Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi

Permanent URI for this communityhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/39

Browse

Browsing Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi by Publisher "TUBİTAK"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 3 of 3
  • Thumbnail Image
    Other
    Akut Myeloid Lösemi Tedavisi için Hedgehog Ve Otofaji Yolaklarının Düzenlenmesi
    (TUBİTAK, 2019) EL KHATIB, Mona
    Akut myeloid lösemi (AML) çeşitli moleküler aberasyonlar ve sinyal yolaklarındaki bozuklukları_x000D_ içeren klonal hastalıklar ile karakterize edilen bir grup heterojen malignanttır. Hedgehog (HH)_x000D_ sinyal yolağı birçok kanserde deregüle edilen evrimsel olarak korunan bir sinyal yolağıdır. HH_x000D_ sinyal yolağı lizozomal degradasyon prosesi otofajinin temel regülatörü olan PI3K/AKT/mTOR_x000D_ aksesini de içeren diğer sinyal yolakları ile karşılıklı iletişim halindedir. Bu sinyal yolakları_x000D_ AML’de deregüle edilmiştir. Birçok çalışmada otofajinin AML için bir kaçış mekanizması_x000D_ olabileceği ortaya konulmuştur. Bizim çalışmamızda, HH ve otofaji yolaklarının farklı AML_x000D_ türleri üzerine etkileri incelenmiştir. Çalışmamızda KML hücresi olan K562 ve CMK, MV4-11,_x000D_ MOLM-13 ve NB4 AML hücreleri GLI1 inhibitörü GANT61 ve farklı otofaji modülatörleri ile_x000D_ muamele edilmiştir.MTT sonuçları NB4, MOLM-13 ve MV4-11hücre proliferasyonun GLI_x000D_ inhibisyonu sonrasında düştüğünü ancak CMK’nin diğer AML hücre hatlarına kıyasla GLI_x000D_ inhibisyonuna daha az sensitif olduğunu ortaya koymuştur. Daha sonra, otofaji_x000D_ modülasyonunun farklı AML hücre hatlarının proliferasyonu üzerine etkileri incelenmiştir._x000D_ Otofajinin gerek otofagozom-lizozom füzyonu aşamasında gerekse otofagolizozomal_x000D_ degradasyon aşamasında inhibisyonunun ilaç konsantrasyonu ve muamele süresine bağlı_x000D_ olarak AML sağkalımını azalttığı gözlemlenmiştir. Otofaji modülatörleri ve GANT61’in_x000D_ kombinasyonunun MOLM-13 hücre hattı üzerinde sinerjistik bir etkisinin olduğu fakat CMK_x000D_ hücre hattı üzerinde sinerjistik etkisinin olmadığı gözlemlenmiştir. GANT61 muamelesinin AML_x000D_ hücre hatlarında otofajiyi artırdığı LC3II ekspresyonu ile western blot yöntemi ile ortaya_x000D_ konulmuştur. Buna ek olarak, kombinasyonun MOLM-13 hücresinde LC3II’yi artırdığı_x000D_ gözlenirken, bu oran CMK hücre hattında daha düşüktür. AKT proteinin ekspresyonu ilaca ve_x000D_ hücre hattına gore farklılık göstermektedir. Sonuç olarak, HH ve otofaji sinyal yolaklarının_x000D_ hedeflenmesi MOLM-13 hücre hattı için umut vaatedici bir terapi iken, CMK hücre hattında_x000D_ benzer sonuçlara ulaşılamamıştır.
  • Thumbnail Image
    Research Project
    Resveratrolün Ph+ Akut Lenfoblastik Lösemide Terapötik Potansiyeli ve Resveratrol Tarafından Tetiklenen Apoptozda Seramid Metabolizmasının Rolü
    (TUBİTAK, 2019) Adan, Aysun; Baran, Yusuf
    Proje ile resveratrolün, Ph+ ALL hücreleri üzerindeki büyümeyi inhibe edici etkisinin_x000D_ arkasında yatan mekanizmalar, seramid metabolizmasının hedeflenmesi ve BCR-ABL_x000D_ ifadesindeki değişimler ile ilişkilendirilerek araştırılmıştır. Resveratrol, SK inhibitörü (SKI II),_x000D_ GSS inhibitörü (PDMP), SPT inhibitörü (Miriosin, Myriocin) ve resveratrol: inhibitör_x000D_ kombinasyonlarının in vitro olarak Ph+ ALL SD1 ve SUP-B15 hücreleri üzerindeki büyümeyi_x000D_ durdurucu ve apoptotik etkileri MTT hücre çoğalması testi, Aneksin-V/PI boyaması, kaspaz3, PARP ifadelerinin ve sitokrom c salınımının belirlenmesi (western blot) ile, sitostatik etki_x000D_ (hücre döngüsü üzerindeki) ise akım sitometresi (PI boyaması) ile araştırılmıştır. Resveratrol_x000D_ ve sfingolipid metabolizması enzimlerini hedefleyen inhibitör kombinasyonlarının BCR-ABL_x000D_ protein ifadesi üzerine etkisi western blot ile belirlenmiştir. Ayrıca, resveratrolün SPT, SK-1/2,_x000D_ GSS protein ifadeleri üzerindeki etkisi western blot ile belirlenmiştir. Her iki hücre hattında_x000D_ resveratrol ve SKI II ve PDMP ile kombinasyonları hücre büyümesini baskılamış, apoptozu_x000D_ tetiklemiş ve hücre döngüsünü S fazında tutmuştur. Resveratrol:Miriosin kombinasyonu ise_x000D_ hücre büyümesi ve hücre döngüsü üzerinde hücreye özgü etkiler gösterirken apoptozu her iki_x000D_ hücrede tetiklemiştir. Her iki hücre tipinde resveratol ve kombinasyonları sitokrom-c_x000D_ salınımını, kaspaz-3 kesimini ve PARP kesimini genel olarak arttırmakla beraber hücreye_x000D_ özgü değişimler de saptanmıştır. Resveratrol her iki hücrede SK-1/SK2 ve GSS ifadesini_x000D_ azaltırken SPT ifadesini arttırmıştır. Resveratrol, SKI II ve PDMP BCR-ABL ifadesini_x000D_ azaltırken Miriosin arttırmıştır. Resveratrol: SKI II ve PDMP kombinasyonları BCR-ABL_x000D_ üzerinde artışlara neden olurken Miriosin ile kombinasyon BCR-ABL ifadesini azaltmıştır._x000D_ Sonuç olarak, resveratrol seramid metabolizmasını ve BCR-ABL ifadesini düzenleyerek Ph+_x000D_ ALL üzerinde hücre büyümesini baskılamış ve apoptozu tetiklemiştir.
  • Thumbnail Image
    Research Project
    RNA İkincil Yapılarının Çok Boyutlu Gösterimi ve Pre-Mirna Tespiti Için Uygulamaları
    (TUBİTAK, 2021) Saçar Demirci, Müşerref Duygu; Demirci, Yilmaz Mehmet
    MikroRNA'lar (miRNA'lar), transkripsiyon sonrası gen ekspresyonu düzenleyicileridir. Bir_x000D_ miRNA yüzlerce haberci RNA'yı (mRNA'lar) hedefleyebildiği gibi, bir mRNA farklı miRNA'lar_x000D_ tarafından hedeflenebilir, üstelik tek bir miRNA bir mRNA sekansında çeşitli bağlanma_x000D_ bölgelerine sahip olabilir. Bu nedenle miRNA'ları deneysel olarak araştırmak oldukça_x000D_ karmaşıktır. Bu tür zorlukları aşabilmek için makine öğrenimi (ML) sıklıkla kullanılmaktadır._x000D_ ML analizinin temel kısımları büyük ölçüde giriş verilerinin kalitesine ve verileri tanımlayan_x000D_ özelliklerin kapasitesine bağlıdır. Daha önce miRNA'lar için 1000'den fazla özellik önerilmişti._x000D_ Bu projede, RNA ikincil yapısını temsil eden yeni özellikler ve yüksek doğruluk değerleri_x000D_ sağlayan, dinamik, çok boyutlu grafik gösterimini tanımlamayı hedeflemiştik. Bu çalışmada,_x000D_ ML tabanlı miRNA tahmini için yeni ve kolayca güncellenebilir bir yaklaşım geliştirilmiştir._x000D_ Bilinen insan miRNA'larının ve sözde saç tokalarının random forest (RF), support vector_x000D_ machine (SVM) ve multilayer perceptron (MLP) gibi çeşitli sınıflandırıcılarla_x000D_ sınıflandırılmasıyla binlerce model oluşturulmuştur. Yöntem insan verilerine dayanarak_x000D_ oluşturulmuş olsa da en iyi model miRBase ve MirGeneDB gibi kamu veri tabanlarından_x000D_ insan olmayan saç tokaları üzerinde test edilmiş ve yüksek skorlar üretilmiştir. Ayrıca,_x000D_ yöntemin farklı veriler üzerindeki etkinliğini göstermek için ekspresyon farkları tahmini_x000D_ (differential expression prediction) analizinde de kullanılmıştır. Bu aşamada SARS-CoV-2_x000D_ enfeksiyonunun etkisini ölçen bir veri setinin analizinden elde edilen sonuçlar yayınlanmıştır.