Biyomühendislik Ana Bilim Dalı Tez Koleksiyonu

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/417

Browse

Browsing Biyomühendislik Ana Bilim Dalı Tez Koleksiyonu by Subject "Autophagy"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 2 of 2
  • Thumbnail Image
    masterthesis.listelement.badge
    The effect of hedgehog inhibition and autophagy modulation on the proliferation and survival of AML cell lines /
    (2019) ŞANSAÇAR, MERVE; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü; ŞANSAÇAR, MERVE
    Acute myeloid leukemia (AML) is a heterogeneous hematopoietic malignancy which occurs as a result of many chromosomal abnormalities such as translocations, deletions or insertions. Aberrant signaling pathways such as PI3K/AKT/mTOR, Notch and Hedgehog pathway have a role in the pathogenesis of AML. Hedgehog pathway (Hh) is a conserved signalling pathway that is important during embryogenesis. It crosstalks with other pathways and regulate autophagy, a cellular degradation and organelle turnover process. Several studies suggested that autophagy modulation could act as an escape mechanism in AML. Given the role of autophagy and Hh in AML, understanding the relationship between autophagy and Hh pathway is important to overcome the leukemic growth. Hence, we checked the effect of Hh inhibition using GANT61 on MOLM-13 and CMK cells using MTT cell viability assay. GANT61 led to a decrease in the both MOLM-13 and CMK cells. After that, we sought to understand the effect of autophagy modulation on CMK and MOLM-13 cell lines and we have found that autophagy inhibitors, NH4CI, Chloroquine(CQ), Hydroxychloroquine and Nocodazole lead to a decrease in the proliferation of CMK and MOLM-13 cell lines. However, PP242, an autophagy activator, had no effect on the proliferation of CMK and MOLM-13 cell lines. Combination treatment of autophagy modulators and GANT61 had a synergistic effect on MOLM-13 but not on CMK. GANT61 treatment increased autophagy in AML cell lines that were correlated with an increase in the expression of LC3B-II detected by western blotting. Also, combination treatment with nocodazole and GANT61 elevated that increase in LC3B-II in both MOLM-13 and CMK cell lines. AKT protein expression changed depending on the type of treatment and cell lines. In conclusion, targeting of Hh and autophagy is a promising therapy against MOLM-13 cell line but not against CMK.
  • Thumbnail Image
    masterthesis.listelement.badge
    THE EFFECT OF HISTONE DEACETYLASE INHIBITORS ON PTEN/PI3K/AKT/mTOR PATHWAY AND THE CARCINOGENESIS OF CHEMORESISTANT CHOLANGIOCARCINOMA AT A MOLECULAR LEVEL
    (Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2021) Helin, Sağır; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
    Kolanjiokarsinom (CCA) agresif bir adenokarsinomdur ve ikinci en sık görülen birincil karaciğer tümörüdür. CCA gelişiminin kesin etiyolojisi hala net olarak tanımlanmamıştır. Mevcut kemoterapötik tedaviler, çoklu ilaç direnci nedeniyle etkili olmadığından, kemorezistant CCA yaygındır. Histon deasetilaz inhibitörleri (HDACis); umut verici antikanser karakteri göstermektedir ve HDAC işlevindeki düzensizlikler otofaji için önemli olan ve kemo-dirençli CCA'da bulunan yolaklar ile ilişkilidir, örneğin PTEN/PI3K/AKT/mTOR. Bu nedenle, sisplatine dirençli CCA hücre hatları ürettik ve SAHA, MS-275 ve Romidepsin yoluyla HDAC inhibisyonunun ve Nocodazol ve Klorokin ile otofaji inhibisyonunun etkisini kontrol ettik. Romidepsin ve Nocodazol'ün kombinasyon tedavisi sisplatine dirençli hücrelerin proliferasyonunu azalttı. Apoptotik analiz yapıldı ve sonuçlar erken apoptotik ve apoptotik hücre ölümündeki artışı kanıtladı. Ayrıca, hücre döngüsü analizi sonuçları, hücre döngüsünde durdurulma göstermiştir. Western blotlama ile PTEN, Histon H3 ve Asetillenmiş H3 protein ekspresyonlarını kontrol ettik. Sonuçlar, PTEN ekspresyon seviyesi ile HDAC inhibisyonu arasındaki olası ilişkiyi gösteriyordu. Direnç durumunda PTEN lokalizasyonu çok önemli olduğundan, immünofloresan boyama gerçekleştirdik ve hem hassas hem de sisplatine dirençli hücrelerde PTEN'in yerini tespit ettik. Sonuçlar, sisplatine dirençli hücrelerinde sitoplazmaya PTEN translokasyonunu gösteriyordu. Sonuç olarak, HDAC ve otofaji inhibisyonunun kombinasyon tedavisi, kemorezistan kolanjiokarsinomaya karşı umut verici bir tedavidir.