Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi

Permanent URI for this communityhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/39

Browse

Now showing 1 - 9 of 9

Akut Böbrek Hasarında Nötrofil Jelatinaz İlişkili Lipokalin ile Mortalite İlişkisi
(GALENOS YAYINCILIK, ERKAN MOR, MOLLA GURANI CAD 21-1, FINDIKZADE, ISTANBUL 34093, TURKEY, 2018) Aksebzeci, Bekir Hakan; Kayaaltı, Seda; Kayaaltı, Ömer; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü;
Objective: Almost half of intensive care patients are affected by acute kidney injury (AKI). The purpose of this study is to determine parameters that can be used for predicting of early (within 28 days) and late (within 90 days) mortality in patients who are followed-up with AKI in intensive care units. Materials and Methods: In this study, a dataset that contains 50 patients with AKI in intensive care units was used. This dataset contains blood urea nitrogen, creatinine, plasma and urinary neutrophil gelatinase-associated hpocalin (NGAL), lactate dehydrogenase, alkaline phosphatase and gammaglutamyl transpeptidase values of patients who were admitted to intensive care for various reasons and who developed AKI on the days 1, 3 and 7. In addition to these values, laboratory results such as serum electrolytes on day 1, blood gas; vital signs such as mean arterial pressure, central venous pressure; and demographic data were also recorded. Data mining techniques were applied to determine correlation between all of these data and mortality. Results: The threshold level of urinary NGAL on day 7 was determined to be 69 ng/mL, and strong correlation was found between this threshold level and early mortality. Similarly, the threshold level of plasma NGAL on day 7 was determined to be 150 ng/mL, and this was highly correlated with early mortality. Besides, strong correlation was also found between the difference in the urinary NGAL levels on day 1 and 7, and early mortality. Conclusion: In this study, plasma and urinary NGAL levels were found to be closely related to early mortality in patients who were followed-up with AKI in intensive care units. On the other hand, any parameter associated with late mortality was not found.
Computer-Aided Classification of Breast Cancer Histopathological Images
(IEEE345 E 47TH ST, NEW YORK, NY 10017 USA, 2017) Aksebzeci, Bekir Hakan; Kayaalti, Omer; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü
Nowadays, one of the most common types of cancer is breast cancer. The early and accurate diagnosis of breast cancer has great importance in the treatment of the disease. In the diagnosis of breast cancer, histopathological analysis of cell and tissue specimens taken by biopsy is considered as the gold standard. Histopathological analysis is a tedious process that is highly dependent on the knowledge and experience of the pathologists. In this study; it is aimed to develop a computer-aided system that can reduce the workload of pathologists and help them in their diagnosis. An image set containing benign and malignant tumor images of breast cancer has been studied. To perform texture analysis on tumor images; first order statistics, Gabor and gray-level co-occurrence matrix (GLCM) feature extraction methods have been applied. Then, various classifiers were applied to the obtained feature matrices and their performances were compared. The highest classification accuracy was achieved 82.06% by Random Forests classifier with feature combination of Gabor and GLCM methods. The results presented here show that computer-assisted diagnosis of breast cancer is a promising field.
Enkapsüle Edilmiş ve Serbest Formda Probiyotik Lactobacillus acidophilus ATCC 4356 Suşunun Dondurma Depolama Periyodunda Stabilitesinin İncelenmesi
(Atatürk Üniversitesi, 2022) Sedefoğlu, Sedat; ORTAKCI,Fatih; SERT,Selahattin; 0000-0003-1319-0854; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü; ORTAKCI, Fatih
Bu çalışmada probiyotik Lb. acidophilus ATCC 4356 (ATCC 4356) suşu, ekstrüzyon yöntemi ile aljinat kullanılarak kapsüllenmiştir. Bu enkapsüle ve serbest formdaki ATCC 4356 dondurmaya ilave edilerek −18°C’de 3 ay süre ile depolanmıştır. Depolamanın 0, 30 ve 90. günlerinde alınan örneklerde, ATCC 4356’nin canlılığını sürdürebilme yeteneği karşılaştırmalı olarak ortaya konulmuştur. Araştırma sonuçlarına göre, dondurmaya ilave edilen serbest ve enkapsüle ATCC 4356’nın, −18°C’de 3 aylık depolama süresinin sonunda canlılıklarını korudukları, buna karşılık sayılarındaki azalışın istatistiki olarak farklı düzeyde olmadıkları tespit edilmiştir (P > ,05). Bununla birlikte, dondurmaların 90 günlük depolama periyodu boyunca, serbest ve enkapsüle Lb. acidophilus ATCC 4356 sayılarının 107 kob/g’ın altına düşmemiş olması, son üründe probiyotiklerin arzu edilen düzeyde canlılığını koruduğunu göstermiştir. Dolayısıyla bakterinin terapotik etkiler gösterebilme açısından dondurmanın uygun bir gıda olarak kullanılabileceği düşünülmektedir. Serbest ve enkapsüle dondurmalara ait duyusal analiz sonuçlarında ise enkapsülasyonun dondurmanın yapı ve tekstüründe önemli seviyede etkiye yol açtığı (P < ,05) ve genel kabul düzeyi olarak serbest ve enkapsüle dondurmalardaki farkın önemli seviyede olduğu gözlemlenmiştir (P < ,05). Bununla birlikte renk, görünüş, tat ve koku kriterleri bakımından serbest ve enkapsüle dondurmalardaki farkın önemsiz seviyede olduğu belirlenmiştir (P > ,05).
In-Silico Methods to Identify Common MicroRNAs and Pathways of Neuromuscular Diseases
(IEEE, 345 E 47TH ST, NEW YORK, NY 10017 USA, 2019) Yazici, Miray Unlu; Menges, Evrim Aksu; Ulum, Yeliz Z. Akkaya; Hayta, Burcu Balci; Bakir-Gungor, Burcu; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü
Neuromuscular disorders (NMD) are a heterogeneous group of diseases characterized by the loss of function of the peripheral nerves and muscles. However, there are no effective and widespread therapeutic approaches to prevent or delay the progression of these disease types. microRNAs (miRNAs) which cause significant changes in gene expression by binding to target messenger RNAs (mRNAs), are known to have an effect on disease mechanisms. In this study, by integrating different bioinformatics methods, we aim to find miRNAs, target genes and pathways related to a group of neuromuscular diseases. For this purpose, we determined 17 miRNAs that show significant expression changes between patient and healthy groups; predicted target genes of these miRNAs; and identified affected pathways using subnetwork discovery, functional enrichment based algorithms. In our study, we integrated different in-silico approaches that proceed in top-down manner or bottom-up manner. The identified candidate miRNAs, genes and pathways, which could help to explain neuromuscular disease development mechanisms, are now under investigation in wet-lab.
Pi3k-Akt-Mtor Yolağı Ve Histon Deasetilaz Enzimlerinin Hedeflenmesinin Akut Myeloid Lösemi Hücreleri Üzerine Antitümör Etkisinin Incelenmesi
(TÜBİTAK, 2022) Gencer Akçok, Emel Başak; Şansaçar, Merve; Karaca, Münevver; Okur, Tuğba; 0000-0002-6559-9144; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; Gencer Akçok, Emel Başak
Akut Miyeloid Lösemi (AML), periferik kan, kemik iliği, dalak ve karaciğerde blast adı verilen olgunlaşmamış miyeloid hücrelerin birikmesiyle karakterize edilen ve sonunda hematopoietik maligniteye yol açan bir hastalıktır. Genetik anormalliklerin yanı sıra PI3K/AKT/mTOR, Wnt, Notch, STAT3, Hedgehog gibi önemli hücresel yolakların AML patogenezinde rol oynadığı bildirilmiştir. Histon deasetilaz (HDAC) inhibitörleri, AML için umut verici antikanser aktiviteye sahiptir. Çalışmada, PI3K/AKT/mTOR yolunun inhibisyonunun ve HDAC inhibisyonunun farklı AML alt gruplarının hücre hatları olan MOLM-13 ve CMK hücre hatları kullanılarak bu hastalığın altında yatan moleküler mekanizma üzerindeki etkisinin araştırılması amaçlamıştır. Bu amaçla PI3K inhibitörü LY294002 ve HDAC inhibitörleri (SAHA, PCI-3501 ve Tubastatin A) ve bunların kombinasyonlarının etkisi incelenmiştir. Hücre proliferasyonu MTT hücre sitotoksisite testi ile apoptoz oranları ise Annexin-V/PI çift boyama yöntemi ile belirlenmiş, ilaçların hücre döngüsüne olan etkileri de PI boyaması ile belirlenmiştir. Otofaji belirteci olan LC3B protein seviyesi moleküler düzeyde western blot ile doğrulanmıştır. Kullanılan inhibitörler her iki hücre hattı üzerinde düşük mikromolar konsantrasyonda hücre canlılığını azaltmıştır. Sonuçlar LY294002+SAHA kombinasyon tedavisinin MOLM-13 hücrelerinde hücre proliferasyonunu %50, CMK hücrelerinde ise %25 azalma gösterdiği belirlenmiştir. LY294002+Tubastatin A tedavisi, MOLM-13 ve CMK hücrelerinde hücre proliferasyonunu sırasıyla %65 ve %40 oranında azalttığını göstermiştir. Sonuçlarımız, LY294002 ve HDAC inhibitör kombinasyonlarının kontrol hücrelerine kıyasla MOLM-13 hücrelerinde G1 fazı tutuklanmasıyla sonuçlandığını gösterdi. Öte yandan, LY294002+SAHA, LY294002+PCI-3501 ve LY294002+Tubastatin A kombinasyonları ile tedavi edilen CMK hücreleri, sırasıyla G2/M, G2/M ve G1 fazında tutuklanmıştır. Kombinasyonların apoptotik hücre ölümü üzerine etkisine bakılmış, LC3BII/I protein ifade düzeyi kombinasyon tedavisi sonucunda incelenmiştir. HDAC enzimlerinin hem AML hem de farklı kanserler üzerindeki etkileri düşünüldüğünde, HDAC inhibisyonu AML için önemli ve yüksek potansiyelli bir hedeftir. Bu nedenle PI3K/AKT/mTOR yolağı ve HDAC'lerin farklı alt gruplarda inhibisyonunun araştırılması, AML'nin patogenezine yol açan mekanizmalar hakkında fikir verebilir. Sonuç olarak, PI3K/AKT/mTOR ve HDAC'nin bu inhibisyonunun, AML'nin ortadan kaldırılmasıyla sonuçlanan daha spesifik bir kombinasyon hedefli tedaviye yol açacağı umulmaktadır.
Resveratrolün Ph+ Akut Lenfoblastik Lösemide Terapötik Potansiyeli ve Resveratrol Tarafından Tetiklenen Apoptozda Seramid Metabolizmasının Rolü
(TUBİTAK, 2019) Adan, Aysun; Baran, Yusuf; 0000-0002-3747-8580; 0000-0001-8354-780X; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; Adan, Aysun
Proje ile resveratrolün, Ph+ ALL hücreleri üzerindeki büyümeyi inhibe edici etkisinin arkasında yatan mekanizmalar, seramid metabolizmasının hedeflenmesi ve BCR-ABL ifadesindeki değişimler ile ilişkilendirilerek araştırılmıştır. Resveratrol, SK inhibitörü (SKI II), GSS inhibitörü (PDMP), SPT inhibitörü (Miriosin, Myriocin) ve resveratrol: inhibitör kombinasyonlarının in vitro olarak Ph+ ALL SD1 ve SUP-B15 hücreleri üzerindeki büyümeyi durdurucu ve apoptotik etkileri MTT hücre çoğalması testi, Aneksin-V/PI boyaması, kaspaz3, PARP ifadelerinin ve sitokrom c salınımının belirlenmesi (western blot) ile, sitostatik etki (hücre döngüsü üzerindeki) ise akım sitometresi (PI boyaması) ile araştırılmıştır. Resveratrol ve sfingolipid metabolizması enzimlerini hedefleyen inhibitör kombinasyonlarının BCR-ABL protein ifadesi üzerine etkisi western blot ile belirlenmiştir. Ayrıca, resveratrolün SPT, SK-1/2, GSS protein ifadeleri üzerindeki etkisi western blot ile belirlenmiştir. Her iki hücre hattında resveratrol ve SKI II ve PDMP ile kombinasyonları hücre büyümesini baskılamış, apoptozu tetiklemiş ve hücre döngüsünü S fazında tutmuştur. Resveratrol:Miriosin kombinasyonu ise hücre büyümesi ve hücre döngüsü üzerinde hücreye özgü etkiler gösterirken apoptozu her iki hücrede tetiklemiştir. Her iki hücre tipinde resveratol ve kombinasyonları sitokrom-c salınımını, kaspaz-3 kesimini ve PARP kesimini genel olarak arttırmakla beraber hücreye özgü değişimler de saptanmıştır. Resveratrol her iki hücrede SK-1/SK2 ve GSS ifadesini azaltırken SPT ifadesini arttırmıştır. Resveratrol, SKI II ve PDMP BCR-ABL ifadesini azaltırken Miriosin arttırmıştır. Resveratrol: SKI II ve PDMP kombinasyonları BCR-ABL üzerinde artışlara neden olurken Miriosin ile kombinasyon BCR-ABL ifadesini azaltmıştır. Sonuç olarak, resveratrol seramid metabolizmasını ve BCR-ABL ifadesini düzenleyerek Ph+ ALL üzerinde hücre büyümesini baskılamış ve apoptozu tetiklemiştir.
RNA İkincil Yapılarının Çok Boyutlu Gösterimi ve Pre-Mirna Tespiti Için Uygulamaları
(TUBİTAK, 2021) Saçar Demirci, Müşerref Duygu; Demirci, Yilmaz Mehmet; 0000-0003-2012-0598; 0000-0003-3802-4211; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü; Saçar Demirci, Müşerref Duygu; Demirci, Yilmaz Mehmet
MikroRNA'lar (miRNA'lar), transkripsiyon sonrası gen ekspresyonu düzenleyicileridir. Bir miRNA yüzlerce haberci RNA'yı (mRNA'lar) hedefleyebildiği gibi, bir mRNA farklı miRNA'lar tarafından hedeflenebilir, üstelik tek bir miRNA bir mRNA sekansında çeşitli bağlanma bölgelerine sahip olabilir. Bu nedenle miRNA'ları deneysel olarak araştırmak oldukça karmaşıktır. Bu tür zorlukları aşabilmek için makine öğrenimi (ML) sıklıkla kullanılmaktadır. ML analizinin temel kısımları büyük ölçüde giriş verilerinin kalitesine ve verileri tanımlayan özelliklerin kapasitesine bağlıdır. Daha önce miRNA'lar için 1000'den fazla özellik önerilmişti. Bu projede, RNA ikincil yapısını temsil eden yeni özellikler ve yüksek doğruluk değerleri sağlayan, dinamik, çok boyutlu grafik gösterimini tanımlamayı hedeflemiştik. Bu çalışmada, ML tabanlı miRNA tahmini için yeni ve kolayca güncellenebilir bir yaklaşım geliştirilmiştir. Bilinen insan miRNA'larının ve sözde saç tokalarının random forest (RF), support vector machine (SVM) ve multilayer perceptron (MLP) gibi çeşitli sınıflandırıcılarla sınıflandırılmasıyla binlerce model oluşturulmuştur. Yöntem insan verilerine dayanarak oluşturulmuş olsa da en iyi model miRBase ve MirGeneDB gibi kamu veri tabanlarından insan olmayan saç tokaları üzerinde test edilmiş ve yüksek skorlar üretilmiştir. Ayrıca, yöntemin farklı veriler üzerindeki etkinliğini göstermek için ekspresyon farkları tahmini (differential expression prediction) analizinde de kullanılmıştır. Bu aşamada SARS-CoV-2 enfeksiyonunun etkisini ölçen bir veri setinin analizinden elde edilen sonuçlar yayınlanmıştır.
A Top-Down Approach for Finding Affected Pathway Subnetworks in Type 2 Diabetes
(IEEE, 2020) Unlu Yazici, Miray; Bakir-Gungor, Burcu; 0000-0001-8165-6164; 0000-0002-2272-6270; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü; Unlu Yazici, Miray; Bakir-Gungor, Burcu
Diyabet (Diabetes Mellitus, DM), insülin üreten pankreas beta hücrelerindeki fonksiyon bozukluğu, insülin direnci veya insülinin işlevselliğinin bozulması ile meydana gelen bir tür metabolik bozukluktur. Diyabet vakalarının %90'ını oluşturan Tip 2 Diyabet (T2D) ise, çok faktörlü karmaşık bir hastalıktır. Son yıllarda, genom boyu ilişkilendirme (genome-wide association, GWA) analizleri ile, T2D riski ile ilişkili genetik varyantlar başarıyla tespit edilmiştir. Ancak, geleneksel GWA çalışmaları buzdağının görünen kısmındaki tek nükleotid polimorfizmlerine (SNPs) odaklanırken, bu çalışmalarda tespit edilememiş varyasyonların ortaya çıkarılması için, GWA çalışmaları sonrasında yeni analiz yöntemlerine ihtiyaç vardır. Önceki çalışmamızda, insan protein-protein etkileşim ağını, bilinen biyolojik yolakları ve potansiyel SNP’leri beraber analiz ederek, hastalıkla ilişkili markör yolakları belirleyen bir GWA çalışması sonrası analiz metodolojisi geliştirmiştik. Bu çalışmada, geliştirdiğimiz bu yöntemin üzerine farklı in-siliko yaklaşımları ekleyerek, T2D’de etkilenen protein alt ağlarına ilaveten, yolak alt ağlarını bulmayı ve sonuç olarak T2D ile ilişkili moleküler mekanizmaların aydınlatılmasını hedefledik. Geliştirdiğimiz bu yöntemle, 12.931 hasta ve 57.196 sağlıklı bireyi içeren T2D GWA çalışması meta analiz verisini analiz ettik. Burada sunduğumuz yaklaşım hem etkilenen yolağın önem derecesini hem de yolağın komşu yolaklarla topolojik ilişkisini temel alır. Yöntemimizin fonksiyonel zenginleştirme aşamasında, hipergeometrik test ile önemli yolaklar elde edilmiş ve gen-yolak matrisi oluşturulmuştur. Daha sonra yolak-yolak benzerlik ilişkisi Jakard indeksi kullanılarak hesaplanmıştır. Bu benzerlik matrisinden elde edilen skorlar kullanılarak yolak-yolak ağı oluşturulmuş ve alt ağ arama algoritmaları ile hastalıkla ilişkili yolak modülleri elde edilmiştir. Sonuç olarak, T2D oluşumunda potansiyel rolü olabilecek gen, yolak alt ağları belirlenmiş, etkilenen yolakların ilişkili olduğu kategoriler ve sınıflar tespit edilmiştir.
Yara Örtü Malzemesi Olarak Elektroeğrilmiş PCL/PHBV Membranların Hazırlanması ve Karakterizasyonu
(Bitlis Eren Üniversitesi, 2019) İşoğlu, İsmail Alper; 0000-0001-6428-4207; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü; İşoğlu, İsmail Alper
Bu çalışmada, yara örtü malzemesi olarak polikaprolakton (PCL), poli(3-hidroksibütirik asit-ko-3-hidroksivalerikasit) (PHBV) ve ağırlıkça farklı oranlarda (100:0, 50:50, 75:25, 0:100) PCL/PHBV karışımları, farklı çözücüler(kloroform (CHCl3), 1,1,1,3,3,3-Hexfluoro-2-propanol (HFIP) ve bunların karışımları) kullanılarak elektroeğirmetekniği ile fibroz yapıda membranlar hazırlanmıştır. Tüm elektroeğrilmiş membranlar Fourier DönüşümlüKızılötesi Spektroskopisi (FT-IR), Diferansiyel Taramalı Kalorimetre (DSC) ve Taramalı Elektron Mikroskobu(SEM) ile yapı, morfoloji ve ısıl özellikleri açısından karakterize edilmiştir. Ayrıca, absorbsiyon testi ile sıvı tutmakapasiteleri analiz edilmiştir. Karakterizasyon basamağından sonra, seçilen membranların üzerine insan fibroblasthücreleri ekilmiş, in vitro hücre canlılık ve toksisite, MTT testi ile 24, 48 ve 72. saat için analiz edilmiştir.Membranların üzerine ekilen hücrelerin çoğalması 36, 72 ve 120. saat olmak üzere 3 farklı süre için incelenmiş,sonuçlar SEM ile gösterilmiştir. Elde edilen sonuçlar PCL/PHBV (75:25) karışım ile HFIP çözeltisindeelektroeğrilen membranın yara örtü malzemesi olarak kullanılabileceğini göstermiştir.

Browse

Browsing Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi by Language "tur"