TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/396

Browse

Filters

2020 - 20217

Settings

Start date: 2020Publisher: search.filters.publisher.TUBİTAK

Search Results

Now showing 1 - 7 of 7
  • Research Project
    RNA İkincil Yapılarının Çok Boyutlu Gösterimi ve Pre-Mirna Tespiti Için Uygulamaları
    (TUBİTAK, 2021) Saçar Demirci, Müşerref Duygu; Demirci, Yilmaz Mehmet
    MikroRNA'lar (miRNA'lar), transkripsiyon sonrası gen ekspresyonu düzenleyicileridir. Bir_x000D_ miRNA yüzlerce haberci RNA'yı (mRNA'lar) hedefleyebildiği gibi, bir mRNA farklı miRNA'lar_x000D_ tarafından hedeflenebilir, üstelik tek bir miRNA bir mRNA sekansında çeşitli bağlanma_x000D_ bölgelerine sahip olabilir. Bu nedenle miRNA'ları deneysel olarak araştırmak oldukça_x000D_ karmaşıktır. Bu tür zorlukları aşabilmek için makine öğrenimi (ML) sıklıkla kullanılmaktadır._x000D_ ML analizinin temel kısımları büyük ölçüde giriş verilerinin kalitesine ve verileri tanımlayan_x000D_ özelliklerin kapasitesine bağlıdır. Daha önce miRNA'lar için 1000'den fazla özellik önerilmişti._x000D_ Bu projede, RNA ikincil yapısını temsil eden yeni özellikler ve yüksek doğruluk değerleri_x000D_ sağlayan, dinamik, çok boyutlu grafik gösterimini tanımlamayı hedeflemiştik. Bu çalışmada,_x000D_ ML tabanlı miRNA tahmini için yeni ve kolayca güncellenebilir bir yaklaşım geliştirilmiştir._x000D_ Bilinen insan miRNA'larının ve sözde saç tokalarının random forest (RF), support vector_x000D_ machine (SVM) ve multilayer perceptron (MLP) gibi çeşitli sınıflandırıcılarla_x000D_ sınıflandırılmasıyla binlerce model oluşturulmuştur. Yöntem insan verilerine dayanarak_x000D_ oluşturulmuş olsa da en iyi model miRBase ve MirGeneDB gibi kamu veri tabanlarından_x000D_ insan olmayan saç tokaları üzerinde test edilmiş ve yüksek skorlar üretilmiştir. Ayrıca,_x000D_ yöntemin farklı veriler üzerindeki etkinliğini göstermek için ekspresyon farkları tahmini_x000D_ (differential expression prediction) analizinde de kullanılmıştır. Bu aşamada SARS-CoV-2_x000D_ enfeksiyonunun etkisini ölçen bir veri setinin analizinden elde edilen sonuçlar yayınlanmıştır.
  • Research Project
    Mikro Şebeke Dizaynı, Geliştirilmesi Ve Gösterilmesi
    (TUBİTAK, 2020) Önen, Ahmet; Alan, İrfan; Alboyacı, Bora
    Bu projede Malta da bulunan MCAST (ve daha sonra eklenen Yunanistan da bulunan_x000D_ CERTH araştırma merkezi kampüsünün) üniversitesinin elektrik şebekesini mikro şebeke_x000D_ olarak çalıştırılması konusunda yapılan simülasyonlar ve bu simülasyonların şebekede ki_x000D_ sonuçları gösterilmektedir. Proje de sekonder ve tersiyer kontrol metotları geliştirilerek mikro_x000D_ şebeke optimum işletilmesi amaçlanmıştır. Bu metotlar şebeke bağlantı modundan ada moda_x000D_ geçişlerin başarılı bir şekilde yapılmasından, işletme maliyetini minimuma indirilmesine ve yan_x000D_ hizmetlere sunulan faydaları içermektedir. Bu metodlar geliştirilirken mikro şebekenin_x000D_ davranışı analiz edilmiş ve kesikli ve belirsiz PV entegrasyonuna göre adepte edilerek_x000D_ güncellenmiştir. Pv lerin kesikli ve belirsiz davranışı depolama sistemlerinin durumu, dizel_x000D_ jeneretörlerin varlığı, yüklerin kontrol edilibilir/edilemez olması gibi birçok değişken de dikkate_x000D_ alınarak reel zamanda cevap veren kontrolcülerin geliştirildiği bir çalışma olmuştur. Reel_x000D_ zaman da çalışabilen kontrolcü tasarımında hem MATLAB araçları geliştirilmiş hemde GAMS_x000D_ ortamında da optimizasyon sonuçları ile karşılaştırılmıştır. Bu projenin gerek ülkemiz için_x000D_ gerekse tüm mikro şebeke geliştiricilere örnek olacağı düşünülmektedir. Proje kapsamında bir_x000D_ yüksek lisans tezi, bir tam ve bir de kısmi doktora öğrencisi destklemesi ve birde post-doc_x000D_ araştırmacı için ise temel teşkil etmesi açısından da akademik boyutta istenilen hedeflere_x000D_ ulaşılmıştır.
  • Research Project
    Elektromanyetik Levitasyon ile Çalışan Biyosensör- Mikrorobot Sistemlerinin Geliştirilmesi ve Kontrolü
    (TUBİTAK, 2020) Ablay, Gunyaz; İçöz, Kutay
    Bu arastırma mikron seviyesinde hareket etme yetenegine sahip manyetik levitasyon ile çalısan biyosensör-mikrorobot tasarımını gerçeklestirmeye çalısmaktadır. Manyetik levitasyon teknigi, mikro/nano manyetik parçacıklar ile kuvvetlendirilmis veya paramanyetik bir ortama serpilmis biyolojik varlıkların (tümör hücresi gibi) tespitinde veya analizinde kullanılabilir. Benzer mantıkla, kontrollü manyetik levitasyon ile mikro-manyetik parçacıklar içeren mikrorobotlar gelistirilerek mikron seviyesindeki tekrarlanan çesitli görevlerin otomatik bir sekilde yapılması saglanabilir. Manyetik levitasyon tahrik sistemleri biyolojik ortamlarda zararsızdır, nahos ortam sartlarında çalısabilmektedir ve sürtünmenin etkisini minimize edebilme özelligine sahiptir. Mikrorobot teknolojisi ile minyatür parçalar belli bir hedef noktaya tasınabilir ve nahos/tehlikeli ortamlarda kurulabilirler. Bu proje, etkin ve otomatik mikro-parçacık manipülasyonu için geribeslemeli kontrol yapılarından olusan ve yatay eksende bir ve iki boyutlu manipülasyon imkanı saglayan bir elektromanyetik aktüatör tabanlı manyetik mikromanipülatör tasarımı ve uygulaması üzerine yapılmıstır. Elektromıknatıs tasarımında, uygulanan kontrol akımı ve elektromıknatıs konfigürasyonu manyetik kuvvet ve tork degerlerini belirlemektedir ve bundan dolayı en uygun, kuvvetli ve hassas bir tasarım için uygun nüve yapılarıyla beraber geribeslemeli kontrol mekanizmasının gelistirilmesine ihtiyaç vardır. Manyetik aktüatörlerin, 1 ila 10 ?m çaplı süperparamanyetik parçacık üzerinde yaklasık olarak 1 ila 25 pN kuvvet üretmesi amaçlanmıstır. Bunun için 6-8 mm boyundaki koni sekilli uca sahip nikel-demir alasımlı nüve ve 2000 bakır sarımından yapılmıs bir, iki ve dört elektromıknatıstan olusan konfigürasyonlar elde edildi. Manyetik mikromanipülatör, ilk prensipler yoluyla modellendi ve bu model yardımıyla iki farklı kontrol metodu önerildi. Ilk kontrolör ofset akım tabanlı lineer kontrolör olup modeldeki lineer olmayan terimleri dogrusallastırabilme özelligine sahiptir. Ikinci kontrolör ise integral geriadımlama tabanlı nonlineer bir kontrolör olup yumusak ve etkin kontrol akımları üretebilmektedir. Tasarlanan kontrolörlerin bir boyutta ve 2-boyutta sistemin kapalı çevrimli dinamigini kararlı hale getirdigi, hızlı geçici rejim yanıtı verdigi ve sıfır kararlı durum hatası verdigi deneysel çalısmalarla gösterilmistir. Tasarlanan elektromanyetik mikromanipülatör özellikle biyolojik ayrıstırma, tıp ve biyosensör gelistirilmesi gibi alanlarda kullanılabilecek genis bir kuvvet aralıgında çalısabilme kapasitesine sahiptir.
  • Research Project
    Çok Ölçekli Malzeme Modellemesi Yoluyla Talaşlı İmalat Çıktılarının Daha Kapsamlı Ve Doğru Analizi
    (TUBİTAK, 2020) Bal, Burak; LAYEGH KHAVIDAKI, SEYD EHSAN
    İnconel 718 savunma sanayi, uzay-havacılık ve otomotiv için kullanılan ve ileride kullanım alanı_x000D_ daha da genişleyebilecek olan süper alaşımdır. Bu projede Inconel 718 süper alaşımının talaşlı_x000D_ imalat sonucunda yüzeyinde oluşan kalıntı gerilimler, sertlik değişimleri ve kesici takımda oluşan_x000D_ aşınmalar gözlenmiştir. Talaşlı imalat simülasyonları için kullanılan Deform 2D programına, klasik_x000D_ Johnson-Cook malzeme modeli yerine, kristal plastisite tabanlı çok ölçekli malzeme davranışı_x000D_ tanıtılarak daha kapsamlı ve deneysel veriye daha yakın analizler yapılmıştır. Bu konunun seçilme_x000D_ nedeni, gerçek deneysel sonuçlara daha yakın sonuçlar elde edilip beklenmedik üretim hataları_x000D_ ve denemeleri en aza indirebilecek bir yöntem geliştirmektir. Bugüne kadar gerçekleştirilen talaşlı_x000D_ imalat simülasyonlarında malzeme davranışı genellikle tek ölçekli gerinim pekleşmesi, gerinim_x000D_ hızı pekleşmesi ve sıcaklık yumuşamasını kapsayan Johnson-Cook malzeme modelleri ile_x000D_ gerçekleştirilmiştir ve bu modeller malzemelerin mikroyapısal girdilerini içermemektedir. Bu_x000D_ projede ise Johnson-Cook malzeme modeli ile ve karşılaştırmalı olarak çok ölçekli kristal plastisite_x000D_ tabanlı malzeme modeli ile 2D deform programında farklı kesme hızlarında ve farklı ilerleme_x000D_ hızlarında simülasyonlar gerçekleştirilmiştir. Bu projede ilk olarak, Inconel 718 malzemesinin_x000D_ talaşlı imalat deneylerini yapılarak sonuçları gözlenmiştir. Daha sonra Johnson-Cook malzeme_x000D_ modellemesiyle gerçekleştirilen simülasyon sonuçları gözlenmiştir. Son olarak da Inconel 718_x000D_ süper alaşımının kristal plastisite modelinin yapılması ve mikroyapı girdileri ile elde edilen kristal_x000D_ plastisite modeli ile çıkarılan çok ölçekli ve çok eksenli malzeme davranışının Deform 2D_x000D_ simülasyonlarına tanıtılarak simülasyonu gerçekleştirip, elde edilen sonuçlar gözlenmiştir._x000D_ Yapılan simülasyonlar ve deney sonucunda, iki farklı malzeme modelin deneysel sonuçlarla_x000D_ karşılaştırılması yapılmıştır. Mikroyapı girdileri ile elde edilen kristal plastisite modeli ile çıkarılan_x000D_ çok ölçekli ve çok eksenli malzeme davranışının, tek ölçekli malzeme davranışı ile_x000D_ karşılaştırıldığında deneysel sonuçlara daha yakın sonuçlar verdiği gözlemlenmiştir. Böylelikle_x000D_ çok ölçekli malzeme modellemesiyle gerçekleştirilen simülasyonların daha gerçekçi ve güvenilir_x000D_ sonuçlar gösterdiği kanıtlanmıştır.
  • Research Project
    Covid-19 Döneminde Uzaktan Yüksek Öğrenim: Nicel ve Nitel Analiz
    (TUBİTAK, 2020) Türk, Umut; Teke-Lloyd, Fatma Armagan; Demirtas, Burak Kagan; Bengü, Elif
    Bu projede COVID-19 pandemisine karsı bir tedbir olarak Türkiye?de 16 Mart 2020 tarihinde baslatılan uzaktan egitim faaliyetlerinin nitel ve nicel analizi yapılmıstır. Arastırmanın disiplinlerarası yapısına uygun olarak, zengin bir veri seti elde edilip, standart ve gelismis ekonometrik teknikler kullanılmıstır. Bunlara ek olarak neden-sonuç iliskisini kurmak amacıyla gelistirilmis modern deneysel ekonomi dizaynı ve nitel arastırma araçlarından yararlanılmıstır. Proje çalısması ilk bölümünde yüz yüze ve pandemi sürecinde uzaktan egitim modelleri ögrenci çıktıları açısından karsılastırılmıstır. Ikinci bölümünde asenkron ve senkron egitim biçimlerinin ögrenci basarısına etkileri arastırılmıstır. Son olarak odak grubu çalısması ile ögrenci ve egitmenlerle görüsülmüstür. Pandemi sürecindeki uzaktan egitim ve yüz yüze egitim çıktıları karsılastırıldıgında, ögrenci çıktıları açısında bir basarı düsüsü olmadıgı gözlenmistir. Bununla birlikte basarıyı belirleyen faktörlerin bu süreçte farklılık gösterdigi ampirik olarak ortaya koyulmustur. Bulgular genis bir örneklemi kapsayan bir anket çalısması ile desteklenmis, nicel arastırma ile gözlenmesi mümkün olmayan ve pandemi sürecindeki uzaktan egitimde ögrenci deneyimlerini anlamak açısından önemli görülen bilgiler, odak grup çalısması ile elde edilmistir.
  • Research Project
    Covid-19 Salgınının Ekonomik Etkisinin Sektörel Bazlı ve Genel Belirsizlik Endeksleriyle İncelenmesi ve Sektörel Acil Önlem Önerileri
    (TUBİTAK, 2020) Polat, Ali Yavuz; Muğaloğlu, Erhan; Doğan, Eyüp; Tekin, Hasan
    Koronavirüs (Covid-19) salgını dünyada modern zamanlarda görülen en büyük sağlık_x000D_ krizlerinden birisidir. Ancak salgın sadece bir sağlık krizi olarak kalmamış tüm dünyayı_x000D_ etkileyen küresel, ekonomik ve sosyal krize dönüşmüştür. Birçok sektörde üretim durmuş, gelir_x000D_ etkisi ile tüketim ciddi ölçüde azalmıştır. Covid-19 salgınının oluşturduğu ekonomik kriz son 40_x000D_ yılda gerçekleşmiş ekonomik krizler ve felaketlerden çok daha büyüktür. Pandeminin sebep_x000D_ olduğu/olacağı küresel krizin daha önceki küresel krizlere göre çok daha derin ve kalıcı olacağı_x000D_ tahmin edilmektedir. Dünya ekonomisi 2020’de %4,0 küçülmüştür ki bu oran küresel finansal_x000D_ krizdeki daralmanın yaklaşık iki katıdır (Oxford Economics, 2020)._x000D_ Salgının oluşturacağı şokların etkisi ve süresi net olarak bilinemediği ve tahmin_x000D_ edilemediği için ekonomilerde yüksek oranda belirsizliğe yol açmıştır (Ludvigson et al. 2020)._x000D_ Bilindiği üzere belirsizlik hem tüketim hem de yatırımların ertelenmesine ve dolayısıyla_x000D_ ekonomik daralmaya sebep olur (Bloom, 2009). Firmalar açısından bakıldığında salgının ne_x000D_ kadar süreceği, tedarik zincirlerinin onarılıp onarılamayacağı halen net değildir. Ayrıca_x000D_ bireylerin gelirleri ekonomik aktivitenin yavaşlaması sonucunda azaldığı gibi salgının_x000D_ oluşturduğu belirsizlik ortamı bireylerin harcamalarını daha da kısmalarına sebep olmaktadır._x000D_ Bu yüzden belirsizlik seviyesinin hassas bir gösterge ile ölçülmesi önem arz etmektedir._x000D_ Bu proje ile sektörel bazlı (hizmet, perakende ve inşaat) ve genel belirsizlik endeksleri_x000D_ (ekonomik ve reel) oluşturulmuştur. Bu endeksler Türkiye’deki önemli politik ve ekonomik_x000D_ olaylarda ani artışlar göstermektedir. Yani oluşturulan endeksler, reel aktiviteyi önemli ölçüde_x000D_ etkileyen belirsizlik artışlarını hassas olarak ölçebilmektedir._x000D_ Projenin ikinci kısmında Covid-19 salgının reel ekonomi üzerindeki etkisi belirsizlik_x000D_ endeksleri üzerinden analiz edilmiştir. Oluşturulan yapısal vektör oto regresyon (SVAR)_x000D_ modelleri ile belirsizliğin hem toplam sanayi üretimine hem de her sektördeki üretimi üzerinde_x000D_ nasıl bir etki oluşturduğu gösterilmiş ve tartışılmıştır. Sonuçlar göstermektedir ki, belirsizlikteki_x000D_ bir artış reel aktiviteyi düşürmektedir. Bu sonuç teorik olarak belirsizliğin ekonomiyi_x000D_ yavaşlatacağı argümanını ampirik olarak desteklemektedir. Covid-19’un oluşturduğu_x000D_ belirsizlik, tüm zamanlar içinde en yüksek ve ani belirsizlik artışına sebep olmuştur ve reel_x000D_ aktivite üzerinde şiddetli bir negatif etkisi olmuştur._x000D_ Projemizde oluşturduğumuz belirsizlik endeksleri ve analizler sayesinde spesifik mali_x000D_ yardım paketlerinin hangi sektörlerde nasıl bir etki oluşturulabileceği tahmin edilebilir. Ayrıca_x000D_ elde edilen endeksler, politika yapımında önemli bir gösterge araç olarak kullanılabilir._x000D_ Oluşturduğumuz sektörel ve genel belirsizlik endeksleri ilerideki projeler ve politikalar için de_x000D_ önemli bir kaynak teşkil edecektir. Daha ayrıntılı sektörel politikalar geliştirebilmek, salgın_x000D_ geçtikten sonra Türkiye’nin jeopolitik avantajını kullanarak üretim merkezi olabilmesi ve tedarik_x000D_ zincirinde aktarma merkezi olabilmesi için belirsizliğin oluşturduğumuz endeksler gibi hassas_x000D_ göstergeler ile ölçümlenmesi önemli bir gerekliliktir
  • Research Project
    Bor Zengini Amorf Malzemeler
    (TUBİTAK, 2020) Durandurdu, Murat
    Bu TÜBİTAK 1001 projesi kapsamında, bor zengini farklı amorf malzemeler [B1-xSix, B1-xCx, B1-_x000D_ xOx, ve B1-xLix (0, 5 ≥ � ≥ 0,05)] ab initio moleküler dinamik tekniği kullanılarak sıvı hallerin hızlıca_x000D_ soğutulması sonucu modellenmiş ve bu malzemelerin atomik yapıları, elektronik yapıları ve_x000D_ mekanik özellikleri ayrıntı olarak araştırılmıştır. Bunlara ek olarak, bu malzemelerin bazı_x000D_ oranlarının yüksek basınçtaki davranışları incelenmiştir. Bazı malzemelerde, örneğin BC ve BO_x000D_ malzemelerinde, bor oranının artmasıyla iki boyutlu yapıdan üç boyutlu yapıya geçiş_x000D_ gözlemlenmiştir. Ayrıca yüksek bor oranlarında, B12 icosahedralların oluştuğu bulunmuştur. B12_x000D_ molekülüne ek olarak nano boyutunda B7, B10, B14, B16 kafes moleküllerinin oluşumu bazı_x000D_ malzemelerde gözlemlenmiştir. Modellenen malzemelerin her birinin yarıiletken özelliği gösterdiği_x000D_ fakat yasak band aralığında bor oranına bağlı genel bir eğilim olmayıp dalgalanmaların olduğu_x000D_ bulunmuştur. B12 moleküllerinin oluşumunun malzemelerin mekanik özelliğini dikkate değer bir_x000D_ şekilde etkilediği ve bor oranı yüksek olan malzemelerin daha sert bir özellik gösterdiği_x000D_ bulunmuştur. Yüksek basınç uygulamasıyla, malzemelerin daha yoğun bir amorf yapıya faz_x000D_ geçişişi yaptığı ve malzemeye bağlı olarak, faz geçişlerinin tersinir ya da tersinir olmayan faz_x000D_ geçişleri olduğu gözlemlenmiştir.