Browsing by Author "İçöz, Kutay"

Now showing 1 - 15 of 15

Biyoçipler için Mikro Biyomalzemelerin ve Hücrelerin Görüntü İşleme Yöntemleri ile Otomatik Olarak Sayılması ve Analizi
(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2023) Çelebi, Fatma; İçöz, Kutay; 0000-0001-7472-8297; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Elektrik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı; 01. Abdullah Gül University; 02. 04. Bilgisayar Mühendisliği; 02. Mühendislik Fakültesi
Quantification of tumor cells is essential for early cancer detection and progression tracking. Multiple techniques have been devised to detect tumor cells. In addition to conventional laboratory instruments, several biochip-based techniques have been devised for this purpose. Our biochip design incorporates micron-sized immunomagnetic beads and micropad arrays, necessitating automated detection and quantification not only of cells but also of the micropads and immunomagnetic beads. The primary function of the biochip is to simultaneously acquire target cells with distinct antigens. As a readout technique for the biochip, this study devised a digital image processing-based method for quantifying leukemia cells, immunomagnetic beads, and micropads. Images were acquired on the chip using bright-field microscopy with image objectives of 20X and 40X. Conventional image processing methods, machine learning methods, and deep learning methods were used to analyze the images. To quantify targets in the images captured by a bright-field microscope, color- and size-based object recognition and machine learning-based methods were first implemented. Secondly, color- and size-based object detection and object segmentation methods were implemented to detect structures in bright-field optical microscope images acquired from the biochip. Third, segmentation of the minimal residual disease (MRD) using deep learning. Implemented biochip images comprised of leukemic cells, immunomagnetic beads, and micropads. Moreover, mesenchymal stem cells (MSCs) are stem cells with the capacity for multilineage differentiation and self-renewal. Estimating the proportion of senescent cells is therefore essential for clinical applications of MSCs. In this study, a self-supervised learning (SSL)-based method for segmenting and quantifying the density of cellular senescence was implemented, which can perform well despite the small size of the labeled dataset.
Elektromanyetik Levitasyon ile Çalışan Biyosensör- Mikrorobot Sistemlerinin Geliştirilmesi ve Kontrolü
(TUBİTAK, 2020) Ablay, Gunyaz; İçöz, Kutay; 0000-0003-2862-6761; 0000-0002-0947-6166; AGÜ, Mühendislik Fakültesi, Elektrik - Elektronik Mühendisliği Bölümü; Ablay, Günyaz; İçöz, Kutay; 01. Abdullah Gül University
Bu arastırma mikron seviyesinde hareket etme yetenegine sahip manyetik levitasyon ile çalısan biyosensör-mikrorobot tasarımını gerçeklestirmeye çalısmaktadır. Manyetik levitasyon teknigi, mikro/nano manyetik parçacıklar ile kuvvetlendirilmis veya paramanyetik bir ortama serpilmis biyolojik varlıkların (tümör hücresi gibi) tespitinde veya analizinde kullanılabilir. Benzer mantıkla, kontrollü manyetik levitasyon ile mikro-manyetik parçacıklar içeren mikrorobotlar gelistirilerek mikron seviyesindeki tekrarlanan çesitli görevlerin otomatik bir sekilde yapılması saglanabilir. Manyetik levitasyon tahrik sistemleri biyolojik ortamlarda zararsızdır, nahos ortam sartlarında çalısabilmektedir ve sürtünmenin etkisini minimize edebilme özelligine sahiptir. Mikrorobot teknolojisi ile minyatür parçalar belli bir hedef noktaya tasınabilir ve nahos/tehlikeli ortamlarda kurulabilirler. Bu proje, etkin ve otomatik mikro-parçacık manipülasyonu için geribeslemeli kontrol yapılarından olusan ve yatay eksende bir ve iki boyutlu manipülasyon imkanı saglayan bir elektromanyetik aktüatör tabanlı manyetik mikromanipülatör tasarımı ve uygulaması üzerine yapılmıstır. Elektromıknatıs tasarımında, uygulanan kontrol akımı ve elektromıknatıs konfigürasyonu manyetik kuvvet ve tork degerlerini belirlemektedir ve bundan dolayı en uygun, kuvvetli ve hassas bir tasarım için uygun nüve yapılarıyla beraber geribeslemeli kontrol mekanizmasının gelistirilmesine ihtiyaç vardır. Manyetik aktüatörlerin, 1 ila 10 ?m çaplı süperparamanyetik parçacık üzerinde yaklasık olarak 1 ila 25 pN kuvvet üretmesi amaçlanmıstır. Bunun için 6-8 mm boyundaki koni sekilli uca sahip nikel-demir alasımlı nüve ve 2000 bakır sarımından yapılmıs bir, iki ve dört elektromıknatıstan olusan konfigürasyonlar elde edildi. Manyetik mikromanipülatör, ilk prensipler yoluyla modellendi ve bu model yardımıyla iki farklı kontrol metodu önerildi. Ilk kontrolör ofset akım tabanlı lineer kontrolör olup modeldeki lineer olmayan terimleri dogrusallastırabilme özelligine sahiptir. Ikinci kontrolör ise integral geriadımlama tabanlı nonlineer bir kontrolör olup yumusak ve etkin kontrol akımları üretebilmektedir. Tasarlanan kontrolörlerin bir boyutta ve 2-boyutta sistemin kapalı çevrimli dinamigini kararlı hale getirdigi, hızlı geçici rejim yanıtı verdigi ve sıfır kararlı durum hatası verdigi deneysel çalısmalarla gösterilmistir. Tasarlanan elektromanyetik mikromanipülatör özellikle biyolojik ayrıstırma, tıp ve biyosensör gelistirilmesi gibi alanlarda kullanılabilecek genis bir kuvvet aralıgında çalısabilme kapasitesine sahiptir.
Esnek Kağıt Tabanlı Kapasitif Sensör Kullanarak Solunum İzleme
(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2022) Solak, İrfan; İçöz, Kutay; Hah, Dooyoung; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Elektrik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı; 01. Abdullah Gül University
Respiration is an action known to be essential and crucial for life. Unfortunately, in some cases such as illnesses and accidents various respiratory problems can be experienced. It might be difficult to maintain normal respiration for the people who have respiratory diseases. It is known that respiration monitoring of people who have respiratory problems, albeit for different reasons, is important in terms of their treatment and maintaining their life quality. Current respiration monitoring systems are expensive and bulky. Many of these systems are only available at hospitals or in laboratories. Low-cost, easy to use and portable respiratory monitoring devices are needed. Having these motivations, we aimed to monitor respiration by designing and producing a paper-based sensor that is easy to manufacture, low-cost, and highly responsive. The sensor, which is the subject of this thesis project, has potential to be used for different purposes such as measuring the humidity in the environment. In this project, we focused on designing a system for people who have respiratory problems by providing respiration monitoring data. In addition, according to the data obtained, we are able to analyze the health status of the users. Therefore, this sensor can be used both for the detection of respiration diseases and monitor the status of the patients. In this way, respiration related unhealthy situation can be detected and treated immediately.
Hedeflenen Lösemik Hücrelerin Sayımı için Görüntü İşleme Tabanlı Ölçüm Sistemi
(Abdullah Gül Üniversitesi, 2019) TAŞ, ZEHRA; Taş, Zehra; İçöz, Kutay; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Elektrik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı; TAŞ, ZEHRA; 01. Abdullah Gül University
Akut Lenfosit Lösemi (ALL) çocukluk çağında en sık görülen kanser türüdür. Bu kanserin ilerlemesi oldukça hızlıdır, bu yüzden tedavi için zaman çok önemlidir. Hastalar için ilaç tedavisi (kemoterapi), kemik iliği nakli, radyasyon tedavisi ve immünoterapi gibi bazı tedaviler vardır. Bu tedaviler arasında kemoterapi öncelikle tercih edilen bir yöntemdir, ancak sonucu hastadan hastaya farklılık göstermektedir. Hastaların iyileşmesinde ilacın dozajını ayarlamak için kemoterapinin tedaviye etkisini ölçmek çok önemlidir. Kemoterapinin etkisini ölçmek için akım sitometrisi (FC), polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve mikroskobik inceleme teknikleri kullanılır. Ancak, bu yöntemler zaman alır, pahalıdır ve uzman gerektirir. Bu tezde, sorun görüntü işleme tekniklerine dayanan otomatik bir hücre algılama ve niceleme yöntemi ile ele alınmaktadır. Optik mikroskopi ile elde edilen görüntüler işlenir ve immüno-manyetik boncuklarla yakalanan ALL hücrelerinin ölçümü sağlanır. Geleneksel yöntemlerle karşılaştırıldığında, bu teknik zaman verimli, ucuz ve kullanımı kolaydır. ALL hücrelerinin miktarının yanı sıra, biyosensörlerin sinyal büyütme metodu için projenin ilk bölümünde kullanılan manyetik boncukların belirlenmesi için görüntü işleme algoritmaları da geliştirilmiştir. Görüntüler cep telefonu mikroskopisinden hem mikroskop lamı hem de difraksiyon ızgarası tabanlı biyosensörler için elde edilmiştir. Her iki yöntemde de manyetik boncuk birikimleri gözlenmiş ve geliştirilen algoritmalar cep telefonu mikroskopu görüntülerine uygulanmıştır. Böylece, manyetik boncukların birikimleri bilgisi, görüntü işleme kullanılarak otomatik olarak elde edilmiştir.
A Horizontal Magnetic Tweezer for Single Molecule Micromanipulations
(Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc., 2018) Ablay, Günyaz; Böyük, Mustafa; Eroǧlu, Yakup; İçöz, Kutay; 01. Abdullah Gül University
Magnetic tweezers are able to manipulate cells or biomolecules for various applications and measurements. In this work, a horizontal magnetic tweezer is designed, modeled and controlled for single molecule manipulations. A method is presented for dynamic modeling of horizontal magnetic tweezers. A linear control method is designed to ensure a wide range of operation conditions with zero steady-state error. The horizontal magnetic tweezer is able to generate a wide range of piconewton scale forces on a superparamagnetic microparticle for single molecule separation, and biosensor developments. © 2019 Elsevier B.V., All rights reserved.
Image-Processing Based Signal Readout Method For MRD Biochip
(Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc., 2019) Uslu, Fatma; İçöz, Kutay; Taşdemir, Kasím; 01. Abdullah Gül University
The response of the cancer patients to chemotherapy treatment varies from person to person. For some patients cancer cells are resistant to treatment and these cells can relapse again which is known as minimal residual disease. A microfluidic-based biochip capable of monitoring minimal residual disease is under development by our research group. The role of the biochip is to capture the target cells, which were separated by immunomagnetic beads on micro square tiles. Then biochips are imaged using a bright field optical microscope and it is planned to perform image-processing methods to detect the target cells, immunomagnetic beads and micro tiles. In this work the current progress of image processing methods for differentiating the immunomagnetic beads and micro tiles is presented. © 2020 Elsevier B.V., All rights reserved.
İmmunomagnetik ile Lösemi Hücrelerini Algılamak için Düşük Maliyetli Mikroakışkan Sistem Geliştirilmesi
(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2020) Akar, Ünal; İçöz, Kutay; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomühendislik Ana Bilim Dalı; 01. Abdullah Gül University
Sensör teknolojileri fiziksel özellikleri ölçülebilir sinyallere dönüştürmek için kullanılır. Özellikle yarı iletken teknolojisindeki gelişmelerle birlikte, mikroakışkan olarak bilinen yeni bir teknoloji ortaya çıktı. Mikroakışkanlar zamandan ve maliyetten tasarruf sağlayan ileri bir teknolojidir. Kimya, biyoloji, bilgi teknolojisi, optik vb. gibi farklı kullanım alanlarına sahiptir. Akut lenfoblastik lösemi kötü huylu bir kan kanseridir, özellikle B öncüllü akut lenfoblastik lösemi çocukluk döneminde çok tehlikelidir. Eğer tedaviden sonra vücut içinde az bir miktar da olsa kanser hücresi kalırsa, doktorlar bu hücreleri fiziksel ya da diğer semptomları inceleyerek tespit edemeyebilirler, bu hücreler kanserin tekrar etmesine sebep olabilir bu duruma Minimal Kalıntı Hastalığı (MRD) denir. MRD, akım sitometrisi ve genetik çalışmalar ile teşhis edilebilir. Bu tür tedavilerin de kendi sınırlamaları vardır; örneğin pahalı olması ve eğitilmiş bir personele ihtiyaç duyulması gibi. Bu proje ile amacımız lösemi hücrelerinin yüzeyindeki belirteçleri antikor ile yakalamak (CD10, CD19 ve CD45) için düşük maliyetli bir mikroakışkan sistem geliştirmektir. Yakalama için antikor kaplı manyetik boncuklar kullanılmıştır. Son adımda; manyetik ayırma işleminden sonra lösemi hücreleri altın kareler üzerinde sabitlenmiştir. Böylece, hastaların tedavi süresince verdikleri dönütleri anlamak için hücreler sayılabilmiştir.
Citation - Scopus: 2
Improving Short-Term Memory Performance of Healthy Young Males Using Alpha Band Neurofeedback
(International Society for Neurofeedback and Research, 2019) Gökşin, Barış; Yilmaz, Bulent; İçöz, Kutay; 01. Abdullah Gül University
To examine whether it was possible to improve short-term memory performance of healthy participants by increasing relative alpha band power (7–11.5 Hz) using neurofeedback, we first converted a commercial EEG device (EmotivEpoc) to a neurofeedback tool and collected data from 11 healthy Turkish male graduate students in five neurofeedback sessions. Before and after neurofeedback training, a memorization task using 10 English words and their Turkish meanings was applied to all participants. The results indicated that 6 out of 11 participants were able to enhance their relative alpha band power with respect to other bands in the frequency spectrum during neurofeedback sessions. Although there was no obvious improvement in their short-term memory performance, we may conclude that neurofeedback training was beneficial for the participants to focus their minds consciously. However, it is not easy to mention that neurofeedback training certainly improved or was irrelevant with short-term memory performance. This study is important in the sense that for such a focused group the use of a commercial, customized low-cost EEG device was shown to be feasible for neurofeedback training sessions. © 2019 Elsevier B.V., All rights reserved.
Kağıt Tabanlı Magnetoforetik Sensör Geliştirilmesi
(Abdullah Gül Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2022) FAROOQI, MUHAMMAD FUAD; Farooqi, Muhammad Fuad; İçöz, Kutay; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Elektrik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı; 01. Abdullah Gül University
One of the widely used type of biosensors are paper-based lateral flow systems. They are used to detect a wide variety of biomolecules like microorganisms, proteins, chemicals, oligonucleotides among many others. In this research, a setup was created using dual magnet sets in which the flow of cell sample on two kinds of different sample paper was explored. There were two factors which affected the movement of the sample the most, the magnetic field and the wetting. Images were obtained using a cell phone along and/or a bright field optical microscope and then analyzed using image processing. Images were also taken using scanning electron microscope. The effects of the wetting and the magnetic field were tested and studied. It was found that at least 90% of the cells were able to reach the edge of the paper. Although the cells were not able to maintain their shape on the paper due to the unideal conditions of the paper for cells but still this kind of paper-based lateral flow assay setup can be used for cells to see their behavior when they were labelled and exposed to a magnetic field. This research shows support that this technique can be used for separating cells as well as detecting different cells.
Lösemi Hücrelerinin Hücre Yüzey Ayıraçları ile İmmünomanyetik Ayrıştırılması ve Sabitlenmesi
(Abdullah Gül Üniversitesi, 2017) GERÇEK, TAYYİBE; Gerçek, Tayyibe; İçöz, Kutay; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü; GERÇEK, TAYYİBE; 01. Abdullah Gül University
Akut Limfoblastik Lösemi, kısaca ALL, özellikle B öncüllü Akut Limfoblastik Lösemi çocukluk kanserleri arasında en yaygın olan kan malignitesidir. Löseminin farklı çeşitlerde tedavileri bulunmaktadır ancak terapiden sonra hastanın vücudunda kalan kanser hücrelerinin yüzünden yıllar içinde hastalığın tekrarlama ihtimali vardır. Fakat terapiden sonra kalan bu kanser hücreleri rutin klinik takip testlerinde görünmemektedir. Bu tarz lösemi gibi hastalıklar Minimal Kalıntı Hastalığı (Minimal Residual Disease-MRD) olarak adlandırılır. Günümüzde MRD tayini için yalnızca iki yol bulunmaktadır. Bunlar akım sitometrisi ve eş zamanlı polimeraz zincir reaksiyonudur. Birçok farklı laboratuvarda bu cihazlardan bulunmasına rağmen, cihazlar MRD tayini için kalibre olmak zorundadır. Bugünlerde MRD tayininin gerekli olduğu konusunda bir görüş birliği vardır ancak nasıl ve ne zaman yapılması gerektiği konusu yetkililer tarafından hala tartışılmaktadır. Bu projenin nihai hedefi MRD tayin edebilen bir çip üretmektir. Bu çalışmayla ise nano ve mikro boyutlarda manyetik boncuklar kullanarak lösemi hücrelerini yakalamaya çalışıyoruz. Bu manyetik boncuklar, lösemi hücrelerinin membranında bulunan CD19 ve CD45 işaretleyicileriyle kaplanmıştır. Manyetik boncuklarla hücreleri yakaladıktan sonraki adım onları yüzeye sabitlemektir. Altın yüzeyler kullanılmakta ve gerekli antikorlarla işlevsel hale getirilmektedir. Böylelikle bir immunosandviç yapısı oluşmakta ve hücreler yüzeye sabitlenmektedir.
Manyetik Parçacıkların Kullanıldığı Biyosensörlerde Mikro/Nano Demir Parçacıklar Kullanarak İşaret Arttırma Ve Hassasiyeti Geliştirme
(TUBİTAK, 2016) İçöz, Kutay; 0000-0002-0947-6166; AGÜ, Mühendislik Fakültesi, Elektrik - Elektronik Mühendisliği Bölümü; İçöz, Kutay; 01. Abdullah Gül University
Bu projenin amacı öncelikle kameralar ile görüntü kayıt etme esasına dayalı veya lazer ile kırınım tabanlı ölçme sistemlerinde uygulanabilecek mikro/nano demir parçacıklar yardımıyla manyetik parçacıklardan elde edilecek sinyallerin kuvvetlendirilmesidir. Biyomoleküller ve mikro/nano parçacıklar kullanarak hedef molekülden elde edilecek isareti kuvvetlendirme çesitli metotlarla gerçeklestirilmektedir. Halihazırdaki bu teknikler biyomoleküllerin etkilesimi esasına dayanmakta olup pahalı olma, sıcaklık ve pH degerlerine baglı olma gibi bazı dezavantajları bulunmaktadır. Bu projede amaç bahsedilen dezavantajlara sahip olmayan ferromanyetik/paramanyetik parçacıkları ve demir mikro/nano parçacıkları beraber kullanarak yeni bir isaret kuvvetlendirme teknigi gelistirmektir. Ferromanyetik/paramanyetik parçacıklar hedefi yakalama, ayrıstırma ve hareket ettirmek için kullanılacakken üzerlerine uygulanan manyetik alan nedeni ile manyetik hale gelirler. Ortama eklenecek demir parçacıkları ferromanyetik/paramanyetik parçacıklara manyetik olarak baglanarak ve onlardan elde edilecek kütle ölçümü, görüntü kaydı gibi ölçüm metotlarında hedef molekülden elde edilen isareti kuvvetlendirerek hassasiyeti arttırmıstır. Yapılan ölçümler ile hedefi yakalamıs tek bir manyetik parçacık için minimum 3 kat maksimum 60 kat isaret artırımının mümkün oldugu gösterilmistir.
Micro Manyetik ve Parçacıklarının Manipülasyonuna Yönelik Sistem Tasarımı
(Abdullah Gül Üniversitesi, 2018) BÖYÜK, MUSTAFA; Böyük, Mustafa; İçöz, Kutay; Ablay, Günyaz; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Elektrik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı; BÖYÜK, MUSTAFA; 01. Abdullah Gül University
Manyetik cımbızlar çeşitli uygulamalar ve ölçümler için hücreleri veya biyomolekülleri manipüle edebilir. Tek moleküllü manipülasyonlar için bir elektromanyetik mikro manipülatör tasarlandı, modellendi ve kontrol edildi. Elektromanyetik cımbız mikron boyutlu süperparamanyetik parçacıkları uygun kontrol mekanizması yardımıyla kontrol edebilir. Bu parçacıklar, hedef biyomoleküllerin yakalanması için reseptörler ile fonksiyonel hale getirilebildiğinden dolayı yüklü partiküller harici bir manyetik alan kullanılarak belirli bir yere taşınabilirler. Manyetik tek kutup ve manyetik devre yaklaşımları, manyetik sistemin dinamik denklemini modellemek için bu çalışmada kullanıldı. Ofset akım tabanlı geri besleme ile doğrusallaştırma yaklaşımı bir kontrolör tasarlanarak, sıfır kararlı-durum hatasıyla geniş çalışma koşulları sağlandı. Tek parçacığın konumunu bulmak için görüntü tabanlı algoritma geliştirilmiştir. Türetilmiş model ve kontrol sistemini doğrulamak için sayısal simülasyonlar yapılır. Tasarlanan manyetik sistem, 1 ila 10 mikrometre çapındaki manyetik bir parçacığı 1 amperden az bir akımla kontrol etmek için 1-100 pN arasında kuvvet uygulayabilmektedir. Manyetik yönlendirici sistemi, tek hücre ayrımı, ve biyosensör gelişmeleri için kullanılabilir.
Mikro Nano Manyetik Parçacıkları Kullanarak Biyosensörlerin Hassasiyetini İyileştirme
(Abdullah Gül Üniversitesi, 2016) OMARY MUSTAFA, MZAVA; Mzava, Omary Mustafa; İçöz, Kutay; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Elektrik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı; OMARY MUSTAFA, MZAVA; 01. Abdullah Gül University
Halihazırda, manyetik boncuklar gibi mikro/nano parçacıklar sadece biyosensörlerden sinyal elde etmek için değil, aynı zamanda biyosensörlerden elde edilen sinyalleri güçlendirmek için de kullanılmaktadır. Hem algılama hem de işaret artırımı için çoğunlukla antikor-antijen bağlanması gibi biyomoleküllerin etkileşimi esasına dayalı bağlanmalar kullanılır. Bu biyomoleküler bağlanma olayı bir çok dezavantaja sahiptir. Biyomoleküler bağlanma pH ve sıcaklık gibi ortam şartlarına karşı hassastır, bağlanma için kullanılan etiketler pahalıdır ve moleküler bağlanma fazla zaman alabilir. Bu tez çalışmasında, manyetik mikro/nano parçacıkların manyetik etkileşimine dayandırılan ve hiçbir biyomoleküler kaplama gerektirmeyen kısa sürede ve düşük maliyetli sinyal kuvvetlendirme yöntemi geliştirilmiştir. Dış manyetik alana maruz bırakılan manyetik parçacıklar manyetize olurlar ve bu parçacıklar etraflarında bölgesel bir manyetik alan oluşturarak, birbirlerini çekerler. Bu kontrol edilebilen manyetik etkileşim ve topaklanma, optik mikroskoplar ile elde edilen görüntülerdeki piksel alanının veya renk kontrastının yoğunluğundaki değişimler ölçülerek analiz edilebilir. Manyetik alan altındaki manyetik parçacıkların topaklanma dinamikleri teorik ve deneysel olarak irdelenmiştir ve bu yöntemin Escherichia Coli 0157:H7 bakterisine bağlanmış manyetik boncuklara uygulaması gösterilmiştir. Son olarak, bu sinyal kuvvetlendirme yöntemi akış kanalıyla birleştirilmiş ve model hedef protein olarak streptavidinin algılanması gösterilmiştir. Akış kanalı içerisindeki altın yüzey üzerine sabitlenmiş mikro/nano parçacıklar, bu sıvı içerisinde hareket eden demir parçacıkları zincir şeklinde toplar. Manyetik alanda oluşturulan bu topaklanmalar görüntülerin Kontrast Gürültü Oranını artırmak için kullanılır ve böylece elde edilen işaret 6-8 kat artırılır.
Optik Saçılma Temelli Rastgele Orman Destekli Parçacık Tespiti ve Sınıflandırılması
(Abdullah Gül Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü, 2023) Genç, Sinan; Genç, Sinan; İçöz, Kutay; Erdem, Talha; 0000-0002-6909-723X; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Elektrik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı; 01. Abdullah Gül University; 02. Mühendislik Fakültesi; 02.05. Elektrik & Elektronik Mühendisliği
Microplastics, tiny plastic particles with sizes smaller than 5 mm., are often found in oceans, rivers, lakes, and atmosphere due to plastic pollution. Microplastics releasing toxic chemicals threaten the environment and harm the aquatic life and humans. Especially, the accumulation of microplastics can have detrimental effects on the food chain as a result of larger organisms consuming smaller organisms. Detecting the microplastics is crucial but also challenging. Over the years, researchers have developed different detection methods. One of the standard methods is using spectroscopy tools such as Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR) and Raman spectroscopy. These techniques can identify the chemical composition of microplastics, which can help determine their sources and potential impacts. Another method is the use of microscopy, which allows for the visualization and counting of microplastics in samples. However, these techniques require costly infrastructure, and these instruments being large in size significantly limits the mobility. As a remedy to the cost and mobility problems, in this thesis, we propose and demonstrate a low-cost, portable system to detect size, concentration, and refractive index of microplastics. Our system comprises of low-cost and low-weight components which are utilized for recording the scattering patterns of microplastics in aqueous media. We demonstrate successful predictions of the size and refractive index of microparticles at a given wavelength using a Random Forest Algorithm which relates the measured scattering pattern with the Mie theory. We further employ the refractive index information at various wavelengths for determining the material type of microplastics. We believe that our proposed system enabling an easy, fast, low-cost, and on-site detection of microplastics will be a beneficial tool for the fight against microplastics in the environment.
Citation - WoS: 7
Citation - Scopus: 12
Use of Topological Data Analysis in Motor Intention Based Brain-Computer Interfaces
(European Signal Processing Conference, EUSIPCO, 2018) Altindis, Fatih; Yilmaz, Bulent; İçöz, Kutay; Borisenok, S.; 01. Abdullah Gül University; 02. Mühendislik Fakültesi; 02.05. Elektrik & Elektronik Mühendisliği
This study aims to investigate the use of topological data analysis in electroencephalography (EEG) based on brain-computer interface (BCI) applications. Our study focused on extracting topological features of EEG signals obtained from the motor cortex area of the brain. EEG signals from 8 subjects were used for forming data point clouds with a real-time simulation scenario and then each cloud was processed with JPlex toolbox in order to find out corresponding Betti numbers. These numbers represent the topological structure of the point data cloud related to the persistent homologies, which differ for different motor activity tasks. The estimated Betti numbers has been used as features in k-NN classifier to discriminate left or right hand motor intentions. © 2019 Elsevier B.V., All rights reserved.