Tezler

Permanent URI for this communityhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/391

Browse

Now showing 1 - 3 of 3

Biotechnological Production of Pyrazinamide Using Escherichia Coli Host Organism
(2026) Durak, Fatma; Fidan, Özkan
Tüberküloz (TB), esas olarak Mycobacterium tuberculosis (Mtb) tarafından kaynaklanan ve genellikle enfekte bir birey tarafından salınan havadaki damlacıklar yoluyla taşınan bir hastalıktır. İnsanlık yüzyıllardır TB ile mücadele etmektedir ve en ölümcül hastalıklardan biri olarak kabul edilir. Çeşitli tedavi yöntemleri bulunmaktadır ve pirazinamid (PZA) etkili anti-tüberküloz ajanlarından biridir. Günümüzde, PZA üretimi ağırlıklı olarak kimyasal senteze dayanmaktadır fakat bu üretim yaklaşımı sürdürülebilir ve çevre dostu değildir. Bu nedenle, mikrobiyal üretim yöntemleri kimyasal senteze alternatif bir yaklaşım sunmaktadır. Bu çalışmada, PZA üretimi için substrat olarak pirazin ve pirazinoik asit (POA) kullanılmış; ve üç farklı enzim aracılığıyla biyotransformasyon gerçekleştirilmiştir. Pirazinin POA'ya dönüştürülmesi için 3-oktaprenil-4-hidroksibenzoat dekarboksilaz (RpUbiD) ve flavin preniltransferaz (RpUbiX) kullanılırken, POA'nın PZA'ya dönüşümünde benzamid sentaz (SmNspN) rol oynamıştır. Bu enzimleri kodlayan genler, Gibson klonlama ve restriksiyon–ligasyon klonlama yöntemleri kullanılarak Escherichia coli (E. coli) plazmitlerine klonlanmıştır. Daha sonra, ekpres edilen proteinler SDS-PAGE ile doğrulanmış ve biyotransformasyon işlemi gerçekleştirilmiştir. Biyotransformasyon ürünlerini analiz etmek için ince tabaka kromatografisi (TLC) ve yüksek performanslı sıvı kromatografisi (HPLC) teknikleri kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre, hedef proteinlerin büyük bir kısmı çoklu optimizasyon denemelerine rağmen çözünmeyen fraksiyonlar olarak elde edilmiştir. İlk HPLC sonuçları POA ile uyumlu görünse de, sonraki analizler sinyalin muhtemelen kolon kaynaklı olduğunu göstermiştir. Pirazinin POA'ya dönüşümü doğrulanamasa da, bu sonuçlar biyodönüşüm koşullarının optimize edilmesi için bir temel oluşturmaktadır.
Enhancing Breast Cancer Detection With a Hybrid Machine Learning Approach
(2024) Etcil, Mustafa; Güngör, Burcu; Güngör, V. Cagri
Dünya Sağlık Örgütü (WHO) tarafından belirlendiği üzere, göğüs kanseri, son beş yılda 7.8 milyon yeni vakayla en yaygın kanser türlerinden biri olarak ön plana çıkmaktadır. Bu çarpıcı istatistik, gelişmiş tanı yöntemlerine olan acil ihtiyacı vurgulamaktadır. Bu bağlamda, mevcut çalışma, göğüs kanseri tespiti için lojistik regresyon modeli eğitim sürecini iyileştirmek amacıyla klonal seçim algoritması (CSA) ile parçacık sürü optimizasyonunu (PSO) yenilikçi bir şekilde birleştiren CSA-PSO-LR sınıflandırıcısını önermektedir. Bu araştırma, geniş çapta tanınan iki veri seti olan Wisconsin Diagnostik Göğüs Kanseri (WDBC) ve Wisconsin Göğüs Kanseri Veritabanı (WBCD) kullanılarak, performans değerlendirmesi için 10 kat çapraz doğrulama ve Bayes hiperparametre optimizasyonunu içeren katı bir değerlendirme protokolü uygulamaktadır. Ayrıca, çalışma, model eğitim süresini önemli ölçüde kısaltmayı amaçlayan CPU paralelleştirme stratejilerini tanıtmaktadır. Karar ağaçları, aşırı gradyan artırma, en yakın komşular, lojistik regresyon, rastgele ormanlar ve destek vektör makineleri gibi makine öğrenimi algoritmalarına karşı yapılan karşılaştırmalı analizler, CSA-PSO-LR sınıflandırıcısının tespit doğruluğu ve F1-ölçütü açısından üstün performans sergilediğini göstermektedir. Bu araştırma, göğüs kanserinin erken tespitine yönelik yenilikçi bir yaklaşım sunarak, daha etkili tedavi planlarının kolaylaştırılmasına ve hastaların hayatta kalma beklentilerinin artırılmasına katkıda bulunmaktadır.
Investigation of Aurora Kinaz b as a Potential Therapeutic Target in Cancer Treatment
(2025) Özsoy, Elif Rumeysa; Türk, Sibel Sarı
Kanser, kontrolsüz hücre çoğalması ile karakterize bir hastalıktır. Geleneksel kemoterapi bir dereceye kadar başarılı olmasına rağmen, yüksek toksisite, tedavi direnci ve tekrarlama riski klinik başarıyı engellemektedir. Bu nedenle, hedefe yönelik tedavi stratejilerilerin geliştirilmesi önem arz etmektedir. Hücre döngüsü düzenleyicileri gibi belirli protein kinazların hücresel ifadelerindeki değişiklikler, kanser malignitesine katkıda bulunmaktadır. Hücre döngüsü düzenleyicilerinden biri olan Aurora Kinazlar (AURK), serin/treonin kinaz ailesine mensuptur ve insanda AURKA, AURKB ve AURKC olmak üzere üç çeşittir. AURK'lar kolorektal adenokarsinom (CRC) dahil olmak üzere çeşitli kanserlerde aşırı eksprese edilmektedir. AURKB, CRC'de klinikopatolojik parametreler ve kötü sağkalım ile ilişkilidir, ve inhibisyonu mitotik bozukluklara ve apoptoza yol açmaktadır. Bu çalışmada, seçici AURKB inhibitörlerinden BI 831266 molekülünün hem tek başına hem de sisplatinle kombine halde, DLD-1 kolorektal kanser hücreleri üzerindeki sitotoksik etkileri MTT, 2D-klonojenik sağkalım, yara iyileşme, PI hücre döngüsü ve akış sitometrik Annexin V/PI boyama ile araştırılmıştır. Kombinasyon indeksleri (CI) CompuSyn yazılımı ile hesaplanmıştır. BI 831266, 48 saatlik uygulamada DLD-1 hücre canlılığını, proliferasyonunu ve migrasyonunu baskılamış; sisplatinle uygulandığında daha güçlü sitotoksik etkiler göstermiştir. BI 831266, G2/M fazında mitotik duraklamaya ve orta düzeyde apoptoza neden olmuş; bu etkiler sisplatin ile birlikte belirgin şekilde artmıştır. Sonuç olarak, bu çalışma BI 831266'nın sisplatin ile kombine halde, DLD-1 hücrelerinde canlılık, proliferasyon, migrasyon, hücre döngüsü ve apoptoz analizlerinde additif ve sinerjistik etkiler gösterdiğini ortaya koyan literatürdeki ilk çalışmadır. Bu bulgular, gelecekteki potansiyel antikanser tedavi stratejileri için önemli bir temel sunmaktadır.

Browse

Browsing Tezler by Language "tr"