Browsing by Author "Akçok, Emel Başak Gencer"

Now showing 1 - 5 of 5

Akut Miyeloid Lösemide SYK Enziminin Hedeflenmesi: Bi 1002494'ün In Silico İlaç Yeniden Konumlandırımı ve İşlevsel Doğrulaması
(2025) Tekden, Şevket Oğuzhan; Akçok, Emel Başak Gencer; Akçok, İsmail
Akut miyeloid lösemi (AML), kemik iliğindeki miyeloid hücrelerin denetimsiz biçimde büyümesi ve çoğalmasıyla tanımlanan bir kan kanseri türüdür. Sağaltım için radyoterapi gibi yöntemlere başvurulsa da bunların sınırlı başarı oranlarına iye olması, başka hedefe yönelik sağaltım çalışmalarını zorunlu kılmaktadır. AML ile ilişkili olduğu bilinen dalak tirozin kinaz (Syk) enzimi hücre içi sinyal iletiminde önemli bir enzimdir. Syk'de oluşabilecek bozukluklar, AML'nin ortaya çıkması üzerinde oldukça etkilidir. Bu nedenle Syk odaklı kullanılan inhibitörler AML açısından umut vericidir. Çalışmada opnMe veri tabanındaki aday molekül üzerinde in silico moleküler kenetleme gerçekleştirilmiş ve yüksek bağlanma eğilimi gösteren 'BI 1002494' Syk inhibitörü seçilerek, hedefe yönelik bir 'ilaç yeniden konumlandırma' gerçekleştirilmiştir. Syk'nin katalitik bölgesi, Escherichia coli bakterilerinde rekombinant olarak üretilmiş ve His-işaretli Ni-NTA afinite kromatografi yöntemi ile katalitik bölge saflaştırılmıştır. Saflaştırılan proteinin varlığı Western Blot (WB) yöntemiyle doğrulanmış ve Termal Kayma Deneyi (TSA) ile inhibitörün protein üzerindeki moleküler düzeyde etkileri araştırılmıştır. Hücresel etkinlik tespiti için, MOLM-13 ve K562 hücre hatlarında MTT sitotoksisite deneyleri gerçekleştirilmiş, BI 1002494'ün hücre çoğalmasını baskıladığı, elde edilen verilerin FDA onaylı Syk inhibitörü R406 ile benzer düzeylerde olduğu gözlemlenmiştir. Sonuçlar, BI 1002494'ün AML'ye karşı olası sağaltıcı bir Syk inhibitörü olduğunu göstermektedir. Bu çalışma, ilaç yeniden konumlandırma kapsamında hedefe odaklı, bilgisayar tabanlı sağaltım yaklaşımlarına değerli katkılar sunmaktadır.
Akut Miyeloid Lösemiyi Hedeflemek için in Silico ve in Vitro Çalışmalar Kullanılarak Dalak Tirozin Kinaz Enziminin SH2 Alanının Araştırılması
(2025) Şansaçar, Merve; Akçok, Emel Başak Gencer
Akut Miyeloid Lösemi (AML), genetik ve epigenetik anormalliklerle karakterize klonal bir malignitedir ve bu karmaşık hastalıkta potansiyel bir terapötik hedef olarak ortaya çıkan moleküllerden biri, amino terminalinde iki SH2 alanı ve bunu takip eden katalitik olarak aktif bir kinaz alanından oluşan Dalak Tirozin Kinaz'dır (Syk). Kansere yol açan anormal proteinlerin aktivasyonunu önlemek için kanser tedavi yöntemlerinde yapılan son çalışmalar, aktif kinaz alanlarına ek olarak SH2 alanlarının da önemli hedefler olduğunu ortaya koymuştur. Bu çalışmada, aday inhibitörler, COCONUT ve ENAMINE olmak üzere iki kütüphanenin taranmasıyla in silico çalışmalar yoluyla tanımlanmıştır. Daha sonra ENAMINE kütüphanesinden seçilen iki aday inhibitör (Z260816155 ve z2155444005) için in vitro bağlanma testleri yürütülmüş ve bağlanma, FRET teknolojisi ve Diferansiyel Taramalı Florimetri Testi (DSF) kullanılarak HEK293 hücrelerinde in vitro olarak doğrulanmıştır. Son olarak, amaç, AML hücrelerinde Syk'nin SH2 bölgelerini hedef alarak protein-protein etkileşimlerini inhibe etmenin biyolojik aktivitelerini araştırmaktır. Aday inhibitörler, THP-1 ve HL-60 hücrelerinde düşük mikromolar konsantrasyonlarda (1-25 µM) hücre canlılığını azaltmış ve kontrol hücrelerine kıyasla ilişkili bir şekilde apoptozu indükleyerek hücre döngüsünün durmasına neden olmuştur Ayrıca, TNF-α ve IL-1β gen ekspresyonunu modüle etmiş ve anti-apoptotik proteinler Bcl-2 ve Bcl-xL'yi etkili bir şekilde baskılamışlardır.
Histon Deasetilaz İnhibisyonu ve Otofaji Modülasyonunun Kolanjiokarsinoma Hücrelerine Etkisi
(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2022) Yenigül, Münevver; Yenigül, Münevver; Akçok, Emel Başak Gencer; Akçok, İsmail
Cholangiocarcinoma (CCA), also known as biliary tract cancer, is a heterogeneous group of malignancies formed by the differentiation of epithelial cells in the biliary tract. CCA is the second most common primary liver tumor and it has both an increasing rate and high mortality worldwide with its late diagnosis, refractory type, and aggressiveness. The effects of autophagy modulators and HDAC inhibitors in CCA are not fully known. This study is proposed a novel treatment approach with the combinational therapy of autophagy and HDAC inhibitors for CCA patients. In results obtained with alone HDACis, alone autophagy modulators, and combinations of HDACis and autophagy modulators, Nocodazole from autophagy modulators and MS-275 and Romidepsin from HDAC inhibitors showed a better synergistic effect on the TFK-1 and EGI-1 cell lines of the cholangiocarcinoma. In cell cycle analysis of the combination, was achieved arrest at the S phase and G2/M phase. In conclusion, this study highlights the important combination of HDAC inhibitors and autophagy modulators, which is a promising therapy in CCA. Keywords: Cholangiocarcinoma, HDAC inhibitors, Autophagy modulators, Combination therapy
Histon Deasetilaz İnhibitörlerinin PTEN/PI3K/AKT/mTOR Yolağı ve Kemorezistan Kolanjiokarsinoma Gelişimine Olan Etkilerinin Moleküler Düzeyde Belirlenmesi
(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2021) Helin, Sağır; Sağır, Helin; Akçok, Emel Başak Gencer
Kolanjiokarsinom (CCA) agresif bir adenokarsinomdur ve ikinci en sık görülen birincil karaciğer tümörüdür. CCA gelişiminin kesin etiyolojisi hala net olarak tanımlanmamıştır. Mevcut kemoterapötik tedaviler, çoklu ilaç direnci nedeniyle etkili olmadığından, kemorezistant CCA yaygındır. Histon deasetilaz inhibitörleri (HDACis); umut verici antikanser karakteri göstermektedir ve HDAC işlevindeki düzensizlikler otofaji için önemli olan ve kemo-dirençli CCA'da bulunan yolaklar ile ilişkilidir, örneğin PTEN/PI3K/AKT/mTOR. Bu nedenle, sisplatine dirençli CCA hücre hatları ürettik ve SAHA, MS-275 ve Romidepsin yoluyla HDAC inhibisyonunun ve Nocodazol ve Klorokin ile otofaji inhibisyonunun etkisini kontrol ettik. Romidepsin ve Nocodazol'ün kombinasyon tedavisi sisplatine dirençli hücrelerin proliferasyonunu azalttı. Apoptotik analiz yapıldı ve sonuçlar erken apoptotik ve apoptotik hücre ölümündeki artışı kanıtladı. Ayrıca, hücre döngüsü analizi sonuçları, hücre döngüsünde durdurulma göstermiştir. Western blotlama ile PTEN, Histon H3 ve Asetillenmiş H3 protein ekspresyonlarını kontrol ettik. Sonuçlar, PTEN ekspresyon seviyesi ile HDAC inhibisyonu arasındaki olası ilişkiyi gösteriyordu. Direnç durumunda PTEN lokalizasyonu çok önemli olduğundan, immünofloresan boyama gerçekleştirdik ve hem hassas hem de sisplatine dirençli hücrelerde PTEN'in yerini tespit ettik. Sonuçlar, sisplatine dirençli hücrelerinde sitoplazmaya PTEN translokasyonunu gösteriyordu. Sonuç olarak, HDAC ve otofaji inhibisyonunun kombinasyon tedavisi, kemorezistan kolanjiokarsinomaya karşı umut verici bir tedavidir.
Investigation of the Antitumor Effect of Targeting PI3K-AKT-mTOR Pathway and Histone Deacetylase Enzymes on Acute Myeloid Leukemia Cells
(2022) Şansaçar, Merve; Akçok, Emel Başak Gencer; Okur, Tuğba; Karaca, Münevver
Acute Myeloid Leukemia (AML) is a disease characterized by the accumulation of immature myeloid cells called blasts in the peripheral blood, bone marrow, spleen, and liver, eventually leading to hematopoietic malignancy. In addition to genetic abnormalities, important cellular pathways such as PI3K/AKT/mTOR, Wnt, Notch, STAT3, Hedgehog have been reported to play a role in the pathogenesis of AML. Histone deacetylase (HDAC) inhibitors have promising anticancer activity for AML. In this study, it was aimed to investigate the effect of inhibition of the PI3K/AKT/mTOR pathway and HDAC inhibition on the molecular mechanism underlying this disease using cell lines of different AML subgroups, MOLM-13 and CMK cell lines. For this purpose, the effects of PI3K inhibitor LY294002 and HDAC inhibitors (SAHA, PCI-3501 and Tubastatin A) and their combinations were investigated. Cell proliferation was determined by MTT cell cytotoxicity test and apoptosis rates were determined by Annexin-V/PI double staining method, and the effects of drugs on the cell cycle were determined by PI staining. The level of LC3B protein, a marker of autophagy, was confirmed at the molecular level by western blot. The inhibitors used decreased cell viability at low micromolar concentrations on both cell lines. It was determined that the LY294002+SAHA combination treatment showed a 50% reduction in cell proliferation in MOLM-13 cells and a 25% decrease in CMK cells. LY294002+Tubastatin A treatment has been shown to reduce cell proliferation in MOLM-13 and CMK cells by 65% and 40%, respectively. Our results showed that combinations of LY294002 and HDAC inhibitor resulted in G0/G1 phase arrest in MOLM-13 cells compared to control cells. On the other hand, CMK cells treated with combinations of LY294002+SAHA, LY294002+PCI-3501 and LY294002+Tubastatin A were arrested in G2/M, G2/M and G0/G1 phase, respectively. The effect of the combinations on apoptotic cell death was investigated. LC3B protein expression level was checked as a result of combination therapy. Considering the effects of HDAC enzymes on both AML and different cancers, HDAC inhibition is an important and high-potential target for AML. Therefore, investigation of the PI3K/AKT/mTOR pathway and inhibition of HDACs in different subgroups may provide insight into the mechanisms leading to the pathogenesis of AML. Consequently, it is hoped that this inhibition of PI3K/AKT/mTOR and HDAC will lead to a more specific combination of targeted therapy that results in the abolition of AML.