TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/396
Browse
10 results
Search Results
Research Project Elektromanyetik Levitasyon ile Çalışan Biyosensör-Mikrorobot Sistemlerinin Geliştirilmesi ve Kontrolü(2020) Icoz, Kutay; Ablay, GünyazBu arastırma mikron seviyesinde hareket etme yetenegine sahip manyetik levitasyon ile çalısan biyosensör-mikrorobot tasarımını gerçeklestirmeye çalısmaktadır. Manyetik levitasyon teknigi, mikro/nano manyetik parçacıklar ile kuvvetlendirilmis veya paramanyetik bir ortama serpilmis biyolojik varlıkların (tümör hücresi gibi) tespitinde veya analizinde kullanılabilir. Benzer mantıkla, kontrollü manyetik levitasyon ile mikro-manyetik parçacıklar içeren mikrorobotlar gelistirilerek mikron seviyesindeki tekrarlanan çesitli görevlerin otomatik bir sekilde yapılması saglanabilir. Manyetik levitasyon tahrik sistemleri biyolojik ortamlarda zararsızdır, nahos ortam sartlarında çalısabilmektedir ve sürtünmenin etkisini minimize edebilme özelligine sahiptir. Mikrorobot teknolojisi ile minyatür parçalar belli bir hedef noktaya tasınabilir ve nahos/tehlikeli ortamlarda kurulabilirler. Bu proje, etkin ve otomatik mikro-parçacık manipülasyonu için geribeslemeli kontrol yapılarından olusan ve yatay eksende bir ve iki boyutlu manipülasyon imkanı saglayan bir elektromanyetik aktüatör tabanlı manyetik mikromanipülatör tasarımı ve uygulaması üzerine yapılmıstır. Elektromıknatıs tasarımında, uygulanan kontrol akımı ve elektromıknatıs konfigürasyonu manyetik kuvvet ve tork degerlerini belirlemektedir ve bundan dolayı en uygun, kuvvetli ve hassas bir tasarım için uygun nüve yapılarıyla beraber geribeslemeli kontrol mekanizmasının gelistirilmesine ihtiyaç vardır. Manyetik aktüatörlerin, 1 ila 10 ?m çaplı süperparamanyetik parçacık üzerinde yaklasık olarak 1 ila 25 pN kuvvet üretmesi amaçlanmıstır. Bunun için 6-8 mm boyundaki koni sekilli uca sahip nikel-demir alasımlı nüve ve 2000 bakır sarımından yapılmıs bir, iki ve dört elektromıknatıstan olusan konfigürasyonlar elde edildi. Manyetik mikromanipülatör, ilk prensipler yoluyla modellendi ve bu model yardımıyla iki farklı kontrol metodu önerildi. Ilk kontrolör ofset akım tabanlı lineer kontrolör olup modeldeki lineer olmayan terimleri dogrusallastırabilme özelligine sahiptir. Ikinci kontrolör ise integral geriadımlama tabanlı nonlineer bir kontrolör olup yumusak ve etkin kontrol akımları üretebilmektedir. Tasarlanan kontrolörlerin bir boyutta ve 2-boyutta sistemin kapalı çevrimli dinamigini kararlı hale getirdigi, hızlı geçici rejim yanıtı verdigi ve sıfır kararlı durum hatası verdigi deneysel çalısmalarla gösterilmistir. Tasarlanan elektromanyetik mikromanipülatör özellikle biyolojik ayrıstırma, tıp ve biyosensör gelistirilmesi gibi alanlarda kullanılabilecek genis bir kuvvet aralıgında çalısabilme kapasitesine sahiptir.Article Candida Enfeksiyonlarına Karşı Toll-Benzeri Reseptörlerin ve Antimikrobiyal Peptitlerin Özelleştirilmesine Yönelik Hesaplamalı Yaklaşımlardaki Son Gelişmeler(2025-09-26) Bicer, Mesude; Serçinoğlu, Onur; Okur, TubaCandida albicans'ın insan sağlığı üzerindeki kayda değer patojenik etkisine rağmen, hücresel tanıma mekanizmalarının ve ardından gelen konakçı savunma aktivasyonunun anlaşılmasındaki boşluk yeterince anlaşılmamıştır. Son bilgiler, Toll benzeri reseptörlerin (TLR'ler) patojenlere karşı doğuştan gelen bağışıklık tepkilerini düzenlemedeki önemli rolünün altını çiziyor. Özellikle, son yıllardaki ampirik araştırmalar, TLR'lerin memelilerde en önemli model tanıma reseptörleri olduğunun altını çizmiştir. Örneğin TLR2, peptidoglikanlar, lipoarabinomannan ve bakteriyel lipoproteinler için afinite sergilerken TLR4, lipopolisakkarit (LPS) ve lipo-teikoik asidin saptanmasında rol oynar. Benzer şekilde TLR5 flagellini tanır ve TLR9 bakteriyel DNA tanımayla ilişkilidir. Toll'un Drosophila'da antifungal mekanizmaların düzenleyicisi olarak ilk tanımlanması, TLR'lerin memeli antifungal savunmasında potansiyel olarak dahil olduğunu düşündürmektedir. Bununla birlikte, Drosophila'daki Toll ile antifungal mekanizmalar arasındaki evrimsel bağlantıya rağmen, insanlarda fungal patojenlerle mücadelede TLR'lerin rolünün tanımlanmasına çok az önem verilmiştir; bu, TLR'lerin memeli antifungal savunmasında makul bir rol oynadığını düşündürmektedir. Özellikle kanıtlar, Aspergillus fumigatus'a yanıt olarak proinflamatuar sitokinleri indüklemede TLR4'ü gösterir ancak TLR2'yi kapsamaz; bu arada rolünün, hücrelerin Cryptococcus neoformans ile uyarılmasından sonra TNF üretimi olmasa da hücre içi sinyalleşmeye aracılık ettiği iddia edilir. Bununla birlikte, TLR aktivasyon kurallarına ilişkin içgörüler, antimikrobiyal peptit (AMP) ile TLR etkileşimlerinin incelenmesini mümkün kılmaktadır ve çeşitli moleküllerin immünomodülatör kapasitelerine ilişkin tahminleri kolaylaştırmaktadırç Bu ilerlemelere rağmen, TLR'lerin önde gelen bir insan patojeni olan Candida albicans'ı tanımadaki spesifik rolü hala belirsizliğini koruyor ve daha fazla araştırma yapılmasını gerektiriyor. Bu hesaplamalı yaklaşım, AMP'ler ve TLR'ler arasındaki etkileşimleri aydınlatan, TLR aktivasyonunu yöneten yapısal belirleyicileri tanımlayan ve böylece çeşitli moleküler varlıkların immünomodülatör potansiyeline ilişkin öngörüler sağlayan son bulguları sentezlemektedir.Article Enkapsüle Edilmiş ve Serbest Formda Probiyotik Lactobacillus acidophilus ATCC 4356 Suşunun Dondurma Depolama Periyodunda Stabilitesinin İncelenmesi(Atatürk Üniversitesi, 2022) Sedefoğlu, Sedat; ORTAKCI,Fatih; SERT,SelahattinBu çalışmada probiyotik Lb. acidophilus ATCC 4356 (ATCC 4356) suşu, ekstrüzyon yöntemi_x000D_ ile aljinat kullanılarak kapsüllenmiştir. Bu enkapsüle ve serbest formdaki ATCC 4356 dondurmaya ilave edilerek −18°C’de 3 ay süre ile depolanmıştır. Depolamanın 0, 30 ve 90. günlerinde alınan örneklerde, ATCC 4356’nin canlılığını sürdürebilme yeteneği karşılaştırmalı olarak_x000D_ ortaya konulmuştur. Araştırma sonuçlarına göre, dondurmaya ilave edilen serbest ve enkapsüle ATCC 4356’nın, −18°C’de 3 aylık depolama süresinin sonunda canlılıklarını korudukları,_x000D_ buna karşılık sayılarındaki azalışın istatistiki olarak farklı düzeyde olmadıkları tespit edilmiştir_x000D_ (P > ,05). Bununla birlikte, dondurmaların 90 günlük depolama periyodu boyunca, serbest_x000D_ ve enkapsüle Lb. acidophilus ATCC 4356 sayılarının 107_x000D_ kob/g’ın altına düşmemiş olması, son_x000D_ üründe probiyotiklerin arzu edilen düzeyde canlılığını koruduğunu göstermiştir. Dolayısıyla_x000D_ bakterinin terapotik etkiler gösterebilme açısından dondurmanın uygun bir gıda olarak_x000D_ kullanılabileceği düşünülmektedir. Serbest ve enkapsüle dondurmalara ait duyusal analiz_x000D_ sonuçlarında ise enkapsülasyonun dondurmanın yapı ve tekstüründe önemli seviyede etkiye_x000D_ yol açtığı (P < ,05) ve genel kabul düzeyi olarak serbest ve enkapsüle dondurmalardaki farkın_x000D_ önemli seviyede olduğu gözlemlenmiştir (P < ,05). Bununla birlikte renk, görünüş, tat ve koku_x000D_ kriterleri bakımından serbest ve enkapsüle dondurmalardaki farkın önemsiz seviyede olduğu_x000D_ belirlenmiştir (P > ,05).Article Thermosensitive Pluronic® F127-Based in Situ Gel Formulation Containing Nanoparticles for the Sustained Delivery of Paclitaxel(2023) Unal, Sedat; Aktas, Yesim; Doğan, Osman; Tekeli, Merve CelikBone metastasis is one of the most encountered complications among cancer patients and majority of cancer types has led to bone metastasis. Paclitaxel (PCX) is an anticancer agent commonly used in cancer treatment. However, its clinical use is restricted owing to poor water solubility. PCL NPs were investigated to cope with solubility problem of PCX. The size, polydispersity index and zeta potential of PCL were 383.8±2.4 nm, 0.253±0.122 and +51.3±6.1 mV, respectively. The PCX encapsulation efficiency was 77.2±2.1%. Subsequently, in situ gellling system was prepared by using different Pluronic F-127 concentration in order to determine the optimum ratio. İn situ gel formulation containing 20% Pluronic F-127 was selected as the optimum formulation and subjected to characterization tests. The viscosity of in situ gelling system with CS/PCX-PCL NPs at room temperature (25 °C±0.1) and at body temperature (37 °C±0.1) were found 137.00 ±3.05 cP and 890.30 ±89.61 cP at 100 rpm, respectively. According to the release results, in situ gel provided prolonged release profile compared to PCL NPs alone. Consequently, in situ gel containing CS/PCX-PCL NP elucidated in detail is a promising approach for locally applicable injectable systems.Article The Therapeutic Potential of Targeting Hdac6 With Tubastatin a in Tfk-1 and Egi-1 Cholangiocarcinoma Cells(2021) Yenigül, Münevver; Akcok, E. Basak GencerCholangiocarcinoma (CCA) is a highly aggressive and invasive malignancy with a poor diagnosis because of the resistance, relapse and limited therapy. Histone deacetylases (HDAC) are a class of enzyme that have important roles in epigenetic modulations. These enzymes are intensely studied and HDAC inhibitors are considered as potent anticancer agents in both solid tumors and hematological malignancies. HDAC inhibitors can affect and induce different mechanisms such as cell cycle arrest, differentiation, and cell death. In this study, we aim to investigate the cytotoxic effect of Tubastatin A, which is a selective HDAC6 inhibitor, on cholangiocarcinoma cell lines, TFK-1 and EGI-1, by MTT assay. Besides, it was aimed to examine the impact on colony formation potential of the cells. The effect of the inhibitor on cell cycle distribution was also examined by using flow cytometry. Tubastatin A has significantly decreased the colony formation and changed cell cycle progression. Taken together, our results suggest that Tubastatin A could be a potent inhibitor against cholangiocarcinoma. On the basis of these results, further mechanistic studies are required to elucidate the antineoplastic activity of Tubastatin A.Article Citation - Scopus: 2Investigation of Peroxidase-Like Activity of Flower-Shaped Nanobiocatalyst From Viburnum Opulus L. Extract on the Polymerization Reactions(Turkish Chemical Society, 2024-08-30) Kalayci, Berkant; Kaplan, Naime; Mirioglu, Muge; Dadi, Seyma; Öçsoy, Ismail; Göktürk, ErsenHere, we report the effects of peroxidase-mimicking activity of flower shaped hybrid nanobiocatalyst obtained from Viburnum-Opulus L. (Gilaburu) extract and Cu2+ ions on the polymerization of phenol and its derivatives (guaiacol and salicylic acid). The obtained nanoflowers exhibited quite high catalytic activity upon the polymerization of phenol and guaiacol. The yields and the number average molecular weights of the obtained polymers were significantly high. Due to solubility issue of salicylic acid in aqueous media, polymerization of salicylic acid resulted in very low yields. Free-horseradish peroxidase (HRP) enzyme is known to be losing its catalytic activity at 60 °C and above temperatures. However, the synthesized nanoflowers exhibited quite high catalytic activity even at 60 °C and above reaction temperatures. This provides notable benefits for reactions needed at high temperatures, and it is very important to use these kinds of nanobiocatalysts for both scientific studies and industrial applications. © 2024 Elsevier B.V., All rights reserved.Article Citation - Scopus: 2Evaluating the Microbial Growth Kinetics and Artificial Gastric Digestion Survival of a Novel Pichia Kudriavzevii FOL-04(Field Crops Central Research Institute, 2022-06-15) Gumustop, Ismail; Ortakci, FatihPresent study aims to explore Pichia kudriavzevii FOL-04 (FOL-04)’s: i) survival against artificial gastric juice (AGJ) and artificial bile juice (ABJ), ii) growth kinetics in shake flask (SF) and fed-batch trials (FBT). Survival of FOL-04 as measured by relative cell density (RCD) against AGJ and ABJ was screened at four different pH-levels (control, 3, 2, 1.5) and ox-bile concentrations (control, 0.2%, 1%, 2%), respectively. Growth kinetics was calculated by periodic measurement of OD<inf>600</inf> in SF (225 rpm, 30°C) or in FBT using exponential feeding regimen where pH, dissolved-oxygen and temperature were controlled at 5.5, 21%, and 30°C, respectively. The doubling-time, maximum specific growth rate, and final cell densities achieved for SF and FBT were 81.7min, 1.67, 11.79 and 170.4 min, 4.75, 37.95, respectively. RCDs calculated were similar for pH=3 and control vs both were significantly higher(p<0.05) than pH=1.5 and 2 with the latter two pH-levels were not significantly different(p>0.05). RCDs were similar across control, 0.2%, and 1% ox-bile levels(p>0.05). However, 2% ox-bile yielded significantly lower RCD (p<0.05) compared to all except 1%. FOL-04 is a potential probiotic candidate showing robustness against AGJ and ABJ and remarkable biomass increase was achieved when grown under FBT which could pave the way for developing a yeast-based probiotic using this strain. © 2023 Elsevier B.V., All rights reserved.Article Life Cycle Assessment of Internal Wall Panels: A Case Study of Sumerbank Kayseri Textile Factory Restoration Process(2023-06-24) Metin, Buket; Kırılmaz, Elif ÖzkayaBu çalışma, günümüzde Abdullah Gül Üniversitesi yerleşkesinin bir parçası olarak kullanılan Sümerbank Kayseri Tekstil Fabrikası restorasyon süreci için çevresel etkiye daha az neden olan ideal iç duvar paneli seçeneğini belirlemeyi amaçlayan bir vaka çalışması sunmaktadır. Üniversitenin tanımlı çevresel hedefleri olduğu için, devam eden restorasyon sürecinde kullanılan malzemelerin çevresel etkilerinin incelenmesi, bu hedeflere katkı sağlama potansiyeline sahiptir. Bu amaçla vaka çalışması kapsamında Türk yapı malzemeleri sektöründe en çok kullanılan üç iç duvar paneli olan alçı, güçlendirilmiş alçı ve çimento esaslı paneller seçilmiştir. Bu seçenekleri karşılaştırmak için yaşam döngüsü değerlendirmesi (YDD) yöntemi kullanılmış ve analizler SimaPro yazılımı kullanılarak yapılmıştır. Yaşam döngüsü etki değerlendirmesi için gereken veriler, piyasa araştırmasının yanı sıra EcoInvent Yaşam Döngüsü Envanter Veri Tabanından elde edilmiştir. Çalışma sonunda, ReCiPe yöntemi tarafından sağlanan hasar değerlendirmesi, ağırlıklandırma ve orta nokta ve bitiş noktası verilerini açıklayan karakterizasyon sonuçları karşılaştırılarak yorumlanmıştır. Örnek çalışma kapsamında elde edilen genel sonuçlara göre, güçlendirilmiş alçı panel en olumsuz çevresel etkilere sebep olurken, onu sırasıyla çimento paneller ve alçı paneller takip etmektedir.Article Microfluidic Devices: A New Paradigm in Toxicity Studies(2020-06-15) Bosgelmez, Iffet Ipek; Yiğit, Fatma Esra; Icoz, KutaySon yıllarda, 3R (yerine koyma, azaltma, iyileştirme) prensibi doğrultusunda deney hayvanı kullanımını azaltmak için alternatif toksikoloji metotlarına (örneğin, in vitro modeller, in silico veya −omics verilerine) büyük önem verilmektedir. Bu metotlar, yeni ilaçların keşfedilmesiyle ilişkili preklinik etkinlik ve güvenliğin hızlı ve doğru bir şekilde tahmin edilmesine ve klinik çalışmalarda başarısızlık oranlarının azaltılmasına yardımcı olmaktadır. Günümüzde in vitro çalışmalar; iki boyutlu (2D) hücre kültürlerinden, doku, organ ve hatta organizmanın fizyolojisini taklit edebilen üç boyutlu (3D) hücre kültürlerine dönüşüm veya değişim içindedir. Bu bağlamda, 3D kültür modellerinin gelişmekte olan mikroakışkan teknolojilerine entegrasyonu ile çip-üstü-organ sistemleri geliştirilmiştir. Çip-üstü-organ sistemleri, ilaç araştırma ve geliştirme (Ar-Ge) sürecinde doz-yanıt ve toksisite mekanizmalarının iyi anlaşılmasını sağladığı için, ksenobiyotiklerin insan vücudu üzerindeki etkisinin tatmin edici düzeyde tahmin edilmesi mümkün olmaktadır. Ayrıca, bu sistemler farmakokinetik-farmakodinamik parametrelerin ve ilaç direncinin değerlendirilmesini destekleyebilir. Modeller, test edilen ksenobiyotiğe yanıtı incelemek için “çip-üstü-hastalık modelleri” şeklinde veya sağlıklı hücrelerle üretilebilir. Bu derleme kapsamında; çip-üstü-organ sistemlerinde kullanılan mikroakışkan sistemleri ele alınmakta ve karaciğer, böbrek, beyin, akciğer, kalp ve bağırsaklar gibi çeşitli örneklerin mikro-ortamlarının ve fizyolojik özelliklerinin çip-üstü-organ modellerine yansıtıldığı toksisite çalışmaları için potansiyelleri vurgulanmaktadır.Article Tarhanadan Laktik Asit Bakterilerinin İzolasyonu(2020-07-14) Aydın, Aysun Cebeci; Çalış, Burak; Polat, Muhammet FatihTarhana is a staple food in Turkey and produced mainly by the fermentation of wheat flour and yogurt.There are variations in its use, it can be consumed as a snack, or as a soup, and its exact ingredients vary betweendifferent geographical regions. Our study aims to isolate and identify lactic acid bacteria in tarhana samples viabiochemical and molecular biology identification techniques. Three different tarhana samples were studied forbacterial Gram reactions, catalase activity, gas production, growth at 10°C and 45°C, in 6% and 16% NaClconcentrations and at pH 4,4 and pH 9,6 for the biochemical tests. For the molecular biology experiments, PCRRFLP, sequencing and RAPD-PCR were performed to identify organisms at the species and strain level.