TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/396

Browse

Filters

2019 - 201922020 - 202519

Settings

Subject: search.filters.subject.Onkoloji

Search Results

Now showing 1 - 10 of 21
  • Research Project
    Kolon Polipleri için Kolonoskopi ve Histopatoloji Görüntülerinden Yapay Zekâ Destekli Prognostik Belirteç Tespiti
    (2023) Doğan, Serkan; Doğan, Refika Sultan; Aydın, Zafer; Akay, Ebru; Güzel, Ömer Faruk; Yilmaz, Bulent; Taşdemir, Sena Büşra Yengeç
    Kolon kanseri vakalarının çoğu kolon mukozasında anormal hücre çoğalmasından kaynaklanan poliplerle başlar. Bu projede Kayseri Şehir Hastanesi gastroenteroloji kliniğine gelen 201 hastada tespit edilen poliplere dair kolonoskopi video ve görüntülerinden ve biyopsi örneklerinden elde edilen patoloji raporu ve immunohistokimyasal (İHK) gen ve protein analizi sonuçlarını içeren kapsamlı bir veri seti oluşturulmuştur. Bu projede, elde ettiğimiz veri setinde yer alan görüntülerden kolon poliplerinin evresini/patolojisini tahmin etmek için yenilikçi derin öğrenme ve makine öğrenmesi yöntemlerini temel alan çevrim içi veya dışı kullanılabilen kapsamlı bir yapay zekâ destekli bilgisayarlı görü sistemi geliştirilmiştir. Bu proje kapsamında; kolonoskopi videolarından gerçek zamanlı polip lokalizasyonu, videolardan görüntülerin elde edilmesi, polip görüntülerinden hiperplastik ve tübüler polip ayrımının otomatik yapılması ve hekim performansıyla karşılaştırılması, bu görüntüler üzerinde ayırt edici özniteliklerin tespit edilmesi, farklı büyütmelerde alınan histopatoloji görüntülerinden adenomatöz olan ve olmayan poliplerin ve poliplerin alt tiplerinin yenilikçi derin öğrenme yöntemleriyle tespiti, Ki-67, p53, VEGF, PDL-lenfosit ve PDL-epitel, BRAF ve cd34 isimli gen ve proteinlerin İHK analizlerinin sonuçlarının polip tipleri ve alt tipleri için yorumlanması ve poliplerin bu bilgilere göre etiketlenmesi gerçekleştirilmiştir.
  • Research Project
    Investigation of the Antitumor Effect of Targeting PI3K-AKT-mTOR Pathway and Histone Deacetylase Enzymes on Acute Myeloid Leukemia Cells
    (2022) Şansaçar, Merve; Akçok, Emel Başak Gencer; Okur, Tuğba; Karaca, Münevver
    Acute Myeloid Leukemia (AML) is a disease characterized by the accumulation of immature myeloid cells called blasts in the peripheral blood, bone marrow, spleen, and liver, eventually leading to hematopoietic malignancy. In addition to genetic abnormalities, important cellular pathways such as PI3K/AKT/mTOR, Wnt, Notch, STAT3, Hedgehog have been reported to play a role in the pathogenesis of AML. Histone deacetylase (HDAC) inhibitors have promising anticancer activity for AML. In this study, it was aimed to investigate the effect of inhibition of the PI3K/AKT/mTOR pathway and HDAC inhibition on the molecular mechanism underlying this disease using cell lines of different AML subgroups, MOLM-13 and CMK cell lines. For this purpose, the effects of PI3K inhibitor LY294002 and HDAC inhibitors (SAHA, PCI-3501 and Tubastatin A) and their combinations were investigated. Cell proliferation was determined by MTT cell cytotoxicity test and apoptosis rates were determined by Annexin-V/PI double staining method, and the effects of drugs on the cell cycle were determined by PI staining. The level of LC3B protein, a marker of autophagy, was confirmed at the molecular level by western blot. The inhibitors used decreased cell viability at low micromolar concentrations on both cell lines. It was determined that the LY294002+SAHA combination treatment showed a 50% reduction in cell proliferation in MOLM-13 cells and a 25% decrease in CMK cells. LY294002+Tubastatin A treatment has been shown to reduce cell proliferation in MOLM-13 and CMK cells by 65% and 40%, respectively. Our results showed that combinations of LY294002 and HDAC inhibitor resulted in G0/G1 phase arrest in MOLM-13 cells compared to control cells. On the other hand, CMK cells treated with combinations of LY294002+SAHA, LY294002+PCI-3501 and LY294002+Tubastatin A were arrested in G2/M, G2/M and G0/G1 phase, respectively. The effect of the combinations on apoptotic cell death was investigated. LC3B protein expression level was checked as a result of combination therapy. Considering the effects of HDAC enzymes on both AML and different cancers, HDAC inhibition is an important and high-potential target for AML. Therefore, investigation of the PI3K/AKT/mTOR pathway and inhibition of HDACs in different subgroups may provide insight into the mechanisms leading to the pathogenesis of AML. Consequently, it is hoped that this inhibition of PI3K/AKT/mTOR and HDAC will lead to a more specific combination of targeted therapy that results in the abolition of AML.
  • Research Project
    Akut Myeloid Lösemi Tedavisi için Hedgehog ve Otofaji Yolaklarının Düzenlenmesi
    (2019) Khatıb, Mona El
    Akut myeloid lösemi (AML) çeşitli moleküler aberasyonlar ve sinyal yolaklarındaki bozuklukları içeren klonal hastalıklar ile karakterize edilen bir grup heterojen malignanttır. Hedgehog (HH) sinyal yolağı birçok kanserde deregüle edilen evrimsel olarak korunan bir sinyal yolağıdır. HH sinyal yolağı lizozomal degradasyon prosesi otofajinin temel regülatörü olan PI3K/AKT/mTOR aksesini de içeren diğer sinyal yolakları ile karşılıklı iletişim halindedir. Bu sinyal yolakları AML’de deregüle edilmiştir. Birçok çalışmada otofajinin AML için bir kaçış mekanizması olabileceği ortaya konulmuştur. Bizim çalışmamızda, HH ve otofaji yolaklarının farklı AML türleri üzerine etkileri incelenmiştir. Çalışmamızda KML hücresi olan K562 ve CMK, MV4-11, MOLM-13 ve NB4 AML hücreleri GLI1 inhibitörü GANT61 ve farklı otofaji modülatörleri ile muamele edilmiştir.MTT sonuçları NB4, MOLM-13 ve MV4-11hücre proliferasyonun GLI inhibisyonu sonrasında düştüğünü ancak CMK’nin diğer AML hücre hatlarına kıyasla GLI inhibisyonuna daha az sensitif olduğunu ortaya koymuştur. Daha sonra, otofaji modülasyonunun farklı AML hücre hatlarının proliferasyonu üzerine etkileri incelenmiştir. Otofajinin gerek otofagozom-lizozom füzyonu aşamasında gerekse otofagolizozomal degradasyon aşamasında inhibisyonunun ilaç konsantrasyonu ve muamele süresine bağlı olarak AML sağkalımını azalttığı gözlemlenmiştir. Otofaji modülatörleri ve GANT61’in kombinasyonunun MOLM-13 hücre hattı üzerinde sinerjistik bir etkisinin olduğu fakat CMK hücre hattı üzerinde sinerjistik etkisinin olmadığı gözlemlenmiştir. GANT61 muamelesinin AML hücre hatlarında otofajiyi artırdığı LC3II ekspresyonu ile western blot yöntemi ile ortaya konulmuştur. Buna ek olarak, kombinasyonun MOLM-13 hücresinde LC3II’yi artırdığı gözlenirken, bu oran CMK hücre hattında daha düşüktür. AKT proteinin ekspresyonu ilaca ve hücre hattına gore farklılık göstermektedir. Sonuç olarak, HH ve otofaji sinyal yolaklarının hedeflenmesi MOLM-13 hücre hattı için umut vaatedici bir terapi iken, CMK hücre hattında benzer sonuçlara ulaşılamamıştır.
  • Article
    Glucosylceramide Synthase Is a Novel Biomarker of Midostaurin-Induced Cytotoxicity in Non-Mutant FLT3 Positive Acute Myeloid Leukemia Cells
    (2021) Şahin, Hande Nur; Adan, Aysun
    Amaç: Glukozilseramid sentaz (GSS) tarafından sentezlenen gluko- zilseramid (GS) birçok kanser türünde hücre yaşamını ve proliferas- yonunu sağlamaktadır. Ancak, mutant olmayan Fms-benzeri tirozinkinase 3 (FLT3) pozitif akut miyeloid lösemi (AML) patogenezindekirolü açıklanmamıştır. Çoklu kinaz inhibitörü olan midostaurin mu- tant FLT3 AML tedavisinde etkili olmasına rağmen mutant olmayanFLT3 pozitif AML’deki klinik etkisi gözden kaçırılmıştır. Bu çalışmada,midostaurinin GSS inhibitörü ile kombinasyonunun yabanıl tip FLT3ifadesine sahip AML hücrelerindeki etkisinin belirlenmesi ve mole- küler mekanizmalarının açıklanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Midostaurin, PDMP (GSS inhibitörü) ve kombi- nasyonların THP1 hücreleri üzerindeki sitotoksik ve sitostatik etki- leri sırasıyla MTT testi ve PI boyaması ile akım sitometri kullanılarakbelirlenmiştir. Kombinasyon indeksleri (CI) Calcusyn programı ilehesaplanmıştır. GSS ifadesi western blot ile belirlenmiştir.Bulgular: Midostaurin GSS ifadesini baskılamıştır. FLT3 ve GSS’ınbirlikte inhibe edilmesi kontrolle karşılaştırıldığında hücre çoğal- masını baskılamıştır. Kombinasyonlar sinerjistik sitotoksik etki gös- termiştir (CI<1). Kombinasyon hücre döngüsünün G2/M fazındakihücre populasyonunu arttırmıştır. Sonuç: Mutant olmayan FLT3 AML’de GSS inhibisyonunun midosta- urin’in etkisini arttırdığı saptanmıştır. Detaylı mekanizma çalışmalarıyapıldıktan sonra kombinasyon tedavisinin midostaurin’in sınırlıklinik kullanımını arttırması açısından yeni bir yaklaşım olabileceğidüşünülmektedir.
  • Article
    Design, Molecular Docking and Molecular Dynamics Simulation Studies of Novel Pyridinecarboxamide Derivatives as Potent HDAC6 Inhibitors
    (2025) Akçok, İsmail
    Histon deasetilazlar (HDACs), gen ifadesinin ve hücresel süreçlerin düzenlenmesinde önemli rol oynayan bir enzim ailesidir. HDAC enzimleri homolojilerine, hücresel lokalizasyonlarına ve yapısal özelliklerine göre dört ana sınıfa ayrılır. Sınıf IIb enzimlerinden biri olan HDAC6 enzimi, hücre göçü, bağışıklık tepkileri ve nöronal işlev gibi çeşitli fizyolojik süreçlerde önemli işlevlere sahiptir. HDAC6 aktivitesinin düzensizliği, nörodejeneratif hastalıklarda toksik protein agregatlarının birikimiyle ilişkilendirilmiştir; kanser hücrelerinde aşırı ifadesi veya değişen aktivitesi ise metastaz ve tümör oluşumuna sebep olabilmektedir. Bu çalışmada, potansiyel HDAC6 inhibitörleri tasarlanmış ve bu moleküllerin inhibisyon potansiyelleri, moleküler kenetlenme, moleküler dinamik simülasyonları ve MM-PBSA hesaplamalarını içeren in silico protokolleri kullanılarak araştırılmıştır. Tasarlanan moleküller arasında IA64, HDAC6 enzimine karşı en iyi bağlanma profilini göstermiştir ve ileri çalışmalar için öncü bir molekül olarak görülebilir.
  • Article
    Dalak Tirozin Kinaz ve Histon Deasetilaz Enzim İnhibisyonunun FLT3-ITD(+) Akut Miyeloid Lösemi Hücreleri Üzerindeki Anti-Lösemik Etkisi
    (2025) Akcok, E. Basak Gencer; Şansaçar, Merve
    Spleen Tyrosine Kinase (Syk) crosstalk with paramount signaling pathways which has a major contribution in the progress of acute myeloid leukemia (AML) such as PI3K, NFκB and JAK/STAT signaling pathways. Several studies recorded that deregulated Histone Deacetylase (HDAC) enzymes are involved in the pathogenesis of AML. The study aims to reveal the effect of Syk and HDAC co-inhibition on MOLM-13 and MV4-11 AML cells which are harboring the receptor of FMS-like Tyrosine Kinase's (FLT3) Internal Tandem Duplication (ITD). AML cells were incubated using both R406 and HDAC inhibitors alone and in combination, and increasing concentrations of R406 and HDAC inhibitors revealed a significant reduction of MOLM-13 and MV4-11 cells’ viability using MTT cell viability test. Furthermore, the combination of R406 and VPA resulted in a reduction in the proliferation of both cells correlated with the synergistic effect of the two drugs revealed by the combination index (CI). Moreover, investigating apoptosis for the combined administration of drugs resulted in induced apoptosis in AML cells using Annexin-V/PI double staining. We observed also changes in the mRNA expression level of MYC after combination treatment via Real-time PCR analysis. Even though further studies are needed, targeting Syk and HDAC enzymes in AML cells may be a good strategy in the treatment of patients suffering from AML with FLT3 ITD (+) mutation.
  • Article
    Developing a Label Propagation Approach for Cancer Subtype Classification Problem
    (TUBITAK, 2021) Güner, P.; Bakir-Güngör, B.; Coşkun, M.; Şahan, Pınar Güner
    Cancer is a disease in which abnormal cells grow uncontrollably and invade other tissues. Several types of cancer have various subtypes with different clinical and biological implications. Based on these differences, treatment methods need to be customized. The identification of distinct cancer subtypes is an important problem in bioinformatics, since it can guide future precision medicine applications. In order to design targeted treatments, bioinformatics methods attempt to discover common molecular pathology of different cancer subtypes. Along this line, several computational methods have been proposed to discover cancer subtypes or to stratify cancer into informative subtypes. However, existing works do not consider the sparseness of data (genes having low degrees) and result in an ill-conditioned solution. To address this shortcoming, in this paper, we propose an alternative unsupervised method to stratify cancer patients into subtypes using applied numerical algebra techniques. More specifically, we applied a label propagation-based approach to stratify somatic mutation profiles of colon, head and neck, uterine, bladder, and breast tumors. We evaluated the performance of our method by comparing it to the baseline methods. Extensive experiments demonstrate that our approach highly renders tumor classification tasks by largely outperforming the state-of-the-art unsupervised and supervised approaches. © 2022 Elsevier B.V., All rights reserved.
  • Research Project
    Resvaratrol ün FLT3 Pozitif Akut Miyeloid Lösemide Terapötik Potansiyeli ve Resveratrol Tarafından Tetiklenen Apoptozda Seramid Metabzolimasının Rolü
    (2019) Baran, Yusuf; Adan, Aysun
    Proje ile resveratrol'ün, Ph+ ALL hücreleri üzerindeki büyümeyi inhibe edici etkisinin arkasında yatan mekanizmalar, seramid metabolizmasının hedeflenmesi ve BCR-ABL ifadesindeki değişimler ile ilişkilendirilerek araştırılmıştır. Resveratrol, SK inhibitörü (SKI II), GSS inhibitörü (PDMP), SPT inhibitörü (myriocin) ve resveratrol: inhibitör kombinasyonlarının in vitro olarak Ph+ ALL SD1 ve SUP-B15 hücreleri üzerindeki büyümeyi durdurucu ve apoptotik etkileri MTT hücre çoğalması testi, Aneksin-V/PI boyaması, kaspaz-3, PARP ifadelerinin ve sitokrom c salınımının belirlenmesi (western blot) ile, sitostatik etki (hücre döngüsü üzerindeki) ise akım sitometresi (PI boyaması) ile araştırılmıştır. Resveratrol ve sfingolipid metabolizması enzimlerini hedefleyen inhibitör kombinasyonlarının BCR-ABL protein ifadesi üzerine etkisi western blot ile belirlenmiştir. Ayrıca, resveratrol'ün SPT, SK-1/2, GSS protein ifadeleri üzerindeki etkisi western blot ile belirlenmiştir. Her iki hücre hattında resveratrol ve resveratol?ün SKI II ve PDMP ile kombinasyonları hücre büyümesini baskılamış, apoptozu tetiklemiş ve hücre döngüsünü S fazında tutmuştur. Resveratrol:myriocin kombinasyonu ise hücre büyümesi ve hücre döngüsü üzerinde hücreye özgü etkiler gösterirken apoptozu her iki hücrede tetiklemiştir. Her iki hücre tipinde resveratol ve kombinasyonları sitokrom-c salınımını, kaspaz-3 kesimini ve PARP kesimini genel olarak arttırmakla beraber hücreye özgü değişimler de saptanmıştır. Resveratrol her iki hücrede SK- 1/SK2 ve GSS ifadesini azaltırken SPT ifadesini arttırmıştır. Resveratrol, SKI II ve PDMP BCR-ABL ifadesini azaltırken myriocin arttırmıştır. Resveratrol: SKI II ve PDMP kombinasyonları BCR-ABL üzerinde artışlara neden olurken myriocin ile kombinasyon BCR- ABL ifadesini azaltmıştır. Sonuç olarak, resveratrol seramid metabolizmasını ve BCR-ABL ifadesini düzenleyerek Ph+ ALL üzerinde hücre büyümesini baskılamış ve apoptozu tetiklemiştir.
  • Research Project
    PI3K-AKT-mTOR Yolağı ve Histon Deasetilaz Enzimlerinin Hedeflenmesinin Akut Myeloid Lösemi Hücreleri Üzerine Antitümör Etkisinin İncelenmesi
    (2022) Şansaçar, Merve; Akçok, Emel Başak Gencer; Okur, Tuğba; Karaca, Münevver
    Acute Myeloid Leukemia (AML) is a disease characterized by the accumulation of immature myeloid cells called blasts in the peripheral blood, bone marrow, spleen, and liver, eventually leading to hematopoietic malignancy. In addition to genetic abnormalities, important cellular pathways such as PI3K/AKT/mTOR, Wnt, Notch, STAT3, Hedgehog have been reported to play a role in the pathogenesis of AML. Histone deacetylase (HDAC) inhibitors have promising anticancer activity for AML. In this study, it was aimed to investigate the effect of inhibition of the PI3K/AKT/mTOR pathway and HDAC inhibition on the molecular mechanism underlying this disease using cell lines of different AML subgroups, MOLM-13 and CMK cell lines. For this purpose, the effects of PI3K inhibitor LY294002 and HDAC inhibitors (SAHA, PCI-3501 and Tubastatin A) and their combinations were investigated. Cell proliferation was determined by MTT cell cytotoxicity test and apoptosis rates were determined by Annexin-V/PI double staining method, and the effects of drugs on the cell cycle were determined by PI staining. The level of LC3B protein, a marker of autophagy, was confirmed at the molecular level by western blot. The inhibitors used decreased cell viability at low micromolar concentrations on both cell lines. It was determined that the LY294002+SAHA combination treatment showed a 50% reduction in cell proliferation in MOLM-13 cells and a 25% decrease in CMK cells. LY294002+Tubastatin A treatment has been shown to reduce cell proliferation in MOLM-13 and CMK cells by 65% and 40%, respectively. Our results showed that combinations of LY294002 and HDAC inhibitor resulted in G0/G1 phase arrest in MOLM-13 cells compared to control cells. On the other hand, CMK cells treated with combinations of LY294002+SAHA, LY294002+PCI-3501 and LY294002+Tubastatin A were arrested in G2/M, G2/M and G0/G1 phase, respectively. The effect of the combinations on apoptotic cell death was investigated. LC3B protein expression level was checked as a result of combination therapy. Considering the effects of HDAC enzymes on both AML and different cancers, HDAC inhibition is an important and high-potential target for AML. Therefore, investigation of the PI3K/AKT/mTOR pathway and inhibition of HDACs in different subgroups may provide insight into the mechanisms leading to the pathogenesis of AML. Consequently, it is hoped that this inhibition of PI3K/AKT/mTOR and HDAC will lead to a more specific combination of targeted therapy that results in the abolition of AML.
  • Research Project
    Artificial Intelligence Assisted Prognostic Marker Determination from Colonoscopy and Histopathology Images for Colon Polyps
    (2023) Doğan, Serkan; Doğan, Refika Sultan; Aydın, Zafer; Akay, Ebru; Güzel, Ömer Faruk; Yilmaz, Bulent; Taşdemir, Sena Büşra Yengeç
    In this project our goal is to develop a computer vision and artificial intelligence-based system to be used in the real-time or offline differentiation (and characterization) of colon polyps that are known to be the precursors of colon cancer. The system will use image/video processing, machine learning and deep learning approaches. It is expected to provide a real-time optical biopsy opportunity to the endoscopists to examine the polyps in terms of type, phase, malignancy potential, etc. during the colonoscopy procedure without a need to send the extracted tissue to the pathology clinic. The system will allow to make sense of the molecular level of the tissues from the colonoscopy and histopathology images.