TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/396

Browse

Filters

2018 - 201912020 - 20256

Settings

Subject: search.filters.subject.Biyokimya Ve Moleküler BiyolojiWoS Q: search.filters.wosQuartile.N/A

Search Results

Now showing 1 - 7 of 7
  • Article
    The Therapeutic Potential of Targeting Hdac6 With Tubastatin a in Tfk-1 and Egi-1 Cholangiocarcinoma Cells
    (2021) Yenigül, Münevver; Akcok, E. Basak Gencer
    Cholangiocarcinoma (CCA) is a highly aggressive and invasive malignancy with a poor diagnosis because of the resistance, relapse and limited therapy. Histone deacetylases (HDAC) are a class of enzyme that have important roles in epigenetic modulations. These enzymes are intensely studied and HDAC inhibitors are considered as potent anticancer agents in both solid tumors and hematological malignancies. HDAC inhibitors can affect and induce different mechanisms such as cell cycle arrest, differentiation, and cell death. In this study, we aim to investigate the cytotoxic effect of Tubastatin A, which is a selective HDAC6 inhibitor, on cholangiocarcinoma cell lines, TFK-1 and EGI-1, by MTT assay. Besides, it was aimed to examine the impact on colony formation potential of the cells. The effect of the inhibitor on cell cycle distribution was also examined by using flow cytometry. Tubastatin A has significantly decreased the colony formation and changed cell cycle progression. Taken together, our results suggest that Tubastatin A could be a potent inhibitor against cholangiocarcinoma. On the basis of these results, further mechanistic studies are required to elucidate the antineoplastic activity of Tubastatin A.
  • Article
    In Silico Evaluation of the Potential of Natural Products From Chili Pepper as Antiviral Agents Against DNA-Directed RNA Polymerase of the Monkeypox Virus
    (2024-03-24) Fidan, Ozkan; Mujwar, Somdutt
    This study focused on the discovery of new drug candidates effective against the monkeypox virus. Virtual screening was performed to evaluate the potential of chili pepper natural products against homology-modeled DNA-directed RNA polymerase of the monkeypox virus using molecular docking. Our findings revealed that structurally similar triterpenes such as α-amyrin, β-amyrin, and β-sitosterol had strong binding affinities towards the DNA-directed RNA polymerase and can inhibit this pivotal viral enzyme. The stability of one of the drug candidate molecules, α-amyrin with the strongest binding affinity towards the binding cavity of the enzyme was also confirmed via molecular dynamics simulation. This study showed that α-amyrin is a promising DNA-directed RNA polymerase inhibitor to treat monkeypox disease. It also paves the way for the idea of the potential dietary supplement candidate for monkeypox patients.
  • Article
    Computational Identification of MicroRNAs From Ssdna Viruses
    (2018-09-30) Demirci, Müşerref Duygu Saçar
    MicroRNAs (miRNAs) are post-transcriptional regulators of gene expression and the fact that they are associated with variousdisease phenotypes is one of the main reasons for their importance. The complexity of experimental detection of miRNAs dueto their characteristics led to the development of computational methods. In this work, a machine learning based approach wasapplied to identify and analyze potential miRNAs that might be originated from 60 single strand DNA (ssDNA) viruses’genomes. The results suggest that 53 of these viruses may possibly produce proper miRNA precursors. Moreover, thepossibility of these candidate miRNA precursors’ ability to generate mature miRNAs that could target human genes and viralgenomes has been tested. Overall, the outcomes of this research indicate that there might be another level of host-virusinteraction through miRNAs which requires further experimental confirmation.
  • Article
    Cytotoxic Effects of Resveratrol and Its Combinations with Ceramide Metabolism Inhibitors on FLT3 Positive Acute Myeloid Leukemia
    (2020-12-31) Ersöz, Nur Şebnem; Adan, Aysun
    Sfingolipidler hücre büyümesi ve çoğalmasını kontrol ederek hücrenin yaşam veya ölüm arasındaki kararını belirlemektedir. Büyümeyi baskılayıcı etkisi olan de novo yol izi veya salvage yol izi ile sentezlenen seramid sfingozin kinaz (SK) ve glukosil seramid sentaz (GSS) enzimleri tarafından sırasıyla hücre çoğalmasını destekleyici sfingozin-1-fosfat (S1F) ve glukozil seramide (GS) dönüştürülmektedir. Bu çalışmada, resveratrolün FLT3‟yi aşırı ifade eden THP-1 ve OCI-AML3 hücreleri üzerindeki terapötik potansiyeli seramid metabolizmasının farmakolojik olarak hedeflenmesi ile araştırılmıştır. Resveratrol, SK inhibitörü (SKI II), GSS inhibitörü (PDMP) ve resveratrolün inhibitörler ile kombinasyonlarının THP-1 ve OCI-AML3 hücreleri üzerindeki sitotoksik etkileri konsantrasyona ve zamana bağlı olarak MTT hücre canlılık testi ile saptanmıştır. Resveratrolün apoptotik etkisi aneksin-V/PI ikili boyaması yapılarak akım sitometresi ile belirlenmiştir. Resveratrol her iki hücrede hücre canlılığını azaltmış ve apoptozu indüklemiştir (p<0.05 anlamlı olarak değerlendirilmiştir). Resveratolün SK ve GSS inhibitörleri ile kombinasyonlarının 48 saatlik muamele sonucu sinerjistik sitotoksik etki gösterdiği belirlenmiştir (p<0.05). Elde edilen bu sonuçlar, resveratrolün FLT3‟yi aşırı ifade eden AML‟de seramid metabolizmasını hedefleyerek etki gösterebileceğini literatürde ilk defa göstermiştir ve çalışma mekanistik olarak araştırılabilecektir.
  • Article
    A Systematic Literature and Market Analysis for Wearable Exoskeleton
    (2025-06-30) Türksoy, Hüseyın Gazı; Ercan, İffet Pala
    Dış iskelet sistemleri genel anlamda insan anatomisine uygun yapıya sahip olacak şekilde tasarlanmış, insanlarla etkileşim halinde çalışan giyilebilir yapılardır. Kullanıcıların yürüme, koşma, oturma, ayakta durma ve ağır yük taşıma gibi temel işlevlerine katkıda bulunmak için kullanılabileceği gibi, kullanıcının alt ve/veya üst uzuvlarının yeteneğinin geri kazanılması gibi rehabilitasyon ve tedavi sürecinde de kullanılabilir. Bir diğer kullanım alanı sağlıklı uzuvların gücünü normalin üzerine çıkarmak amacıyladır. Öncelikli amaç performans artırmak olup bu anlamda da geniş bir kullanım alanı bulmaktadır. Tasarlanan dış iskelet yapıları insanların hayatını kolaylaştırmakta ve kullanıldıkları alanlarda bireylere daha kaliteli bir yaşam sunmaktadır. Çalışmanın amacı, giyilebilir dış iskeletler alanında yapılan akademik çalışmaları ve pazardaki mevcut ürünleri ortaya koymak, bu ürünlerin hangi sınıfa ait olduğunu belirlemek, çalışmaların hangi alanda yoğunlaştığını saptamak ve yeni araştırmalar için potansiyel çalışma alanlarını belirlemektir. Çalışmada sistematik literatür analizi kullanılmış olup dahil etme ve hariç tutma kriterlerine göre çalışmalar ve ürünler analiz edilmiştir. Bu çalışma ile dış iskelet alanındaki çalışmaları analiz edilerek birbirleri arasındaki bağıntılar belirlenmiş, bu alana yeni giren araştırmacılar için temel uygulamaları tanıtılmış ve disiplinlerarası çalışma alanı oluşturulması hedeflenmiştir.
  • Article
    Aurora Kinases: Their Role in Cancer and Cellular Processes
    (2024-06-28) Sarı, Sıbel; Özsoy, Elif Rumeysa
    Aurora kinazlar, Aurora A, B ve C şeklinde tanımlanan üç üyeye sahip, hücre döngüsünün düzenlenmesinde kritik rolleri olan yüksek oranda korunmuş serin/treonin kinaz ailesine ait proteinlerdir. Aurora kinazlar, kromozom stabilitesinin korunmasında önemli rolleri olan mitotik düzenleyiciler olarak hizmet etmektedir. Mitozdaki çeşitli olaylarda kritik roller üstlenen Aurora kinazlar, kromozomal ve sitoskeletal olayların koordinasyonu, iğ ipliği oluşumu kontrolü ve sitokinez gibi olaylarda görev alarak hücre döngüsünün sorunsuz ilerlemesini sağlamaktadır. Mitotik fonksiyonlarının yanı sıra, Aurora kinazlar mayoz bölünmenin düzenlenmesi süreçlerinde de yer almaktadırlar. Aurora kinazların gen amplifikasyonu/mutasyonu ve aşırı ifadesi çeşitli solid ve hematolojik kanserlerde tespit edilmiştir. Aurora kinazlar mitotik rolleri ile ilişkilendirilen onkojenik fonksiyonları ile kanser hücrelerinin çoğalması ve hayatta kalmalarını sağlamaktadırlar. Aurora kinaz aktivitesinin bozulması, sentrozom fonksiyonunda, iğ ipliklerinin oluşumunda, kromozomal hizalanmada ve sitokinezde sorunlara neden olarak mitotik anormallikler ve genetik istikrarsızlığa yol açmaktadır. Bu bulgular, Aurora kinazların kanserdeki önemli fonksiyonlarını vurgulayarak kanser terapötikleri için değerli hedefler olarak tanınmalarını sağlamaktadır. Bu derleme, Aurora kinazların yapı ve fonksiyonlarına genel bir bakış sunarak, bu kinazların kanserdeki onkojenik rollerini aydınlatmaktadır.
  • Article
    Assessing the Proliferative Impact of Alginate-Gelatin Composites on Mesenchymal Stromal Cells
    (2025-03-15) Bicer, Mesude
    İki boyutlu (2D) kültür üzerinde yapılan geleneksel çalışmalar, hücre göçü, çözünür faktör gradyanı ve hücre-matris etkileşimleri dahil olmak üzere in vivo ortamın fizyolojik ve patofizyolojik özelliklerini yakından yansıttmaz. 3-boyutlu (3D) hücre kültürü, hücre göçünü teşvik etmek, biyomateryal sertligini degiştirmek veya hücre-matris etkileşimlerine izin vermek için aljinat hidrojelleri gibi 3D biyomateryalleri kullanarak bu dezavantajların üstesinden gelmektedir. Bu çalışmada, mezenkimal kok hücre canlılığını ve farklılaşma potansiyelini destekleyen doku mühendisliği tekniklerine olan ihtiyacı karşılamak için aljinat-jelatin kompozitleri içeren yeni bir 3-boyutlu platformun önerilmesi amaçlanmıştır. İlk bölümde farklı hidrojel bazlı biyomateryallerin absorbans spektrumları görünür ışık kullanılarak incelenmiştir. En iyi performansı gösteren hidrojeli bulduktan sonra çalışma, XTT canlılık testi ve canlı/ölü sitotoksisite testi kullanılarak hücre çoğalmasına odaklanılmıştır. Hücre canlılığı aljinat-jelatin, aljinat ve selüloz gibi iskelelerle karşılaştırıldığında, aljinat-jelatin hidrojelin mezenkimal kök hücrelerinin canlılığını arttırdığı tespit edildi. Bu artış, 2D kültürde büyütülen hücrelerle karşılaştırıldığında da aynı şekilde gözlendi. Bu çalışmadan elde edilen bulgular, literatürdeki diğer çalışmaların verileriyle tutarlıdır. Bu nedenle, aljinat-jelatin kompozitleri doku mühendisliğinde hücre proliferasyonunu iyileştirmek için umut verici bir aday olabilir.