Browsing by Author "Uzut, Ömmu Gülsüm"

Now showing 1 - 2 of 2

Protein İkincil Yapısının Tahmini için Sınıflandırma Yöntemlerinin Optimizasyonu
(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2017) Uzut, Ömmu Gülsüm; Aydın, Zafer
Protein ikincil yapı tahmini, proteinin yapısını ve fonksiyonunu anlamak için önemli ve yaygın olarak kullanılan bir aşamadır. İkincil yapı tahmin bilgisi üç boyutlu yapı tahmini için de kullanıldığından protein dizisiyle üç boyutlu yapısı arasında bir köprü olarak görülebilir. Şimdiye kadar, tahmin doğruluk oranını artırmak için birçok yöntem geliştirilmiştir. Yöntemlerin performansını etkileyecek birden fazla durum vardır. Bunlar arasında model hiper-parametrelerinin doğru seçilmesi önem taşımaktadır. Model eğitme sürecinde direkt olarak öğrenilemeyen bu parametrelerin optimize edilmesiyle modellerin hassas olarak ayarlanması mümkündür. Bu sayede aşırı uyum ve eksik uyum gibi davranışlardan kaçınılması amaçlanır. Bu tezde, destek vektör makinesi, derin katlamalı yapay sinir alanları ve rastgele orman yöntemleri bir hibrit sınıflandırıcının ikinci aşamasında kullanılmak üzere optimize edilmiş ve ikincil yapı tahmini problemine uygulanmıştır. Buna ek olarak eğitilen sınıflandırıcılardan elde edilen tahminler bir topluluk yöntemi ile farklı kombinasyonlarda birleştirilmiş ve başarı oranları en zor tahmin koşulu için incelenmiştir. Geliştirilen yöntemlerin doğruluk oranları literatürdeki en iyi yöntemler ile aynı seviyededir ve farklı modellerin birleştirilmesinin tahmin başarısını iyileştirme potansiyeli bulunduğu gösterilmiştir.
Citation - Scopus: 1
The Relationship Between PAPP-A Levels, Maternal Characteristics, Gestational Diabetes and Other Biochemical Markers of the Aneuploidy Screening
(Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc., 2018) Uzut, Ömmu Gülsüm; Kaymakçalan, Hande; Härkönen, Juho; Bakir-Güngör, Burcu
First trimester aneuploidy screening is routinely used in pregnancy follow-ups. In this screening, free β-hCG and pregnancy-associated plasma protein A (PAPP-A) levels in the blood of the pregnant woman are measured. The aim of this study is to investigate the relationship between PAPP-A levels, maternal characteristics, diabetes, ultrasound measurements of the fetus and other biochemical markers of the aneuploidy screening. In this study, we used the dataset of 12 428 pregnant women, who are followed by some of our researchers at the Prenatal Unit of Yale University Hospital in USA. The correlation of free-β-hCG, PAPP-A and Down syndrome risk with thyroid stimulating hormone (TSH), glucose and hematocrit was analyzed. A statistically significant correlation (p=0.0005) was found between the PAPP-A levels in the group of diabetic pregnants and PAPP-A levels in non-diabetic pregnant group. Detailed studies on the effect of PAPP-A on insulin growth factor could make it possible to use PAPP-A levels to predict gestational diabetes. © 2019 Elsevier B.V., All rights reserved.