Biyomühendislik / Bioengineering

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/208

Browse

Now showing 1 - 5 of 5

Computer-Aided Classification of Breast Cancer Histopathological Images
(IEEE345 E 47TH ST, NEW YORK, NY 10017 USA, 2017) Aksebzeci, Bekir Hakan; Kayaalti, Omer; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü; 01. Abdullah Gül University
Nowadays, one of the most common types of cancer is breast cancer. The early and accurate diagnosis of breast cancer has great importance in the treatment of the disease. In the diagnosis of breast cancer, histopathological analysis of cell and tissue specimens taken by biopsy is considered as the gold standard. Histopathological analysis is a tedious process that is highly dependent on the knowledge and experience of the pathologists. In this study; it is aimed to develop a computer-aided system that can reduce the workload of pathologists and help them in their diagnosis. An image set containing benign and malignant tumor images of breast cancer has been studied. To perform texture analysis on tumor images; first order statistics, Gabor and gray-level co-occurrence matrix (GLCM) feature extraction methods have been applied. Then, various classifiers were applied to the obtained feature matrices and their performances were compared. The highest classification accuracy was achieved 82.06% by Random Forests classifier with feature combination of Gabor and GLCM methods. The results presented here show that computer-assisted diagnosis of breast cancer is a promising field.
Enkapsüle Edilmiş ve Serbest Formda Probiyotik Lactobacillus acidophilus ATCC 4356 Suşunun Dondurma Depolama Periyodunda Stabilitesinin İncelenmesi
(Atatürk Üniversitesi, 2022) Sedefoğlu, Sedat; ORTAKCI,Fatih; SERT,Selahattin; 0000-0003-1319-0854; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü; ORTAKCI, Fatih; 01. Abdullah Gül University
Bu çalışmada probiyotik Lb. acidophilus ATCC 4356 (ATCC 4356) suşu, ekstrüzyon yöntemi_x000D_ ile aljinat kullanılarak kapsüllenmiştir. Bu enkapsüle ve serbest formdaki ATCC 4356 dondurmaya ilave edilerek −18°C’de 3 ay süre ile depolanmıştır. Depolamanın 0, 30 ve 90. günlerinde alınan örneklerde, ATCC 4356’nin canlılığını sürdürebilme yeteneği karşılaştırmalı olarak_x000D_ ortaya konulmuştur. Araştırma sonuçlarına göre, dondurmaya ilave edilen serbest ve enkapsüle ATCC 4356’nın, −18°C’de 3 aylık depolama süresinin sonunda canlılıklarını korudukları,_x000D_ buna karşılık sayılarındaki azalışın istatistiki olarak farklı düzeyde olmadıkları tespit edilmiştir_x000D_ (P > ,05). Bununla birlikte, dondurmaların 90 günlük depolama periyodu boyunca, serbest_x000D_ ve enkapsüle Lb. acidophilus ATCC 4356 sayılarının 107_x000D_ kob/g’ın altına düşmemiş olması, son_x000D_ üründe probiyotiklerin arzu edilen düzeyde canlılığını koruduğunu göstermiştir. Dolayısıyla_x000D_ bakterinin terapotik etkiler gösterebilme açısından dondurmanın uygun bir gıda olarak_x000D_ kullanılabileceği düşünülmektedir. Serbest ve enkapsüle dondurmalara ait duyusal analiz_x000D_ sonuçlarında ise enkapsülasyonun dondurmanın yapı ve tekstüründe önemli seviyede etkiye_x000D_ yol açtığı (P < ,05) ve genel kabul düzeyi olarak serbest ve enkapsüle dondurmalardaki farkın_x000D_ önemli seviyede olduğu gözlemlenmiştir (P < ,05). Bununla birlikte renk, görünüş, tat ve koku_x000D_ kriterleri bakımından serbest ve enkapsüle dondurmalardaki farkın önemsiz seviyede olduğu_x000D_ belirlenmiştir (P > ,05).
In-Silico Methods to Identify Common MicroRNAs and Pathways of Neuromuscular Diseases
(IEEE, 345 E 47TH ST, NEW YORK, NY 10017 USA, 2019) Yazici, Miray Unlu; Menges, Evrim Aksu; Ulum, Yeliz Z. Akkaya; Hayta, Burcu Balci; Bakir-Gungor, Burcu; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü; 01. Abdullah Gül University; 02. 04. Bilgisayar Mühendisliği; 02. Mühendislik Fakültesi; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.01. Biyomühendislik
Neuromuscular disorders (NMD) are a heterogeneous group of diseases characterized by the loss of function of the peripheral nerves and muscles. However, there are no effective and widespread therapeutic approaches to prevent or delay the progression of these disease types. microRNAs (miRNAs) which cause significant changes in gene expression by binding to target messenger RNAs (mRNAs), are known to have an effect on disease mechanisms. In this study, by integrating different bioinformatics methods, we aim to find miRNAs, target genes and pathways related to a group of neuromuscular diseases. For this purpose, we determined 17 miRNAs that show significant expression changes between patient and healthy groups; predicted target genes of these miRNAs; and identified affected pathways using subnetwork discovery, functional enrichment based algorithms. In our study, we integrated different in-silico approaches that proceed in top-down manner or bottom-up manner. The identified candidate miRNAs, genes and pathways, which could help to explain neuromuscular disease development mechanisms, are now under investigation in wet-lab.
RNA İkincil Yapılarının Çok Boyutlu Gösterimi ve Pre-Mirna Tespiti Için Uygulamaları
(TUBİTAK, 2021) Saçar Demirci, Müşerref Duygu; Demirci, Yilmaz Mehmet; 0000-0003-2012-0598; 0000-0003-3802-4211; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü; Saçar Demirci, Müşerref Duygu; Demirci, Yilmaz Mehmet; 01. Abdullah Gül University; 02.01. Mühendislik Bilimleri; 02. Mühendislik Fakültesi; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.01. Biyomühendislik
MikroRNA'lar (miRNA'lar), transkripsiyon sonrası gen ekspresyonu düzenleyicileridir. Bir_x000D_ miRNA yüzlerce haberci RNA'yı (mRNA'lar) hedefleyebildiği gibi, bir mRNA farklı miRNA'lar_x000D_ tarafından hedeflenebilir, üstelik tek bir miRNA bir mRNA sekansında çeşitli bağlanma_x000D_ bölgelerine sahip olabilir. Bu nedenle miRNA'ları deneysel olarak araştırmak oldukça_x000D_ karmaşıktır. Bu tür zorlukları aşabilmek için makine öğrenimi (ML) sıklıkla kullanılmaktadır._x000D_ ML analizinin temel kısımları büyük ölçüde giriş verilerinin kalitesine ve verileri tanımlayan_x000D_ özelliklerin kapasitesine bağlıdır. Daha önce miRNA'lar için 1000'den fazla özellik önerilmişti._x000D_ Bu projede, RNA ikincil yapısını temsil eden yeni özellikler ve yüksek doğruluk değerleri_x000D_ sağlayan, dinamik, çok boyutlu grafik gösterimini tanımlamayı hedeflemiştik. Bu çalışmada,_x000D_ ML tabanlı miRNA tahmini için yeni ve kolayca güncellenebilir bir yaklaşım geliştirilmiştir._x000D_ Bilinen insan miRNA'larının ve sözde saç tokalarının random forest (RF), support vector_x000D_ machine (SVM) ve multilayer perceptron (MLP) gibi çeşitli sınıflandırıcılarla_x000D_ sınıflandırılmasıyla binlerce model oluşturulmuştur. Yöntem insan verilerine dayanarak_x000D_ oluşturulmuş olsa da en iyi model miRBase ve MirGeneDB gibi kamu veri tabanlarından_x000D_ insan olmayan saç tokaları üzerinde test edilmiş ve yüksek skorlar üretilmiştir. Ayrıca,_x000D_ yöntemin farklı veriler üzerindeki etkinliğini göstermek için ekspresyon farkları tahmini_x000D_ (differential expression prediction) analizinde de kullanılmıştır. Bu aşamada SARS-CoV-2_x000D_ enfeksiyonunun etkisini ölçen bir veri setinin analizinden elde edilen sonuçlar yayınlanmıştır.
Yara Örtü Malzemesi Olarak Elektroeğrilmiş PCL/PHBV Membranların Hazırlanması ve Karakterizasyonu
(Bitlis Eren Üniversitesi, 2019) İşoğlu, İsmail Alper; 0000-0001-6428-4207; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü; İşoğlu, İsmail Alper; 01. Abdullah Gül University; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.01. Biyomühendislik
Bu çalışmada, yara örtü malzemesi olarak polikaprolakton (PCL), poli(3-hidroksibütirik asit-ko-3-hidroksivalerikasit) (PHBV) ve ağırlıkça farklı oranlarda (100:0, 50:50, 75:25, 0:100) PCL/PHBV karışımları, farklı çözücüler(kloroform (CHCl3), 1,1,1,3,3,3-Hexfluoro-2-propanol (HFIP) ve bunların karışımları) kullanılarak elektroeğirmetekniği ile fibroz yapıda membranlar hazırlanmıştır. Tüm elektroeğrilmiş membranlar Fourier DönüşümlüKızılötesi Spektroskopisi (FT-IR), Diferansiyel Taramalı Kalorimetre (DSC) ve Taramalı Elektron Mikroskobu(SEM) ile yapı, morfoloji ve ısıl özellikleri açısından karakterize edilmiştir. Ayrıca, absorbsiyon testi ile sıvı tutmakapasiteleri analiz edilmiştir. Karakterizasyon basamağından sonra, seçilen membranların üzerine insan fibroblasthücreleri ekilmiş, in vitro hücre canlılık ve toksisite, MTT testi ile 24, 48 ve 72. saat için analiz edilmiştir.Membranların üzerine ekilen hücrelerin çoğalması 36, 72 ve 120. saat olmak üzere 3 farklı süre için incelenmiş,sonuçlar SEM ile gösterilmiştir. Elde edilen sonuçlar PCL/PHBV (75:25) karışım ile HFIP çözeltisindeelektroeğrilen membranın yara örtü malzemesi olarak kullanılabileceğini göstermiştir.

Browse

Browsing Biyomühendislik / Bioengineering by Language "tur"