Enstitüler

Permanent URI for this communityhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/391

Browse

Now showing 1 - 6 of 6

Potansiyel Gen Dağıtımı Uygulamaları için Poegma ve Sistaminle Modifiye Plazmit DNA'lar İçeren Polimerik Konjugatlar
(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2024) Yıldız, Gizem; İşoğlu, İsmail Alper; İşoğlu, Sevil Dinçer
Polymer-based gene delivery systems have revealed significant advancements in the treatment of various diseases in recent years. Considering the potential of polymeric vectors, it is observed that the improvements in the field of gene therapy enable effective gene transfection and induced therapeutic protein production. In this thesis study, a strategy based on a new conjugation procedure is designed to increase the gene transfer and cellular uptake rate of plasmid DNAs. According to the findings, POEGMA-based carrier and cystamine-modified plasmid DNAs demonstrated successful conjugation through disulfide bond formation. MDA-MB-231 in vitro cellular uptake results of conjugates showed 94-98% cell internalization, indicating excellent results compared to the well-known polymers in the literature. As a result, the new delivery system we developed in this study determined the success of cystamine-modified plasmid DNAs binding to POEGMA polymer chains via a covalent linkage for the first time in the literature and provided a start for future studies.
Escherichia Coli Konak Organizmada GLP-1 Analoğunun Rekombinant Üretimi
(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2024) Çalış, Burak; Fidan, Özkan
Diabetes is the most serious metabolic disorder correlated with obesity, hypertension and cardiovascular conditions. High prevalence of Type II Diabetes Mellitus (T2DM) indicates the need for new medication development. In developing therapeutics, higher efficiency and fewer adverse effect features are targeted primarily. Recombinant protein-based biotechnological drug molecules have been developed and used for the treatment of T2DM. Especially, GLP-1 analogues are known by their self-limiting mechanism and insulinotropic effect. In this study, a novel GLP-1 analogue with increased stability and efficiency is produced using recombinant E. coli. The expression plasmid was constructed and confirmed by restriction digestion and whole plasmid sequencing. Then, itwas transformed into various E. coli strains followed by optimized lysis, growth and expression conditions to maximize the yield of the GLP-1 analogue. Various parameters such as pre-induction time, induction point, induction IPTG concentration and post-induction temperature were tested for the succesfull expression with maximum yield. Consequently, it was achieved that E. coli BL21(DE3) as strain, 0.2 mM IPTG induction at OD600nm of 0.6 and 18 °C overnight post-induction growth was the most promising conditions. Under these conditions, the GLP-1 analogue was obtained in the insoluble fraction. Following protein analysis and purification, quantification was performed and the highest titer of GLP-1 analogue was measured as 626 µg/ml. As future prospect, using another host organism and changing growth conditions can provide obtaining target protein in the soluble form. Keywords: T2DM, GLP-1 analogue, recombinant DNA technology, protein expression, E. coli
Fabrication and Characterization of Hemostatic Chitosan Gelatin Cryogel Containing Verbascum Thapsus Extract and Investigation of Hemostatic Effect
(2025) Uzuner, Hacernur; İşoğlu, İsmail Alper
Kanama, insan yaşamı için en büyük tehditlerden biridir ve travma ölümlerinin yaklaşık %40'ına sebep olur. Farklı polimerlerin kombinasyonundan oluşan yeni ve biyoaktif hemostatik biyomalzemeler son yıllarda büyük ilgi görmeye başlamıştır. Bu çalışmada, Verbascum thapsus özütü içeren hemostatik kitosan/jelatin kriyojel üretilerek, morfolojik, kimyasal ve biyolojik olarak karakterize edilmiştir ve in vitro araştırılmıştır. Kriyojeller özgün gözenekli yapısı, hızlı sıvı absorpsiyonu ve hücre infiltrasyon özellikleri nedeniyle hemostatik uygulamalar için oldukça uygundur. Kitosan ve jelatin fonksiyonel grupları aracılığıyla trombosit yapışmasını ve agregasyonunu artırırken, VT özütünün kullanımı, içeriğindeki bileşenlerle biyoaktivitesi artarak pıhtı oluşumunu hızlandırarak kanama süresini kısaltır. SEM ile 225 ile 478 µm arasındaki ortalama gözenek çaplarına sahip, birbirine bağlı, makro gözenekli yapı gözlemlendi. Kriyojeller %3500'lük yüksek oranlarda şişme gösterdi. V. thapsus içeren kriyojeller, E. coli'ye karşı %89'a ve S. aureus'a karşı %78'e kadar bakteriyel inhibisyon gösterdi. Kriyojellerin hücre canlılığı bir insan fibroblast hücre hattı ile test edildi. Kriyojellerin kan uyumluluğu %1'lik hemoliz oranı ile kanıtlandı. V. thapsus özütünün hemostatik aktivitesi in vitro tam kan pıhtılaşma testi ile araştırıldı. Kitosan/jelatin kriyojellerin kan pıhtılaşma indeksi (BCI), V. thapsus özütü eklenerek 11,9'dan 6,5'e düşürüldü ve pıhtılaşma süresi azaltıldı. V. thapsus özütü içeren kitosan/jelatin kriyojeller, kontrolsüz kanama uygulamaları için büyük hemostatik potansiyel gösterdi.
Akut Miyeloid Lösemide SYK Enziminin Hedeflenmesi: Bi 1002494'ün In Silico İlaç Yeniden Konumlandırımı ve İşlevsel Doğrulaması
(2025) Tekden, Şevket Oğuzhan; Akçok, Emel Başak Gencer; Akçok, İsmail
Akut miyeloid lösemi (AML), kemik iliğindeki miyeloid hücrelerin denetimsiz biçimde büyümesi ve çoğalmasıyla tanımlanan bir kan kanseri türüdür. Sağaltım için radyoterapi gibi yöntemlere başvurulsa da bunların sınırlı başarı oranlarına iye olması, başka hedefe yönelik sağaltım çalışmalarını zorunlu kılmaktadır. AML ile ilişkili olduğu bilinen dalak tirozin kinaz (Syk) enzimi hücre içi sinyal iletiminde önemli bir enzimdir. Syk'de oluşabilecek bozukluklar, AML'nin ortaya çıkması üzerinde oldukça etkilidir. Bu nedenle Syk odaklı kullanılan inhibitörler AML açısından umut vericidir. Çalışmada opnMe veri tabanındaki aday molekül üzerinde in silico moleküler kenetleme gerçekleştirilmiş ve yüksek bağlanma eğilimi gösteren 'BI 1002494' Syk inhibitörü seçilerek, hedefe yönelik bir 'ilaç yeniden konumlandırma' gerçekleştirilmiştir. Syk'nin katalitik bölgesi, Escherichia coli bakterilerinde rekombinant olarak üretilmiş ve His-işaretli Ni-NTA afinite kromatografi yöntemi ile katalitik bölge saflaştırılmıştır. Saflaştırılan proteinin varlığı Western Blot (WB) yöntemiyle doğrulanmış ve Termal Kayma Deneyi (TSA) ile inhibitörün protein üzerindeki moleküler düzeyde etkileri araştırılmıştır. Hücresel etkinlik tespiti için, MOLM-13 ve K562 hücre hatlarında MTT sitotoksisite deneyleri gerçekleştirilmiş, BI 1002494'ün hücre çoğalmasını baskıladığı, elde edilen verilerin FDA onaylı Syk inhibitörü R406 ile benzer düzeylerde olduğu gözlemlenmiştir. Sonuçlar, BI 1002494'ün AML'ye karşı olası sağaltıcı bir Syk inhibitörü olduğunu göstermektedir. Bu çalışma, ilaç yeniden konumlandırma kapsamında hedefe odaklı, bilgisayar tabanlı sağaltım yaklaşımlarına değerli katkılar sunmaktadır.
İn Siliko Analizlerle Yeni Patojenik Varyantlar Bulmak
(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2022) Zorluer, Ziya Furkan; Kaplan, Oktay İsmail
Inherited diseases are health problems caused by one or more abnormalities in the genome. It can be caused by changes in a single gene (monogenic) or multiple genes (polygenic), or by a damage on chromosomes. Genetic variation is the differences in the DNA sequences that can be observed within a species or in alleles. Evaluation of genetic variants, together with reported phenotypic or pathogenic annotations from non-human organisms, facilitates the comparison of these variants with their human counterparts. In this work, we combined pathogenic and phenotypic annotations with variants, and these phenotypic orthologous variants from seven organisms can provide clues to the functional consequences of human genetic variants.
Kanserin Moleküler Mekanizmalarını Aydınlatmak için Multi-Omik Verilerin Entegrasyonu: Meme Kanseri Alt Tip Tanımlaması Üzerine Bir Vaka Çalışması
(2023) Yazıcı, Miray Ünlü; Güngör, Burcu
Gelişmiş genomik ve moleküler profilleme teknolojileri, kanser gelişimi ve ilerlemesinin arkasındaki düzenleyici mekanizmaların aydınlatılmasını hızlandırmış ve hedefe yönelik tedavilerin geliştirilmesini kolaylastırmıştır. Bu bağlamda, omik veri türleri arasındaki olası sistematik bağlantıların ve bunların tümör ilerlemesine katkılarının çözümlenmesi oldukça önemlidir. Bu tezde, meme kanserinde (BRCA) genomik ve epigenetik faktörlerin aydınlatılması, hastalık mekanizmalarının ortaya çıkarılması için çoklu omik veri analizine dayanan makine öğrenimi (ML) tabanlı bütünleştirici yaklaşımlar geliştirilmiştir. Bu bütünleştirici yaklaşımlar, gen ifadesi (mRNA), mikroRNA (miRNA) ve metilasyon verilerinden gelen bilgileri birleştirmektedir. Önerilen yöntemler, teşhis ve prognozu içeren hastalık mekanizmaları arasındaki boşluğu kapatmayı amaçlamaktadır. İlk çalışmamızda (3Mint), omik biyobelirteç gruplarının tespiti yoluyla gen seçimini iyileştirmek için biyolojik bilgiyi kullanarak grupların oluşturulmasını ve puanlanmasını gerçekleştirmeyi amaçlıyoruz. İkinci çalışmada (3Mont), yeni geliştirilen pro-gruplama ve önemli belirteçlerin puanlanması bileşenleri ile seçilen özellikler, makine öğrenmesi model geliştirme aşamasında kullanılmaktadır. Sonuç olarak bu tez çalışması, metilasyon verisini 2'li omik veriye (miRNA ve mRNA) dahil ederek daha az biyobelirteç ile BRCA moleküler alt tiplerinin benzer performans metrikleri ile sınıflandırılmasını amaçlamaktadır.

Browse

Browsing Enstitüler by Department "Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyomühendislik Ana Bilim Dalı / Biyomühendislik Bilim Dalı"