Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Koleksiyonu

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/209

Browse

Now showing 1 - 10 of 10

Akut Myeloid Lösemi Tedavisi için Hedgehog Ve Otofaji Yolaklarının Düzenlenmesi
(TUBİTAK, 2019) EL KHATIB, Mona; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; EL KHATIB, Mona
Akut myeloid lösemi (AML) çeşitli moleküler aberasyonlar ve sinyal yolaklarındaki bozuklukları içeren klonal hastalıklar ile karakterize edilen bir grup heterojen malignanttır. Hedgehog (HH) sinyal yolağı birçok kanserde deregüle edilen evrimsel olarak korunan bir sinyal yolağıdır. HH sinyal yolağı lizozomal degradasyon prosesi otofajinin temel regülatörü olan PI3K/AKT/mTOR aksesini de içeren diğer sinyal yolakları ile karşılıklı iletişim halindedir. Bu sinyal yolakları AML’de deregüle edilmiştir. Birçok çalışmada otofajinin AML için bir kaçış mekanizması olabileceği ortaya konulmuştur. Bizim çalışmamızda, HH ve otofaji yolaklarının farklı AML türleri üzerine etkileri incelenmiştir. Çalışmamızda KML hücresi olan K562 ve CMK, MV4-11, MOLM-13 ve NB4 AML hücreleri GLI1 inhibitörü GANT61 ve farklı otofaji modülatörleri ile muamele edilmiştir.MTT sonuçları NB4, MOLM-13 ve MV4-11hücre proliferasyonun GLI inhibisyonu sonrasında düştüğünü ancak CMK’nin diğer AML hücre hatlarına kıyasla GLI inhibisyonuna daha az sensitif olduğunu ortaya koymuştur. Daha sonra, otofaji modülasyonunun farklı AML hücre hatlarının proliferasyonu üzerine etkileri incelenmiştir. Otofajinin gerek otofagozom-lizozom füzyonu aşamasında gerekse otofagolizozomal degradasyon aşamasında inhibisyonunun ilaç konsantrasyonu ve muamele süresine bağlı olarak AML sağkalımını azalttığı gözlemlenmiştir. Otofaji modülatörleri ve GANT61’in kombinasyonunun MOLM-13 hücre hattı üzerinde sinerjistik bir etkisinin olduğu fakat CMK hücre hattı üzerinde sinerjistik etkisinin olmadığı gözlemlenmiştir. GANT61 muamelesinin AML hücre hatlarında otofajiyi artırdığı LC3II ekspresyonu ile western blot yöntemi ile ortaya konulmuştur. Buna ek olarak, kombinasyonun MOLM-13 hücresinde LC3II’yi artırdığı gözlenirken, bu oran CMK hücre hattında daha düşüktür. AKT proteinin ekspresyonu ilaca ve hücre hattına gore farklılık göstermektedir. Sonuç olarak, HH ve otofaji sinyal yolaklarının hedeflenmesi MOLM-13 hücre hattı için umut vaatedici bir terapi iken, CMK hücre hattında benzer sonuçlara ulaşılamamıştır.
Cell Proliferation and Cytotoxicity Assays
(BENTHAM SCIENCE PUBL LTDEXECUTIVE STE Y-2, PO BOX 7917, SAIF ZONE, 1200 BR SHARJAH, U ARAB EMIRATES, 2016) Adan, Aysun; Kiraz, Yagmur; Baran, Yusuf; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; Adan, Aysun; Kiraz, Yagmur; Baran, Yusuf
Cell viability is defined as the number of healthy cells in a sample and proliferation of cells is a vital indicator for understanding the mechanisms in action of certain genes, proteins and pathways involved cell survival or death after exposing to toxic agents. Generally, methods used to determine viability are also common for the detection of cell proliferation. Cell cytotoxicity and proliferation assays are generally used for drug screening to detect whether the test molecules have effects on cell proliferation or display direct cytotoxic effects. Regardless of the type of cell-based assay being used, it is important to know how many viable cells are remaining at the end of the experiment. There are a variety of assay methods based on various cell functions such as enzyme activity, cell membrane permeability, cell adherence, ATP production, co-enzyme production, and nucleotide uptake activity. These methods could be basically classified into different categories: (I) dye exclusion methods such as trypan blue dye exclusion assay, (II) methods based on metabolic activity, (III) ATP assay, (IV) sulforhodamine B assay, (V) protease viability marker assay, (VI) clonogenic cell survival assay, (VII) DNA synthesis cell proliferation assays and (V) raman micro-spectroscopy. In order to choose the optimal viability assay, the cell type, applied culture conditions, and the specific questions being asked should be considered in detail. This particular review aims to provide an overview of common cell proliferation and cytotoxicity assays together with their own advantages and disadvantages, their methodologies, comparisons and intended purposes.
Flow cytometry: basic principles and applications
(TAYLOR & FRANCIS LTD2-4 PARK SQUARE, MILTON PARK, ABINGDON OR14 4RN, OXON, ENGLAND, 2017) Adan, Aysun; Alizada, Gunel; Kiraz, Yagmur; Baran, Yusuf; Nalbant, Ayten; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü
Flow cytometry is a sophisticated instrument measuring multiple physical characteristics of a single cell such as size and granularity simultaneously as the cell flows in suspension through a measuring device. Its working depends on the light scattering features of the cells under investigation, which may be derived from dyes or monoclonal antibodies targeting either extracellular molecules located on the surface or intracellular molecules inside the cell. This approach makes flow cytometry a powerful tool for detailed analysis of complex populations in a short period of time. This review covers the general principles and selected applications of flow cytometry such as immunophenotyping of peripheral blood cells, analysis of apoptosis and detection of cytokines. Additionally, this report provides a basic understanding of flow cytometry technology essential for all users as well as the methods used to analyze and interpret the data. Moreover, recent progresses in flow cytometry have been discussed in order to give an opinion about the future importance of this technology.
Major apoptotic mechanisms and genes involved in apoptosis
(SAGE PUBLICATIONS LTD1 OLIVERS YARD, 55 CITY ROAD, LONDON EC1Y 1SP, ENGLAND, 2016) Kiraz, Yagmur; Adan, Aysun; Yandim, Melis Kartal; Baran, Yusuf; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; Baran, Yusuf; Kiraz, Yagmur
As much as the cellular viability is important for the living organisms, the elimination of unnecessary or damaged cells has the opposite necessity for the maintenance of homeostasis in tissues, organs and the whole organism. Apoptosis, a type of cell death mechanism, is controlled by the interactions between several molecules and responsible for the elimination of unwanted cells from the body. Apoptosis can be triggered by intrinsically or extrinsically through death signals from the outside of the cell. Any abnormality in apoptosis process can cause various types of diseases from cancer to auto-immune diseases. Different gene families such as caspases, inhibitor of apoptosis proteins, B cell lymphoma (Bcl)-2 family of genes, tumor necrosis factor (TNF) receptor gene superfamily, or p53 gene are involved and/or collaborate in the process of apoptosis. In this review, we discuss the basic features of apoptosis and have focused on the gene families playing critical roles, activation/inactivation mechanisms, upstream/downstream effectors, and signaling pathways in apoptosis on the basis of cancer studies. In addition, novel apoptotic players such as miRNAs and sphingolipid family members in various kind of cancer are discussed.
Pi3k-Akt-Mtor Yolağı Ve Histon Deasetilaz Enzimlerinin Hedeflenmesinin Akut Myeloid Lösemi Hücreleri Üzerine Antitümör Etkisinin Incelenmesi
(TÜBİTAK, 2022) Gencer Akçok, Emel Başak; Şansaçar, Merve; Karaca, Münevver; Okur, Tuğba; 0000-0002-6559-9144; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; Gencer Akçok, Emel Başak
Akut Miyeloid Lösemi (AML), periferik kan, kemik iliği, dalak ve karaciğerde blast adı verilen olgunlaşmamış miyeloid hücrelerin birikmesiyle karakterize edilen ve sonunda hematopoietik maligniteye yol açan bir hastalıktır. Genetik anormalliklerin yanı sıra PI3K/AKT/mTOR, Wnt, Notch, STAT3, Hedgehog gibi önemli hücresel yolakların AML patogenezinde rol oynadığı bildirilmiştir. Histon deasetilaz (HDAC) inhibitörleri, AML için umut verici antikanser aktiviteye sahiptir. Çalışmada, PI3K/AKT/mTOR yolunun inhibisyonunun ve HDAC inhibisyonunun farklı AML alt gruplarının hücre hatları olan MOLM-13 ve CMK hücre hatları kullanılarak bu hastalığın altında yatan moleküler mekanizma üzerindeki etkisinin araştırılması amaçlamıştır. Bu amaçla PI3K inhibitörü LY294002 ve HDAC inhibitörleri (SAHA, PCI-3501 ve Tubastatin A) ve bunların kombinasyonlarının etkisi incelenmiştir. Hücre proliferasyonu MTT hücre sitotoksisite testi ile apoptoz oranları ise Annexin-V/PI çift boyama yöntemi ile belirlenmiş, ilaçların hücre döngüsüne olan etkileri de PI boyaması ile belirlenmiştir. Otofaji belirteci olan LC3B protein seviyesi moleküler düzeyde western blot ile doğrulanmıştır. Kullanılan inhibitörler her iki hücre hattı üzerinde düşük mikromolar konsantrasyonda hücre canlılığını azaltmıştır. Sonuçlar LY294002+SAHA kombinasyon tedavisinin MOLM-13 hücrelerinde hücre proliferasyonunu %50, CMK hücrelerinde ise %25 azalma gösterdiği belirlenmiştir. LY294002+Tubastatin A tedavisi, MOLM-13 ve CMK hücrelerinde hücre proliferasyonunu sırasıyla %65 ve %40 oranında azalttığını göstermiştir. Sonuçlarımız, LY294002 ve HDAC inhibitör kombinasyonlarının kontrol hücrelerine kıyasla MOLM-13 hücrelerinde G1 fazı tutuklanmasıyla sonuçlandığını gösterdi. Öte yandan, LY294002+SAHA, LY294002+PCI-3501 ve LY294002+Tubastatin A kombinasyonları ile tedavi edilen CMK hücreleri, sırasıyla G2/M, G2/M ve G1 fazında tutuklanmıştır. Kombinasyonların apoptotik hücre ölümü üzerine etkisine bakılmış, LC3BII/I protein ifade düzeyi kombinasyon tedavisi sonucunda incelenmiştir. HDAC enzimlerinin hem AML hem de farklı kanserler üzerindeki etkileri düşünüldüğünde, HDAC inhibisyonu AML için önemli ve yüksek potansiyelli bir hedeftir. Bu nedenle PI3K/AKT/mTOR yolağı ve HDAC'lerin farklı alt gruplarda inhibisyonunun araştırılması, AML'nin patogenezine yol açan mekanizmalar hakkında fikir verebilir. Sonuç olarak, PI3K/AKT/mTOR ve HDAC'nin bu inhibisyonunun, AML'nin ortadan kaldırılmasıyla sonuçlanan daha spesifik bir kombinasyon hedefli tedaviye yol açacağı umulmaktadır.
Precision medicine in oncology: Challenges, stakes and new paradigms
(JOHN LIBBEY EUROTEXT LTD, 127 AVE DE LA REPUBLIQUE, 92120 MONTROUGE, FRANCE, 2019) Cox, Stephanie; Rousseau-Tsangaris, Marina; Abou-Zeid, Nancy; Dalle, Stephane; Leurent, Pierre; Cutivet, Arnaud; Le, Hai-Ha; Kotb, Shady; Bogaert, Brenda; Gardette, Robert; Baran, Yusuf; Holder, Jean-Marc; Lerner, Larisa; Blay, Jean-Yves; Cambrosio, Alberto; Tredan, Olivier; Denefle, Patrice; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü
Precision medicine in oncology: Challenges, stakes and new paradigms
Resveratrolün Ph+ Akut Lenfoblastik Lösemide Terapötik Potansiyeli ve Resveratrol Tarafından Tetiklenen Apoptozda Seramid Metabolizmasının Rolü
(TUBİTAK, 2019) Adan, Aysun; Baran, Yusuf; 0000-0002-3747-8580; 0000-0001-8354-780X; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; Adan, Aysun
Proje ile resveratrolün, Ph+ ALL hücreleri üzerindeki büyümeyi inhibe edici etkisinin arkasında yatan mekanizmalar, seramid metabolizmasının hedeflenmesi ve BCR-ABL ifadesindeki değişimler ile ilişkilendirilerek araştırılmıştır. Resveratrol, SK inhibitörü (SKI II), GSS inhibitörü (PDMP), SPT inhibitörü (Miriosin, Myriocin) ve resveratrol: inhibitör kombinasyonlarının in vitro olarak Ph+ ALL SD1 ve SUP-B15 hücreleri üzerindeki büyümeyi durdurucu ve apoptotik etkileri MTT hücre çoğalması testi, Aneksin-V/PI boyaması, kaspaz3, PARP ifadelerinin ve sitokrom c salınımının belirlenmesi (western blot) ile, sitostatik etki (hücre döngüsü üzerindeki) ise akım sitometresi (PI boyaması) ile araştırılmıştır. Resveratrol ve sfingolipid metabolizması enzimlerini hedefleyen inhibitör kombinasyonlarının BCR-ABL protein ifadesi üzerine etkisi western blot ile belirlenmiştir. Ayrıca, resveratrolün SPT, SK-1/2, GSS protein ifadeleri üzerindeki etkisi western blot ile belirlenmiştir. Her iki hücre hattında resveratrol ve SKI II ve PDMP ile kombinasyonları hücre büyümesini baskılamış, apoptozu tetiklemiş ve hücre döngüsünü S fazında tutmuştur. Resveratrol:Miriosin kombinasyonu ise hücre büyümesi ve hücre döngüsü üzerinde hücreye özgü etkiler gösterirken apoptozu her iki hücrede tetiklemiştir. Her iki hücre tipinde resveratol ve kombinasyonları sitokrom-c salınımını, kaspaz-3 kesimini ve PARP kesimini genel olarak arttırmakla beraber hücreye özgü değişimler de saptanmıştır. Resveratrol her iki hücrede SK-1/SK2 ve GSS ifadesini azaltırken SPT ifadesini arttırmıştır. Resveratrol, SKI II ve PDMP BCR-ABL ifadesini azaltırken Miriosin arttırmıştır. Resveratrol: SKI II ve PDMP kombinasyonları BCR-ABL üzerinde artışlara neden olurken Miriosin ile kombinasyon BCR-ABL ifadesini azaltmıştır. Sonuç olarak, resveratrol seramid metabolizmasını ve BCR-ABL ifadesini düzenleyerek Ph+ ALL üzerinde hücre büyümesini baskılamış ve apoptozu tetiklemiştir.
Synthesis and characterization of 4-VP/SPMA cryogels
(WILEY, 111 RIVER ST, HOBOKEN 07030-5774, NJ USA, 2019) Isoglu, Ismail Alper; Durukan, A. Yuruk; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü;
[Özet Yok]
T cells in tumor microenvironment
(SAGE PUBLICATIONS LTD1 OLIVERS YARD, 55 CITY ROAD, LONDON EC1Y 1SP, ENGLAND, 2016) Kiraz, Yagmur; Baran, Yusuf; Nalbant, Ayten; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; Baran, Yusuf
Tumors progress in a specific area, which supports its development, spreading or shrinking in time with the presence of different factors that effect the fate of the cancer cells. This specialized site is called "tumor microenvironment" and has a composition of heterogenous materials. The immune cells are also residents of this stromal, cancerous, and inflammatory environment, and their types, densities, or functional differences are one of the key factors that mediate the fate of a tumor. T cells as a vital part of the immune system also are a component of tumor microenvironment, and their roles have been elucidated in many studies. In this review, we focused on the immune system components by focusing on T cells and detailed T helper cell subsets in tumor microenvironment and how their behaviors affect either the tumor or the patient's outcome.
An update on molecular biology and drug resistance mechanisms of multiple myeloma
(ELSEVIER SCIENCE INC, 360 PARK AVE SOUTH, NEW YORK, NY 10010-1710 USA, 2015) Mutlu, Pelin; Kiraz, Yagmur; Gunduz, Ufuk; Baran, Yusuf; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü;
Multiple myeloma (MM), a neoplasm of plasma cells, is the second most common hematological malignancy. Incidance rates increase after age 40. MM is most commonly seen in men and African-American population. There are several factors to this, such as obesity, environmental factors, family history, genetic factors and monoclonal gammopathies of undetermined significance (MGUS) that have been implicated as potentially etiologic. Development of MM involves a series of complex molecular events, including chromosomal abnormalities, oncogene activation and growth factor dysregulation. Chemotherapy is the most commonly used treatment strategy in MM. However, MM is a difficult disease to treat because of its marked resistance to chemotherapy. MM has been shown to be commonly multidrug resistance (MDR)-negative at diagnosis and associated with a high incidence of MDR expression at relapse. This review deals with the molecular aspects of MM, drug resistance mechanisms during treatment and also possible new applications for overcoming drug resistance. (C) 2015 Elsevier Ireland Ltd. All rights reserved.

Browse

Browsing Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Koleksiyonu by Publication Category "Diğer"