Enstitüler

Permanent URI for this communityhttps://hdl.handle.net/20.500.12573/391

Browse

Now showing 1 - 3 of 3

Design and Identification of Novel Candidates Against the Tyrosine Kinase Domain of ALK by Comprehensive in Silico Approaches
(2025) Sarı, Ceyhun; Akçok, İsmail; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.01. Biyomühendislik; 01. Abdullah Gül University
Anaplastik büyük hücreli lenfoma hücre hatlarında füzyon protein ortağı olarak keşif edilen Anaplastik Lenfoma Kinaz'ın (ALK), keşifinden bu yana ALK çeşitli füzyon ortakları ile çok sayıda kanserde rol oynadığı ortaya çıkmıştır. Rol oynadıkları kanser şu şekilde sıralanabilir: küçük hücreli olmayan akciğer kanseri (NSCLC); anaplastik büyük hücreli lenfoma (ALCL); nöroblastom; rabdomiyosarkom; vb. Son yılda, ABD Gıda ve İlaç Dairesi (FDA) ALK'yi hedefleyen birçok bileşik onay almıştır. Bu gelişmelere rağmen, yakın zamanda yapılan bir çalışma ALK pozitif NSCLC hastalarının yaklaşık yarısının hastalık ilerlemesi yaşanacağını vurgulanmıştır, başlangıç tedavisi olan Alectinib, ikinci nesil ALK inhibitörü ve üçüncü nesil ALK inhibitörü Lorlatinib rağmen. Bu noktaları göze alarak, bu çalışma ALK'nin tirozin kinaz alanını hedefleyebilecek yeni bileşikler keşfetmek ve geliştirmek için iki farklı yola odaklanmıştır. İlk yaklaşım olarak 200'den fazla α-carboline türevi tasarladık. Devamında moleküler yanaştırma (Docking), moleküler dinamik (MD) simülasyonlarını MM/PBSA ile serbest bağlanma enerjisi hesaplamalarından oluşan in silico protokolleri kullanarak tasarımlarımızın hedefimize karşı bağlanma özelliklerini araştırdık. İkinci yaklaşım olarak büyük bir doğal ürün veritabanını aynı amaca yönelik yeni bir ilaç adayı keşfetme adına sanal olarak taradık. Devamında bağlanma özelliklerini ilk yaklaşımda kullanılan yöntemlerle inceledik. Elde edilen bütün sonuçları göz önünde bulundurarak, sonuçlar takip eden şekilde özetlenebilir. Üç umut verici ilaç adayı aralarından yükselmiştir test edilen bileşikler arasında, bileşik 208, 209 ve CNP0106316.1. Serbest bağlanma enerjileri ise sırasıyla -9.08, -9.80 ve -11.6 kcal/mol olarak bulunmuştur. Ek olarak, ismi geçen bileşikler ilgili MD simülasyonlarında stabil bağlanma profilleri göstermişlerdir.
Histon Deasetilaz İnhibisyonu ve Otofaji Modülasyonunun Kolanjiokarsinoma Hücrelerine Etkisi
(Abdullah Gül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2022) Yenigül, Münevver; Yenigül, Münevver; Akçok, Emel Başak Gencer; Akçok, İsmail; AGÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomühendislik Ana Bilim Dalı; 01. Abdullah Gül University
Cholangiocarcinoma (CCA), also known as biliary tract cancer, is a heterogeneous group of malignancies formed by the differentiation of epithelial cells in the biliary tract. CCA is the second most common primary liver tumor and it has both an increasing rate and high mortality worldwide with its late diagnosis, refractory type, and aggressiveness. The effects of autophagy modulators and HDAC inhibitors in CCA are not fully known. This study is proposed a novel treatment approach with the combinational therapy of autophagy and HDAC inhibitors for CCA patients. In results obtained with alone HDACis, alone autophagy modulators, and combinations of HDACis and autophagy modulators, Nocodazole from autophagy modulators and MS-275 and Romidepsin from HDAC inhibitors showed a better synergistic effect on the TFK-1 and EGI-1 cell lines of the cholangiocarcinoma. In cell cycle analysis of the combination, was achieved arrest at the S phase and G2/M phase. In conclusion, this study highlights the important combination of HDAC inhibitors and autophagy modulators, which is a promising therapy in CCA. Keywords: Cholangiocarcinoma, HDAC inhibitors, Autophagy modulators, Combination therapy
Kanser Tedavisi için HDAC6 ve ALK'yi Hedef Alan İkili Hsp90 İnhibitörlerinin İn Siliko Keşfi
(2025) Yücel, Muhsin Samet; Akçok, İsmail; 04. Yaşam ve Doğa Bilimleri Fakültesi; 04.01. Biyomühendislik; 01. Abdullah Gül University
Isı şoku proteini 90 (Hsp90), histon deasetilaz 6 (HDAC6) ve anaplastik lenfoma kinaz (ALK), protein homeostazını ve hücresel süreçleri düzenlemedeki birbiriyle bağlantılı rolleriyle kanser araştırmalarında önemli terapötik hedeflerdir. Bu proteinlerin sitozolik kompleks içindeki etkileşimi, kanser hücresinin hayatta kalmasını ve ilerlemesini düzenlemede kritik bir rol oynar. Özellikle, güncel çalışmalar, Hsp90-HDAC6 veya Hsp90-ALK'nin eş zamanlı inhibisyonunun sinerjik etkiler üretebileceğini ve kötü huylu kanserlerle mücadele için umut verici bir terapötik potansiyel sunabileceğini vurgulamaktadır. Bu tezin amacı, hem Hsp90-HDAC6 hem de Hsp90-ALK proteinlerini inhibe edebilen potansiyel bileşikleri keşfetmektir. Bu amaçla, bir dizi in-silico hesaplama tekniği kullanıldı. Hsp90-HDAC6 bölümü için, ZINC veri tabanından benzerlik filtrasyonu ile 791 molekül ve COCONUT veri tabanından 5 kriterli Lipinski kuralı ile 361.179 bileşik Hsp90-ALK bölümü için seçildi. Seçilen ligandlar sorumlu protein yapıları üzerinde yerleştirmeye tabi tutuldu. Her iki hedefe karşı en iyi bağlanma skorlarını gösteren en iyi ligandlar, referanslarıyla birlikte daha ileri analizler için kullanıldı. Daha sonra, seçilen ligandlar üzerinde ADME tahmini ve moleküler dinamik simülasyonları gerçekleştirildi. Tüm analizlerin tamamlanmasının ardından, ayrıntılı bir in-silico değerlendirmesi, Hsp90-HDAC6 bölümünde ZINC27653366'nın ve Hsp90-ALK bölümünde CNP0264442.1'in en yüksek inhibitör potansiyelini gösterdiğini ve bunları en umut verici inhibitörler haline getirdiğini ortaya koydu.

Browse

Browsing Enstitüler by Author "Akçok, İsmail"