Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi

Permanent URI for this communityhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/39

Browse

Browsing Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi by Language "eng"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 5 of 5
  • Thumbnail Image
    Other
    Akut Myeloid Lösemi Tedavisi için Hedgehog Ve Otofaji Yolaklarının Düzenlenmesi
    (TUBİTAK, 2019) EL KHATIB, Mona; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; EL KHATIB, Mona; 01. Abdullah Gül University
    Akut myeloid lösemi (AML) çeşitli moleküler aberasyonlar ve sinyal yolaklarındaki bozuklukları_x000D_ içeren klonal hastalıklar ile karakterize edilen bir grup heterojen malignanttır. Hedgehog (HH)_x000D_ sinyal yolağı birçok kanserde deregüle edilen evrimsel olarak korunan bir sinyal yolağıdır. HH_x000D_ sinyal yolağı lizozomal degradasyon prosesi otofajinin temel regülatörü olan PI3K/AKT/mTOR_x000D_ aksesini de içeren diğer sinyal yolakları ile karşılıklı iletişim halindedir. Bu sinyal yolakları_x000D_ AML’de deregüle edilmiştir. Birçok çalışmada otofajinin AML için bir kaçış mekanizması_x000D_ olabileceği ortaya konulmuştur. Bizim çalışmamızda, HH ve otofaji yolaklarının farklı AML_x000D_ türleri üzerine etkileri incelenmiştir. Çalışmamızda KML hücresi olan K562 ve CMK, MV4-11,_x000D_ MOLM-13 ve NB4 AML hücreleri GLI1 inhibitörü GANT61 ve farklı otofaji modülatörleri ile_x000D_ muamele edilmiştir.MTT sonuçları NB4, MOLM-13 ve MV4-11hücre proliferasyonun GLI_x000D_ inhibisyonu sonrasında düştüğünü ancak CMK’nin diğer AML hücre hatlarına kıyasla GLI_x000D_ inhibisyonuna daha az sensitif olduğunu ortaya koymuştur. Daha sonra, otofaji_x000D_ modülasyonunun farklı AML hücre hatlarının proliferasyonu üzerine etkileri incelenmiştir._x000D_ Otofajinin gerek otofagozom-lizozom füzyonu aşamasında gerekse otofagolizozomal_x000D_ degradasyon aşamasında inhibisyonunun ilaç konsantrasyonu ve muamele süresine bağlı_x000D_ olarak AML sağkalımını azalttığı gözlemlenmiştir. Otofaji modülatörleri ve GANT61’in_x000D_ kombinasyonunun MOLM-13 hücre hattı üzerinde sinerjistik bir etkisinin olduğu fakat CMK_x000D_ hücre hattı üzerinde sinerjistik etkisinin olmadığı gözlemlenmiştir. GANT61 muamelesinin AML_x000D_ hücre hatlarında otofajiyi artırdığı LC3II ekspresyonu ile western blot yöntemi ile ortaya_x000D_ konulmuştur. Buna ek olarak, kombinasyonun MOLM-13 hücresinde LC3II’yi artırdığı_x000D_ gözlenirken, bu oran CMK hücre hattında daha düşüktür. AKT proteinin ekspresyonu ilaca ve_x000D_ hücre hattına gore farklılık göstermektedir. Sonuç olarak, HH ve otofaji sinyal yolaklarının_x000D_ hedeflenmesi MOLM-13 hücre hattı için umut vaatedici bir terapi iken, CMK hücre hattında_x000D_ benzer sonuçlara ulaşılamamıştır.
  • Thumbnail Image
    Conference Object
    Ceramide is a key factor that regulates the crosstalk between TGF-beta and sonic hedgehog signaling at the basal cilia to control cell migration and tumor metastasis
    (ELSEVIER SCI LTDTHE BOULEVARD, LANGFORD LANE, KIDLINGTON, OXFORD OX5 1GB, OXON, ENGLAND, 2016) Gencer, Salih; Ogretmen, Besim; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; Gencer, Salih; 01. Abdullah Gül University
    Ceramide is a key factor that regulates the crosstalk between TGF-beta and sonic hedgehog signaling at the basal cilia to control cell migration and tumor metastasis
  • Thumbnail Image
    Article
    The Joubert syndrome protein CEP41 is excluded from the distal segment of cilia in C. elegans
    (2021) Sebiha Cevik; Oktay I Kaplan; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü; Cevik, Sebiha; Kaplan, Oktay I.; 01. Abdullah Gül University; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.02. Moleküler Biyoloji ve Genetik; 04.01. Biyomühendislik
    Rare diseases are a fundamental issue in today's world, affecting more than 300 million individuals worldwide. According to data from Orphanet and OMIM, about 50-60 new conditions are added to the list of over 6,000 clinically distinct diseases each year, rendering disease diagnosis and treatment even more challenging. Ciliopathies comprise a heterogeneous category of rare diseases made up of over 35 distinct diseases, including Joubert syndrome (JBTS; OMIM 213300), that are caused by functional and structural defects in cilia. JBTS is an autosomal recessive condition characterized by a range of symptoms, including cerebellar vermis hypoplasia and poor muscle tone. There are now a total of 38 genes that cause JBTS, almost all of which encode protein products that are found in cilia and cilia-associated compartments, such as the basal body and transition zone. CEP41 is a JBTS-associated protein that is found in cilia and the basal body of mammals, but its localization in other ciliary organisms remains elusive. C. elegans is an excellent model organism for studying the molecular mechanisms of rare diseases like JBTS. We, therefore, decided to use C. elegans to identify the localization of CEP41. Our microscopy analysis revealed that CEPH-41(CEntrosomal Protein Homolog 41) not only localizes to cilia but is excluded from the distal segment of the amphid and phasmid cilia in C. elegans. Furthermore, we discovered a putative X-box motif located in the promoter of ceph-41 and the expression of ceph-41 is regulated by DAF-19, a sole Regulatory Factor X (RFX) transcription factor.
  • Thumbnail Image
    Conference Object
    A novel signaling pathway that governs tumor metastasis: ceramide regulates direct crosstalk between TGF-beta and sonic hedgehog signaling
    (WILEY111 RIVER ST, HOBOKEN 07030-5774, NJ, 2016) Gencer, Salih; Ogretmen, B.; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; 01. Abdullah Gül University
    A novel signaling pathway that governs tumor metastasis: ceramide regulates direct crosstalk between TGF-beta and sonic hedgehog signaling
  • Thumbnail Image
    Article
    Subcellular localization of the voltage-gated K+ channel EGL-36 , a member of the KV3 subfamily, in the ciliated sensory neurons in C. elegans
    (2021) Sebiha Cevik; Oktay I Kaplan; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü; Cevik, Sebiha; Kaplan, Oktay I.; 01. Abdullah Gül University; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.02. Moleküler Biyoloji ve Genetik; 04.01. Biyomühendislik
    Delineated as the first cellular organelle in 1675 by Antonie van Leeuwenhoek, cilia did not receive much attention until the 2000s, when it became apparent that cilia played a key role in the development of embryos, a variety of signaling pathways. Therefore, collective efforts by many scientists have led to the identification of many novel ciliopathy and cilia genes, while we are still far from disclosing the complete components of cilia.Here we used the ciliated sensory neurons in C. elegans as a model system that revealed the voltage-gated K+ channel EGL-36 (a member of the Shaw subfamily) as a new component associated with cilia. The confocal microscopy examination of fluorescence tagged EGL-36 together with ciliary (IFT-140) or transition zone (MKS-6) markers reveal that EGL-36 is only expressed in subsets of the ciliated sensory neurons, where it partially overlaps with the basal body signals and predominantly localizes to the periciliary membrane compartment. This expression pattern along with studies of egl-36 gain-of-function variants indicates that egl-36 is not essential for ciliogenesis in C. elegans. Our data identify the voltage-gated K+ channel EGL-36 as a new cilia-associated protein, and future studies should reveal the functional significance of EGL-36 in cilia biogenesis.