Biyomühendislik / Bioengineering
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/208
Browse
2 results
Search Results
Research Project RNA İkincil Yapılarının Çok Boyutlu Gösterimi ve Pre-Mirna Tespiti Için Uygulamaları(TUBİTAK, 2021) Saçar Demirci, Müşerref Duygu; Demirci, Yilmaz MehmetMikroRNA'lar (miRNA'lar), transkripsiyon sonrası gen ekspresyonu düzenleyicileridir. Bir_x000D_ miRNA yüzlerce haberci RNA'yı (mRNA'lar) hedefleyebildiği gibi, bir mRNA farklı miRNA'lar_x000D_ tarafından hedeflenebilir, üstelik tek bir miRNA bir mRNA sekansında çeşitli bağlanma_x000D_ bölgelerine sahip olabilir. Bu nedenle miRNA'ları deneysel olarak araştırmak oldukça_x000D_ karmaşıktır. Bu tür zorlukları aşabilmek için makine öğrenimi (ML) sıklıkla kullanılmaktadır._x000D_ ML analizinin temel kısımları büyük ölçüde giriş verilerinin kalitesine ve verileri tanımlayan_x000D_ özelliklerin kapasitesine bağlıdır. Daha önce miRNA'lar için 1000'den fazla özellik önerilmişti._x000D_ Bu projede, RNA ikincil yapısını temsil eden yeni özellikler ve yüksek doğruluk değerleri_x000D_ sağlayan, dinamik, çok boyutlu grafik gösterimini tanımlamayı hedeflemiştik. Bu çalışmada,_x000D_ ML tabanlı miRNA tahmini için yeni ve kolayca güncellenebilir bir yaklaşım geliştirilmiştir._x000D_ Bilinen insan miRNA'larının ve sözde saç tokalarının random forest (RF), support vector_x000D_ machine (SVM) ve multilayer perceptron (MLP) gibi çeşitli sınıflandırıcılarla_x000D_ sınıflandırılmasıyla binlerce model oluşturulmuştur. Yöntem insan verilerine dayanarak_x000D_ oluşturulmuş olsa da en iyi model miRBase ve MirGeneDB gibi kamu veri tabanlarından_x000D_ insan olmayan saç tokaları üzerinde test edilmiş ve yüksek skorlar üretilmiştir. Ayrıca,_x000D_ yöntemin farklı veriler üzerindeki etkinliğini göstermek için ekspresyon farkları tahmini_x000D_ (differential expression prediction) analizinde de kullanılmıştır. Bu aşamada SARS-CoV-2_x000D_ enfeksiyonunun etkisini ölçen bir veri setinin analizinden elde edilen sonuçlar yayınlanmıştır.Article Enkapsüle Edilmiş ve Serbest Formda Probiyotik Lactobacillus acidophilus ATCC 4356 Suşunun Dondurma Depolama Periyodunda Stabilitesinin İncelenmesi(Atatürk Üniversitesi, 2022) Sedefoğlu, Sedat; ORTAKCI,Fatih; SERT,SelahattinBu çalışmada probiyotik Lb. acidophilus ATCC 4356 (ATCC 4356) suşu, ekstrüzyon yöntemi_x000D_ ile aljinat kullanılarak kapsüllenmiştir. Bu enkapsüle ve serbest formdaki ATCC 4356 dondurmaya ilave edilerek −18°C’de 3 ay süre ile depolanmıştır. Depolamanın 0, 30 ve 90. günlerinde alınan örneklerde, ATCC 4356’nin canlılığını sürdürebilme yeteneği karşılaştırmalı olarak_x000D_ ortaya konulmuştur. Araştırma sonuçlarına göre, dondurmaya ilave edilen serbest ve enkapsüle ATCC 4356’nın, −18°C’de 3 aylık depolama süresinin sonunda canlılıklarını korudukları,_x000D_ buna karşılık sayılarındaki azalışın istatistiki olarak farklı düzeyde olmadıkları tespit edilmiştir_x000D_ (P > ,05). Bununla birlikte, dondurmaların 90 günlük depolama periyodu boyunca, serbest_x000D_ ve enkapsüle Lb. acidophilus ATCC 4356 sayılarının 107_x000D_ kob/g’ın altına düşmemiş olması, son_x000D_ üründe probiyotiklerin arzu edilen düzeyde canlılığını koruduğunu göstermiştir. Dolayısıyla_x000D_ bakterinin terapotik etkiler gösterebilme açısından dondurmanın uygun bir gıda olarak_x000D_ kullanılabileceği düşünülmektedir. Serbest ve enkapsüle dondurmalara ait duyusal analiz_x000D_ sonuçlarında ise enkapsülasyonun dondurmanın yapı ve tekstüründe önemli seviyede etkiye_x000D_ yol açtığı (P < ,05) ve genel kabul düzeyi olarak serbest ve enkapsüle dondurmalardaki farkın_x000D_ önemli seviyede olduğu gözlemlenmiştir (P < ,05). Bununla birlikte renk, görünüş, tat ve koku_x000D_ kriterleri bakımından serbest ve enkapsüle dondurmalardaki farkın önemsiz seviyede olduğu_x000D_ belirlenmiştir (P > ,05).