2025-11-082025-11-08https://hdl.handle.net/20.500.12573/5414Dalak Tirozin kinazı (Syk), birçok hastalığın patogenezinde rol oynadığı gösterilen, iki SH2 (Src homology-2) ve bir katalitik alana sahip bir proteindir. Son zamanlarda, araştırmacıların farklı hastalıkları hedef alan yeni tedavi yöntemleri arayışları sonucunda SH2 alanlarını daha popüler bir hedef haline getirmiştir. Bu protein hedeflerinin ilaç keşfi ve aday molekül tarama ve değerlendirilmesi için, geleneksel deneysel yöntemler pahalı ve zaman alıcı olabilir. Son zamanlarda, daha büyük inhibitör havuzlarını umut vadeden adayların keşfi için daraltmada hesaplamalı yöntemler yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu amaçla, bu projede, ilk olarak, COCONUT (COlleCtion of Open NatUral producTs) doğal ürün kütüphanesi C-SH2 alanı için taranmış ve moleküler dinamik (MD) çalışmalarına tabi tutulmuş, Preussomerin B (CNP0136965) olarak adlandırılan, umut verici bir aday ortaya konulmuştur. Daha sonra COCONUT kütüphanesi farklı bir filtre ile filtrelenmiş ve CNP0265345'in her iki SH2 alanına da bağlanma serbest enerjileri (CSH2:-44.54 kcal/mol ve NSH2:-55.98 kcal/mol) ile en iyi bağlanma özelliklerine sahip olduğu gösterilmiştir. Daha sonrasında ENAMINE kütüphanesi taranarak elde edilen bağlanma enerjisi en yüksek iki adayın (Z2155444005 ve Z2608161550) moleküler kenetlenme deneyleri gerçekleştirilmiş ve ardından bu iki aday molekülün rekombinant protein kullanılarak in vitro olarak bağlanma testleri Floresan Polarizasyon (FP) ve canlı hücre içi FRET yöntemi kullanılarak etkinlikleri araştırılmıştır. FP deneyi için gerekli olacak, SH2 alanları rekombinant olarak üretilmiş, saflaştırılmıştır. Ardından C-SH2 hedefli spesifik fosforillenmiş tirozin içerek peptit sentezlenmiştir ve adayların değerlendirilmesi için FP tabanlı kompetitif testi mikro-plaka okuyucu ile gerçekleştirilmiştir. Sonuçlar FP (mP) değerinde anlamlı bir değişiklik olmadığını göstermiştir. Daha sonra, hücre içi FRET yöntemi için HEK-293 hücreleri sitosolik Syk FRET biyosensörü ile transfekte edilmiş ve aday bileşiklerin FRET sinyallilerindeki değişiklik mikro-plaka okuyucu ile ölçülmüştür. Sonuçlar her iki inhibitörün de Syk biyosensörüne başarılı bir şekilde bağlandığını gösterdi.