Yüksek Lisans Tezleri

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/5799

Browse

Filters

20262

Settings

Department: search.filters.department.Abdullah Gül UniversitySubject: search.filters.subject.Biyomühendislik

Search Results

Now showing 1 - 2 of 2
  • Master Thesis
    Üç boyutlu kültürde mezenkimal kök hücre ile diyabetik ülser iyileşmesinin moleküler temelinin ortaya çıkarılması
    (2026) Öztürk, Esengül; Çalışkan, Mesude Biçer
    Diyabetik ayak ülserleri (DFU), diyabetin uzun vadede oluşturduğu bir rahatsızlık türüdür ve kalıcı inflamasyona, bozulmuş anjiyogeneze ve ekstrasellüler matriks (ECM) disfonksiyonuna neden olur, hatta ampütasyon ile sonuçlanabilir. Mezenkimal kök hücrelerin (MKH) rejeneratif ve immünomodülatör yetenekleri sayesinde diyabetik yara tedavisinde güçlü stratejilerden biri olarak önerilmektedir; ancak, bu iyileşmeyi sağlayan moleküler yollar hala belirsizdir. Bu tez, NCBI-GEO veri tabanından elde edilen (GSE143735, GSE199939 ve GSE217709) transkriptomik veri kümelerinin analizini içermektedir. Birincil amaç, DFU'lar ve MKH aktivitesiyle ilişkili, farklı şekilde ifade edilen genlerin (DEG'ler) belirlenmesidir. İleri biyoenformatik analizler, temel olarak inflamatuar düzenleme ECM yeniden şekillenmesi ve anjiyogenezde rol oynayan dört çekirdek merkez genin (CXCL1, MMP9, THBS1 ve POSTN) tanımlanmasını sağladı. Bu sonuçları doğrulamak için, L929 fare fibroblastları yüksek glikoz (YG) ortamında kültürlendi. Ardından yalnızca MKH ve MKH+üç boyutlu (3B) bir kültür platformuyla tedavi edildi. HG, fibroblast fonksiyonunu ve merkez genlerin ekspresyonu inhibe ederken, MKH'ler, özellikle 3B ortamda fibroblast canlılığını ve genlerin ekspresyonunu önemli ölçüde geri kazandırdı. Genel olarak, bu çalışma, DFU'ların bir özelliği olan bozulmuş fibroblast fonksiyonuna yeni bir bakış açısı sunmakta ve 3B-MKH tabanlı sistemlerin hücresel onarım yanıtlarını etkili bir şekilde artırabileceğini göstermektedir.
  • Master Thesis
    Biotechnological Production of Pyrazinamide Using Escherichia Coli Host Organism
    (2026) Durak, Fatma; Fidan, Özkan
    Tüberküloz (TB), esas olarak Mycobacterium tuberculosis (Mtb) tarafından kaynaklanan ve genellikle enfekte bir birey tarafından salınan havadaki damlacıklar yoluyla taşınan bir hastalıktır. İnsanlık yüzyıllardır TB ile mücadele etmektedir ve en ölümcül hastalıklardan biri olarak kabul edilir. Çeşitli tedavi yöntemleri bulunmaktadır ve pirazinamid (PZA) etkili anti-tüberküloz ajanlarından biridir. Günümüzde, PZA üretimi ağırlıklı olarak kimyasal senteze dayanmaktadır fakat bu üretim yaklaşımı sürdürülebilir ve çevre dostu değildir. Bu nedenle, mikrobiyal üretim yöntemleri kimyasal senteze alternatif bir yaklaşım sunmaktadır. Bu çalışmada, PZA üretimi için substrat olarak pirazin ve pirazinoik asit (POA) kullanılmış; ve üç farklı enzim aracılığıyla biyotransformasyon gerçekleştirilmiştir. Pirazinin POA'ya dönüştürülmesi için 3-oktaprenil-4-hidroksibenzoat dekarboksilaz (RpUbiD) ve flavin preniltransferaz (RpUbiX) kullanılırken, POA'nın PZA'ya dönüşümünde benzamid sentaz (SmNspN) rol oynamıştır. Bu enzimleri kodlayan genler, Gibson klonlama ve restriksiyon–ligasyon klonlama yöntemleri kullanılarak Escherichia coli (E. coli) plazmitlerine klonlanmıştır. Daha sonra, ekpres edilen proteinler SDS-PAGE ile doğrulanmış ve biyotransformasyon işlemi gerçekleştirilmiştir. Biyotransformasyon ürünlerini analiz etmek için ince tabaka kromatografisi (TLC) ve yüksek performanslı sıvı kromatografisi (HPLC) teknikleri kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre, hedef proteinlerin büyük bir kısmı çoklu optimizasyon denemelerine rağmen çözünmeyen fraksiyonlar olarak elde edilmiştir. İlk HPLC sonuçları POA ile uyumlu görünse de, sonraki analizler sinyalin muhtemelen kolon kaynaklı olduğunu göstermiştir. Pirazinin POA'ya dönüşümü doğrulanamasa da, bu sonuçlar biyodönüşüm koşullarının optimize edilmesi için bir temel oluşturmaktadır.