Tezler

Permanent URI for this communityhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/391

Browse

Now showing 1 - 9 of 9

Biotechnological Production of Pyrazinamide Using Escherichia Coli Host Organism
(2026) Durak, Fatma; Fidan, Özkan
Tüberküloz (TB), esas olarak Mycobacterium tuberculosis (Mtb) tarafından kaynaklanan ve genellikle enfekte bir birey tarafından salınan havadaki damlacıklar yoluyla taşınan bir hastalıktır. İnsanlık yüzyıllardır TB ile mücadele etmektedir ve en ölümcül hastalıklardan biri olarak kabul edilir. Çeşitli tedavi yöntemleri bulunmaktadır ve pirazinamid (PZA) etkili anti-tüberküloz ajanlarından biridir. Günümüzde, PZA üretimi ağırlıklı olarak kimyasal senteze dayanmaktadır fakat bu üretim yaklaşımı sürdürülebilir ve çevre dostu değildir. Bu nedenle, mikrobiyal üretim yöntemleri kimyasal senteze alternatif bir yaklaşım sunmaktadır. Bu çalışmada, PZA üretimi için substrat olarak pirazin ve pirazinoik asit (POA) kullanılmış; ve üç farklı enzim aracılığıyla biyotransformasyon gerçekleştirilmiştir. Pirazinin POA'ya dönüştürülmesi için 3-oktaprenil-4-hidroksibenzoat dekarboksilaz (RpUbiD) ve flavin preniltransferaz (RpUbiX) kullanılırken, POA'nın PZA'ya dönüşümünde benzamid sentaz (SmNspN) rol oynamıştır. Bu enzimleri kodlayan genler, Gibson klonlama ve restriksiyon–ligasyon klonlama yöntemleri kullanılarak Escherichia coli (E. coli) plazmitlerine klonlanmıştır. Daha sonra, ekpres edilen proteinler SDS-PAGE ile doğrulanmış ve biyotransformasyon işlemi gerçekleştirilmiştir. Biyotransformasyon ürünlerini analiz etmek için ince tabaka kromatografisi (TLC) ve yüksek performanslı sıvı kromatografisi (HPLC) teknikleri kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre, hedef proteinlerin büyük bir kısmı çoklu optimizasyon denemelerine rağmen çözünmeyen fraksiyonlar olarak elde edilmiştir. İlk HPLC sonuçları POA ile uyumlu görünse de, sonraki analizler sinyalin muhtemelen kolon kaynaklı olduğunu göstermiştir. Pirazinin POA'ya dönüşümü doğrulanamasa da, bu sonuçlar biyodönüşüm koşullarının optimize edilmesi için bir temel oluşturmaktadır.
Biyomedikal Bilgi Tabanları Üzerinde Hesaplamalı İlaç Yeniden Konumlandırması İçin Bilgi Grafiği Temsil Yaklaşımları
(2026) Erkantarcı, Betül; Bakal, Mehmet Gökhan; Köse, Abdulkadir
Drug repositioning, or the strategy of finding new medical applications to an existing drug, is a safer and cheaper alternative to development of a new drug. The thesis constructs a unified biomedical knowledge graph by integrating biomedical information resources such as SemMedDB, repoDB, and UMLS, and presents a comprehensive evaluation of seven knowledge graph embedding models: TransE, TransH, TransR, TransD, TransF, ProjE, and RESCAL. To have a biological relevance, a semantic validation pipeline was created by refining the PubMed-based biomedical language model to an accuracy of around 96% in order to determine the plausibility of the suggested drug-disease associations. TransF had the best quantitative performance with a macro area under the precision-recall curve of 0.767, whereas ProjE produced the largest number of semantically plausible hypotheses with 14 literature-supported drug-disease pairs. Moreover, an automated update system, which leverages internet of things, is used to retrieve fresh PubMed evidence on a daily basis to update semantic plausibility scores. Altogether, the knowledge graph embeddings and semantic validation workflow showed numerous new and literature-based drug-disease relations and indicated its potential to become a strong, explainable and data-driven model in computational drug repositioning. Keywords: Computational Drug Repositioning, Knowledge Graph Embedding, Biomedical Knowledge Graph, Semantic Validation, Internet of Things
Chebyformer: Düğüm Bazlı Filtreleme ile Trafik Akış Tahmini
(2026) Kayapınar, Ahmet; Coşkun, Mustafa; Güngör, Burcu
Akıllı Ulaşım Sistemleri (AUS) için doğru trafik akışı tahmini, tıkanıklığı ve karbon emisyonlarını azaltmak için olmazsa olmaz bir kilometre taşıdır. Uzaysal-Zamansal Grafik Sinir Ağları (STGNN'ler) bu görev için standart haline gelmiş olsa da, mevcut modellerin çoğu, trafik düzenlerinin tüm trafik ağı boyunca homojen olduğunu varsayarak küresel spektral filtrelere dayanmaktadır. Bu yaklaşım, farklı sensörlerin farklı fiziksel davranışlar gösterdiği trafiğin heterofilik doğasını yakalamada başarısız olmaktadır. Bu sınırlamayı azaltmak için, bu tez yeni bir hibrit mimari olan ChebyFormer'ı önermektedir. Model, sayısal olarak kararlı spektral özellik çıkarımı sağlamak için Chebyshev-Garnoldi algoritmasını ve uyarlanabilir, düğüm bazlı spektral filtreleri öğrenmek için PolyFormer dikkat mekanizmasını entegre etmektedir. Model, iki genel veri kümesi (PeMSD4, PeMSD8) ve Kayseri'den yeni toplanan bir gerçek dünya veri kümesi üzerinde değerlendirilmiştir. Deneysel sonuçlar, ChebyFormer'ın kısa ve uzun vadeli tahminlerde Ortalama Mutlak Hata (MAE) ve Karesel Ortalama Hata (RMSE) açısından en son temel modellerden (APPNP, GPRGNN) sürekli olarak daha iyi çalıştığını göstermektedir. Öğrenilen filtrelerin ek nitel analizi, modelin farklı trafik düzenleri arasında ayrım yapma yeteneğini doğrulayarak, kentsel trafik tahmininde düğüm bazlı filtrelemenin gerekliliğini doğrulamaktadır.
Gıda Uygulamaları İçin Gümüş nanopartikül İçeren Karabuğday Nişastası Esaslı Aktif Ambalaj Malzemelerin Geliştirilmesi
(2025) Severcan, Solmaz Şebnem; Kahraman, Kevser; Aydemir, Levent Yurdaer
Sürdürülebilir ambalajlara artan talep, biyobozunur malzemelere ilgiyi artırsa da bu malzemelerin mekanik ve bariyer özellikleri plastiklerin gerisinde kalmaktadır. Bu tez çalışmasında, karabuğday nişastası ve proteini esaslı, yeşil sentezle elde edilen gümüş nanoparçacıklar (AgNP'ler) ile güçlendirilmiş aktif, biyobozunur kompozit filmler geliştirilmiş ve Kaşar peyniri ambalajlamasında uygunlukları incelenmiştir. Kompozit filmler, Yanıt Yüzey Yöntemi ile optimize edilmiştir. Optimum kompozit film, tek polimerli filmlere kıyasla daha yüksek dayanım ve daha düşük hidrofiliklik göstermesine rağmen, bariyer özelliklerinin daha da iyileştirilmesine ihtiyaç duyulmuştur. Bu nedenle, karabuğday nişastası sodyum trimetafosfat ile çapraz bağlanmıştır. Çapraz bağlı karabuğday nişastası ve karabuğday proteini içeren kompozit filmin mekanik ve bariyer özelliklerinde iyileşmeler gerçekleşmiş; çapraz bağlanmamış kompozit filme kıyasla çekme dayanımı %81 artarken (4,2 MPa'dan 7,6 MPa'a), su buharı geçirgenliği %47 azalmıştır. Sentezlenen AgNP'ler, çapraz bağlı kompozit filme %0,5-2,5 (w/w) ilave edilerek nanokompozit filmler üretilmiştir. AgNP ilavesi filmlere antimikrobiyal özellik kazandırmış, ancak yüksek konsantrasyonlar mekanik ve bariyer performansı ile biyobozunurluğunu azaltırken suya dayanımı artırmıştır. Sitotoksisite analizleri, düşük ve orta AgNP yüklemelerinin sitotoksik olmadığını, en yüksek düzeyin (%2,5) ise doza bağlı sitotoksik etki oluşturduğunu göstermiştir. Bu filmler ile ambalajlanan Kaşar peynirleri 60 gün izlenmiştir. Çapraz bağlı kompozit filmler, biyobozunur seçenekler arasında en iyi bariyer performansını sağlamış; AgNP içeren filmler ise daha yüksek nanoparçacık düzeylerinde maya, küf ve toplam aerobik mezofilik bakteri gelişimini inhibe etmiştir.
Investigation of Aurora Kinaz b as a Potential Therapeutic Target in Cancer Treatment
(2025) Özsoy, Elif Rumeysa; Türk, Sibel Sarı
Kanser, kontrolsüz hücre çoğalması ile karakterize bir hastalıktır. Geleneksel kemoterapi bir dereceye kadar başarılı olmasına rağmen, yüksek toksisite, tedavi direnci ve tekrarlama riski klinik başarıyı engellemektedir. Bu nedenle, hedefe yönelik tedavi stratejilerilerin geliştirilmesi önem arz etmektedir. Hücre döngüsü düzenleyicileri gibi belirli protein kinazların hücresel ifadelerindeki değişiklikler, kanser malignitesine katkıda bulunmaktadır. Hücre döngüsü düzenleyicilerinden biri olan Aurora Kinazlar (AURK), serin/treonin kinaz ailesine mensuptur ve insanda AURKA, AURKB ve AURKC olmak üzere üç çeşittir. AURK'lar kolorektal adenokarsinom (CRC) dahil olmak üzere çeşitli kanserlerde aşırı eksprese edilmektedir. AURKB, CRC'de klinikopatolojik parametreler ve kötü sağkalım ile ilişkilidir, ve inhibisyonu mitotik bozukluklara ve apoptoza yol açmaktadır. Bu çalışmada, seçici AURKB inhibitörlerinden BI 831266 molekülünün hem tek başına hem de sisplatinle kombine halde, DLD-1 kolorektal kanser hücreleri üzerindeki sitotoksik etkileri MTT, 2D-klonojenik sağkalım, yara iyileşme, PI hücre döngüsü ve akış sitometrik Annexin V/PI boyama ile araştırılmıştır. Kombinasyon indeksleri (CI) CompuSyn yazılımı ile hesaplanmıştır. BI 831266, 48 saatlik uygulamada DLD-1 hücre canlılığını, proliferasyonunu ve migrasyonunu baskılamış; sisplatinle uygulandığında daha güçlü sitotoksik etkiler göstermiştir. BI 831266, G2/M fazında mitotik duraklamaya ve orta düzeyde apoptoza neden olmuş; bu etkiler sisplatin ile birlikte belirgin şekilde artmıştır. Sonuç olarak, bu çalışma BI 831266'nın sisplatin ile kombine halde, DLD-1 hücrelerinde canlılık, proliferasyon, migrasyon, hücre döngüsü ve apoptoz analizlerinde additif ve sinerjistik etkiler gösterdiğini ortaya koyan literatürdeki ilk çalışmadır. Bu bulgular, gelecekteki potansiyel antikanser tedavi stratejileri için önemli bir temel sunmaktadır.
Kanser Alt Tipi Tanımlama Problemi için Bir Etiket Yayma Yaklaşımı Geliştirme
(Tubitak Scientific & Technological Research Council Turkey, 2022) Guner, Pinar; Bakir-Gungor, Burcu; Coskun, Mustafa; Güner, Pınar; Güngör, Burcu; Coşkun, Mustafa
Kanser terimi, anormal hücrelerin kontrolden çıkıp diğer dokuları istila ettiği hastalıkları tanımlamak için kullanılır. Çok sayıda kanser türü vardır ve birçok kanser türü, farklı klinik ve biyolojik etkileri olan çeşitli alt tiplere sahiptir. Bu farklılıklar, kanserin farklı alt tiplerinin tedavisi için farklı yöntemlerin izlenmesi gerektiğini göstermektedir. Kişiselleştirilmiş tıbbın geliştirilmesine yardımcı olabileceğinden, kanser alt tiplerini keşfetmek biyoinformatikte önemli bir problemdir. Kanserin alt tipinin bilinmesi, tedavi basamaklarının ve öngörünün belirlenmesinde faydalıdır. Hesaplamalı biyoinformatik yöntemler, farklı kanser alt tiplerinin ortak moleküler patolojisini ortaya çıkararak hedeflenen tedavileri tasarlamak için kanser analizi yapmaya yardımcı olur. Şimdiye kadar, kanser alt tiplerini keşfetmek veya kanseri bilgilendirici alt tiplere ayırmak için çeşitli hesaplamalı yöntemler önerildi. Ancak, mevcut çalışmalar verilerin seyrekliğini dikkate almamakta ve kötü koşullu (tersi alınamayan) çözümle sonuçlanmaktadır. Bu eksikliği gidermek için, bu tezde, uygulamalı sayısal cebir tekniklerini kullanarak kanseri alt tiplerine ayırmak için alternatif bir denetimsiz hesaplama yöntemi öneriyoruz. Daha detaylı olarak, bu etiket yayma tabanlı yaklaşımı kolon, baş ve boyun, rahim, mesane ve meme tümörlerinin somatik mutasyon profillerini sınıflandırmak için uyguladık. Sonra, yöntemimizin performansını temel yöntemlerle karşılaştırarak değerlendirdik. Kapsamlı deneyler, yaklaşımımızın, modern denetimsiz ve denetimli yaklaşımlardan büyük ölçüde daha iyi performans göstererek tümör sınıflandırma görevlerini yüksek oranda yerine getirdiğini kanıtlamaktadır.
Sürdürülebilir kompozit floresan malzemelerin tasarimi
(2026) Al-dhubhanı, Areg Khaled Abdulwasea; Erdem, Zeliha Soran
Geleneksel renk dönüştürücülerin yüksek maliyeti, toksisitesi ve sınırlı bulunabilirliği, doğal kaynaklara dayalı yeni nesil renk dönüştürücülerin geliştirilmesine dikkat çekmiştir. Bu tez, Hypericum perforatum bitkisinden elde edilen doğal biyomoleküllerin katı hâl geçişine yönelik yeni bir yaklaşım sunmakta olup, %20'nin üzerinde kuantum verimi (QY) ve %25'i aşan bir ekstraksiyon verimi elde edilmiştir. Öncelikle, tez kapsamında Hypericum perforatum bitkisinin maserasyon ve Soxhlet ekstraksiyonu olmak üzere iki farklı yöntem kullanılarak verimli bir şekilde ekstrakte edilmesine odaklanılmıştır. Ekstraktın sakkaroz matrisi içerisinde homojen bir şekilde dağılmasını sağlamak amacıyla, yeni bir yaklaşım olarak, farklı ekstrakt konsantrasyonlarını içeren triblok polimer miseller hazırlanmış ve ardından kristalize edilmiştir. Elde edilen kristaller, saçılımı azaltmak, daha homojen bir yapı oluşturmak ve LED uygulamalarına uygun taşınabilir yapılar elde etmek amacıyla, önce tozlaştırılmış ve ardından yalnızca basınç uygulanarak pelet hâline getirilmiştir. Oluşan peletlerin optik karakterizasyonları, maserasyon yöntemiyle elde edilen 0,125 mL ekstrakt kullanılarak hazırlanan örnekte (C-M5) en yüksek kuantum veriminin (yaklaşık %24) elde edildiğini göstermiştir. Bu performansa örnek LED çalışmalarında kullanılmak üzere seçilmiştir. Son olarak, C-M5 renk dönüştürücü sistemi mavi ve yeşil LED'ler ile entegre edilmiş ve yeşil LED uyarımı altında 118,44 lm/W ışınımsal ışık verimi (LER) ile (0,69, 0,31) kromatisite koordinatları, mavi LED uyarımı altında ise 112,41 lm/W LER ile (0,69, 0,31) kromatisite koordinatları elde edilerek umut verici bir performans sergilemiştir.
Üç boyutlu kültürde mezenkimal kök hücre ile diyabetik ülser iyileşmesinin moleküler temelinin ortaya çıkarılması
(2026) Öztürk, Esengül; Çalışkan, Mesude Biçer
Diyabetik ayak ülserleri (DFU), diyabetin uzun vadede oluşturduğu bir rahatsızlık türüdür ve kalıcı inflamasyona, bozulmuş anjiyogeneze ve ekstrasellüler matriks (ECM) disfonksiyonuna neden olur, hatta ampütasyon ile sonuçlanabilir. Mezenkimal kök hücrelerin (MKH) rejeneratif ve immünomodülatör yetenekleri sayesinde diyabetik yara tedavisinde güçlü stratejilerden biri olarak önerilmektedir; ancak, bu iyileşmeyi sağlayan moleküler yollar hala belirsizdir. Bu tez, NCBI-GEO veri tabanından elde edilen (GSE143735, GSE199939 ve GSE217709) transkriptomik veri kümelerinin analizini içermektedir. Birincil amaç, DFU'lar ve MKH aktivitesiyle ilişkili, farklı şekilde ifade edilen genlerin (DEG'ler) belirlenmesidir. İleri biyoenformatik analizler, temel olarak inflamatuar düzenleme ECM yeniden şekillenmesi ve anjiyogenezde rol oynayan dört çekirdek merkez genin (CXCL1, MMP9, THBS1 ve POSTN) tanımlanmasını sağladı. Bu sonuçları doğrulamak için, L929 fare fibroblastları yüksek glikoz (YG) ortamında kültürlendi. Ardından yalnızca MKH ve MKH+üç boyutlu (3B) bir kültür platformuyla tedavi edildi. HG, fibroblast fonksiyonunu ve merkez genlerin ekspresyonu inhibe ederken, MKH'ler, özellikle 3B ortamda fibroblast canlılığını ve genlerin ekspresyonunu önemli ölçüde geri kazandırdı. Genel olarak, bu çalışma, DFU'ların bir özelliği olan bozulmuş fibroblast fonksiyonuna yeni bir bakış açısı sunmakta ve 3B-MKH tabanlı sistemlerin hücresel onarım yanıtlarını etkili bir şekilde artırabileceğini göstermektedir.
Uzun Kodlanmayan rna X-Inaktif Spesifik Transkriptin (XIST) Beyin Organoidlerinde Nöroinflamasyon ve Miyelinleşmedeki Rolü
(2025) Pepe, Nihan Aktaş; Şen, Alaattin; Güner, Şerife Ayaz
X-inaktif spesifik transcript (XIST) nöroinflamasyonda rol oynayan faktörlerden biridir. Bu çalışmada XIST'nin nöronal farklılaşmada, nöroinflamasyonda, miyelinasyonda, ve terapötik cevaptaki rolü ve sonuç olarak Multipl Skleroz (MS) patojenezindeki etkisi insan serebral organoidlerinde incelenmiştir. XIST susturulmuş H9 hücrelerinden elde edilen oligodendrosit içeren insan serebral organoidler FTY720 veya DMF ile muamele edilmiştir. XIST susturulmuş grupta nöronal kök hücre, eksitatör nöron, mikroglia ve olgun oligodendrosit belirteçlerinde iki kat artış belirlenmiştir. Bununla birlikte, XIST susturulması IL-10 mRNA seviyelerini 2 kata kadar artırırken, MBP ve PLP1 seviyelerini 2,3 ve 0,6 kat etkilemiştir. XIST susturulmuş dokularda Iba1 protein ifadesi üçe katlanırken, MBP'de herhangi bir artış gözlenmemiştir. Son olarak XIST susturulmuş dokularda alfa-sinüklein konsantrasyonunun 300 pg/mL'den 100 pg/mL'ye düşmesi XIST'nin antienflamatuvar yönünü ortaya koymaktadır. Zenginleştirilmiş gen seti analizleri, XIST susturulmuş grupta farklı şekilde ifade edilen genlerin daha çok nöronal ve bağışıklık ilişkili olduğunu ortaya koymaktadır. Son olarak XIST'nin susturulmasının serebral organoidlerde enflamasyon, miyelinasyon ve nöronal büyüme ve farklılaşmada etkili olması XIST'nin MS patojenezindeki etkisini göstermektedir.

Browse

Browsing Tezler by Department "Abdullah Gül University"