Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi

Permanent URI for this communityhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/39

Browse

Now showing 1 - 7 of 7

Computer-Aided Classification of Breast Cancer Histopathological Images
(IEEE345 E 47TH ST, NEW YORK, NY 10017 USA, 2017) Aksebzeci, Bekir Hakan; Kayaalti, Omer; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü; 01. Abdullah Gül University
Nowadays, one of the most common types of cancer is breast cancer. The early and accurate diagnosis of breast cancer has great importance in the treatment of the disease. In the diagnosis of breast cancer, histopathological analysis of cell and tissue specimens taken by biopsy is considered as the gold standard. Histopathological analysis is a tedious process that is highly dependent on the knowledge and experience of the pathologists. In this study; it is aimed to develop a computer-aided system that can reduce the workload of pathologists and help them in their diagnosis. An image set containing benign and malignant tumor images of breast cancer has been studied. To perform texture analysis on tumor images; first order statistics, Gabor and gray-level co-occurrence matrix (GLCM) feature extraction methods have been applied. Then, various classifiers were applied to the obtained feature matrices and their performances were compared. The highest classification accuracy was achieved 82.06% by Random Forests classifier with feature combination of Gabor and GLCM methods. The results presented here show that computer-assisted diagnosis of breast cancer is a promising field.
Enkapsüle Edilmiş ve Serbest Formda Probiyotik Lactobacillus acidophilus ATCC 4356 Suşunun Dondurma Depolama Periyodunda Stabilitesinin İncelenmesi
(Atatürk Üniversitesi, 2022) Sedefoğlu, Sedat; ORTAKCI,Fatih; SERT,Selahattin; 0000-0003-1319-0854; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü; ORTAKCI, Fatih; 01. Abdullah Gül University
Bu çalışmada probiyotik Lb. acidophilus ATCC 4356 (ATCC 4356) suşu, ekstrüzyon yöntemi_x000D_ ile aljinat kullanılarak kapsüllenmiştir. Bu enkapsüle ve serbest formdaki ATCC 4356 dondurmaya ilave edilerek −18°C’de 3 ay süre ile depolanmıştır. Depolamanın 0, 30 ve 90. günlerinde alınan örneklerde, ATCC 4356’nin canlılığını sürdürebilme yeteneği karşılaştırmalı olarak_x000D_ ortaya konulmuştur. Araştırma sonuçlarına göre, dondurmaya ilave edilen serbest ve enkapsüle ATCC 4356’nın, −18°C’de 3 aylık depolama süresinin sonunda canlılıklarını korudukları,_x000D_ buna karşılık sayılarındaki azalışın istatistiki olarak farklı düzeyde olmadıkları tespit edilmiştir_x000D_ (P > ,05). Bununla birlikte, dondurmaların 90 günlük depolama periyodu boyunca, serbest_x000D_ ve enkapsüle Lb. acidophilus ATCC 4356 sayılarının 107_x000D_ kob/g’ın altına düşmemiş olması, son_x000D_ üründe probiyotiklerin arzu edilen düzeyde canlılığını koruduğunu göstermiştir. Dolayısıyla_x000D_ bakterinin terapotik etkiler gösterebilme açısından dondurmanın uygun bir gıda olarak_x000D_ kullanılabileceği düşünülmektedir. Serbest ve enkapsüle dondurmalara ait duyusal analiz_x000D_ sonuçlarında ise enkapsülasyonun dondurmanın yapı ve tekstüründe önemli seviyede etkiye_x000D_ yol açtığı (P < ,05) ve genel kabul düzeyi olarak serbest ve enkapsüle dondurmalardaki farkın_x000D_ önemli seviyede olduğu gözlemlenmiştir (P < ,05). Bununla birlikte renk, görünüş, tat ve koku_x000D_ kriterleri bakımından serbest ve enkapsüle dondurmalardaki farkın önemsiz seviyede olduğu_x000D_ belirlenmiştir (P > ,05).
In-Silico Methods to Identify Common MicroRNAs and Pathways of Neuromuscular Diseases
(IEEE, 345 E 47TH ST, NEW YORK, NY 10017 USA, 2019) Yazici, Miray Unlu; Menges, Evrim Aksu; Ulum, Yeliz Z. Akkaya; Hayta, Burcu Balci; Bakir-Gungor, Burcu; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü; 01. Abdullah Gül University; 02. 04. Bilgisayar Mühendisliği; 02. Mühendislik Fakültesi; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.01. Biyomühendislik
Neuromuscular disorders (NMD) are a heterogeneous group of diseases characterized by the loss of function of the peripheral nerves and muscles. However, there are no effective and widespread therapeutic approaches to prevent or delay the progression of these disease types. microRNAs (miRNAs) which cause significant changes in gene expression by binding to target messenger RNAs (mRNAs), are known to have an effect on disease mechanisms. In this study, by integrating different bioinformatics methods, we aim to find miRNAs, target genes and pathways related to a group of neuromuscular diseases. For this purpose, we determined 17 miRNAs that show significant expression changes between patient and healthy groups; predicted target genes of these miRNAs; and identified affected pathways using subnetwork discovery, functional enrichment based algorithms. In our study, we integrated different in-silico approaches that proceed in top-down manner or bottom-up manner. The identified candidate miRNAs, genes and pathways, which could help to explain neuromuscular disease development mechanisms, are now under investigation in wet-lab.
Pi3k-Akt-Mtor Yolağı Ve Histon Deasetilaz Enzimlerinin Hedeflenmesinin Akut Myeloid Lösemi Hücreleri Üzerine Antitümör Etkisinin Incelenmesi
(TÜBİTAK, 2022) Gencer Akçok, Emel Başak; Şansaçar, Merve; Karaca, Münevver; Okur, Tuğba; 0000-0002-6559-9144; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; Gencer Akçok, Emel Başak; 01. Abdullah Gül University; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.01. Biyomühendislik; 04.02. Moleküler Biyoloji ve Genetik
Akut Miyeloid Lösemi (AML), periferik kan, kemik iliği, dalak ve karaciğerde blast adı verilen_x000D_ olgunlaşmamış miyeloid hücrelerin birikmesiyle karakterize edilen ve sonunda hematopoietik_x000D_ maligniteye yol açan bir hastalıktır. Genetik anormalliklerin yanı sıra PI3K/AKT/mTOR, Wnt,_x000D_ Notch, STAT3, Hedgehog gibi önemli hücresel yolakların AML patogenezinde rol oynadığı_x000D_ bildirilmiştir. Histon deasetilaz (HDAC) inhibitörleri, AML için umut verici antikanser aktiviteye_x000D_ sahiptir. Çalışmada, PI3K/AKT/mTOR yolunun inhibisyonunun ve HDAC inhibisyonunun farklı_x000D_ AML alt gruplarının hücre hatları olan MOLM-13 ve CMK hücre hatları kullanılarak bu_x000D_ hastalığın altında yatan moleküler mekanizma üzerindeki etkisinin araştırılması amaçlamıştır._x000D_ Bu amaçla PI3K inhibitörü LY294002 ve HDAC inhibitörleri (SAHA, PCI-3501 ve Tubastatin A)_x000D_ ve bunların kombinasyonlarının etkisi incelenmiştir. Hücre proliferasyonu MTT hücre_x000D_ sitotoksisite testi ile apoptoz oranları ise Annexin-V/PI çift boyama yöntemi ile belirlenmiş,_x000D_ ilaçların hücre döngüsüne olan etkileri de PI boyaması ile belirlenmiştir. Otofaji belirteci olan_x000D_ LC3B protein seviyesi moleküler düzeyde western blot ile doğrulanmıştır._x000D_ Kullanılan inhibitörler her iki hücre hattı üzerinde düşük mikromolar konsantrasyonda hücre_x000D_ canlılığını azaltmıştır. Sonuçlar LY294002+SAHA kombinasyon tedavisinin MOLM-13_x000D_ hücrelerinde hücre proliferasyonunu %50, CMK hücrelerinde ise %25 azalma gösterdiği_x000D_ belirlenmiştir. LY294002+Tubastatin A tedavisi, MOLM-13 ve CMK hücrelerinde hücre_x000D_ proliferasyonunu sırasıyla %65 ve %40 oranında azalttığını göstermiştir. Sonuçlarımız,_x000D_ LY294002 ve HDAC inhibitör kombinasyonlarının kontrol hücrelerine kıyasla MOLM-13_x000D_ hücrelerinde G1 fazı tutuklanmasıyla sonuçlandığını gösterdi. Öte yandan, LY294002+SAHA,_x000D_ LY294002+PCI-3501 ve LY294002+Tubastatin A kombinasyonları ile tedavi edilen CMK_x000D_ hücreleri, sırasıyla G2/M, G2/M ve G1 fazında tutuklanmıştır. Kombinasyonların apoptotik_x000D_ hücre ölümü üzerine etkisine bakılmış, LC3BII/I protein ifade düzeyi kombinasyon tedavisi_x000D_ sonucunda incelenmiştir._x000D_ HDAC enzimlerinin hem AML hem de farklı kanserler üzerindeki etkileri düşünüldüğünde,_x000D_ HDAC inhibisyonu AML için önemli ve yüksek potansiyelli bir hedeftir. Bu nedenle_x000D_ PI3K/AKT/mTOR yolağı ve HDAC'lerin farklı alt gruplarda inhibisyonunun araştırılması,_x000D_ AML'nin patogenezine yol açan mekanizmalar hakkında fikir verebilir. Sonuç olarak,_x000D_ PI3K/AKT/mTOR ve HDAC'nin bu inhibisyonunun, AML'nin ortadan kaldırılmasıyla_x000D_ sonuçlanan daha spesifik bir kombinasyon hedefli tedaviye yol açacağı umulmaktadır.
Resveratrolün Ph+ Akut Lenfoblastik Lösemide Terapötik Potansiyeli ve Resveratrol Tarafından Tetiklenen Apoptozda Seramid Metabolizmasının Rolü
(TUBİTAK, 2019) Adan, Aysun; Baran, Yusuf; 0000-0002-3747-8580; 0000-0001-8354-780X; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; Adan, Aysun; 01. Abdullah Gül University; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.02. Moleküler Biyoloji ve Genetik
Proje ile resveratrolün, Ph+ ALL hücreleri üzerindeki büyümeyi inhibe edici etkisinin_x000D_ arkasında yatan mekanizmalar, seramid metabolizmasının hedeflenmesi ve BCR-ABL_x000D_ ifadesindeki değişimler ile ilişkilendirilerek araştırılmıştır. Resveratrol, SK inhibitörü (SKI II),_x000D_ GSS inhibitörü (PDMP), SPT inhibitörü (Miriosin, Myriocin) ve resveratrol: inhibitör_x000D_ kombinasyonlarının in vitro olarak Ph+ ALL SD1 ve SUP-B15 hücreleri üzerindeki büyümeyi_x000D_ durdurucu ve apoptotik etkileri MTT hücre çoğalması testi, Aneksin-V/PI boyaması, kaspaz3, PARP ifadelerinin ve sitokrom c salınımının belirlenmesi (western blot) ile, sitostatik etki_x000D_ (hücre döngüsü üzerindeki) ise akım sitometresi (PI boyaması) ile araştırılmıştır. Resveratrol_x000D_ ve sfingolipid metabolizması enzimlerini hedefleyen inhibitör kombinasyonlarının BCR-ABL_x000D_ protein ifadesi üzerine etkisi western blot ile belirlenmiştir. Ayrıca, resveratrolün SPT, SK-1/2,_x000D_ GSS protein ifadeleri üzerindeki etkisi western blot ile belirlenmiştir. Her iki hücre hattında_x000D_ resveratrol ve SKI II ve PDMP ile kombinasyonları hücre büyümesini baskılamış, apoptozu_x000D_ tetiklemiş ve hücre döngüsünü S fazında tutmuştur. Resveratrol:Miriosin kombinasyonu ise_x000D_ hücre büyümesi ve hücre döngüsü üzerinde hücreye özgü etkiler gösterirken apoptozu her iki_x000D_ hücrede tetiklemiştir. Her iki hücre tipinde resveratol ve kombinasyonları sitokrom-c_x000D_ salınımını, kaspaz-3 kesimini ve PARP kesimini genel olarak arttırmakla beraber hücreye_x000D_ özgü değişimler de saptanmıştır. Resveratrol her iki hücrede SK-1/SK2 ve GSS ifadesini_x000D_ azaltırken SPT ifadesini arttırmıştır. Resveratrol, SKI II ve PDMP BCR-ABL ifadesini_x000D_ azaltırken Miriosin arttırmıştır. Resveratrol: SKI II ve PDMP kombinasyonları BCR-ABL_x000D_ üzerinde artışlara neden olurken Miriosin ile kombinasyon BCR-ABL ifadesini azaltmıştır._x000D_ Sonuç olarak, resveratrol seramid metabolizmasını ve BCR-ABL ifadesini düzenleyerek Ph+_x000D_ ALL üzerinde hücre büyümesini baskılamış ve apoptozu tetiklemiştir.
RNA İkincil Yapılarının Çok Boyutlu Gösterimi ve Pre-Mirna Tespiti Için Uygulamaları
(TUBİTAK, 2021) Saçar Demirci, Müşerref Duygu; Demirci, Yilmaz Mehmet; 0000-0003-2012-0598; 0000-0003-3802-4211; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü; Saçar Demirci, Müşerref Duygu; Demirci, Yilmaz Mehmet; 01. Abdullah Gül University; 02.01. Mühendislik Bilimleri; 02. Mühendislik Fakültesi; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.01. Biyomühendislik
MikroRNA'lar (miRNA'lar), transkripsiyon sonrası gen ekspresyonu düzenleyicileridir. Bir_x000D_ miRNA yüzlerce haberci RNA'yı (mRNA'lar) hedefleyebildiği gibi, bir mRNA farklı miRNA'lar_x000D_ tarafından hedeflenebilir, üstelik tek bir miRNA bir mRNA sekansında çeşitli bağlanma_x000D_ bölgelerine sahip olabilir. Bu nedenle miRNA'ları deneysel olarak araştırmak oldukça_x000D_ karmaşıktır. Bu tür zorlukları aşabilmek için makine öğrenimi (ML) sıklıkla kullanılmaktadır._x000D_ ML analizinin temel kısımları büyük ölçüde giriş verilerinin kalitesine ve verileri tanımlayan_x000D_ özelliklerin kapasitesine bağlıdır. Daha önce miRNA'lar için 1000'den fazla özellik önerilmişti._x000D_ Bu projede, RNA ikincil yapısını temsil eden yeni özellikler ve yüksek doğruluk değerleri_x000D_ sağlayan, dinamik, çok boyutlu grafik gösterimini tanımlamayı hedeflemiştik. Bu çalışmada,_x000D_ ML tabanlı miRNA tahmini için yeni ve kolayca güncellenebilir bir yaklaşım geliştirilmiştir._x000D_ Bilinen insan miRNA'larının ve sözde saç tokalarının random forest (RF), support vector_x000D_ machine (SVM) ve multilayer perceptron (MLP) gibi çeşitli sınıflandırıcılarla_x000D_ sınıflandırılmasıyla binlerce model oluşturulmuştur. Yöntem insan verilerine dayanarak_x000D_ oluşturulmuş olsa da en iyi model miRBase ve MirGeneDB gibi kamu veri tabanlarından_x000D_ insan olmayan saç tokaları üzerinde test edilmiş ve yüksek skorlar üretilmiştir. Ayrıca,_x000D_ yöntemin farklı veriler üzerindeki etkinliğini göstermek için ekspresyon farkları tahmini_x000D_ (differential expression prediction) analizinde de kullanılmıştır. Bu aşamada SARS-CoV-2_x000D_ enfeksiyonunun etkisini ölçen bir veri setinin analizinden elde edilen sonuçlar yayınlanmıştır.
Yara Örtü Malzemesi Olarak Elektroeğrilmiş PCL/PHBV Membranların Hazırlanması ve Karakterizasyonu
(Bitlis Eren Üniversitesi, 2019) İşoğlu, İsmail Alper; 0000-0001-6428-4207; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü; İşoğlu, İsmail Alper; 01. Abdullah Gül University; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.01. Biyomühendislik
Bu çalışmada, yara örtü malzemesi olarak polikaprolakton (PCL), poli(3-hidroksibütirik asit-ko-3-hidroksivalerikasit) (PHBV) ve ağırlıkça farklı oranlarda (100:0, 50:50, 75:25, 0:100) PCL/PHBV karışımları, farklı çözücüler(kloroform (CHCl3), 1,1,1,3,3,3-Hexfluoro-2-propanol (HFIP) ve bunların karışımları) kullanılarak elektroeğirmetekniği ile fibroz yapıda membranlar hazırlanmıştır. Tüm elektroeğrilmiş membranlar Fourier DönüşümlüKızılötesi Spektroskopisi (FT-IR), Diferansiyel Taramalı Kalorimetre (DSC) ve Taramalı Elektron Mikroskobu(SEM) ile yapı, morfoloji ve ısıl özellikleri açısından karakterize edilmiştir. Ayrıca, absorbsiyon testi ile sıvı tutmakapasiteleri analiz edilmiştir. Karakterizasyon basamağından sonra, seçilen membranların üzerine insan fibroblasthücreleri ekilmiş, in vitro hücre canlılık ve toksisite, MTT testi ile 24, 48 ve 72. saat için analiz edilmiştir.Membranların üzerine ekilen hücrelerin çoğalması 36, 72 ve 120. saat olmak üzere 3 farklı süre için incelenmiş,sonuçlar SEM ile gösterilmiştir. Elde edilen sonuçlar PCL/PHBV (75:25) karışım ile HFIP çözeltisindeelektroeğrilen membranın yara örtü malzemesi olarak kullanılabileceğini göstermiştir.

Browse

Browsing Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi by Language "tur"