Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/5799
Browse
9 results
Search Results
Master Thesis Centella Asiatica Ekstraktı İçeren Çift Katmanlı Elektro Eğrilmiş Yara Örtüsü(2019) Koç, Nuray; İşoğlu, İsmail AlperElektroeğirme yöntemi ile hazırlanan, ekstra sellülar matrisin doğal yapısını taklit eden inovatif ve biyoaktif yara örtüleri geleneksel yara bakım uygulamalarına alternatif olarak önemli bir ilgi kazanmaktadır. Bu çalışmada, elektroeğirme yöntemi ile kuaterner poli(4-vinil piridin) bir üst katmana, Centella Asiatica (CA) ekstratı içeren poli(D,L-laktik-ko-glikolik asit) (PLGA)/poli(3-hidroksibütirat-ko-3-hidroksi valerat) (PHBV) bir alt katmana sahip çift katmanlı bir yara örtüsü üretilmiştir. Elektroeğrilmiş membranların uniform ve boncuksuz fiber yapıları taramalı elektron mikroskop (SEM) kullanılarak gösterilmiştir. CA ekstraktı içeren PLGA/PHBV membranların ortalama fiber çapları 0,471±0,11 μm olarak hesaplanırken, elektroeğrilmiş poli(Q-VP) membranların ortalama fiber çapları 0,460±0,057 μm olarak bulunmuştur. Kimyasal, termal ve mekanik özellikleri, elektroeğrilmiş membranların absorbsiyon kapasitesi ve ayrıca PLGA/PHBV membranlardan CA ekstraktının kümülatif salımı araştırılmıştır. Elektroeğrilmiş membranlar üzerinde insan fibroblast hücrelerinin önceden belirlenen günler için canlılık, yapışma ve tutunma testleri colorimetric CellTiter 96® AQueous One Solution Cell Proliferation Assay (MTS assay) ve SEM ile gösterilmiştir. Sonuçlar, CA içeren çift katmanlı elektroeğrilmiş yara örtüsünün insan fibroblast hücrelerinin tutunma ve çoğalmasına olanak sağladığını göstermiştir. Bu sebepten, CA ekstraktı içeren çift katmanlı yara örtüsünün yara bakımı uygulamaları için umut verici bir potansiyele sahip olduğu değerlendirilmiştir.Master Thesis Centella asiatica extract containing bilayered electrospun wound dressing(Abdullah Gül Üniversitesi, 2019) KOÇ, NURAY; İşoğlu, İsmail AlperInnovative and bioactive wound dressings prepared by electrospinning mimicking the native structure of the extracellular matrix (ECM) have gained significant interest as an alternative to conventional wound care applications. In this study, bilayered wound dressing material was produced by sequential electrospinning of quaternized poly(4- vinyl pyridine) (upper layer) on the Centella Asiatica (CA) extract containing electrospun poly(D, L-lactide-co-glycolide) (PLGA)/poly(3-hydroxybutyrate-co-3- hydroxy valerate) (PHBV) blend membrane (lower layer). Scanning electron microscopy (SEM) was utilized to show a uniform and bead-free fiber structure of electrospun membranes. The average diameter of CA extract containing electrospun PLGA/PHBV blend membrane was calculated 0.471±0.11 µm, whereas the average fiber diameter of electrospun poly(Q-VP) membranes was in the range of 0.460±0.057 µm. Chemical, thermal, mechanical properties, and adsorption capacity of electrospun membranes, as well as the cumulative release of CA from the electrospun PLGA/PHBV membrane, were investigated. Viability, adhesion, and attachment of human fibroblast cells on the electrospun membranes on pre-set days were evaluated by the colorimetric CellTiter 96® Aqueous One Solution Cell Proliferation Assay (MTS assay) and SEM. Results revealed that CA loaded bilayered electrospun wound dressing showed promoted attachment and proliferation of fibroblasts. Hence, it can be concluded that CA extract containing bilayered electrospun wound dressing prepared in this study has a promising potential for wound healing applications.Master Thesis Protein İkincil Yapı Tahmini için Boyut Küçültme(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2017) Görmez, Yasin; Aydın, Zafer; Kaynar, OğuzGerekli metabolik süreçleri yürüten proteinler insan hayatı için büyük önem taşımaktadır. Proteinlerin fonksiyonları ile üç boyutlu yapıları arasında yakın bir ilişki bulunmaktadır. Dört yapı düzeyi olan proteinlerin bir çoğunun, birincil yapı olarak da adlandırılan amino asit dizilimi bilinmekte ancak üçüncül yapıları bilinmemektedir. Üçüncül yapıların laboratuvar ortamında tespit edilmesinin çok maliyetli ve zor olması, amino asit dizilimini kullanarak yapı tahmini yapan sistemlerin geliştirilmesine neden olmuştur. Protein yapı tahmini yapan sistemlerin en önemli aşamalarından biri ise ikincil yapı etiketlerinin tanımlanması işlemidir. Yeni öznitelik çıkarma yaklaşımları geliştirildikçe yapısal özelliklerin tahmini için kullanılan veri setleri yüksek boyutlara sahip olabilmekte ve kullanılan özniteliklerden bazıları gürültülü veri içerebilmektedir. Bu nedenle uygun sayıda ve doğru öznitelikleri seçmek, iyi bir başarı oranı elde etmek için önemli aşamalardan biridir. Bu çalışmada iki farklı veri seti üzerinde derin oto kodlayıcı kullanılarak boyut düşürme işlemi uygulanmış, temel bileşen analizi, ki-kare, bilgi kazancı, kazanım oranı, korelasyon tabanlı öznitelik seçim teknikleri ve minimum fazlalık maksimum ilgi algoritması gibi çeşitli öznitelik seçim ve boyut düşürme teknikleri ayrıca genetik algoritma, aç gözlü algoritma ve en iyi ilk önce algoritması gibi çeşitli arama stratejileri ile birlikte kullanılarak elde edilen veri setleri ile karşılaştırılmıştır. İkincil yapı tahmin başarısının karşılaştırılması için destek vektör makinası kullanılmıştır.Master Thesis Cisplatin Temelli Nefrotoksisite Karşıtı Böbrek Hedefli Bir Nanotaşıyıcı Formülasyonu Geliştirilmesi(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2019) Çakır, Şerife; Aydın, ErkinKitosan doğal bir polimer olup diğer sentetik polimerlere oranla vücutta daha az toksik etki göstermektedir. İyonik jelasyon metodu ile üretilen kitosan sodyum tripolifosfat (TPP) nanopartiküllerin böbrek ve beyin dokusu gibi insan vücut dokuları için iyi bir ilaç salınım araçları olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada bir anti-kanser ilacı olan cisplatinin böbreklere oluşturduğu nefrotoksisiteyi gidermek için, gen susturucu siRNA'larla yüklü kitozan-TPP nanoparçacıkları kullanılmıştır. In vitro çalışmalar human kidney cell line olan Hek293 hücrelerinde denenmiş olup nanoparçacıkların hücreye girişleri ise floresan mikroskobu ve flow sitometri ile doğrulanmıştır. MTT ve XTT sonuçlarına göre nanoparçacıkların toksik etkisi düşük bulunmuştur. In vivo çalışmalara bakıldığında ise, balb-c tip 6-8 haftalık farelere siRNA yüklü nanoparçacık enjeksiyonu yapılmıştır. Sisplatin ile muamele edilmiş fareler kontrol ve siRNA-yüklü kitosan nanopartiküller grubu olarak hayvan grupları kullanılmıştır. Sisplatin enjeksiyonlarından sonra, siRNA-nanopartükül verilmesinden sonra farelerdeki kreatinin ve BUN seviyeleri değişimi incelendi. GAPDH bir kontrol geni olup PKC, P53, OCT1, OCT2 ve GGT genleri böbrek proximal tübül hücrelerinde önemli rollere sahiptir. Bu çalışmada bu genlerin mRNA seviyelerine de kantitatif PCR ile bakılmıştır. Enjeksiyonun ilk günlerinde siRNA'lar azalmış iken devam eden günlerde bu etki kaybolmuştur. Böylelikle her siRNA'nın susturma potansiyeli değişkenlik göstermektedir. Fakat bu değişkenlik çalışmada anlamlı bir değişim göstermektedir.Master Thesis Küçük Çaplı Damarlar için Biyomimetik bir Uygulama: Aljinat ve Polikapralakton'dan Oluşan Çift Katmanlı Damar Grefti(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2019) Gürdap, Seda; İşoğlu, Sevil DinçerKardiyovasküler hastalıklar halen dünya genelindeki hastalıkların ve ölümlerin önde gelen nedenlerinden biridir. Kalp damar hastalıklarının en tipik semptomu damar tıkanıklığıdır. Tedavide anjiyoplasti, stent kullanımı ve baypas grefti gibi birçok yöntem mevcuttur. Sentetik greftler geniş çaplı damarların baypasında başarılı bir şekilde kullanılmalarına rağmen, küçük çaplı damarlar için kullanımda erken dönemde tromboz oluşturdukları için başarısız olmaktadırlar. Doku mühendisliği, doğal damarın yapısal mekaniksel özelliklerini taklit etme ve hücre büyümesine olanak vermesinden dolayı kardiyovasküler hastalıklar için ümit verici bir tedavi yöntemidir. Bu çalışmada sıcaklıkla indüklenmiş faz ayrımı ve elektro eğirme fabrikasyon yöntemlerinin beraber kullanımı ile çift katmanlı vasküler doku iskelesinin üretimi hedeflenmiştir. Başlangıçta, yaklaşık olarak 100 μm por çapı ile iç katman olarak porlu aljinat tabakası üretilmiştir. Bu özellikleri ile porlu aljinat tabakası endotel hücre yapışmasına ve çoğalmasına olanak sağlamıştır. Daha sonra, vasküler doku iskelesinin dayanımını artırmak için aljinat iç tabaka, elektro-eğrilmiş polikaprolakton ile kaplanmıştır. Çift katmanlı vasküler doku iskelesinin 2.45 MPa elastik modülü ve 0,18 MPa patlama basıncı ile doğal damarın mekanik özelliklerini taklit edebileceği mekanik test ile gösterilmiştir. Ayrıca pıhtılaşma önleyici özelliği olan heparin doku iskelesine kimyasal olarak bağlanmıştır ve bu şekilde heparinin salım süresi uzatılmıştır. Bununla birlikte çapraz bağlanmış doku iskelesi 6 haftada gösterdiği yaklaşık %21'lik kütle kaybı ile uygun bir degradasyon profili sergilemiştir. Bu degradasyon miktarının, bozunma ile eş zamanlı olarak, doku iskelesine hücrelerin yapışması ile yeni oluşumuna olanak vereceği düşünülmektedir. Tüm bu sonuçlara göre, biyomimetik yaklaşımla hazırlanan malzemelerin sentetik damar grefti olarak kullanım potansiyeli oldukça yüksektir.Master Thesis Alt Ekstremitelere Yardımcı Cihazlar için Üniversal Bir Test Platformu Dizayn ve Kontrolü(Abdullah Gül Üniversitesi, 2018) BİLGİ, MUHAMMET FURKAN; Bilgi, Muhammet Furkan; Ünal, RamazanAlt ekstremitelere yardımcı cihazlar, alt ekstremite problemleri yaşayan hastaların rehabilitasyonlarında, ağır yük kaldırma ya da taşıma işlerinde kullanıldıkları için çok önemlidirler. Ayrıca, bu cihazların doğru bir şekilde test edilmesi de ayrıca bir öneme sahiptir. Robotik test uzun dönem test edebilme, düşme vb. tehlikeli durumları cihazla oluşturabilme gibi avantajları vardır. Ayrıca test cihazlarından veri toplamak gerçek insandan veri toplamaktan daha kolaydır. Bu çalışmada ilk olarak yürüme, oturup kalkma ve merdiven çıkma işlerini yapabilecek konsept bir eksoskeleton cihazı tasarlandı. Bu işleri yapabilmesi için eksoskeletona yaylar, motor ve aktif-deaktif mekanizması eklendi ve ardından yay sabitleri, gereken motor gücü hesaplandı. Ardından bir test cihazı tasarlandı ve kalça hareketinin (kütle merkezi hareketi ve kalça eklemi) taklit edilebilmesi için MATLAB- Simulink yardımıyla bir kontrolcü tasarlandı.Master Thesis Oturup Kalkma ve Yürüme için Hafif Ağırlıklı ve Kompakt Diz Ayak Bileği Yardımcı Alet Tasarımı(Abdullah Gül Üniversitesi, 2018) FURKAN BALTACIOĞLU, MEHMET; Baltacıoğlu, Mehmet Furkan; Ünal, RamazanBu çalışmada yürüme, oturup kalkma ve merdiven çıkma için konsept yarı-aktif transfemoral protez tasarımı sunulmuştur. Bu çalışmada literatürde bulunan insan dataları analiz edilmiştir ve bu datalar doğrultusunda ilk olarak konsept dizayn sunulmuştur. Bu konsept dizayn 3 boyutlu yazıcı yardımıyla üretilmiştir. Bundan sonra, yapılmış olan model doğrultusunda çalışma modifiye edilmiştir. Ayrıca, protezdeki yaylar teorik olarak hesaplanmıştır. Yapısal parametreler doğrultusunda sonlu elemanlar metodu kullanılarak protez analiz edilmiştir. Ve protezdeki parçalar topoloji optimizasyon metodu kullanılarak yapısal olarak optimize edilmiştir.Master Thesis Makine Öğrenmesi ile Protein Parçacık Seçimi(Abdullah Gül Üniversitesi, 2018) EMRE ULUTAŞ, ALPEREN; Ulutaş, Alperen Emre; Aydın, ZaferProtein parçacık seçimi proteinlerin üç boyutlu yapılarının tahmin edilmesindeki önemli adımlardan biridir. Doğru parçacık yapılarının seçilmesi üç boyutlu yapının doğru tahmin edilmesi için gereklidir. Bu tezde verilen iki protein parçacığının üç boyutlu yapılarının birbirine benzer olup olmadığını tahmin eden çeşitli yapay öğrenme yöntemleri geliştirilmiştir. Bu sayede yapısı bilinmeyen bir hedef protein için parçacık yapılarının seçilmesi mümkün olacaktır. Tahmin yönteminin girdi olarak kullanacağı öznitelik parametrelerinin tasarlanması için bir konsept hiyerarşi yaklaşımı izlenmiştir. Bunun için dizi profil matrisleri, ikincil yapı, çözücü erişilirlik ve bükülme açı sınıfı tahminleri çeşitli kombinasyonlarda ve izdüşüm uzaylarında incelenmiştir. Üç ve dokuz amino asitlik parçacıkların yapısal benzerlik tahmini için çeşitli sınıflandırma ve regresyon modelleri eğitilmiş ve optimize edilmiştir. Bunlar arasında lojistik regresyon, AdaBoost, karar ağacı, en yakın komşu, sade Bayes, rastgele orman, destek vektör makinası ve çok-katmanlı algılayıcı bulunmaktadır. Elde edilen sonuçlara göre farklı öznitelik kümelerinin konsept hiyerarşi yaklaşımı ile birleştirilmesi ve model optimizasyonları tahmin başarısını önemli oranda iyileştirmiştir. Ayrıca çapraz doğrulama deneyleri neticesinde parçacık benzerliğinin yüksek başarı oranları ile tahmin edilebildiği gösterilmiştir. Parçacık benzerliği sınıflandırma problemi olarak tanımlandığı zaman tahmin yöntemlerinin başarı oranları birbirine yakın olarak elde edilmiştir. Regresyon modelleri arasında ise rastgele orman yöntemi en yüksek tahmin başarısına ulaşmıştır.Master Thesis Lösemi Hücrelerinin Hücre Yüzey Ayıraçları ile İmmünomanyetik Ayrıştırılması ve Sabitlenmesi(Abdullah Gül Üniversitesi, 2017) GERÇEK, TAYYİBE; Gerçek, Tayyibe; İçöz, KutayAkut Limfoblastik Lösemi, kısaca ALL, özellikle B öncüllü Akut Limfoblastik Lösemi çocukluk kanserleri arasında en yaygın olan kan malignitesidir. Löseminin farklı çeşitlerde tedavileri bulunmaktadır ancak terapiden sonra hastanın vücudunda kalan kanser hücrelerinin yüzünden yıllar içinde hastalığın tekrarlama ihtimali vardır. Fakat terapiden sonra kalan bu kanser hücreleri rutin klinik takip testlerinde görünmemektedir. Bu tarz lösemi gibi hastalıklar Minimal Kalıntı Hastalığı (Minimal Residual Disease-MRD) olarak adlandırılır. Günümüzde MRD tayini için yalnızca iki yol bulunmaktadır. Bunlar akım sitometrisi ve eş zamanlı polimeraz zincir reaksiyonudur. Birçok farklı laboratuvarda bu cihazlardan bulunmasına rağmen, cihazlar MRD tayini için kalibre olmak zorundadır. Bugünlerde MRD tayininin gerekli olduğu konusunda bir görüş birliği vardır ancak nasıl ve ne zaman yapılması gerektiği konusu yetkililer tarafından hala tartışılmaktadır. Bu projenin nihai hedefi MRD tayin edebilen bir çip üretmektir. Bu çalışmayla ise nano ve mikro boyutlarda manyetik boncuklar kullanarak lösemi hücrelerini yakalamaya çalışıyoruz. Bu manyetik boncuklar, lösemi hücrelerinin membranında bulunan CD19 ve CD45 işaretleyicileriyle kaplanmıştır. Manyetik boncuklarla hücreleri yakaladıktan sonraki adım onları yüzeye sabitlemektir. Altın yüzeyler kullanılmakta ve gerekli antikorlarla işlevsel hale getirilmektedir. Böylelikle bir immunosandviç yapısı oluşmakta ve hücreler yüzeye sabitlenmektedir.