Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Koleksiyonu
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/209
Browse
Recent Submissions
Conference Object Ceramide Is a Key Factor That Regulates the Crosstalk Between TGF-Β and Sonic Hedgehog Signaling at the Basal Cilia to Control Cell Migration and Tumor Metastasis(Federation Amer Soc Exp Biol, 2016) Gencer, Salih; Oleinik, Natalia; Dany, Mohammed; Ogretmen, Besim; 01. Abdullah Gül UniversityResearch Project Resveratrolün Ph+ Akut Lenfoblastik Lösemide Terapötik Potansiyeli ve Resveratrol Tarafından Tetiklenen Apoptozda Seramid Metabolizmasının Rolü(TUBİTAK, 2019) Adan, Aysun; Baran, Yusuf; 0000-0002-3747-8580; 0000-0001-8354-780X; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; Adan, Aysun; 01. Abdullah Gül University; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.02. Moleküler Biyoloji ve GenetikProje ile resveratrolün, Ph+ ALL hücreleri üzerindeki büyümeyi inhibe edici etkisinin_x000D_ arkasında yatan mekanizmalar, seramid metabolizmasının hedeflenmesi ve BCR-ABL_x000D_ ifadesindeki değişimler ile ilişkilendirilerek araştırılmıştır. Resveratrol, SK inhibitörü (SKI II),_x000D_ GSS inhibitörü (PDMP), SPT inhibitörü (Miriosin, Myriocin) ve resveratrol: inhibitör_x000D_ kombinasyonlarının in vitro olarak Ph+ ALL SD1 ve SUP-B15 hücreleri üzerindeki büyümeyi_x000D_ durdurucu ve apoptotik etkileri MTT hücre çoğalması testi, Aneksin-V/PI boyaması, kaspaz3, PARP ifadelerinin ve sitokrom c salınımının belirlenmesi (western blot) ile, sitostatik etki_x000D_ (hücre döngüsü üzerindeki) ise akım sitometresi (PI boyaması) ile araştırılmıştır. Resveratrol_x000D_ ve sfingolipid metabolizması enzimlerini hedefleyen inhibitör kombinasyonlarının BCR-ABL_x000D_ protein ifadesi üzerine etkisi western blot ile belirlenmiştir. Ayrıca, resveratrolün SPT, SK-1/2,_x000D_ GSS protein ifadeleri üzerindeki etkisi western blot ile belirlenmiştir. Her iki hücre hattında_x000D_ resveratrol ve SKI II ve PDMP ile kombinasyonları hücre büyümesini baskılamış, apoptozu_x000D_ tetiklemiş ve hücre döngüsünü S fazında tutmuştur. Resveratrol:Miriosin kombinasyonu ise_x000D_ hücre büyümesi ve hücre döngüsü üzerinde hücreye özgü etkiler gösterirken apoptozu her iki_x000D_ hücrede tetiklemiştir. Her iki hücre tipinde resveratol ve kombinasyonları sitokrom-c_x000D_ salınımını, kaspaz-3 kesimini ve PARP kesimini genel olarak arttırmakla beraber hücreye_x000D_ özgü değişimler de saptanmıştır. Resveratrol her iki hücrede SK-1/SK2 ve GSS ifadesini_x000D_ azaltırken SPT ifadesini arttırmıştır. Resveratrol, SKI II ve PDMP BCR-ABL ifadesini_x000D_ azaltırken Miriosin arttırmıştır. Resveratrol: SKI II ve PDMP kombinasyonları BCR-ABL_x000D_ üzerinde artışlara neden olurken Miriosin ile kombinasyon BCR-ABL ifadesini azaltmıştır._x000D_ Sonuç olarak, resveratrol seramid metabolizmasını ve BCR-ABL ifadesini düzenleyerek Ph+_x000D_ ALL üzerinde hücre büyümesini baskılamış ve apoptozu tetiklemiştir.Research Project Pi3k-Akt-Mtor Yolağı Ve Histon Deasetilaz Enzimlerinin Hedeflenmesinin Akut Myeloid Lösemi Hücreleri Üzerine Antitümör Etkisinin Incelenmesi(TÜBİTAK, 2022) Gencer Akçok, Emel Başak; Şansaçar, Merve; Karaca, Münevver; Okur, Tuğba; 0000-0002-6559-9144; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; Gencer Akçok, Emel Başak; 01. Abdullah Gül University; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.01. Biyomühendislik; 04.02. Moleküler Biyoloji ve GenetikAkut Miyeloid Lösemi (AML), periferik kan, kemik iliği, dalak ve karaciğerde blast adı verilen_x000D_ olgunlaşmamış miyeloid hücrelerin birikmesiyle karakterize edilen ve sonunda hematopoietik_x000D_ maligniteye yol açan bir hastalıktır. Genetik anormalliklerin yanı sıra PI3K/AKT/mTOR, Wnt,_x000D_ Notch, STAT3, Hedgehog gibi önemli hücresel yolakların AML patogenezinde rol oynadığı_x000D_ bildirilmiştir. Histon deasetilaz (HDAC) inhibitörleri, AML için umut verici antikanser aktiviteye_x000D_ sahiptir. Çalışmada, PI3K/AKT/mTOR yolunun inhibisyonunun ve HDAC inhibisyonunun farklı_x000D_ AML alt gruplarının hücre hatları olan MOLM-13 ve CMK hücre hatları kullanılarak bu_x000D_ hastalığın altında yatan moleküler mekanizma üzerindeki etkisinin araştırılması amaçlamıştır._x000D_ Bu amaçla PI3K inhibitörü LY294002 ve HDAC inhibitörleri (SAHA, PCI-3501 ve Tubastatin A)_x000D_ ve bunların kombinasyonlarının etkisi incelenmiştir. Hücre proliferasyonu MTT hücre_x000D_ sitotoksisite testi ile apoptoz oranları ise Annexin-V/PI çift boyama yöntemi ile belirlenmiş,_x000D_ ilaçların hücre döngüsüne olan etkileri de PI boyaması ile belirlenmiştir. Otofaji belirteci olan_x000D_ LC3B protein seviyesi moleküler düzeyde western blot ile doğrulanmıştır._x000D_ Kullanılan inhibitörler her iki hücre hattı üzerinde düşük mikromolar konsantrasyonda hücre_x000D_ canlılığını azaltmıştır. Sonuçlar LY294002+SAHA kombinasyon tedavisinin MOLM-13_x000D_ hücrelerinde hücre proliferasyonunu %50, CMK hücrelerinde ise %25 azalma gösterdiği_x000D_ belirlenmiştir. LY294002+Tubastatin A tedavisi, MOLM-13 ve CMK hücrelerinde hücre_x000D_ proliferasyonunu sırasıyla %65 ve %40 oranında azalttığını göstermiştir. Sonuçlarımız,_x000D_ LY294002 ve HDAC inhibitör kombinasyonlarının kontrol hücrelerine kıyasla MOLM-13_x000D_ hücrelerinde G1 fazı tutuklanmasıyla sonuçlandığını gösterdi. Öte yandan, LY294002+SAHA,_x000D_ LY294002+PCI-3501 ve LY294002+Tubastatin A kombinasyonları ile tedavi edilen CMK_x000D_ hücreleri, sırasıyla G2/M, G2/M ve G1 fazında tutuklanmıştır. Kombinasyonların apoptotik_x000D_ hücre ölümü üzerine etkisine bakılmış, LC3BII/I protein ifade düzeyi kombinasyon tedavisi_x000D_ sonucunda incelenmiştir._x000D_ HDAC enzimlerinin hem AML hem de farklı kanserler üzerindeki etkileri düşünüldüğünde,_x000D_ HDAC inhibisyonu AML için önemli ve yüksek potansiyelli bir hedeftir. Bu nedenle_x000D_ PI3K/AKT/mTOR yolağı ve HDAC'lerin farklı alt gruplarda inhibisyonunun araştırılması,_x000D_ AML'nin patogenezine yol açan mekanizmalar hakkında fikir verebilir. Sonuç olarak,_x000D_ PI3K/AKT/mTOR ve HDAC'nin bu inhibisyonunun, AML'nin ortadan kaldırılmasıyla_x000D_ sonuçlanan daha spesifik bir kombinasyon hedefli tedaviye yol açacağı umulmaktadır.Other Akut Myeloid Lösemi Tedavisi için Hedgehog Ve Otofaji Yolaklarının Düzenlenmesi(TUBİTAK, 2019) EL KHATIB, Mona; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; EL KHATIB, Mona; 01. Abdullah Gül UniversityAkut myeloid lösemi (AML) çeşitli moleküler aberasyonlar ve sinyal yolaklarındaki bozuklukları_x000D_ içeren klonal hastalıklar ile karakterize edilen bir grup heterojen malignanttır. Hedgehog (HH)_x000D_ sinyal yolağı birçok kanserde deregüle edilen evrimsel olarak korunan bir sinyal yolağıdır. HH_x000D_ sinyal yolağı lizozomal degradasyon prosesi otofajinin temel regülatörü olan PI3K/AKT/mTOR_x000D_ aksesini de içeren diğer sinyal yolakları ile karşılıklı iletişim halindedir. Bu sinyal yolakları_x000D_ AML’de deregüle edilmiştir. Birçok çalışmada otofajinin AML için bir kaçış mekanizması_x000D_ olabileceği ortaya konulmuştur. Bizim çalışmamızda, HH ve otofaji yolaklarının farklı AML_x000D_ türleri üzerine etkileri incelenmiştir. Çalışmamızda KML hücresi olan K562 ve CMK, MV4-11,_x000D_ MOLM-13 ve NB4 AML hücreleri GLI1 inhibitörü GANT61 ve farklı otofaji modülatörleri ile_x000D_ muamele edilmiştir.MTT sonuçları NB4, MOLM-13 ve MV4-11hücre proliferasyonun GLI_x000D_ inhibisyonu sonrasında düştüğünü ancak CMK’nin diğer AML hücre hatlarına kıyasla GLI_x000D_ inhibisyonuna daha az sensitif olduğunu ortaya koymuştur. Daha sonra, otofaji_x000D_ modülasyonunun farklı AML hücre hatlarının proliferasyonu üzerine etkileri incelenmiştir._x000D_ Otofajinin gerek otofagozom-lizozom füzyonu aşamasında gerekse otofagolizozomal_x000D_ degradasyon aşamasında inhibisyonunun ilaç konsantrasyonu ve muamele süresine bağlı_x000D_ olarak AML sağkalımını azalttığı gözlemlenmiştir. Otofaji modülatörleri ve GANT61’in_x000D_ kombinasyonunun MOLM-13 hücre hattı üzerinde sinerjistik bir etkisinin olduğu fakat CMK_x000D_ hücre hattı üzerinde sinerjistik etkisinin olmadığı gözlemlenmiştir. GANT61 muamelesinin AML_x000D_ hücre hatlarında otofajiyi artırdığı LC3II ekspresyonu ile western blot yöntemi ile ortaya_x000D_ konulmuştur. Buna ek olarak, kombinasyonun MOLM-13 hücresinde LC3II’yi artırdığı_x000D_ gözlenirken, bu oran CMK hücre hattında daha düşüktür. AKT proteinin ekspresyonu ilaca ve_x000D_ hücre hattına gore farklılık göstermektedir. Sonuç olarak, HH ve otofaji sinyal yolaklarının_x000D_ hedeflenmesi MOLM-13 hücre hattı için umut vaatedici bir terapi iken, CMK hücre hattında_x000D_ benzer sonuçlara ulaşılamamıştır.Conference Object Ceramide is a key factor that regulates the crosstalk between TGF-beta and sonic hedgehog signaling at the basal cilia to control cell migration and tumor metastasis(ELSEVIER SCI LTDTHE BOULEVARD, LANGFORD LANE, KIDLINGTON, OXFORD OX5 1GB, OXON, ENGLAND, 2016) Gencer, Salih; Ogretmen, Besim; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; Gencer, Salih; 01. Abdullah Gül UniversityCeramide is a key factor that regulates the crosstalk between TGF-beta and sonic hedgehog signaling at the basal cilia to control cell migration and tumor metastasisConference Object A Novel Signaling Pathway That Governs Tumor Metastasis: Ceramide Regulates Direct Crosstalk Between TGF-Β and Sonic Hedgehog Signaling(Federation Amer Soc Exp Biol, 2016) Gencer, Salih; Ogretmen, Besim; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; Gencer, Salih; 01. Abdullah Gül UniversityConference Object Ceramide Is a Key Factor That Regulates the Crosstalk Between TGF-Β and Sonic Hedgehog Signaling at the Basal Cilia to Control Cell Migration and Tumor Metastasis(Elsevier Sci Ltd, 2016) Gencer, S.; Ogretmen, B.; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; Gencer, Salih; 01. Abdullah Gül UniversityConference Object A novel signaling pathway that governs tumor metastasis: ceramide regulates direct crosstalk between TGF-beta and sonic hedgehog signaling(WILEY111 RIVER ST, HOBOKEN 07030-5774, NJ, 2016) Gencer, Salih; Ogretmen, B.; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; 01. Abdullah Gül UniversityA novel signaling pathway that governs tumor metastasis: ceramide regulates direct crosstalk between TGF-beta and sonic hedgehog signalingConference Object TGF-Β Receptor I/II Signaling at Primary Cilia Membrane Is Regulated by Ceramide to Modulate Cell Migration(Elsevier Sci Ltd, 2016) Gencer, S.; Ogretmen, B.; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; Gencer, Salih; 01. Abdullah Gül UniversityConference Object Poly(OEGMA)-B Block Copolymer Nanocarriers for Anticancer Agent Release(Wiley, 01.06.2018) Aksit, N. N.; Topuzogullari, M.; Isoglu, I. A.; El Khatib, M.; Isoglu, S. Dincer; 0000-0002-8697-1654; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; 01. Abdullah Gül University; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.01. Biyomühendislik
