlanabilir tasarım, üretken sistemler ve performansa dayalı stratejiler gibi çağdaş uygulamaları analiz etmektedir. Çalışma, büyük verinin ortaya koyduğu fırsatlar ve zorluklar üzerine düşünerek, disiplinler arası iş birliğinin gerekliliğini, etik hususları ve gelecekteki uygulayıcıları donatmak için mimarlık eğitiminin evrimini vurgula. Çalışma ayrıca, özellikle akıllı, kullanıcıya duyarlı mimari ortamların geliştirilmesinde gelecekteki araştırma yönlerine dair önerilerde bulunmaktadır.