Çalışkan, Mesude BiçerÖztürk, Esengül2026-04-212026-04-212026https://hdl.handle.net/20.500.12573/5936Diyabetik ayak ülserleri (DFU), diyabetin uzun vadede oluşturduğu bir rahatsızlık türüdür ve kalıcı inflamasyona, bozulmuş anjiyogeneze ve ekstrasellüler matriks (ECM) disfonksiyonuna neden olur, hatta ampütasyon ile sonuçlanabilir. Mezenkimal kök hücrelerin (MKH) rejeneratif ve immünomodülatör yetenekleri sayesinde diyabetik yara tedavisinde güçlü stratejilerden biri olarak önerilmektedir; ancak, bu iyileşmeyi sağlayan moleküler yollar hala belirsizdir. Bu tez, NCBI-GEO veri tabanından elde edilen (GSE143735, GSE199939 ve GSE217709) transkriptomik veri kümelerinin analizini içermektedir. Birincil amaç, DFU'lar ve MKH aktivitesiyle ilişkili, farklı şekilde ifade edilen genlerin (DEG'ler) belirlenmesidir. İleri biyoenformatik analizler, temel olarak inflamatuar düzenleme ECM yeniden şekillenmesi ve anjiyogenezde rol oynayan dört çekirdek merkez genin (CXCL1, MMP9, THBS1 ve POSTN) tanımlanmasını sağladı. Bu sonuçları doğrulamak için, L929 fare fibroblastları yüksek glikoz (YG) ortamında kültürlendi. Ardından yalnızca MKH ve MKH+üç boyutlu (3B) bir kültür platformuyla tedavi edildi. HG, fibroblast fonksiyonunu ve merkez genlerin ekspresyonu inhibe ederken, MKH'ler, özellikle 3B ortamda fibroblast canlılığını ve genlerin ekspresyonunu önemli ölçüde geri kazandırdı. Genel olarak, bu çalışma, DFU'ların bir özelliği olan bozulmuş fibroblast fonksiyonuna yeni bir bakış açısı sunmakta ve 3B-MKH tabanlı sistemlerin hücresel onarım yanıtlarını etkili bir şekilde artırabileceğini göstermektedir.Diabetic foot ulcers (DFUs) represent the most serious long-term condition of diabetes, and they typically evolve into persistent inflammation, compromised angiogenesis, ECM dysfunction, and, in some cases, the necessity of limb amputation. Mesenchymal stem cells (MSCs) are proposed as one of the powerful strategies due to their regenerative and immunomodulatory capabilities. Nevertheless, the molecular pathways behind these effects remain unclear. This thesis analyzes transcriptomic data sets (GSE143735, GSE199939, and GSE217709) derived from NCBI-GEO. The primary goal was to find differentially expressed genes (DEGs) associated with DFUs and MSC activity. Further bioinformatics studies revealed that the four hub genes (CXCL1, MMP9, THBS1, and POSTN), which play a role in inflammatory regulation, ECM remodeling, and angiogenesis, were identified. To confirm this, L929 mouse fibroblast cells were cultured in a high glucose (HG) condition and treated with MSCs and MSCs+3D culture platform. HG inhibited fibroblast function and gene expression, whereas MSCs, especially on a 3D platform, significantly restored fibroblast viability and migration and expression of the hub genes. Overall, this work provides a novel perspective on impaired fibroblast function as a hallmark of DFUs and demonstrates that 3D MSC-based systems can effectively potentiate cellular repair responses. These results support the therapeutic potential of 3D MSC applications as a promising strategy for tissue regeneration and diabetic wound healing.enBiyomühendislikBioengineeringMaster Thesis