TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/396
Browse
8 results
Search Results
Research Project Investigation of the Antitumor Effect of Targeting PI3K-AKT-mTOR Pathway and Histone Deacetylase Enzymes on Acute Myeloid Leukemia Cells(2022) Şansaçar, Merve; Akçok, Emel Başak Gencer; Okur, Tuğba; Karaca, MünevverAcute Myeloid Leukemia (AML) is a disease characterized by the accumulation of immature myeloid cells called blasts in the peripheral blood, bone marrow, spleen, and liver, eventually leading to hematopoietic malignancy. In addition to genetic abnormalities, important cellular pathways such as PI3K/AKT/mTOR, Wnt, Notch, STAT3, Hedgehog have been reported to play a role in the pathogenesis of AML. Histone deacetylase (HDAC) inhibitors have promising anticancer activity for AML. In this study, it was aimed to investigate the effect of inhibition of the PI3K/AKT/mTOR pathway and HDAC inhibition on the molecular mechanism underlying this disease using cell lines of different AML subgroups, MOLM-13 and CMK cell lines. For this purpose, the effects of PI3K inhibitor LY294002 and HDAC inhibitors (SAHA, PCI-3501 and Tubastatin A) and their combinations were investigated. Cell proliferation was determined by MTT cell cytotoxicity test and apoptosis rates were determined by Annexin-V/PI double staining method, and the effects of drugs on the cell cycle were determined by PI staining. The level of LC3B protein, a marker of autophagy, was confirmed at the molecular level by western blot. The inhibitors used decreased cell viability at low micromolar concentrations on both cell lines. It was determined that the LY294002+SAHA combination treatment showed a 50% reduction in cell proliferation in MOLM-13 cells and a 25% decrease in CMK cells. LY294002+Tubastatin A treatment has been shown to reduce cell proliferation in MOLM-13 and CMK cells by 65% and 40%, respectively. Our results showed that combinations of LY294002 and HDAC inhibitor resulted in G0/G1 phase arrest in MOLM-13 cells compared to control cells. On the other hand, CMK cells treated with combinations of LY294002+SAHA, LY294002+PCI-3501 and LY294002+Tubastatin A were arrested in G2/M, G2/M and G0/G1 phase, respectively. The effect of the combinations on apoptotic cell death was investigated. LC3B protein expression level was checked as a result of combination therapy. Considering the effects of HDAC enzymes on both AML and different cancers, HDAC inhibition is an important and high-potential target for AML. Therefore, investigation of the PI3K/AKT/mTOR pathway and inhibition of HDACs in different subgroups may provide insight into the mechanisms leading to the pathogenesis of AML. Consequently, it is hoped that this inhibition of PI3K/AKT/mTOR and HDAC will lead to a more specific combination of targeted therapy that results in the abolition of AML.Research Project Akut Myeloid Lösemi Tedavisi için Hedgehog ve Otofaji Yolaklarının Düzenlenmesi(2019) Khatıb, Mona ElAkut myeloid lösemi (AML) çeşitli moleküler aberasyonlar ve sinyal yolaklarındaki bozuklukları içeren klonal hastalıklar ile karakterize edilen bir grup heterojen malignanttır. Hedgehog (HH) sinyal yolağı birçok kanserde deregüle edilen evrimsel olarak korunan bir sinyal yolağıdır. HH sinyal yolağı lizozomal degradasyon prosesi otofajinin temel regülatörü olan PI3K/AKT/mTOR aksesini de içeren diğer sinyal yolakları ile karşılıklı iletişim halindedir. Bu sinyal yolakları AML’de deregüle edilmiştir. Birçok çalışmada otofajinin AML için bir kaçış mekanizması olabileceği ortaya konulmuştur. Bizim çalışmamızda, HH ve otofaji yolaklarının farklı AML türleri üzerine etkileri incelenmiştir. Çalışmamızda KML hücresi olan K562 ve CMK, MV4-11, MOLM-13 ve NB4 AML hücreleri GLI1 inhibitörü GANT61 ve farklı otofaji modülatörleri ile muamele edilmiştir.MTT sonuçları NB4, MOLM-13 ve MV4-11hücre proliferasyonun GLI inhibisyonu sonrasında düştüğünü ancak CMK’nin diğer AML hücre hatlarına kıyasla GLI inhibisyonuna daha az sensitif olduğunu ortaya koymuştur. Daha sonra, otofaji modülasyonunun farklı AML hücre hatlarının proliferasyonu üzerine etkileri incelenmiştir. Otofajinin gerek otofagozom-lizozom füzyonu aşamasında gerekse otofagolizozomal degradasyon aşamasında inhibisyonunun ilaç konsantrasyonu ve muamele süresine bağlı olarak AML sağkalımını azalttığı gözlemlenmiştir. Otofaji modülatörleri ve GANT61’in kombinasyonunun MOLM-13 hücre hattı üzerinde sinerjistik bir etkisinin olduğu fakat CMK hücre hattı üzerinde sinerjistik etkisinin olmadığı gözlemlenmiştir. GANT61 muamelesinin AML hücre hatlarında otofajiyi artırdığı LC3II ekspresyonu ile western blot yöntemi ile ortaya konulmuştur. Buna ek olarak, kombinasyonun MOLM-13 hücresinde LC3II’yi artırdığı gözlenirken, bu oran CMK hücre hattında daha düşüktür. AKT proteinin ekspresyonu ilaca ve hücre hattına gore farklılık göstermektedir. Sonuç olarak, HH ve otofaji sinyal yolaklarının hedeflenmesi MOLM-13 hücre hattı için umut vaatedici bir terapi iken, CMK hücre hattında benzer sonuçlara ulaşılamamıştır.Article Citation - WoS: 1Comprehensive Prediction of FBN1 Targeting Mirnas: A Systems Biology Approach for Marfan Syndrome(Galenos Publishing House, 2025-09-22) Orhan, M.E.; Demirci, Y.M.; Saçar Demirci, M.D.S.; Demirci, Muserref Duygu SacarObjective: Marfan syndrome (MFS) is a genetic connective tissue disorder primarily caused by mutations in the FBN1 gene. Emerging evidence highlights the regulatory role of microRNAs (miRNAs) in modulating gene expression in MFS, but a systematic investigation into miRNAs targeting FBN1 is lacking. This study aimed to comprehensively identify miRNAs interacting with the FBN1 transcript to reveal potential molecular regulators and therapeutic targets. Methods: Human miRNA sequences were retrieved from miRBase (Release 22.1), and the canonical FBN1 transcript (RefSeq: NM_000138.5) was used for target prediction. Computational interaction analysis was conducted using the psRNATarget server with stringent parameters to detect potential miRNA binding sites. Expression profiles and disease associations of the top candidate miRNAs were further investigated through database integration and literature review. Results: Out of 2656 human mature miRNAs analyzed, 251 were predicted to bind FBN1, with the hsa-miR-181 family exhibiting the highest number of predicted interactions. Evidence from the literature highlighted dysregulation of hsa-miR-181 expression in MFS patients, suggesting a functional role in disease pathophysiology. Conclusion: This study identifies key members of the hsa-miR-181 family as post-transcriptional regulators of FBN1, offering new insights into miRNA-driven mechanisms in MFS. These findings support the potential of RNA-based diagnostics and therapeutic strategies targeting miRNA-FBN1 interactions. ©Copyright 2025 The Author.Research Project Resvaratrol ün FLT3 Pozitif Akut Miyeloid Lösemide Terapötik Potansiyeli ve Resveratrol Tarafından Tetiklenen Apoptozda Seramid Metabzolimasının Rolü(2019) Baran, Yusuf; Adan, AysunProje ile resveratrol'ün, Ph+ ALL hücreleri üzerindeki büyümeyi inhibe edici etkisinin arkasında yatan mekanizmalar, seramid metabolizmasının hedeflenmesi ve BCR-ABL ifadesindeki değişimler ile ilişkilendirilerek araştırılmıştır. Resveratrol, SK inhibitörü (SKI II), GSS inhibitörü (PDMP), SPT inhibitörü (myriocin) ve resveratrol: inhibitör kombinasyonlarının in vitro olarak Ph+ ALL SD1 ve SUP-B15 hücreleri üzerindeki büyümeyi durdurucu ve apoptotik etkileri MTT hücre çoğalması testi, Aneksin-V/PI boyaması, kaspaz-3, PARP ifadelerinin ve sitokrom c salınımının belirlenmesi (western blot) ile, sitostatik etki (hücre döngüsü üzerindeki) ise akım sitometresi (PI boyaması) ile araştırılmıştır. Resveratrol ve sfingolipid metabolizması enzimlerini hedefleyen inhibitör kombinasyonlarının BCR-ABL protein ifadesi üzerine etkisi western blot ile belirlenmiştir. Ayrıca, resveratrol'ün SPT, SK-1/2, GSS protein ifadeleri üzerindeki etkisi western blot ile belirlenmiştir. Her iki hücre hattında resveratrol ve resveratol?ün SKI II ve PDMP ile kombinasyonları hücre büyümesini baskılamış, apoptozu tetiklemiş ve hücre döngüsünü S fazında tutmuştur. Resveratrol:myriocin kombinasyonu ise hücre büyümesi ve hücre döngüsü üzerinde hücreye özgü etkiler gösterirken apoptozu her iki hücrede tetiklemiştir. Her iki hücre tipinde resveratol ve kombinasyonları sitokrom-c salınımını, kaspaz-3 kesimini ve PARP kesimini genel olarak arttırmakla beraber hücreye özgü değişimler de saptanmıştır. Resveratrol her iki hücrede SK- 1/SK2 ve GSS ifadesini azaltırken SPT ifadesini arttırmıştır. Resveratrol, SKI II ve PDMP BCR-ABL ifadesini azaltırken myriocin arttırmıştır. Resveratrol: SKI II ve PDMP kombinasyonları BCR-ABL üzerinde artışlara neden olurken myriocin ile kombinasyon BCR- ABL ifadesini azaltmıştır. Sonuç olarak, resveratrol seramid metabolizmasını ve BCR-ABL ifadesini düzenleyerek Ph+ ALL üzerinde hücre büyümesini baskılamış ve apoptozu tetiklemiştir.Research Project PI3K-AKT-mTOR Yolağı ve Histon Deasetilaz Enzimlerinin Hedeflenmesinin Akut Myeloid Lösemi Hücreleri Üzerine Antitümör Etkisinin İncelenmesi(2022) Şansaçar, Merve; Akçok, Emel Başak Gencer; Okur, Tuğba; Karaca, MünevverAcute Myeloid Leukemia (AML) is a disease characterized by the accumulation of immature myeloid cells called blasts in the peripheral blood, bone marrow, spleen, and liver, eventually leading to hematopoietic malignancy. In addition to genetic abnormalities, important cellular pathways such as PI3K/AKT/mTOR, Wnt, Notch, STAT3, Hedgehog have been reported to play a role in the pathogenesis of AML. Histone deacetylase (HDAC) inhibitors have promising anticancer activity for AML. In this study, it was aimed to investigate the effect of inhibition of the PI3K/AKT/mTOR pathway and HDAC inhibition on the molecular mechanism underlying this disease using cell lines of different AML subgroups, MOLM-13 and CMK cell lines. For this purpose, the effects of PI3K inhibitor LY294002 and HDAC inhibitors (SAHA, PCI-3501 and Tubastatin A) and their combinations were investigated. Cell proliferation was determined by MTT cell cytotoxicity test and apoptosis rates were determined by Annexin-V/PI double staining method, and the effects of drugs on the cell cycle were determined by PI staining. The level of LC3B protein, a marker of autophagy, was confirmed at the molecular level by western blot. The inhibitors used decreased cell viability at low micromolar concentrations on both cell lines. It was determined that the LY294002+SAHA combination treatment showed a 50% reduction in cell proliferation in MOLM-13 cells and a 25% decrease in CMK cells. LY294002+Tubastatin A treatment has been shown to reduce cell proliferation in MOLM-13 and CMK cells by 65% and 40%, respectively. Our results showed that combinations of LY294002 and HDAC inhibitor resulted in G0/G1 phase arrest in MOLM-13 cells compared to control cells. On the other hand, CMK cells treated with combinations of LY294002+SAHA, LY294002+PCI-3501 and LY294002+Tubastatin A were arrested in G2/M, G2/M and G0/G1 phase, respectively. The effect of the combinations on apoptotic cell death was investigated. LC3B protein expression level was checked as a result of combination therapy. Considering the effects of HDAC enzymes on both AML and different cancers, HDAC inhibition is an important and high-potential target for AML. Therefore, investigation of the PI3K/AKT/mTOR pathway and inhibition of HDACs in different subgroups may provide insight into the mechanisms leading to the pathogenesis of AML. Consequently, it is hoped that this inhibition of PI3K/AKT/mTOR and HDAC will lead to a more specific combination of targeted therapy that results in the abolition of AML.Research Project RNA İkincil Yapılarının Çok Boyutlu Gösterimi ve Pre-MiRNA Tespiti İçin Uygulamaları(2021) Demirci, Müşerref Duygu Saçar; Demirci, Yılmaz Mehmet-Article A Systematic Literature and Market Analysis for Wearable Exoskeleton(2025-06-30) Türksoy, Hüseyın Gazı; Ercan, İffet PalaDış iskelet sistemleri genel anlamda insan anatomisine uygun yapıya sahip olacak şekilde tasarlanmış, insanlarla etkileşim halinde çalışan giyilebilir yapılardır. Kullanıcıların yürüme, koşma, oturma, ayakta durma ve ağır yük taşıma gibi temel işlevlerine katkıda bulunmak için kullanılabileceği gibi, kullanıcının alt ve/veya üst uzuvlarının yeteneğinin geri kazanılması gibi rehabilitasyon ve tedavi sürecinde de kullanılabilir. Bir diğer kullanım alanı sağlıklı uzuvların gücünü normalin üzerine çıkarmak amacıyladır. Öncelikli amaç performans artırmak olup bu anlamda da geniş bir kullanım alanı bulmaktadır. Tasarlanan dış iskelet yapıları insanların hayatını kolaylaştırmakta ve kullanıldıkları alanlarda bireylere daha kaliteli bir yaşam sunmaktadır. Çalışmanın amacı, giyilebilir dış iskeletler alanında yapılan akademik çalışmaları ve pazardaki mevcut ürünleri ortaya koymak, bu ürünlerin hangi sınıfa ait olduğunu belirlemek, çalışmaların hangi alanda yoğunlaştığını saptamak ve yeni araştırmalar için potansiyel çalışma alanlarını belirlemektir. Çalışmada sistematik literatür analizi kullanılmış olup dahil etme ve hariç tutma kriterlerine göre çalışmalar ve ürünler analiz edilmiştir. Bu çalışma ile dış iskelet alanındaki çalışmaları analiz edilerek birbirleri arasındaki bağıntılar belirlenmiş, bu alana yeni giren araştırmacılar için temel uygulamaları tanıtılmış ve disiplinlerarası çalışma alanı oluşturulması hedeflenmiştir.Article Assessing the Proliferative Impact of Alginate-Gelatin Composites on Mesenchymal Stromal Cells(2025-03-15) Bicer, Mesudeİki boyutlu (2D) kültür üzerinde yapılan geleneksel çalışmalar, hücre göçü, çözünür faktör gradyanı ve hücre-matris etkileşimleri dahil olmak üzere in vivo ortamın fizyolojik ve patofizyolojik özelliklerini yakından yansıttmaz. 3-boyutlu (3D) hücre kültürü, hücre göçünü teşvik etmek, biyomateryal sertligini degiştirmek veya hücre-matris etkileşimlerine izin vermek için aljinat hidrojelleri gibi 3D biyomateryalleri kullanarak bu dezavantajların üstesinden gelmektedir. Bu çalışmada, mezenkimal kok hücre canlılığını ve farklılaşma potansiyelini destekleyen doku mühendisliği tekniklerine olan ihtiyacı karşılamak için aljinat-jelatin kompozitleri içeren yeni bir 3-boyutlu platformun önerilmesi amaçlanmıştır. İlk bölümde farklı hidrojel bazlı biyomateryallerin absorbans spektrumları görünür ışık kullanılarak incelenmiştir. En iyi performansı gösteren hidrojeli bulduktan sonra çalışma, XTT canlılık testi ve canlı/ölü sitotoksisite testi kullanılarak hücre çoğalmasına odaklanılmıştır. Hücre canlılığı aljinat-jelatin, aljinat ve selüloz gibi iskelelerle karşılaştırıldığında, aljinat-jelatin hidrojelin mezenkimal kök hücrelerinin canlılığını arttırdığı tespit edildi. Bu artış, 2D kültürde büyütülen hücrelerle karşılaştırıldığında da aynı şekilde gözlendi. Bu çalışmadan elde edilen bulgular, literatürdeki diğer çalışmaların verileriyle tutarlıdır. Bu nedenle, aljinat-jelatin kompozitleri doku mühendisliğinde hücre proliferasyonunu iyileştirmek için umut verici bir aday olabilir.