Browsing by Author "Kaplan, Oktay İsmail"

Now showing 1 - 4 of 4

Hastalık Geni Karakterizasyonu
(2025) Yetgin, Fatma Nihal; Kaplan, Oktay İsmail
Hasta olmak insan yaşamının bir parçasıdır. Bazı hastalıklara sık rastlanırken bazı hastalıklar nadirdir. Günümüzde 7000den fazla nadir hastalık vardır ve sayısı artmaktadır. Silyopatiler de nadir hastalıklardan biridir. Silyopatiler, silyanın fonksiyonunu ya da yapısını etkileyen mutasyonlar sonucu oluşan hastalıklardır. Silya birçok kompartmandan oluşan, hücreden dışarıya doğru uzanan bir organeldir ve Hedgehog sinyal yolağı gibi bazı önemli sinyal yolaklarını etkiler. 2014 yılında EFCAB7'in EVC ve EVC2 proteinleri ile ilişkisi bulunmuştur. EVC ve EVC2 genlerindeki mutasyonlar Ellis van Creveld hastalığına sebep olmaktadır. 2023'de ise sendromik olmayan postaksial polidaktiliye sebep olduğu keşfedilmiştir. Ancak EFCAB7 ile silya arasındaki ilişki yeterince aydınlatılamamıştır. Bu çalışmada, mikroskobik yöntemler ve fonksiyonel deneylerle EFCAB7 ile cilia arasındaki ilişki incelenmiştir. Sonuçlarımız, efcab-7 mutantlarının silialarının vahşi tipe kıyasla önemli ölçüde daha kısa olduğunu, buna karşın IFT (intraflagellar transport) hızı ve partikül sayısında belirgin bir değişiklik olmadığını göstermiştir. Ayrıca, normal koşullarda silyaya girmeyen ELMOD-3 proteini, efcab-7 mutantlarında da silyaya giriş yapmamış ve bu durum silial geçidin sağlam olduğunu ortaya koymuştur. Beklenmedik bir şekilde, efcab-7 mutantlarının hareket kabiliyetinin azaldığı ve akson sayısının da azaldığı gözlemlenmiştir, bu da EFCAB7'nin nöronal veya kas fonksiyonunda ek bir rolü olabileceğini düşündürmektedir. Bu bulgular, EFCAB7'nin silya ve nöronal bütünlüğün korunmasındaki fonksiyonlarını genişletmekte ve ilişkili nadir hastalıkların patogenezi hakkında yeni bilgiler sağlamaktadır.
Yeni Bir Silya Geni Olan TMEM145'in Karakterizasyonu
(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2020) Pir, Mustafa Samet; Kaplan, Oktay İsmail
Silya ve flagella çoğu organizmada bulunan, mikrotübül yapılı, yüksek korunumlu hücresel bir yapıdır. Bunlar, protozoalarda hareket sağlamadan, çok hücreli canlılarda sinyal iletimine kadar bir çok fonksiyona sahiptir. Silyanın yapısında veya fonksiyonunda meydana gelen bozulmalar insanlarda silyopati denilen çeşitli hastalıklara sebep olur. Silyada meydana gelen bu bozukluklar silya genlerinde veya silya fonksiyonunu etkileyen silya geni olmayan genlerde meydana gelen mutasyonlardan kaynaklanır. Bu yüzden silyopatilerin moleküler temelini ortaya çıkarmaya yardımcı olacak yeni silya genleri keşfetmeye ihtiyaç vardır. GPCR proteini olan, insan TMEM145 geninin ortoloğu olan ve Caenorhabditis elegans'ta bulunan C15A7.2 genini silya geni olarak tanımladık. C15A7.2 geni tarafından kodlanan TMEM-145 proteinin fonksiyonunu araştırdık ve C15A7.2 mutantlarda intraflagellar transport sisteminin hızının yavaşladığını bulduk. Ne tekli, ne de çeşitli çiftli mutantlarda herhangi bir yapısal bozukluk gözlemlemedik. Bu da TMEM-145'in silya yapımında görev almadığını gösteriyor. Silyada bulunan bu genin tam fonksiyonunu öğrenmek için ilave analizler yapılmalıdır.
İn Siliko Analizlerle Yeni Patojenik Varyantlar Bulmak
(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2022) Zorluer, Ziya Furkan; Kaplan, Oktay İsmail
Inherited diseases are health problems caused by one or more abnormalities in the genome. It can be caused by changes in a single gene (monogenic) or multiple genes (polygenic), or by a damage on chromosomes. Genetic variation is the differences in the DNA sequences that can be observed within a species or in alleles. Evaluation of genetic variants, together with reported phenotypic or pathogenic annotations from non-human organisms, facilitates the comparison of these variants with their human counterparts. In this work, we combined pathogenic and phenotypic annotations with variants, and these phenotypic orthologous variants from seven organisms can provide clues to the functional consequences of human genetic variants.
Yeni Silyopati Genlerinin Araştırılıması
(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2021) Yenisert, Ferhan; Kaplan, Oktay İsmail
Kirpikler, iç yapısında mikrotübüllerden oluşur ve evrimsel olarak anten benzeri bir organel korunmuştur. Kirpik yapısındaki bozuklukların neden olduğu hastalığa siliyopati adı verilir ve Joubert sendromu siliyopatilerden biridir. Hastalar, gecikmiş zihinsel ve dil gelişimi, hipotoni, ataksi, zeka geriliği, karaciğer kisti, retina kusuru / dejenerasyonu, genital kusur ve kistik böbrek gibi bir dizi semptom gösterir. Son çalışmaların bir sonucu olarak, 38 farklı gen Joubert sendromu ile ilişkilendirilmiştir. 2012 yılında, evrimsel olarak korunmuş bir gen olan CEP41, silyopati hastalıklarından biri olan JS ile ilişkilendirildi, ancak bu çalışma CEP41'in moleküler mekanizmasını araştırılmadı. Bu çalışmada, cilia çalışmalarında yaygın olarak model sistem olarak kullanılan C. elegans kullanılarak ceph-41 mutasyonunun kirpiklerin yapısı ve işlevi üzerindeki etkisi araştırılmıştır.