Browsing by Author "Karakükçü, Musa"

Now showing 1 - 2 of 2

Mrd Biyoçip: Minimal Rezidüel Hastalığın Güvenilir ve Basit Bir Yolla İzlenmesi
(TÜBİTAK, 2019) İçöz, Kutay; Karakükçü, Musa; Özdemir, Mehmet Akif; Deniz, Günnur; Ünal, Ekrem; Çınar, Suzan; Küpesiz, Osman Alphan; Kaya, Zühre; Yılmaz, Bülent; Gerçek, Tayyibe; Akar, Ünal; 0000-0002-0947-6166; 0000-0003-2954-1217; AGÜ, Mühendislik Fakültesi, Elektrik - Elektronik Mühendisliği Bölümü; İçöz, Kutay; Yılmaz, Bülent; Gerçek, Tayyibe
Türkiye Halk Sağlığı Kurumu verilerine göre Türkiye?de çocukluk çağında en sık görülen kanser türü lösemidir ve lösemi türleri arasında Akut Lenfoid Lösemi (ALL) 15 yaş altındaki çocuklarda gözlenen lösemilerin %80?inini oluşturur. Lösemiden korunmanın kesin bir yöntemi şu an için bilinmemektedir ve lösemi hastalarına uygulanan kemoterapi (ilaç tedavisi), radyoterapi, kemik iliği nakli ve immünoterapi gibi farklı tedaviler mevcuttur. Akut lenfoblastik lösemi hastalarının tedavi sürecinde uygulanan kemoterapi her hastaya aynı şekilde etki etmemekte; bazı hastalar tedaviye yanıt verirken bazı hastalarda lösemik hücreler (blastlar) kemoterapiye direnç göstermektedir. Sonuçta tedaviden kaçan bu lösemik blastlar hastalık tekrarlarına (relapslara) neden olabilmektedirler. Tedavinin 15. gününde incelenen minimal rezidüel (kalıntı) hastalık (minimal residuel disease, MRD) akut lösemi hastalarında sağ kalımın en önemli göstergesi olup uluslararası tedavi protokollerinde standart olarak kullanılmaktadır. Bu protokollere göre MRD pozitif tespit edilir ise kemoterapi tedavisi daha da yoğunlaştırılmaktadır. MRD ölçümü günümüzde akım sitometrisi (flow cytometry FC) ve polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile yapılabilmektedir. Her iki yöntemde de sonuç almak uzun vakit almakta, her iki yöntemin de maliyeti yüksek olup, sadece uzman kullanıcılar tarafından akredite olmuş referans laboratuvar ortamlarında gerçekleştirilebilmektedir. Alt yapı yetersizliği ve yüksek maliyetlerden dolayı tedavi edilen ALL hastalarının çoğunluğunda MRD tespiti mümkün olamamaktadır. Oysa kemoterapi gören hastalarda, relapslara neden olan hücreler için MRD taraması ile, tedavinin seyri değişebilecek, her hastaya uygun ilaç dozajı ayarlanabilecek ve ileri dönemde relapslar azaltılabilecektir. Günümüzde MRD testi için kullanılan laboratuvar yöntemleri kadar hassas, fakat maliyeti daha düşük biyosensör cihazların geliştirilmesi lösemi tedavisinde çığır açacak potansiyele sahiptir. Mikro/nano teknoloji tabanlı biyoçipler üreterek alternatif bir metot geliştirerek, hastaların tedavi sürecini iyileştirmek, hekimlere büyük kolaylık sağlamak, ülkemize katma değeri yüksek bir ürün kazandırmak mümkündür. Geliştirilmek istenen biyoçip ile B öncül ALL hastalarındaki kanserli hücrelerin kemoterapi sürecindeki durumları ve tedaviye gösterdikleri yanıt izlenebilecek, bu da hastalara en uygun ilaç dozajının ayarlanarak kişiye özel tedavi uygulanmasını mümkün kılabilecektir.
Protocol for cell surface biotinylation of magnetic labeled and captured human peripheral blood mononuclear cells
(Cell Press, 2022) Ayaz-Guner, Serife; Acar, Mustafa Burak; Boyvat, Dudu; Guner, Huseyin; Bozalan, Habibe; Güzel, Melis; Yıldır, Selin Kübra; Altınsoy, Nilay; Fındık, Fatma; Karakükçü, Musa; Özcan, Servet; 0000-0002-1052-0961; 0000-0002-0220-5224; AGÜ, Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; Boyvat, Dudu; Ayaz-Guner, Şerife; Guner, Huseyin
Analysis of the surfaceome of a blood cell subset requires cell sorting, followed by surface protein enrichment. Here, we present a protocol combining magnetically activated cell sorting (MACS) and surface biotinylation of the target cell subset from human peripheral blood mononuclear cells (PBMCs). We describe the steps for isolating target cells and their in-column surface biotinylation, followed by isolation and mass spectrometry analysis of biotinylated proteins. The protocol enables in-column surface biotinylation of specific cell subsets with minimal membrane disruption.