Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi

Permanent URI for this communityhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/39

Browse

Now showing 1 - 3 of 3

RNA İkincil Yapılarının Çok Boyutlu Gösterimi ve Pre-Mirna Tespiti Için Uygulamaları
(TUBİTAK, 2021) Saçar Demirci, Müşerref Duygu; Demirci, Yilmaz Mehmet
MikroRNA'lar (miRNA'lar), transkripsiyon sonrası gen ekspresyonu düzenleyicileridir. Bir_x000D_ miRNA yüzlerce haberci RNA'yı (mRNA'lar) hedefleyebildiği gibi, bir mRNA farklı miRNA'lar_x000D_ tarafından hedeflenebilir, üstelik tek bir miRNA bir mRNA sekansında çeşitli bağlanma_x000D_ bölgelerine sahip olabilir. Bu nedenle miRNA'ları deneysel olarak araştırmak oldukça_x000D_ karmaşıktır. Bu tür zorlukları aşabilmek için makine öğrenimi (ML) sıklıkla kullanılmaktadır._x000D_ ML analizinin temel kısımları büyük ölçüde giriş verilerinin kalitesine ve verileri tanımlayan_x000D_ özelliklerin kapasitesine bağlıdır. Daha önce miRNA'lar için 1000'den fazla özellik önerilmişti._x000D_ Bu projede, RNA ikincil yapısını temsil eden yeni özellikler ve yüksek doğruluk değerleri_x000D_ sağlayan, dinamik, çok boyutlu grafik gösterimini tanımlamayı hedeflemiştik. Bu çalışmada,_x000D_ ML tabanlı miRNA tahmini için yeni ve kolayca güncellenebilir bir yaklaşım geliştirilmiştir._x000D_ Bilinen insan miRNA'larının ve sözde saç tokalarının random forest (RF), support vector_x000D_ machine (SVM) ve multilayer perceptron (MLP) gibi çeşitli sınıflandırıcılarla_x000D_ sınıflandırılmasıyla binlerce model oluşturulmuştur. Yöntem insan verilerine dayanarak_x000D_ oluşturulmuş olsa da en iyi model miRBase ve MirGeneDB gibi kamu veri tabanlarından_x000D_ insan olmayan saç tokaları üzerinde test edilmiş ve yüksek skorlar üretilmiştir. Ayrıca,_x000D_ yöntemin farklı veriler üzerindeki etkinliğini göstermek için ekspresyon farkları tahmini_x000D_ (differential expression prediction) analizinde de kullanılmıştır. Bu aşamada SARS-CoV-2_x000D_ enfeksiyonunun etkisini ölçen bir veri setinin analizinden elde edilen sonuçlar yayınlanmıştır.
Akut Myeloid Lösemi Tedavisi için Hedgehog Ve Otofaji Yolaklarının Düzenlenmesi
(TUBİTAK, 2019) EL KHATIB, Mona
Akut myeloid lösemi (AML) çeşitli moleküler aberasyonlar ve sinyal yolaklarındaki bozuklukları_x000D_ içeren klonal hastalıklar ile karakterize edilen bir grup heterojen malignanttır. Hedgehog (HH)_x000D_ sinyal yolağı birçok kanserde deregüle edilen evrimsel olarak korunan bir sinyal yolağıdır. HH_x000D_ sinyal yolağı lizozomal degradasyon prosesi otofajinin temel regülatörü olan PI3K/AKT/mTOR_x000D_ aksesini de içeren diğer sinyal yolakları ile karşılıklı iletişim halindedir. Bu sinyal yolakları_x000D_ AML’de deregüle edilmiştir. Birçok çalışmada otofajinin AML için bir kaçış mekanizması_x000D_ olabileceği ortaya konulmuştur. Bizim çalışmamızda, HH ve otofaji yolaklarının farklı AML_x000D_ türleri üzerine etkileri incelenmiştir. Çalışmamızda KML hücresi olan K562 ve CMK, MV4-11,_x000D_ MOLM-13 ve NB4 AML hücreleri GLI1 inhibitörü GANT61 ve farklı otofaji modülatörleri ile_x000D_ muamele edilmiştir.MTT sonuçları NB4, MOLM-13 ve MV4-11hücre proliferasyonun GLI_x000D_ inhibisyonu sonrasında düştüğünü ancak CMK’nin diğer AML hücre hatlarına kıyasla GLI_x000D_ inhibisyonuna daha az sensitif olduğunu ortaya koymuştur. Daha sonra, otofaji_x000D_ modülasyonunun farklı AML hücre hatlarının proliferasyonu üzerine etkileri incelenmiştir._x000D_ Otofajinin gerek otofagozom-lizozom füzyonu aşamasında gerekse otofagolizozomal_x000D_ degradasyon aşamasında inhibisyonunun ilaç konsantrasyonu ve muamele süresine bağlı_x000D_ olarak AML sağkalımını azalttığı gözlemlenmiştir. Otofaji modülatörleri ve GANT61’in_x000D_ kombinasyonunun MOLM-13 hücre hattı üzerinde sinerjistik bir etkisinin olduğu fakat CMK_x000D_ hücre hattı üzerinde sinerjistik etkisinin olmadığı gözlemlenmiştir. GANT61 muamelesinin AML_x000D_ hücre hatlarında otofajiyi artırdığı LC3II ekspresyonu ile western blot yöntemi ile ortaya_x000D_ konulmuştur. Buna ek olarak, kombinasyonun MOLM-13 hücresinde LC3II’yi artırdığı_x000D_ gözlenirken, bu oran CMK hücre hattında daha düşüktür. AKT proteinin ekspresyonu ilaca ve_x000D_ hücre hattına gore farklılık göstermektedir. Sonuç olarak, HH ve otofaji sinyal yolaklarının_x000D_ hedeflenmesi MOLM-13 hücre hattı için umut vaatedici bir terapi iken, CMK hücre hattında_x000D_ benzer sonuçlara ulaşılamamıştır.
Resveratrolün Ph+ Akut Lenfoblastik Lösemide Terapötik Potansiyeli ve Resveratrol Tarafından Tetiklenen Apoptozda Seramid Metabolizmasının Rolü
(TUBİTAK, 2019) Adan, Aysun; Baran, Yusuf
Proje ile resveratrolün, Ph+ ALL hücreleri üzerindeki büyümeyi inhibe edici etkisinin_x000D_ arkasında yatan mekanizmalar, seramid metabolizmasının hedeflenmesi ve BCR-ABL_x000D_ ifadesindeki değişimler ile ilişkilendirilerek araştırılmıştır. Resveratrol, SK inhibitörü (SKI II),_x000D_ GSS inhibitörü (PDMP), SPT inhibitörü (Miriosin, Myriocin) ve resveratrol: inhibitör_x000D_ kombinasyonlarının in vitro olarak Ph+ ALL SD1 ve SUP-B15 hücreleri üzerindeki büyümeyi_x000D_ durdurucu ve apoptotik etkileri MTT hücre çoğalması testi, Aneksin-V/PI boyaması, kaspaz3, PARP ifadelerinin ve sitokrom c salınımının belirlenmesi (western blot) ile, sitostatik etki_x000D_ (hücre döngüsü üzerindeki) ise akım sitometresi (PI boyaması) ile araştırılmıştır. Resveratrol_x000D_ ve sfingolipid metabolizması enzimlerini hedefleyen inhibitör kombinasyonlarının BCR-ABL_x000D_ protein ifadesi üzerine etkisi western blot ile belirlenmiştir. Ayrıca, resveratrolün SPT, SK-1/2,_x000D_ GSS protein ifadeleri üzerindeki etkisi western blot ile belirlenmiştir. Her iki hücre hattında_x000D_ resveratrol ve SKI II ve PDMP ile kombinasyonları hücre büyümesini baskılamış, apoptozu_x000D_ tetiklemiş ve hücre döngüsünü S fazında tutmuştur. Resveratrol:Miriosin kombinasyonu ise_x000D_ hücre büyümesi ve hücre döngüsü üzerinde hücreye özgü etkiler gösterirken apoptozu her iki_x000D_ hücrede tetiklemiştir. Her iki hücre tipinde resveratol ve kombinasyonları sitokrom-c_x000D_ salınımını, kaspaz-3 kesimini ve PARP kesimini genel olarak arttırmakla beraber hücreye_x000D_ özgü değişimler de saptanmıştır. Resveratrol her iki hücrede SK-1/SK2 ve GSS ifadesini_x000D_ azaltırken SPT ifadesini arttırmıştır. Resveratrol, SKI II ve PDMP BCR-ABL ifadesini_x000D_ azaltırken Miriosin arttırmıştır. Resveratrol: SKI II ve PDMP kombinasyonları BCR-ABL_x000D_ üzerinde artışlara neden olurken Miriosin ile kombinasyon BCR-ABL ifadesini azaltmıştır._x000D_ Sonuç olarak, resveratrol seramid metabolizmasını ve BCR-ABL ifadesini düzenleyerek Ph+_x000D_ ALL üzerinde hücre büyümesini baskılamış ve apoptozu tetiklemiştir.

Browse

Browsing Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi by Publisher "TUBİTAK"