TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/396
Browse
5 results
Search Results
Article Glucosylceramide Synthase Is a Novel Biomarker of Midostaurin-Induced Cytotoxicity in Non-Mutant FLT3 Positive Acute Myeloid Leukemia Cells(2021) Şahin, Hande Nur; Adan, AysunAmaç: Glukozilseramid sentaz (GSS) tarafından sentezlenen gluko- zilseramid (GS) birçok kanser türünde hücre yaşamını ve proliferas- yonunu sağlamaktadır. Ancak, mutant olmayan Fms-benzeri tirozinkinase 3 (FLT3) pozitif akut miyeloid lösemi (AML) patogenezindekirolü açıklanmamıştır. Çoklu kinaz inhibitörü olan midostaurin mu- tant FLT3 AML tedavisinde etkili olmasına rağmen mutant olmayanFLT3 pozitif AML’deki klinik etkisi gözden kaçırılmıştır. Bu çalışmada,midostaurinin GSS inhibitörü ile kombinasyonunun yabanıl tip FLT3ifadesine sahip AML hücrelerindeki etkisinin belirlenmesi ve mole- küler mekanizmalarının açıklanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Midostaurin, PDMP (GSS inhibitörü) ve kombi- nasyonların THP1 hücreleri üzerindeki sitotoksik ve sitostatik etki- leri sırasıyla MTT testi ve PI boyaması ile akım sitometri kullanılarakbelirlenmiştir. Kombinasyon indeksleri (CI) Calcusyn programı ilehesaplanmıştır. GSS ifadesi western blot ile belirlenmiştir.Bulgular: Midostaurin GSS ifadesini baskılamıştır. FLT3 ve GSS’ınbirlikte inhibe edilmesi kontrolle karşılaştırıldığında hücre çoğal- masını baskılamıştır. Kombinasyonlar sinerjistik sitotoksik etki gös- termiştir (CI<1). Kombinasyon hücre döngüsünün G2/M fazındakihücre populasyonunu arttırmıştır. Sonuç: Mutant olmayan FLT3 AML’de GSS inhibisyonunun midosta- urin’in etkisini arttırdığı saptanmıştır. Detaylı mekanizma çalışmalarıyapıldıktan sonra kombinasyon tedavisinin midostaurin’in sınırlıklinik kullanımını arttırması açısından yeni bir yaklaşım olabileceğidüşünülmektedir.Article Design, Molecular Docking and Molecular Dynamics Simulation Studies of Novel Pyridinecarboxamide Derivatives as Potent HDAC6 Inhibitors(2025) Akçok, İsmailHiston deasetilazlar (HDACs), gen ifadesinin ve hücresel süreçlerin düzenlenmesinde önemli rol oynayan bir enzim ailesidir. HDAC enzimleri homolojilerine, hücresel lokalizasyonlarına ve yapısal özelliklerine göre dört ana sınıfa ayrılır. Sınıf IIb enzimlerinden biri olan HDAC6 enzimi, hücre göçü, bağışıklık tepkileri ve nöronal işlev gibi çeşitli fizyolojik süreçlerde önemli işlevlere sahiptir. HDAC6 aktivitesinin düzensizliği, nörodejeneratif hastalıklarda toksik protein agregatlarının birikimiyle ilişkilendirilmiştir; kanser hücrelerinde aşırı ifadesi veya değişen aktivitesi ise metastaz ve tümör oluşumuna sebep olabilmektedir. Bu çalışmada, potansiyel HDAC6 inhibitörleri tasarlanmış ve bu moleküllerin inhibisyon potansiyelleri, moleküler kenetlenme, moleküler dinamik simülasyonları ve MM-PBSA hesaplamalarını içeren in silico protokolleri kullanılarak araştırılmıştır. Tasarlanan moleküller arasında IA64, HDAC6 enzimine karşı en iyi bağlanma profilini göstermiştir ve ileri çalışmalar için öncü bir molekül olarak görülebilir.Article Developing a Label Propagation Approach for Cancer Subtype Classification Problem(TUBITAK, 2021) Güner, P.; Bakir-Güngör, B.; Coşkun, M.; Şahan, Pınar GünerCancer is a disease in which abnormal cells grow uncontrollably and invade other tissues. Several types of cancer have various subtypes with different clinical and biological implications. Based on these differences, treatment methods need to be customized. The identification of distinct cancer subtypes is an important problem in bioinformatics, since it can guide future precision medicine applications. In order to design targeted treatments, bioinformatics methods attempt to discover common molecular pathology of different cancer subtypes. Along this line, several computational methods have been proposed to discover cancer subtypes or to stratify cancer into informative subtypes. However, existing works do not consider the sparseness of data (genes having low degrees) and result in an ill-conditioned solution. To address this shortcoming, in this paper, we propose an alternative unsupervised method to stratify cancer patients into subtypes using applied numerical algebra techniques. More specifically, we applied a label propagation-based approach to stratify somatic mutation profiles of colon, head and neck, uterine, bladder, and breast tumors. We evaluated the performance of our method by comparing it to the baseline methods. Extensive experiments demonstrate that our approach highly renders tumor classification tasks by largely outperforming the state-of-the-art unsupervised and supervised approaches. © 2022 Elsevier B.V., All rights reserved.Article Citation - WoS: 1Comprehensive Prediction of FBN1 Targeting Mirnas: A Systems Biology Approach for Marfan Syndrome(Galenos Publishing House, 2025-09-22) Orhan, M.E.; Demirci, Y.M.; Saçar Demirci, M.D.S.; Demirci, Muserref Duygu SacarObjective: Marfan syndrome (MFS) is a genetic connective tissue disorder primarily caused by mutations in the FBN1 gene. Emerging evidence highlights the regulatory role of microRNAs (miRNAs) in modulating gene expression in MFS, but a systematic investigation into miRNAs targeting FBN1 is lacking. This study aimed to comprehensively identify miRNAs interacting with the FBN1 transcript to reveal potential molecular regulators and therapeutic targets. Methods: Human miRNA sequences were retrieved from miRBase (Release 22.1), and the canonical FBN1 transcript (RefSeq: NM_000138.5) was used for target prediction. Computational interaction analysis was conducted using the psRNATarget server with stringent parameters to detect potential miRNA binding sites. Expression profiles and disease associations of the top candidate miRNAs were further investigated through database integration and literature review. Results: Out of 2656 human mature miRNAs analyzed, 251 were predicted to bind FBN1, with the hsa-miR-181 family exhibiting the highest number of predicted interactions. Evidence from the literature highlighted dysregulation of hsa-miR-181 expression in MFS patients, suggesting a functional role in disease pathophysiology. Conclusion: This study identifies key members of the hsa-miR-181 family as post-transcriptional regulators of FBN1, offering new insights into miRNA-driven mechanisms in MFS. These findings support the potential of RNA-based diagnostics and therapeutic strategies targeting miRNA-FBN1 interactions. ©Copyright 2025 The Author.Research Project Resvaratrol ün FLT3 Pozitif Akut Miyeloid Lösemide Terapötik Potansiyeli ve Resveratrol Tarafından Tetiklenen Apoptozda Seramid Metabzolimasının Rolü(2019) Baran, Yusuf; Adan, AysunProje ile resveratrol'ün, Ph+ ALL hücreleri üzerindeki büyümeyi inhibe edici etkisinin arkasında yatan mekanizmalar, seramid metabolizmasının hedeflenmesi ve BCR-ABL ifadesindeki değişimler ile ilişkilendirilerek araştırılmıştır. Resveratrol, SK inhibitörü (SKI II), GSS inhibitörü (PDMP), SPT inhibitörü (myriocin) ve resveratrol: inhibitör kombinasyonlarının in vitro olarak Ph+ ALL SD1 ve SUP-B15 hücreleri üzerindeki büyümeyi durdurucu ve apoptotik etkileri MTT hücre çoğalması testi, Aneksin-V/PI boyaması, kaspaz-3, PARP ifadelerinin ve sitokrom c salınımının belirlenmesi (western blot) ile, sitostatik etki (hücre döngüsü üzerindeki) ise akım sitometresi (PI boyaması) ile araştırılmıştır. Resveratrol ve sfingolipid metabolizması enzimlerini hedefleyen inhibitör kombinasyonlarının BCR-ABL protein ifadesi üzerine etkisi western blot ile belirlenmiştir. Ayrıca, resveratrol'ün SPT, SK-1/2, GSS protein ifadeleri üzerindeki etkisi western blot ile belirlenmiştir. Her iki hücre hattında resveratrol ve resveratol?ün SKI II ve PDMP ile kombinasyonları hücre büyümesini baskılamış, apoptozu tetiklemiş ve hücre döngüsünü S fazında tutmuştur. Resveratrol:myriocin kombinasyonu ise hücre büyümesi ve hücre döngüsü üzerinde hücreye özgü etkiler gösterirken apoptozu her iki hücrede tetiklemiştir. Her iki hücre tipinde resveratol ve kombinasyonları sitokrom-c salınımını, kaspaz-3 kesimini ve PARP kesimini genel olarak arttırmakla beraber hücreye özgü değişimler de saptanmıştır. Resveratrol her iki hücrede SK- 1/SK2 ve GSS ifadesini azaltırken SPT ifadesini arttırmıştır. Resveratrol, SKI II ve PDMP BCR-ABL ifadesini azaltırken myriocin arttırmıştır. Resveratrol: SKI II ve PDMP kombinasyonları BCR-ABL üzerinde artışlara neden olurken myriocin ile kombinasyon BCR- ABL ifadesini azaltmıştır. Sonuç olarak, resveratrol seramid metabolizmasını ve BCR-ABL ifadesini düzenleyerek Ph+ ALL üzerinde hücre büyümesini baskılamış ve apoptozu tetiklemiştir.