Enstitüler

Permanent URI for this communityhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/391

Browse

Now showing 1 - 20 of 30

32-mer MaSP1 Geninin pBbB6c Plazmid Vektörüne Klonlanması ve Escherichia Coli NEB 10-beta'ya Transformasyonu
(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2023) Benk, Ruveyda; Ortakcı, Fatih; Öz, Yahya; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomühendislik Ana Bilim Dalı; 01. Abdullah Gül University
The main purpose of my thesis was to clone Masp1 spider silk protein encoding gene from dragline type spider into E.coli NEB 10-beta organism. The recombinant microbial production of spider silk protein and converting it into a fiber format would ultimately produce a biomaterial also called as biosteel with high toughness and elasticity whereas low density compared to Kevlar, steel and carbon fiber. For this purpose, the gene encoding the dragline spider protein (MaSP1) was cloned into E. coli NEB 10-beta using recombinant molecular methods. First, 8-mer MaSP1 was synthesized and cloned via pGSI high copy cloning vector by sticky end cutting with restriction enzymes of KpnI,Kpn2I followed by heat-shock transformation into E.coli. Second, we performed restriction of the 8-mer plasmid by NheI and Kpn2I to extract the 8-mer. Later, the restriction was performed by SpeI and Kpn2I to obtain linearized pGSI containing 8-mer Masp1. A ligation was applied to merge 8-mer and pGSI plasmid carrying 8-mer Masp1 to achieve 16-mer Masp1 containing pGSI. Again, this plasmid was heat-shock transformed into E.coli. Following the same restriction 32-mer Masp1 containing pGSI plasmid was achieved. Finally, 32-mer Masp1 fragment was cut from pGSI cloning vector and ligated to pBbB6c low copy expression plasmid followed by electroporation into E.coli. The band size of 32-mer Masp1 gene was aligned between 3 kb and 5 kb which is an agreement with the calculated size of 32-mer Masp1 gene. Future studies should focus on the expression of Masp1 and the efficient production of this valuable recombinant protein under bioreactor conditions with cutting edge bioprocessing techniques.
3D Biyobaskı Parametrelerinin PCL İskelesinin Basılabilirliği ve Mekanik Davranışı Üzerindeki Etkisi
(Abdullah Gül Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü, 2023) Ceylan, Saniye Aylin; İşoğlu, İsmail Alper; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomühendislik Ana Bilim Dalı; 01. Abdullah Gül University; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.01. Biyomühendislik
Polycaprolactone (PCL) is a synthetic polymer that exhibits desirable properties such as biodegradability, tolerable mechanical properties, and biocompatibility for a diverse range of tissue engineering applications. In this study, we analyzed the effects of polymer concentration (10%, 25%, 50% and 75% w/v), solvent effect (dichloromethane, chloroform and acetic acid), and device parameters (pressure, speed, nozzle-surface distance, nozzle gauge, infill density) on printed scaffolds fabricated through 3D Bioprinting. Scanning electron microscopy (SEM) and optical microscopy were used to assess printability, and uniaxial tensile testing was performed to evaluate mechanical behavior. The aim of this study was to investigate the effects of different printing speeds (5 mm/s, 10 mm/s, and 15 mm/s) on the mechanical properties of PCL_DCM and PCL_CF scaffolds. The scaffolds printed at the lowest speed exhibited the highest ultimate tensile strength (UTS) values. Scaffolds printed at 5 mm/s with the highest printing pressure (480 kPa) demonstrated a remarkably high Young's modulus of 39.69 MPa and a UTS value of 6.4 for PCL_DCM, as well as Young's modulus of 26.80 MPa and a UTS value of 6.3 MPa for PCL_CF. Additionally, we investigated the influence of polymer concentrations (50% and 75%) and infill densities (50%, 70%, and 90%). The results showed that increasing the infill density and using a lower concentration (50%) led to improvements in Young's modulus and UTS values for both PCL_DCM and PCL_CF scaffolds. These results highlight the importance of carefully controlling printing parameters to optimize the mechanical properties of the printed scaffolds.
B Hücreli Akut Lenfoblastik Lösemi Hücre Hattında Yüzey Proteomunun Belirlenmesi
(Abdullah Gül Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı, 2022) Boyvat, Dudu; Güner, Şerife Ayaz; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomühendislik Ana Bilim Dalı; 01. Abdullah Gül University
B hücreli akut lenfoblastik lösemi, B lenfositlerinin aşırı ve kontrolsüz ifadesi ile karakterizedir. B-ALL, anormal sitozolik sinyal iletimi ve gen mutasyonları, anormal protein etkileşimleri ve durdurulmamış hücre döngüsü gibi moleküler anormalliklerin bir sonucu olarak ortaya çıkabilir. Bu anormallikler nedeniyle, proteomun üçte birini oluşturan yüzey proteinleri, sağlıklı hücrelere kıyasla farklı ifadeler gösterir. Bu farklılıklar günümüzde tanı ve tedavi yaklaşımlarında kullanılmaktadır. Bu çalışmada, iki farklı yüzey protein izolasyon stratejisinin karşılaştırılması ile kütle spektrometrisi tabanlı proteomik yaklaşımı ile yeni, ek olası hedef antijenleri belirlemek için CCRF-SB hücre hattının yüzey proteinlerini izole etmeyi ve tanımlamayı amaçladık. CCRF-SB hücrelerinin yüzey proteinleri, biyotinilasyon yöntemi ve N-bağlı glikoprotein zenginleştirme yöntemleri ile izole edildi. Biyotinilasyon yöntemi ile % 1 FDR oranı ile 782 protein izole ettik. Gene Ontology Cellular Component analizi, bu izole edilmiş proteinlerin 467'sinin 'Membran' ile ilişkili, 263'ünün 'Hücre Dışı Boşluk' ile ilişkili olarak tanımlamıştır. Bu izole edilmiş hücre yüzeyi proteinlerinin, HLA protein komplekslerini ve iyi bilinen CD19 yüzey işaretleyicilerini içerdiği gösterilmiştir. N-bağlı glikozillenmiş protein zenginleştirme yöntemi ile %1 FDR oranı ile tanımlanan 229 protein Gene Ontology Cellular Component 155'inin 'Membran' olarak, bu proteinlerin 132'sinin 'Hücre Dışı Boşluk' ile ilişkili olarak açıklandığını gösterdi. Her iki yöntem de birbirinden farklı proteinleri tanımlamıştır. Bu sonuç, hücre yüzeyini proteomunu haritalamak için bu iki zenginleştirme yöntemini birleştirmenin gerekli olduğunu gösterdi.
Biyomedikal ve Optik Uygulamalar için Bitki Aracılı Sürdürülebilir Nanomalzemeler
(2025) Akcan, Dilber; Erdem, Zeliha Soran; 01. Abdullah Gül University
Bitki aracılı nanomalzemeler biyomedikal ve optik çalışmalarda önemli bir ilgi görmüştür. Bu nedenle, biyomedikal ve optik uygulamalarda iki farklı bitki özütünü (Hypericum Perforatum ve Peganum Harmala) araştırdık. Bu tezin ilk bölümünde, çevre dostu yeşil sentez yöntemi ile Hypericum Perforatum kullanarak çinko oksit nanopartikülleri (ZnO NP'leri) sentezledik. Nanopartiküller UV-Vis spektroskopisi, X-ışını kırınımı (XRD), taramalı elektron mikroskobu (SEM) kullanılarak karakterize edildi. Bu nanopartiküllerin antikanser etkisi, hücre kültürü çalışmalarıyla insan karaciğer kanseri hücresinde (Hep-G2) test edildi. Son olarak, bu ZnO NP'ların anti bakteriyel aktivitesi çalışıldı. Hücre kültürü çalışmaları, hücre canlılığının nanoparçacık dozuna bağlı bir inhibisyonu olduğunu ve daha yüksek konsantrasyonlarda belirgin sitotoksik etkisi olduğunu gösterdi. Bu çalışmayla çinko oksit nanoparçacıklarının karaciğer kanseri tedavisi için terapötik olarak son derece yüksek potansiyele sahip olduğunu gösterdik. Bu tezin ikinci bölümünde, Peganum harmala özütü kullanarak kâğıt bazlı renk dönüştürücüler tasarladık. Bitki özütünün katı haldeki yüksek kuantum verimi nedeniyle, bitki özütünden elde edilen floresan biyomoleküller kristal bazlı (sükroz ve KCl kristalleri) ve selüloz elyaf bazlı (pamuklu pedler ve kurutma kağıtları) matrislere gömüldü. Optil karekterizasyonlar, lif kağıtlarının yüksek kuantum verimliliğine sahip olduğunu gösterdi. Konseptin kanıtı olarak, P. harmala özütü gömülü lif kâğıdı bir LED üzerinde renk dönüştürücü olarak kullanıldı ve 21.9 lm Welect−1 ışıma verimliliğinde mavi renkte ışıyan bir cihaz elde edildi. Sonuçlar, bu çevre dostu bitki bazlı malzemelerin, uygun maliyetli ve sürdürülebilir alternatifler olarak şu anda kullanılan renk dönüştürücülerin yerini alabileceğini gösterdi.
Centella Asiatica Ekstraktı İçeren Çift Katmanlı Elektro Eğrilmiş Yara Örtüsü
(2019) Koç, Nuray; İşoğlu, İsmail Alper; 01. Abdullah Gül University; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.01. Biyomühendislik
Elektroeğirme yöntemi ile hazırlanan, ekstra sellülar matrisin doğal yapısını taklit eden inovatif ve biyoaktif yara örtüleri geleneksel yara bakım uygulamalarına alternatif olarak önemli bir ilgi kazanmaktadır. Bu çalışmada, elektroeğirme yöntemi ile kuaterner poli(4-vinil piridin) bir üst katmana, Centella Asiatica (CA) ekstratı içeren poli(D,L-laktik-ko-glikolik asit) (PLGA)/poli(3-hidroksibütirat-ko-3-hidroksi valerat) (PHBV) bir alt katmana sahip çift katmanlı bir yara örtüsü üretilmiştir. Elektroeğrilmiş membranların uniform ve boncuksuz fiber yapıları taramalı elektron mikroskop (SEM) kullanılarak gösterilmiştir. CA ekstraktı içeren PLGA/PHBV membranların ortalama fiber çapları 0,471±0,11 μm olarak hesaplanırken, elektroeğrilmiş poli(Q-VP) membranların ortalama fiber çapları 0,460±0,057 μm olarak bulunmuştur. Kimyasal, termal ve mekanik özellikleri, elektroeğrilmiş membranların absorbsiyon kapasitesi ve ayrıca PLGA/PHBV membranlardan CA ekstraktının kümülatif salımı araştırılmıştır. Elektroeğrilmiş membranlar üzerinde insan fibroblast hücrelerinin önceden belirlenen günler için canlılık, yapışma ve tutunma testleri colorimetric CellTiter 96® AQueous One Solution Cell Proliferation Assay (MTS assay) ve SEM ile gösterilmiştir. Sonuçlar, CA içeren çift katmanlı elektroeğrilmiş yara örtüsünün insan fibroblast hücrelerinin tutunma ve çoğalmasına olanak sağladığını göstermiştir. Bu sebepten, CA ekstraktı içeren çift katmanlı yara örtüsünün yara bakımı uygulamaları için umut verici bir potansiyele sahip olduğu değerlendirilmiştir.
Cisplatin Temelli Nefrotoksisite Karşıtı Böbrek Hedefli Bir Nanotaşıyıcı Formülasyonu Geliştirilmesi
(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2019) Çakır, Şerife; Aydın, Erkin; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomühendislik Ana Bilim Dalı; 01. Abdullah Gül University
Kitosan doğal bir polimer olup diğer sentetik polimerlere oranla vücutta daha az toksik etki göstermektedir. İyonik jelasyon metodu ile üretilen kitosan sodyum tripolifosfat (TPP) nanopartiküllerin böbrek ve beyin dokusu gibi insan vücut dokuları için iyi bir ilaç salınım araçları olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada bir anti-kanser ilacı olan cisplatinin böbreklere oluşturduğu nefrotoksisiteyi gidermek için, gen susturucu siRNA'larla yüklü kitozan-TPP nanoparçacıkları kullanılmıştır. In vitro çalışmalar human kidney cell line olan Hek293 hücrelerinde denenmiş olup nanoparçacıkların hücreye girişleri ise floresan mikroskobu ve flow sitometri ile doğrulanmıştır. MTT ve XTT sonuçlarına göre nanoparçacıkların toksik etkisi düşük bulunmuştur. In vivo çalışmalara bakıldığında ise, balb-c tip 6-8 haftalık farelere siRNA yüklü nanoparçacık enjeksiyonu yapılmıştır. Sisplatin ile muamele edilmiş fareler kontrol ve siRNA-yüklü kitosan nanopartiküller grubu olarak hayvan grupları kullanılmıştır. Sisplatin enjeksiyonlarından sonra, siRNA-nanopartükül verilmesinden sonra farelerdeki kreatinin ve BUN seviyeleri değişimi incelendi. GAPDH bir kontrol geni olup PKC, P53, OCT1, OCT2 ve GGT genleri böbrek proximal tübül hücrelerinde önemli rollere sahiptir. Bu çalışmada bu genlerin mRNA seviyelerine de kantitatif PCR ile bakılmıştır. Enjeksiyonun ilk günlerinde siRNA'lar azalmış iken devam eden günlerde bu etki kaybolmuştur. Böylelikle her siRNA'nın susturma potansiyeli değişkenlik göstermektedir. Fakat bu değişkenlik çalışmada anlamlı bir değişim göstermektedir.
COVID-19 Virüs Pandemisinde Haftalık Döngünün Kökeni ve Sosyo-Ekonomik Faktörlerle İlişkisinin Araştırılması
(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2024) Yağmur, İsmail Emre; Ercan, Altan; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomühendislik Ana Bilim Dalı; 01. Abdullah Gül University
The Covid-19 virus, which started in China in 2019 and affected the whole world, has caused a global pandemic. Looking at the worldwide data of this pandemic, the number of daily cases appears to have a weekly cycle that is underestimated as an artifact of the number of daily tests administered. In this thesis study, a new model is developed to calculate the daily infection numbers from daily case numbers by using the Weibull distribution and the natural characteristics of the COVID-19 virus. According to the results obtained, it is found that the number of daily cases has a real weekly cycle. It has been determined that the daily infection numbers calculated in this weekly cycle are minimum on weekdays. According to the analysis by the new methos, these weekly minimums are controlled by socio-economic factors such as human development index and annual national income per capita. During the ascending and descending phases of the pandemic, the weekly minimum shifts from Monday to Friday, exposing the presence of two separate environments for the transmission of the virus among people: working and social. Moreover, the data reveal a variable rather than a fixed reproduction number. As a result, the model we developed in this study successfully identifies the socio-economic factors as the effectors of the progression of the pandemic by taking into account the time of infection for the first time in the literature and is expected to guide the future pandemic studies and pandemic, itself.
Design and Identification of Novel Candidates Against the Tyrosine Kinase Domain of ALK by Comprehensive in Silico Approaches
(2025) Sarı, Ceyhun; Akçok, İsmail; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.01. Biyomühendislik; 01. Abdullah Gül University
Anaplastik büyük hücreli lenfoma hücre hatlarında füzyon protein ortağı olarak keşif edilen Anaplastik Lenfoma Kinaz'ın (ALK), keşifinden bu yana ALK çeşitli füzyon ortakları ile çok sayıda kanserde rol oynadığı ortaya çıkmıştır. Rol oynadıkları kanser şu şekilde sıralanabilir: küçük hücreli olmayan akciğer kanseri (NSCLC); anaplastik büyük hücreli lenfoma (ALCL); nöroblastom; rabdomiyosarkom; vb. Son yılda, ABD Gıda ve İlaç Dairesi (FDA) ALK'yi hedefleyen birçok bileşik onay almıştır. Bu gelişmelere rağmen, yakın zamanda yapılan bir çalışma ALK pozitif NSCLC hastalarının yaklaşık yarısının hastalık ilerlemesi yaşanacağını vurgulanmıştır, başlangıç tedavisi olan Alectinib, ikinci nesil ALK inhibitörü ve üçüncü nesil ALK inhibitörü Lorlatinib rağmen. Bu noktaları göze alarak, bu çalışma ALK'nin tirozin kinaz alanını hedefleyebilecek yeni bileşikler keşfetmek ve geliştirmek için iki farklı yola odaklanmıştır. İlk yaklaşım olarak 200'den fazla α-carboline türevi tasarladık. Devamında moleküler yanaştırma (Docking), moleküler dinamik (MD) simülasyonlarını MM/PBSA ile serbest bağlanma enerjisi hesaplamalarından oluşan in silico protokolleri kullanarak tasarımlarımızın hedefimize karşı bağlanma özelliklerini araştırdık. İkinci yaklaşım olarak büyük bir doğal ürün veritabanını aynı amaca yönelik yeni bir ilaç adayı keşfetme adına sanal olarak taradık. Devamında bağlanma özelliklerini ilk yaklaşımda kullanılan yöntemlerle inceledik. Elde edilen bütün sonuçları göz önünde bulundurarak, sonuçlar takip eden şekilde özetlenebilir. Üç umut verici ilaç adayı aralarından yükselmiştir test edilen bileşikler arasında, bileşik 208, 209 ve CNP0106316.1. Serbest bağlanma enerjileri ise sırasıyla -9.08, -9.80 ve -11.6 kcal/mol olarak bulunmuştur. Ek olarak, ismi geçen bileşikler ilgili MD simülasyonlarında stabil bağlanma profilleri göstermişlerdir.
Geleneksel Gıda Ürünlerinden İzole Edilen Laktik Asit Bakterilerinin Probiyotik Özelliklerinin Belirlenmesi
(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2023) Yiğit, Mehmet Burak; Aydın, Aysun Cebeci; 0000-0002-6777-6773; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomühendislik Ana Bilim Dalı; 01. Abdullah Gül University; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.02. Moleküler Biyoloji ve Genetik; 02.07. Malzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Mühendisliği; 02. Mühendislik Fakültesi
Probiotics are microorganisms that live in our bodies and positively affect health when consumed regularly. One of the ways to have a healthy body is to have a healthy microbiota. Because of that, the importance given to the consumption of probiotic foods among the public is increasing. Since probiotics are especially abundant in fermented and traditional foods, consuming these foods is vital to have a healthy microflora. In this thesis, probiotic potentials of bacteria isolated from tarhana, einkorn sourdough, Turkish and Bulgarian-type boza and pickled beetroot foods were investigated, and obtained results were discussed. Based on acid and bile salt tolerance tests, MRS ES-2-3-7-11-12-17, MRS PT-2-14-16, MRS N-1, MRS EB-3, MRS T-1, M17 N-2 -3-4 showed higher viability in acidic environments (pH 2.0 and 3.0) than the control groups, M17 N-3-4 and M17 TB-1-2 strains showed higher viability at 0.3% and 0.5% bile salt conditions than other strains. For 10 strains which are selected for further tests, in the adhesion to Caco-2 cells, MRS ES-3, MRS N-1, MRS T-2, M17 BB-7, M17 N-2 and M17 N-3 showed over 35% adhesion, especially, MRS N-1 and M17 N-2 showed over 85% adhesion to Caco-2 cells. For the antimicrobial activity test, ES-3 strain showed limited effect on S. aureus ATCC 6538 and K. pneumoniae ATCC 4352 pathogens, while other strains showed no inhibitory effect on pathogens. Finally, according to the results of 16S rRNA sequencing, it was determined that MRS ES-3, ES-7, PT-14 strains belonged to L. plantarum, MRS ES-11 strain belonged to L. brevis, M17 BB-7 strain belonged to E. faecium and M17 TB-2 strain belonged to E. durans species.
Gruplama Puanlama Modelleme (G-S-M) ve Geleneksel Özellik Seçim Yaklaşımını Kullanarak İnsan Gastrointestinal Kanser Mikrobiyotalarındaki Potansiyel Taksonomik Biyobelirteçlerin Belirlenmesi
(2025) Çanakcımaksutoğlu, Beyza; Güngör, Burcu; Yousef, Malik; 01. Abdullah Gül University; 02. 04. Bilgisayar Mühendisliği; 02. Mühendislik Fakültesi
Mikrobiyal bolluk değerlerinin analizi, kanser tahmini için bir potansiyel taşır. Bu çalışma, daha önce paralel olarak incelenmemiş bir alan olan hem doku hem de kan örnekleri kullanarak gastrointestinal (GI) kanser hastaları arasında paylaşılan mikrobiyal biyobelirteçleri belirlemeyi amaçlamaktadır. Bu çalışma, baş ve boyun, yemek borusu, mide, kolon ve kolorektal kanserlere odaklanarak kan ve doku örneklerini analiz etti. Dekontaminasyon adımları gerçekleştirilerek, insan olmayan genetik kodlar işlenerek, tür düzeyinde mikroorganizmalar ve bollukları belirlenerek, kanser hastalarından doku ve kan örnekleri toplayan 'Kanser Genom Atlası'ndan TCMA veri seti oluşturuldu. Geleneksel özellik seçimi algoritmaları (CMIM, mRMR, FCBF, IG, XGB ve SKB) yüksek boyutlu özellik alanını daralttı. Sınıflandırma performansı, 100-kat Monte Carlo çapraz doğrulaması olan bir Random Forest kullanılarak değerlendirildi. Ayrıca, gruplama yöntemi ile özellik boyutunu ve tahmin süresini azaltmak için oluşturulan MicrobiomeGSM modeli, hem kan hem de dokudan türetilen örnekler kullanılarak eğitildi ve MicrobiomeGSM modelinin genelleştirilebilirliği sergilendi. Geleneksel özellik seçimi yöntemleri ve biyolojik veri tabanlı MicrobiomeGSM modellerinin performansları karşılaştırıldı. Gelecekte, ortak biyobelirteç adayları doktorların metastaz olasılığını anlamasına yardımcı olabilir ve tedavi yollarına buna göre karar verilebilir.
Hastalık Geni Karakterizasyonu
(2025) Yetgin, Fatma Nihal; Kaplan, Oktay İsmail; 01. Abdullah Gül University; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.01. Biyomühendislik
Hasta olmak insan yaşamının bir parçasıdır. Bazı hastalıklara sık rastlanırken bazı hastalıklar nadirdir. Günümüzde 7000den fazla nadir hastalık vardır ve sayısı artmaktadır. Silyopatiler de nadir hastalıklardan biridir. Silyopatiler, silyanın fonksiyonunu ya da yapısını etkileyen mutasyonlar sonucu oluşan hastalıklardır. Silya birçok kompartmandan oluşan, hücreden dışarıya doğru uzanan bir organeldir ve Hedgehog sinyal yolağı gibi bazı önemli sinyal yolaklarını etkiler. 2014 yılında EFCAB7'in EVC ve EVC2 proteinleri ile ilişkisi bulunmuştur. EVC ve EVC2 genlerindeki mutasyonlar Ellis van Creveld hastalığına sebep olmaktadır. 2023'de ise sendromik olmayan postaksial polidaktiliye sebep olduğu keşfedilmiştir. Ancak EFCAB7 ile silya arasındaki ilişki yeterince aydınlatılamamıştır. Bu çalışmada, mikroskobik yöntemler ve fonksiyonel deneylerle EFCAB7 ile cilia arasındaki ilişki incelenmiştir. Sonuçlarımız, efcab-7 mutantlarının silialarının vahşi tipe kıyasla önemli ölçüde daha kısa olduğunu, buna karşın IFT (intraflagellar transport) hızı ve partikül sayısında belirgin bir değişiklik olmadığını göstermiştir. Ayrıca, normal koşullarda silyaya girmeyen ELMOD-3 proteini, efcab-7 mutantlarında da silyaya giriş yapmamış ve bu durum silial geçidin sağlam olduğunu ortaya koymuştur. Beklenmedik bir şekilde, efcab-7 mutantlarının hareket kabiliyetinin azaldığı ve akson sayısının da azaldığı gözlemlenmiştir, bu da EFCAB7'nin nöronal veya kas fonksiyonunda ek bir rolü olabileceğini düşündürmektedir. Bu bulgular, EFCAB7'nin silya ve nöronal bütünlüğün korunmasındaki fonksiyonlarını genişletmekte ve ilişkili nadir hastalıkların patogenezi hakkında yeni bilgiler sağlamaktadır.
Histon Deasetilaz İnhibisyonu ve Otofaji Modülasyonunun Kolanjiokarsinoma Hücrelerine Etkisi
(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2022) Yenigül, Münevver; Yenigül, Münevver; Akçok, Emel Başak Gencer; Akçok, İsmail; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomühendislik Ana Bilim Dalı; 01. Abdullah Gül University
Cholangiocarcinoma (CCA), also known as biliary tract cancer, is a heterogeneous group of malignancies formed by the differentiation of epithelial cells in the biliary tract. CCA is the second most common primary liver tumor and it has both an increasing rate and high mortality worldwide with its late diagnosis, refractory type, and aggressiveness. The effects of autophagy modulators and HDAC inhibitors in CCA are not fully known. This study is proposed a novel treatment approach with the combinational therapy of autophagy and HDAC inhibitors for CCA patients. In results obtained with alone HDACis, alone autophagy modulators, and combinations of HDACis and autophagy modulators, Nocodazole from autophagy modulators and MS-275 and Romidepsin from HDAC inhibitors showed a better synergistic effect on the TFK-1 and EGI-1 cell lines of the cholangiocarcinoma. In cell cycle analysis of the combination, was achieved arrest at the S phase and G2/M phase. In conclusion, this study highlights the important combination of HDAC inhibitors and autophagy modulators, which is a promising therapy in CCA. Keywords: Cholangiocarcinoma, HDAC inhibitors, Autophagy modulators, Combination therapy
Histon Deasetilaz İnhibitörlerinin PTEN/PI3K/AKT/mTOR Yolağı ve Kemorezistan Kolanjiokarsinoma Gelişimine Olan Etkilerinin Moleküler Düzeyde Belirlenmesi
(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2021) Helin, Sağır; Sağır, Helin; Akçok, Emel Başak Gencer; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomühendislik Ana Bilim Dalı; 01. Abdullah Gül University
Kolanjiokarsinom (CCA) agresif bir adenokarsinomdur ve ikinci en sık görülen birincil karaciğer tümörüdür. CCA gelişiminin kesin etiyolojisi hala net olarak tanımlanmamıştır. Mevcut kemoterapötik tedaviler, çoklu ilaç direnci nedeniyle etkili olmadığından, kemorezistant CCA yaygındır. Histon deasetilaz inhibitörleri (HDACis); umut verici antikanser karakteri göstermektedir ve HDAC işlevindeki düzensizlikler otofaji için önemli olan ve kemo-dirençli CCA'da bulunan yolaklar ile ilişkilidir, örneğin PTEN/PI3K/AKT/mTOR. Bu nedenle, sisplatine dirençli CCA hücre hatları ürettik ve SAHA, MS-275 ve Romidepsin yoluyla HDAC inhibisyonunun ve Nocodazol ve Klorokin ile otofaji inhibisyonunun etkisini kontrol ettik. Romidepsin ve Nocodazol'ün kombinasyon tedavisi sisplatine dirençli hücrelerin proliferasyonunu azalttı. Apoptotik analiz yapıldı ve sonuçlar erken apoptotik ve apoptotik hücre ölümündeki artışı kanıtladı. Ayrıca, hücre döngüsü analizi sonuçları, hücre döngüsünde durdurulma göstermiştir. Western blotlama ile PTEN, Histon H3 ve Asetillenmiş H3 protein ekspresyonlarını kontrol ettik. Sonuçlar, PTEN ekspresyon seviyesi ile HDAC inhibisyonu arasındaki olası ilişkiyi gösteriyordu. Direnç durumunda PTEN lokalizasyonu çok önemli olduğundan, immünofloresan boyama gerçekleştirdik ve hem hassas hem de sisplatine dirençli hücrelerde PTEN'in yerini tespit ettik. Sonuçlar, sisplatine dirençli hücrelerinde sitoplazmaya PTEN translokasyonunu gösteriyordu. Sonuç olarak, HDAC ve otofaji inhibisyonunun kombinasyon tedavisi, kemorezistan kolanjiokarsinomaya karşı umut verici bir tedavidir.
İmmunomagnetik ile Lösemi Hücrelerini Algılamak için Düşük Maliyetli Mikroakışkan Sistem Geliştirilmesi
(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2020) Akar, Ünal; İçöz, Kutay; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomühendislik Ana Bilim Dalı; 01. Abdullah Gül University
Sensör teknolojileri fiziksel özellikleri ölçülebilir sinyallere dönüştürmek için kullanılır. Özellikle yarı iletken teknolojisindeki gelişmelerle birlikte, mikroakışkan olarak bilinen yeni bir teknoloji ortaya çıktı. Mikroakışkanlar zamandan ve maliyetten tasarruf sağlayan ileri bir teknolojidir. Kimya, biyoloji, bilgi teknolojisi, optik vb. gibi farklı kullanım alanlarına sahiptir. Akut lenfoblastik lösemi kötü huylu bir kan kanseridir, özellikle B öncüllü akut lenfoblastik lösemi çocukluk döneminde çok tehlikelidir. Eğer tedaviden sonra vücut içinde az bir miktar da olsa kanser hücresi kalırsa, doktorlar bu hücreleri fiziksel ya da diğer semptomları inceleyerek tespit edemeyebilirler, bu hücreler kanserin tekrar etmesine sebep olabilir bu duruma Minimal Kalıntı Hastalığı (MRD) denir. MRD, akım sitometrisi ve genetik çalışmalar ile teşhis edilebilir. Bu tür tedavilerin de kendi sınırlamaları vardır; örneğin pahalı olması ve eğitilmiş bir personele ihtiyaç duyulması gibi. Bu proje ile amacımız lösemi hücrelerinin yüzeyindeki belirteçleri antikor ile yakalamak (CD10, CD19 ve CD45) için düşük maliyetli bir mikroakışkan sistem geliştirmektir. Yakalama için antikor kaplı manyetik boncuklar kullanılmıştır. Son adımda; manyetik ayırma işleminden sonra lösemi hücreleri altın kareler üzerinde sabitlenmiştir. Böylece, hastaların tedavi süresince verdikleri dönütleri anlamak için hücreler sayılabilmiştir.
Işık ile Çapraz Bağlanabilen Aljinat Bazlı Tannik Asit ile Güçlendirilmiş Biyomürekkep Hidrojellerin Hazırlanması ve Karakterizasyonu
(Abdullah Gül Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü, 2023) Demirci, Enes Hamdi; İşoğlu, Sevil Dinçer; Demirtaş, Tuğrul Tolga; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomühendislik Ana Bilim Dalı; 01. Abdullah Gül University
Alginate is a commonly used biopolymer in bioprinting applications. However, alginate-based bioinks have some mechanical limitations for printing purposes. Also, existing methacrylation methods are time consuming and have low methacrylation efficiencies. Based on these facts, we focused on enhancing mechanical strength of alginate within the scope of this thesis. To do this, we applied microwave irradiation during methacrylation process of alginate and compared the efficiencies between conventional and microwave irradiation. Here, we report a significantly faster and more effective method for the controlled synthesis of methacrylated alginate (Alg-MA) by microwave energy (250 W) with approximately 80% degree of methacrylation (DM) even with a very low amount of metyhacrylation agent (aminoethyl methacrylate (AEMA)). Rheological and mechanical analyses showed that Alg-MAs synthesized by microwave irradiation allowed the formation of more elastic and stronger hydrogels with very high stability than the ones synthesized by the conventional method. Additionally, we combined these hydrogels with tannic acid by a second cross-linking in order to improve their mechanical strength and tissue integration ability. Addition of TA provided hydrogels very good mechanical strength and also antibacterial characteristics towards gram-positive and gram-negative bacteria. As a conclusion, hydrogels with mechanically superior properties and antibacterial characteristics were obtained by MW-assisted methacrylation and physical cross-linking by TA.
Kanser Tedavisi için HDAC6 ve ALK'yi Hedef Alan İkili Hsp90 İnhibitörlerinin İn Siliko Keşfi
(2025) Yücel, Muhsin Samet; Akçok, İsmail; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.01. Biyomühendislik; 01. Abdullah Gül University
Isı şoku proteini 90 (Hsp90), histon deasetilaz 6 (HDAC6) ve anaplastik lenfoma kinaz (ALK), protein homeostazını ve hücresel süreçleri düzenlemedeki birbiriyle bağlantılı rolleriyle kanser araştırmalarında önemli terapötik hedeflerdir. Bu proteinlerin sitozolik kompleks içindeki etkileşimi, kanser hücresinin hayatta kalmasını ve ilerlemesini düzenlemede kritik bir rol oynar. Özellikle, güncel çalışmalar, Hsp90-HDAC6 veya Hsp90-ALK'nin eş zamanlı inhibisyonunun sinerjik etkiler üretebileceğini ve kötü huylu kanserlerle mücadele için umut verici bir terapötik potansiyel sunabileceğini vurgulamaktadır. Bu tezin amacı, hem Hsp90-HDAC6 hem de Hsp90-ALK proteinlerini inhibe edebilen potansiyel bileşikleri keşfetmektir. Bu amaçla, bir dizi in-silico hesaplama tekniği kullanıldı. Hsp90-HDAC6 bölümü için, ZINC veri tabanından benzerlik filtrasyonu ile 791 molekül ve COCONUT veri tabanından 5 kriterli Lipinski kuralı ile 361.179 bileşik Hsp90-ALK bölümü için seçildi. Seçilen ligandlar sorumlu protein yapıları üzerinde yerleştirmeye tabi tutuldu. Her iki hedefe karşı en iyi bağlanma skorlarını gösteren en iyi ligandlar, referanslarıyla birlikte daha ileri analizler için kullanıldı. Daha sonra, seçilen ligandlar üzerinde ADME tahmini ve moleküler dinamik simülasyonları gerçekleştirildi. Tüm analizlerin tamamlanmasının ardından, ayrıntılı bir in-silico değerlendirmesi, Hsp90-HDAC6 bölümünde ZINC27653366'nın ve Hsp90-ALK bölümünde CNP0264442.1'in en yüksek inhibitör potansiyelini gösterdiğini ve bunları en umut verici inhibitörler haline getirdiğini ortaya koydu.
Kolanjiyokarsinoma Proliferasyonunun Otofaji ve Hedgehog Sinyal Yolaklarının İnhibisyonu ile Azaltılması
(Abdullah Gül Üniversitesi, 2019) AKTAŞ, NİHAN; Aktaş, Nihan; Khatıb, Mona El; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomühendislik Ana Bilim Dalı; AKTAŞ, NİHAN; 01. Abdullah Gül University
Cholangiocarcinoma (CCA) is the second most common liver cancer type. The median survival rate of CCA patients is really low. Aberrant signaling pathways such as PI3K/AKT/mTOR pathway could be main drivers in CCA pathogenesis. Hedgehog (Hh) pathway is also dysregulated in several carcinomas including CCA. It regulates and crosstalks with autophagy, which is a lysosomal degradation process. There is no study showing the crosstalk between Hh pathway and autophagy in the context of CCA. Since both autophagy and Hh pathways are dysregulated in CCA, better understanding of how they crosstalk with each other and contribute to CCA pathogenesis is important. Considering this crosstalk between Hh pathway and autophagy, we conducted a combination treatment comprising Hh and autophagy pathway inhibitors in EGI-1 and TFK-1 CCA cell lines. In our study, we firstly checked anti-proliferative effects of Hh pathway inhibitor, GANT61, and different autophagy blockers using MTT and Annexin V assay and cell cycle analysis. After determination of IC30 of GANT61 (15 uM), chloroquine (25 uM for TFK-1 and 50 uM for EGI-1), and nocodazole (0.2 uM for EGI-1 and 0.4 uM for TFK-1), we conducted combination experiments. When we inhibit Hh pathway with targeting different steps of autophagy, we observed that proliferation of both EGI-1 and TFK-1 cells decreased compared to single treatments. After that, we checked the expression of autophagy-related LC3B protein and Akt, a negative regulator of autophagy, using western blotting after single treatments and combinational treatments. Based on the change in LC3B and Akt expression, we also concluded that, inhibition of autophagy with Hh pathway either induce or inhibit autophagy depends on the administered treatments. This study highlights the importance of deciphering the exact mechanisms that control autophagy in CCA, thus leading to better treatment.
Kolon Polipleri için Kolonoskopi ve Histopatoloji Görüntülerinden Yapay Zekâ Destekli Prognostik Belirteç Tespiti
(2023) Doğan, Refika Sultan; Yılmaz, Bülent; 01. Abdullah Gül University; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.01. Biyomühendislik
Dünya Sağlık Örgütü'nün 2023 yılı istatistiklerine göre kolorektal kanser dünya çapında en sık görülen üçüncü kanser türüdür ve tüm kanser vakalarının yaklaşık %10'unu oluşturmaktadır. Çoğu kolon kanseri, kolon mukozasında anormal hücre çoğalması sonucu oluşan poliplerle başlar. Kolon polipleri neoplastik ve neoplastik olmayan olarak iki türe ayrılır ve neoplastik polipler kanser potansiyele sahiptir. Kolonoskopi poliplerin tespitinde en yaygın kullanılan yöntemdir. Kolonoskopun ucundaki aletle poliplerin tespit edilip çıkarılması (polipektomi) mümkündür. Çıkarılan poliplerin neredeyse tamamının Hematoksilen ve Eozin (H&E) boyalı doku slaytları hazırlanıp patologlar tarafından mikroskop altında incelenir. Belirsizlik durumunda, kansere özgü önemli antijen (protein) ekspresyonlarını göstermek için immünohistokimyasal (İHK) analizler yapılır. Bu tezde dört ana çıktı elde edildi: İlk olarak, kolonoskopi videoları ve görüntüleri/kareleri kullanılarak polip tipi/alt tipi, evresi ve malignite potansiyelinin otomatik olarak belirlenmesi ve patoloji raporları ile İHK analiz sonuçlarının etiket olarak kullanılması araştırıldı. İkinci olarak kolonoskopi görüntülerinden, patoloji raporundan ve İHK analiz sonuçlarından elde edilen özellikler kullanılarak histopatoloji görüntülerinden kolon poliplerinin otomatik karakterizasyonu incelendi. Üçüncüsü, kanser potansiyeli gösterebilecek polip tipi/alt tipi, evresi ve olası prognostik özellikler (biyobelirteçler) istatistiksel yaklaşımlar kullanılarak analiz edildi. Son olarak Ki-67 (klon 30-9), CD34 (klon QBend/10), p53 (klon bp53-11), BRAF (klon V600E) , VEGF (klon SP125) ve PD-L1 (klon SP142) belirteçlerine ait 400'den fazla polipin kolonoskopi ve histopatoloji görüntülerini, polip tipini, lokasyonunu, evresini ve IHC analiz sonuçlarını içeren kapsamlı bir veri tabanı oluşturuldu ve bu veri tabanı oluşturuldu. açık kaynak kodlu bir depo olarak bilim camiasıyla paylaşılmaktadır.
Lösemi Hücrelerinin Hücre Yüzey Ayıraçları ile İmmünomanyetik Ayrıştırılması ve Sabitlenmesi
(Abdullah Gül Üniversitesi, 2017) GERÇEK, TAYYİBE; Gerçek, Tayyibe; İçöz, Kutay; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü; GERÇEK, TAYYİBE; 01. Abdullah Gül University
Akut Limfoblastik Lösemi, kısaca ALL, özellikle B öncüllü Akut Limfoblastik Lösemi çocukluk kanserleri arasında en yaygın olan kan malignitesidir. Löseminin farklı çeşitlerde tedavileri bulunmaktadır ancak terapiden sonra hastanın vücudunda kalan kanser hücrelerinin yüzünden yıllar içinde hastalığın tekrarlama ihtimali vardır. Fakat terapiden sonra kalan bu kanser hücreleri rutin klinik takip testlerinde görünmemektedir. Bu tarz lösemi gibi hastalıklar Minimal Kalıntı Hastalığı (Minimal Residual Disease-MRD) olarak adlandırılır. Günümüzde MRD tayini için yalnızca iki yol bulunmaktadır. Bunlar akım sitometrisi ve eş zamanlı polimeraz zincir reaksiyonudur. Birçok farklı laboratuvarda bu cihazlardan bulunmasına rağmen, cihazlar MRD tayini için kalibre olmak zorundadır. Bugünlerde MRD tayininin gerekli olduğu konusunda bir görüş birliği vardır ancak nasıl ve ne zaman yapılması gerektiği konusu yetkililer tarafından hala tartışılmaktadır. Bu projenin nihai hedefi MRD tayin edebilen bir çip üretmektir. Bu çalışmayla ise nano ve mikro boyutlarda manyetik boncuklar kullanarak lösemi hücrelerini yakalamaya çalışıyoruz. Bu manyetik boncuklar, lösemi hücrelerinin membranında bulunan CD19 ve CD45 işaretleyicileriyle kaplanmıştır. Manyetik boncuklarla hücreleri yakaladıktan sonraki adım onları yüzeye sabitlemektir. Altın yüzeyler kullanılmakta ve gerekli antikorlarla işlevsel hale getirilmektedir. Böylelikle bir immunosandviç yapısı oluşmakta ve hücreler yüzeye sabitlenmektedir.
Meme Kanseri Hedefli, Çok Fonksiyonlu, Çapraz Bağlı Misel Nanotaşıyıcıların Geliştirilmesi
(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2023) Bayram, Nazende Nur; İşoğlu, Sevil Dinçer; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomühendislik Ana Bilim Dalı; 01. Abdullah Gül University
In this thesis, we developed two different micelle-based nanocarriers, which are pH-responsive and core cross-linked micelle (CCMs), and specifically target HER2 receptor on breast cancer cells. Intracellularly degradable and stabilized micelles were prepared by core cross-linking and RAFT polymerization in the presence of an acid-sensitive cross-linker. Poly(OEGMA) and poly(SBMA) were used as shell parts of these micelles in order to compare the effect of hydrophilic coatings on nanocarrier characteristics. In the first design, we applied drug conjugation (Doxorubicin) with a cleavable linker while in the second design, we used the encapsulation method for drug loading. Targeted micelles were obtained by coupling of HER2-specific peptides (VSSTQDFP and LTVSPWY) and antibody (Herceptin) to POEGMA and poly (SBMA) based CCMs, respectively. These nanocarriers are designed to be stable in blood circulation but cleavable intracellulary to achieve controlled drug release. Nanocarriers were characterized structurally by FTIR and 1H-NMR spectroscopies for all synthesis and conjugation steps. Moreover, nanocarriers and drug-loaded formulations were investigated by Zetasizer, Nanosight, and TEM/SEM analysis. The results showed that designed nanocarriers have a very high potential for HER2-specific targeted drug release for the treatment of breast cancer. This thesis holds significant importance due to its successful demonstration of two distinct systems exhibiting high stability, pH sensitivity, and high selectivity for HER2-targeted therapy of breast cancer.

Browse

Browsing Enstitüler by Department "Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı"