DEVELOPING A LABEL PROPAGATION APPROACH FOR CANCER SUBTYPE IDENTIFICATION PROBLEM

Abstract

Kanser terimi, anormal hücrelerin kontrolden çıkıp diğer dokuları istila ettiği hastalıkları tanımlamak için kullanılır. Çok sayıda kanser türü vardır ve birçok kanser türü, farklı klinik ve biyolojik etkileri olan çeşitli alt tiplere sahiptir. Bu farklılıklar, kanserin farklı alt tiplerinin tedavisi için farklı yöntemlerin izlenmesi gerektiğini göstermektedir. Kişiselleştirilmiş tıbbın geliştirilmesine yardımcı olabileceğinden, kanser alt tiplerini keşfetmek biyoinformatikte önemli bir problemdir. Kanserin alt tipinin bilinmesi, tedavi basamaklarının ve öngörünün belirlenmesinde faydalıdır. Hesaplamalı biyoinformatik yöntemler, farklı kanser alt tiplerinin ortak moleküler patolojisini ortaya çıkararak hedeflenen tedavileri tasarlamak için kanser analizi yapmaya yardımcı olur. Şimdiye kadar, kanser alt tiplerini keşfetmek veya kanseri bilgilendirici alt tiplere ayırmak için çeşitli hesaplamalı yöntemler önerildi. Ancak, mevcut çalışmalar verilerin seyrekliğini dikkate almamakta ve kötü koşullu (tersi alınamayan) çözümle sonuçlanmaktadır. Bu eksikliği gidermek için, bu tezde, uygulamalı sayısal cebir tekniklerini kullanarak kanseri alt tiplerine ayırmak için alternatif bir denetimsiz hesaplama yöntemi öneriyoruz. Daha detaylı olarak, bu etiket yayma tabanlı yaklaşımı kolon, baş ve boyun, rahim, mesane ve meme tümörlerinin somatik mutasyon profillerini sınıflandırmak için uyguladık. Sonra, yöntemimizin performansını temel yöntemlerle karşılaştırarak değerlendirdik. Kapsamlı deneyler, yaklaşımımızın, modern denetimsiz ve denetimli yaklaşımlardan büyük ölçüde daha iyi performans göstererek tümör sınıflandırma görevlerini yüksek oranda yerine getirdiğini kanıtlamaktadır.