Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/5799
Browse
13 results
Search Results
Master Thesis Nanokristal Kuantum Nokta Filmler ile Escherichia Coli Arasındaki Etkileşimin İncelenmesi(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2017) Ünlü, Miray; Mutlugün, EvrenSemiconductor nanocrytals also known as quantum dots (QD) with high photoluminesce quantum yield (PLQY), size tunability and favorable optical characteristics occupy a significant area in display technology, solar energy conversion and biotechnology. Size tuning feature of QDs allows peak emission wavelength ranging from ultraviolet to infrared spectral region. In literature, QD based studies have been performed in visible spectral range by employing mostly cadmium, being a toxic heavy metal. Recently, the search for less toxic alternatives revealed the cadmium free compounds, particularly InP. Cadmium free semiconductor nanocrytals' potential to be used as fluorescent probes in biodetection and biolabeling area has been proved over the past decades. Pathogens threaten life particularly via water sources like rivers, reservoirs and groundwater. Increasing demand for managing the 'contamination of drinkable water by pathogenic bacteria' problem needs a broad perspective about pathogens and their membrane characteristics which are integral part of microorganism detection platforms. Bacteria are categorized mainly upon their membrane properties which are gram negative and gram positive. Extra wall called as peptidoglycan layer in gram positive bacteria makes them more resistant to external forces. Gram negative bacteria with wavy wall is relatively more prone to their environment. One of the most known pathogenic bacteria, E. Coli, have damaged and destroyed many lives throughout the world. High growth rate enables this microorganism to spread around large areas in short time. Therefore, accurate and definite detection of this bacteria in water is crucial. The main frame of this research depends on QD based biodetection of bacteria. First of all, organic based QDs (50% PLQY) containing triocytlyphosphine-sulfur ligand were synthesized and via successful phase transfer, QDs in aqueous solvent with 20% PLQY were achieved. Although surface is damaged during ligand exchange procedure, QDs in aqueous solvent with high PLQY were obtained. SiO2 was covered with QDs thanks to the attraction between their NH2 group and carboxylic ends, respectively. In the final step, this hybrid structure was encapsulated with SiO2 and silica coated QDs (SCQD) were formed. In order to utilize SCQDs in bacteria detection, fluorescent agents were embeded in polymeric films which were formed by spin coating. As a result, SCQD facilitates the attachment of negatively charged bacteria onto the surface of the films. Appropriately grown DH5 alpha (E. Coli strain) expressing green fluorescent protein (GFP) was used as pathogen in the detection part. SCQD thin films were treated with water containing E.Coli DH5 alpha. Positively charged SCQD attracted negatively charged bacteria and the conjugation between them was analysed with time resolved spectroscopy and monitored with fluorescence microscope. Thus, usage of QDs as biosensor in pathogen detection could provide an insight in the future studies. Keywords: biodetection, E.coli, quantum dots, semiconductors, silica coated quantum dots, indium phosphate, InP QDMaster Thesis Belirsiz İşlem Süresine Tabi Paralel Makine Çizelgelemeleri(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2017) Bekli, Rahime Şeyma; Gören, SelçukGünümüz dünyasında iş ve üretim rekabeti, firmaların verimlilik artıran ve imalat maliyetini düşüren çizelgeler üretmesine yol açmıştır. Ancak, üretilen çizelgeler beklenmedik aksaklıklar yüzünden, genellikle amaçlandığı şekilde uygulanamamaktadır. Bu aksaklıklar makine arızalanması, sipariş iptali gibi örneklendirilebilir. Aksaklıklara duyarsız çizelge olan gürbüz çizelgeleme, son yıllarda araştırmacılar arasında önem kazanmıştır. Bu çalışmada, belirsiz işlem süresine tabi paralel makine ortamı ele alınmıştır. Performans ölçütü son işin bitiş süresi olarak alınmıştır. Belirsizlik, ayrık senaryolar olarak modellenmiş ve küçük boyuttaki problemleri çözebilen bir tam sayılı programlama oluşturulmuştur. Bu model büyük problemleri çözmede sıkıntılıdır. Bu sebeple senaryo sayısını azaltma yaklaşımı denenmiştir. Daha sonra eşiz ayrıştırma yöntemi ile büyük problemlerin çözümü amaçlanmıştır. Bu yöntemi kullanmadaki amaç büyük bir problem çözmek yerine, küçük ama çok sayıda problem çözerek sonuca ulaşmaktır. Ancak bu yöntem de büyük problemlerde istenilen sonuçları vermemiştir. Bu sebeple senaryo sayısı azaltılarak eşiz ayrıştırma yöntemi kullanılmış ve yeni bir sezgisel önerilmiştir. Aynı zamanda bir tabu arama algoritması oluşturulmuştur. Sonuçlar, önerilen sezgisel algoritmalardan senaryo azaltılması ve tabu arama algoritmalarının paralel makine ortamında iyi sonuçlar verdiğini göstermektedir.Master Thesis Uygulama İhtiyaçları Doğrultusunda Güvenilir İşlemciler Tasarlanması(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2017) Kahira, Albert Njoroge; Yalçın, GülayBir bilgisayar mimarisi tasarlanırken; maliyet, enerji tüketimi ve başarımın yanı sıra düşünülmesi gereken en önemli etkenlerden birisi de güvenilirliktir. Güvenilirlik, bir bilgisayarın ne kadar süre doğru sonuç ürettiğininin ve ne sıklıkla çöktüğünün ya da yanlış sonuç ürettiğinin ölçümüdür (MTTF: İki çöküş arasında geçen süre). Güvenilirlik, diğer tüm faktörleri yani bilgisayarın kapladığı alanı, maliyetini ve başarımını önemli ölçüde etkilediği için, bilgisayar tasarımı sırasında güvenilirlik ve diğer faktörler arasında doğru bir denge kurmak gerekmektedir. Güvenilirlik konusunda son zamanlarda kullanılmaya başlanan etmenlerden bir tanesi de uygulama gereksinimleridir. Her geçen gün uygulamaların ihtiyaç duyduğu bilgisayar hesap yapma gücü artmaktadır. Bu sebeple de tasarımcılar her seferinde daha güçlü ve karmaşık bilgisayarlar tasarlayıp; önce tek bir çipe milyonlarca transistör yerleştirmiş ardından da bir çipte yer alana çekirdek sayısını artırmaya başlamışlardır. Ancak bu durum, bilgisayar sistemlerinde hata oluşması ihtimalini artırmıştır. Bu sebeple de oluşan bu hataların ve mikroişlmecilerin güvenilirliğinin incelendiği çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada, günümüz mikroişlemcilerinin farklı uygulamar açısından güvenilirlik ihtiyaçları incelenmiş, bunun devamında bu uygulamalar için güvenilir mikroişlemci tasarımları ve uygulama ihtiyaçları doğrultusunda güvenilirlik parametrelerini ayarlayacak mekanizmalar önerilmiş. Çalışma kapsamında güvenilirlik ölçütü olarak hata müsamaha değeri kullanılmıştır.Master Thesis Nanokompozit Membran Üretimi ve Yağ İçeren Atıksuların Arıtımında Uygulanması(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2017) Saki, Seda; Uzal, NiğmetEndüstriyel yağlı atıksular çelik, gıda, tekstil, deri, petrokimya ve metal gibi çeşitli endüstriler tarafından üretilmekte ve ciddi çevre sorunlarına sebep olmaları nedeniyle alıcı ortama deşarj edilmeden önce arıtılmaları gerekmektedir. Bu bağlamda; membran ayırma süreçlerinin kullanım kolaylığı, etkin ayırma kapasitesi, düşük enerji tüketimi ve maliyet gibi avantajları nedeniyle yağlı atık su arıtımında yeni ve yeşil bir teknoloji olarak gelişim göstermektedir. Özellikle mikrofiltrasyon (MF) ve ultrafiltrasyon (UF) membranları, stabil su kalitesi, küçük alan gereksinimi, kimyasal ilavesine gerek olmaması, yüksek kimyasal oksijen ihtiyacı (KOİ) giderimi ve düşük enerji gereksinimi gibi avantajlarından dolayı yağlı atık su arıtımlarında önemli bir rol oynamaktadır. Fakat membran proseslerin en büyük sorunu tıkanma problemidir. Bu sorunun üstesinden gelmek için, birçok araştırmacı daha yüksek hidrofiliklik ve tıkanma direnci özelliklerine sahip yüksek performanslı membran üretimi konusunda araştırmalarını yoğunlaştırmıştır. Bu çalışmada, Al2O3 ve CaCO3 nanoparçacıkların kullanıldığı düz tabaka PSF/PEI nanokompozit membranlar faz dönüşümü yöntemi ile üretilmiştir. Üretilen anokompozit membranların yapısal özellikleri ve filtrasyon performansı üzerine Al2O3 ve CaCO3 nanoparçacıklarının etkisi, araştırılmıştır. Üretilen yeni nesil nanokompozit membranlar taramalı elektron mikroskobu (SEM), Fourier dönüşümlü kızılötesi spektrometre (FTIR), temas açısı, gözeneklilik, su akısı, termogravimetrik analiz (TGA), atomik kuvvet mikroskopu (AFM), X-ışını kırınımı (XRD) , BSA reddi, gerilme mukavemeti ve viskozite ölçümleri ile karakterize edilmiştir. Yeni nesil nanokompozit membranların yağ/su emülsiyon ayrımına karşı membran geçirgenlik performansı ve tıkanmaya direnç özellikleri, sentetik ve gerçek sanayi yağlı atıksu için değerlendirilmiştir. Sonuçlar, yüksek permeabilite ve tıkanma direnci nedeni ile yağlı su arıtımı için bu çalışmada üretilen nanokompozit membranların büyük bir potansiyeli olduğunu göstermiştir. Tüm Al2O3 ve CaCO3 nanokompozit membranlar ile %90'ın üzerinde yağ giderimi elde edilmiştir.Master Thesis Protein İkincil Yapısının Tahmini için Sınıflandırma Yöntemlerinin Optimizasyonu(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2017) Uzut, Ömmu Gülsüm; Aydın, ZaferProtein ikincil yapı tahmini, proteinin yapısını ve fonksiyonunu anlamak için önemli ve yaygın olarak kullanılan bir aşamadır. İkincil yapı tahmin bilgisi üç boyutlu yapı tahmini için de kullanıldığından protein dizisiyle üç boyutlu yapısı arasında bir köprü olarak görülebilir. Şimdiye kadar, tahmin doğruluk oranını artırmak için birçok yöntem geliştirilmiştir. Yöntemlerin performansını etkileyecek birden fazla durum vardır. Bunlar arasında model hiper-parametrelerinin doğru seçilmesi önem taşımaktadır. Model eğitme sürecinde direkt olarak öğrenilemeyen bu parametrelerin optimize edilmesiyle modellerin hassas olarak ayarlanması mümkündür. Bu sayede aşırı uyum ve eksik uyum gibi davranışlardan kaçınılması amaçlanır. Bu tezde, destek vektör makinesi, derin katlamalı yapay sinir alanları ve rastgele orman yöntemleri bir hibrit sınıflandırıcının ikinci aşamasında kullanılmak üzere optimize edilmiş ve ikincil yapı tahmini problemine uygulanmıştır. Buna ek olarak eğitilen sınıflandırıcılardan elde edilen tahminler bir topluluk yöntemi ile farklı kombinasyonlarda birleştirilmiş ve başarı oranları en zor tahmin koşulu için incelenmiştir. Geliştirilen yöntemlerin doğruluk oranları literatürdeki en iyi yöntemler ile aynı seviyededir ve farklı modellerin birleştirilmesinin tahmin başarısını iyileştirme potansiyeli bulunduğu gösterilmiştir.Master Thesis Protein İkincil Yapı Tahmini için Boyut Küçültme(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2017) Görmez, Yasin; Aydın, Zafer; Kaynar, OğuzGerekli metabolik süreçleri yürüten proteinler insan hayatı için büyük önem taşımaktadır. Proteinlerin fonksiyonları ile üç boyutlu yapıları arasında yakın bir ilişki bulunmaktadır. Dört yapı düzeyi olan proteinlerin bir çoğunun, birincil yapı olarak da adlandırılan amino asit dizilimi bilinmekte ancak üçüncül yapıları bilinmemektedir. Üçüncül yapıların laboratuvar ortamında tespit edilmesinin çok maliyetli ve zor olması, amino asit dizilimini kullanarak yapı tahmini yapan sistemlerin geliştirilmesine neden olmuştur. Protein yapı tahmini yapan sistemlerin en önemli aşamalarından biri ise ikincil yapı etiketlerinin tanımlanması işlemidir. Yeni öznitelik çıkarma yaklaşımları geliştirildikçe yapısal özelliklerin tahmini için kullanılan veri setleri yüksek boyutlara sahip olabilmekte ve kullanılan özniteliklerden bazıları gürültülü veri içerebilmektedir. Bu nedenle uygun sayıda ve doğru öznitelikleri seçmek, iyi bir başarı oranı elde etmek için önemli aşamalardan biridir. Bu çalışmada iki farklı veri seti üzerinde derin oto kodlayıcı kullanılarak boyut düşürme işlemi uygulanmış, temel bileşen analizi, ki-kare, bilgi kazancı, kazanım oranı, korelasyon tabanlı öznitelik seçim teknikleri ve minimum fazlalık maksimum ilgi algoritması gibi çeşitli öznitelik seçim ve boyut düşürme teknikleri ayrıca genetik algoritma, aç gözlü algoritma ve en iyi ilk önce algoritması gibi çeşitli arama stratejileri ile birlikte kullanılarak elde edilen veri setleri ile karşılaştırılmıştır. İkincil yapı tahmin başarısının karşılaştırılması için destek vektör makinası kullanılmıştır.Master Thesis QUANTUM DOT BASED BIOSENSING(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2017) ÜNLÜ, MiraySemiconductor nanocrytals also known as quantum dots (QD) with high photoluminesce quantum yield (PLQY), size tunability and favorable optical characteristics occupy a significant area in display technology, solar energy conversion and bioapplications. Size tuning feature of QDs allows emission wavelength ranging from ultraviolet to infrared spectral region. In literature, QD based studies have been performed in visible spectral range by employing mostly cadmium, being a toxic heavy metal. Recently, the search for less toxic alternatives revealed the cadmium free compounds, particularly InP. Cadmium free semiconductor nanocrytals’ potential to be used as fluorescent probes in biodetection and biolabeling area has been proved over the past decades. Pathogens threaten life particularly via water sources like rivers, reservoirs and groundwater. Increasing demand for managing the ‘contamination of drinkable water by pathogenic bacteria’ problem needs a broad perspective about pathogens and their membrane characteristics which are integral part of microorganism detection platforms. Bacteria are categorized mainly upon their membrane properties which are gram negative and gram positive. Extra wall called as peptidoglycan layer in gram positive bacteria makes them more resistant to external forces. Gram negative bacteria with wavy wall is relatively more prone to their environment. One of the most known pathogenic bacteria, E. Coli, have damaged and destroyed many lives throughout the world. High growth rate enables this microorganism to spread around large areas in short time. Therefore, accurate and definite detection of this bacteria in water is crucial. The main frame of this research depends on QD based biodetection of bacteria. First of all, organic based QDs (50% PLQY) containing triocytlyphosphine-sulfur ligand were synthesized and via successful phase transfer, aqueous QDs with 20% PLQY were achieved. Although surface is damaged during ligand exchange procedure, aqueous QDs with high PLQY were obtained. SiO2 was covered with QDs thanks to the attraction between their NH2 group and carboxylic ends, respectively. In the final step, this hybrid structure was covered with SiO2 and silica coated QDs (SCQD) were formed. In order to utilize SCQDs in bacteria detection, fluorescent agents were embeded in polymeric films which were formed by spin coating. As a result, SCQD facilitates the attachment of negatively charged bacteria onto the surface of the films. Appropriately grown DH5 alpha (E. Coli strain) expressing green fluorescent protein (GFP) was used as pathogen in the detection part. SCQD thin films were treated with water containing E.Coli DH5 alpha. Positively charged SCQD attracted negatively charged bacteria and the conjugation between them was analysed with time resolved spectroscopy and monitored with fluorescence microscope. Thus, usage of QDs as biosensor in pathogen detection could provide an insight in the future studies.Master Thesis Farklı Modülasyon Teknikleri ile Su Altı İletişimde Performans Analizi(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2017) Bahçebaşı, Akif; Güngör, Vehbi ÇağrıSualtı Kablosuz Algılayıcı Ağlarının özellikle veri toplama, sınır güvenliği, kirlilik izleme, sahil araştırma ve taktiksel takip gibi bir çok oşinografi uygulaması son yıllarda pek çok araştırmacının ilgisini çekmeye başlamıştır. Pek çok su altı uygulamasında, su altı sensor düğümlerinin yanında, insansız su altı araçları da su altı kaynaklarının keşfi ve veri toplama gibi işbirliği gerektiren görevlerde yaygın olarak kullanılmaktadır. Su altı ağlarda kurulan bağlantı akustik iletişime dayanmasına rağmen, akustik kanal özellikleri çok ani değişiklikler gösterir ki, bu nedenle kurulan bağlantı kalitesinde, çevresel faktörler ve düğümlerin konumları önemli rol oynar. Bu sebeple su altı ağlarda güvenilir bir iletişimin kurulması oldukça zordur. Bütün bunlardan başka, sinyal kayıpları ve yeniden iletimler enerji kaynaklarının gereksiz sarfiyatına dolaysıyla ağ ömrünün kısalmasına neden olur. Bu tez çalışmasında su altı akustik ağlarda en çok bilinen modülasyon teknikleri kullanılarak farklı derinlik, mesafe ve Bit hata oranına sahip su altı ortamları analiz edilmiştir. Sonuç olarak veri iletimi için gerekli minimum enerji miktarı bulunmuş ve modülasyon teknikleri uygun şekilde kıyaslanmıştır. Simülasyon çalışmalarımızda kanıtlandığı üzere 32-PSK ve 16-QAM teknikleri minimum (optimum) enerji tüketim oranlarına ulaşmıştır. Bundan dolayı ağ tasarımcıları 32-PSK ve 16-QAM modülasyon tekniklerini kullanarak su altı ağların ömrünü artırabilirler.Master Thesis Lazer CNC Makineleri için Kamera Tabanlı Sac Ölçüm Sistemi(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2018) Umar, Aamish; Taşdemir, KasımLazer CNC makineler farklı kalınlıktaki çeşitli metal levhaların kesimi için yaygın olarak kullanılmaktadır. Kesilecek levha farklı boyutlarda olabilir ve kesim platformu üzerinde herhangi bir yere yerleştirilebilir. Yerleştirilen metal levhanın boyutlarına uygun olarak, operatör kişi kesim işlemini başlatmak için lazerin başlangıç noktasını manuel olarak ayarlar. Başlangıç noktası atama ve levhanın boyutunu ayarlama işlemleri zaman alıcıdır. Her kesim işlemi için bir kaç dakika alır ve günlük olarak toplamda saatler sürebilir. Bu sebeple, otomatik levha ölçüm işlemi oldukça zaman kazandırabilir ve işlemleri hızlandırabilir. Bu tezde, otomatik levha ölçümü için kamera tabanlı bir sistem geliştirilmiştir. Geliştirilen sistem başlangıç noktası atama, pozisyon, uzunluk ve genişlik ölçme işlemlerini de içermektedir. Bu algoritma geliştirilirken hesaplama hızı gözönünde bulundurulmuştur. Çünkü tüm işlemler gerçek zamanlı olarak çalışacağından mümkün olduğunca hızlı olmalıdır. Geliştirilen yöntem, istenen tüm parametreleri yaklaşık iki saniyede bulmaktadır. Tezde, bu gerçeklemede kullanılan teknikler tartışılmıştır. Sistemin gürbüzlüğü diğer geleneksel levha ölçüm ve pozisyon belirleme yöntemleriyle karşılaştırılmıştır.Geliştirilen sistem altı ay boyunca gerçek lazer CNC makinesinde test edilmiştir ve sonuçlar tartışılmıştır. Ayrıca iş güvenliğini artırmak için kamera tabanlı bir izleme yöntemi de eklenmiştir. Anahtar kelimeler: Lazer CNC kesim, Görüntü işleme, Kamera, Ölçüm, Hareket algılamaMaster Thesis Cisplatin Temelli Nefrotoksisite Karşıtı Böbrek Hedefli Bir Nanotaşıyıcı Formülasyonu Geliştirilmesi(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2019) Çakır, Şerife; Aydın, ErkinKitosan doğal bir polimer olup diğer sentetik polimerlere oranla vücutta daha az toksik etki göstermektedir. İyonik jelasyon metodu ile üretilen kitosan sodyum tripolifosfat (TPP) nanopartiküllerin böbrek ve beyin dokusu gibi insan vücut dokuları için iyi bir ilaç salınım araçları olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada bir anti-kanser ilacı olan cisplatinin böbreklere oluşturduğu nefrotoksisiteyi gidermek için, gen susturucu siRNA'larla yüklü kitozan-TPP nanoparçacıkları kullanılmıştır. In vitro çalışmalar human kidney cell line olan Hek293 hücrelerinde denenmiş olup nanoparçacıkların hücreye girişleri ise floresan mikroskobu ve flow sitometri ile doğrulanmıştır. MTT ve XTT sonuçlarına göre nanoparçacıkların toksik etkisi düşük bulunmuştur. In vivo çalışmalara bakıldığında ise, balb-c tip 6-8 haftalık farelere siRNA yüklü nanoparçacık enjeksiyonu yapılmıştır. Sisplatin ile muamele edilmiş fareler kontrol ve siRNA-yüklü kitosan nanopartiküller grubu olarak hayvan grupları kullanılmıştır. Sisplatin enjeksiyonlarından sonra, siRNA-nanopartükül verilmesinden sonra farelerdeki kreatinin ve BUN seviyeleri değişimi incelendi. GAPDH bir kontrol geni olup PKC, P53, OCT1, OCT2 ve GGT genleri böbrek proximal tübül hücrelerinde önemli rollere sahiptir. Bu çalışmada bu genlerin mRNA seviyelerine de kantitatif PCR ile bakılmıştır. Enjeksiyonun ilk günlerinde siRNA'lar azalmış iken devam eden günlerde bu etki kaybolmuştur. Böylelikle her siRNA'nın susturma potansiyeli değişkenlik göstermektedir. Fakat bu değişkenlik çalışmada anlamlı bir değişim göstermektedir.